(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html

Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • T0500
    • gi|55962741|emb|CAI11563.1|_624:772 novel protein similar to human and mouse CASK interacting protein 2 (CASKIN2) [Danio rerio]
                                   10                   20             
                                   |                    |             
   1 ...P..A...R...Q...P...PAAL....AK.....PPG.TP.....PSLGAS.....P...A.
   2 apsP..A...R...Q...P...PAAL....AK.....PPG.TP.....PSLGAS.....P...A.
   3 apsP..A...R...Q...P...PAAL....AK.....PPG.TP.....PSLGAS.....P...A.
   4 apsP..A...R...Q...P...PAAL....AK.....PPG.TP.....PSLGAS.....P...A.
   5 apsP..A...R...Q...P...PAAL....AK.....PPG.TP.....PSLGAS.....P...A.
   6 apsP..A...R...Q...P...PAAL....AK.....PPG.TP.....PSLGTS.....P...V.
   7 pgsP..A...R...Q...P...PAAL....IK.....PAS.SP.....PSQSAS.....P...V.
   8 vpsP..A...R...Q...P...PAAL....IK.....PAS.SP.....PSQSAS.....P...V.
   9 vpsP..A...R...Q...P...PAAL....IK.....PAS.SP.....PSQSAS.....P...V.
  10 vpsP..A...R...Q...P...PAAL....IK.....PAS.SP.....PSQSAS.....P...V.
  11 vpsP..A...R...Q...P...PAAL....IK.....PAS.SP.....PSQSAS.....P...V.
  12 vpsP..A...R...Q...P...PAAL....IK.....PAS.SP.....PSQSAS.....P...A.
  13 vpsP..A...R...Q...P...PAAL....IK.....PAS.SP.....PSQSAS.....P...A.
  14 apsP..A...R...Q...Q...PAAL....AK.....PAS.TP.....PALSAS.....PaspA.
  15 qgsP..T...P...A...S...KKVP....LP.....GPG.SP.....EVKRAH.....G...T.
  16 ...L..AnstG...S...K...PNVE....TE.....PPA.PP.....AALLKV.....PgagT.
  17 ...L..AnstG...S...K...PNVE....TE.....PPA.PP.....AALLKV.....PgagT.
  18 ...L..AnstG...S...K...PNVE....TE.....PPA.PP.....AALLKV.....PgagT.
  19 ...L..AnstG...S...K...PNVE....TE.....PPA.PP.....AALLKV.....PgagT.
  20 ...L..AnstG...S...K...PNVE....TE.....PPA.PP.....AALLKV.....PgagT.
  21 ...L..E...N...SagnR...RHGE....TE.....TPT.PP.....AALIKV.....PgagT.
  22 ...L..E...S...S...TgdwRHGE....TE.....PPA.SP.....AALIKV.....PgagT.
  23 h..P..V...K...Att.P...PALI....VQ.....TPH.TPqsphtPQTPQT.....P...Q.
  24 ...L..EtstG...S...R...QNVD....TE.....PPA.PP.....AALLKV.....PgagT.
  25 ...L..E...SsaaS...R...WNGE....TE.....PPA.AP.....AALLKV.....PgagT.
  26 ...L..E...SsaaS...R...WNGE....TE.....PPA.AP.....AALLKV.....PgagT.
  27 ...L..E...SsaaS...R...WNGE....TE.....PPA.AP.....AALLKV.....PgagT.
  28 ...L..E...SsaaS...R...WNGE....TE.....PPT.AP.....AALLKV.....PgagT.
  29 g..PalE...N...N...R...RPGE....TE.....PPA.AP.....ATLIKV.....PgagT.
  30 t..P..T...P...S...P...ARQLgaa.AK.....PSS.TP.....PSLCSS.....P...A.
  31 k..LsqE...E...D...S...SSGW....TL.....GSL.RD.....HQRGSR.....P...L.
  32 ataP..K...P...V...R...HSLLaaqaAG.....LSG.PS.....VTISGV.....Q...Tl
  33 emvL..Q...C...M...Q...NGGL....RK.....NPL.KSgl...APKPGS.....P...H.
  34 emvL..Q...C...M...Q...NGGL....RK.....NPL.KSgl...APKPGS.....P...H.
  35 pakP..V...K...A...P...PPLA....PK.....PPS.-P.....LSLSRHasqpaP...A.
  36 ttaP..A...P...V...R...QHSL....ASrqsssPPG.LP.....PTNIPS.....Ppn.A.
  37 vlnP..G...K...L...G...KTVM....PP.....VEKcTA.....LSDLME.....S...Q.
  38 rakI..A...D...I...D...KRLLs...FE.....VVE.DP.....VKTSGI.....N...T.
  39 rmtP..E...D...L...T...AIGV....MK.....-PG.HR.....KKLMSE.....V...S.
  40 iakI..A...D...I...D...KRLLs...LG.....EVE.DS.....VKKTGI.....D...T.
  41 pppP..A...E...P...P...PTDL....AH.....LPP.LP.....PPEGEArk...P...A.
  42 stkL..V...F...S...G...PKTI....YQ.....QVL.QP.....SRHTIA.....P...W.
  43 ...-..-...-...-...-...----....--.....---.--.....------.....-...-.
  44 ...-..-...-...-...-...----....--.....---.--.....------.....-...-.
  45 qgsP..T...P...A...S...KKVP....LP.....GPG.SP.....EVKRAH.....G...T.


           30         40            50                60               
           |          |             |                 |               
   1 KPP.SPGAP.ALHVPAKP.PRA...AAAAAAA.AAAP...PA..PP.E.GA....SPG.DS....
   2 KPP.SPGAP.ALHVPAKP.PRA...AAAAAAA.AAAP...PA..PP.E.GA....SPG.DS....
   3 KPP.SPGAP.ALHVPAKP.PRA...AAAAAAA.AAAP...PA..PP.E.GA....SPG.DS....
   4 KPP.SPGAP.ALHVPAKP.PRA...AAAAAAA.AAAP...PA..PP.E.GA....SPG.DS....
   5 KPP.SPGAP.ALHVPAKP.PRA...AAAAAAA.AAAP...PA..PP.E.GA....SPG.DS....
   6 KPP.SPGAP.ALHVPAKP.PRA...AAAA---.AAAP...PA..PT.E.GA....SPG.DS....
   7 KPP.SPGTP.ALHVPAKP.PRA...AASVVS-.--GP...PV..AS.D.CA....SPG.DS....
   8 KPP.SPGTP.ALHVPAKP.PRA...AASVVS-.--GP...PV..AS.D.CA....SPG.DS....
   9 KPP.SPGTP.ALHVPAKP.PRA...AASVVS-.--GP...PV..AS.D.CA....SPG.DS....
  10 KPP.SPGTP.ALHVPAKP.PRA...AASVVS-.--GP...PV..AS.D.CA....SPG.DS....
  11 KPP.SPGTP.ALHVPAKP.PRA...AASVVS-.--GP...PV..AS.D.CA....SPG.DS....
  12 KPP.SPGAP.ALQVPTKP.PRA...AASVVS-.--GP...PV..AS.D.CA....SPG.DS....
  13 KPP.SPGAP.ALQVPTKP.PRA...AASVVS-.--GP...PV..AS.D.CA....SPG.DS....
  14 RPP.SPGAP.ALHVPAKP.PRA...AAAAT--.--GP...PA..AP.D.GA....SPG.DS....
  15 PPPvSPKPP.PPPTAPKP.PRA...AASVVS-.--GP...PV..AS.D.CA....SPG.DS....
  16 APK.PVSVA.CTQLAFSG.PKL...APRLGPR.PVPP...PR..PE.NtGP....VCP.GR....
  17 APK.PVSVA.CTQLAFSG.PKL...APRLGPR.PVPP...PR..PE.NtGP....VCP.SR....
  18 APK.PVSVA.CTQLAFSG.PKL...APRLGPR.PVPP...PR..PE.NtGP....VCP.SR....
  19 APK.PVSVA.CTQLAFSG.PKL...APRLGPR.PVPP...PR..PE.NtGP....VCP.SR....
  20 APK.PVSVA.CTQLAFSG.PKL...APRLGPR.PVPP...PR..PE.NtGP....VCP.SR....
  21 APK.PVSVA.CTQLAFSG.PKL...APRPGPR.PVPP...PR..PE.StGA....TGS.GR....
  22 APK.PVSVA.CTQLAFSG.PKL...APRLGPR.PVPP...PR..PE.StGA....VGS.GR....
  23 TPQ.TPPTPtPTPPPVKP.PRS...SISGVSMdSSTG...SA..LV.A.GV....VTA.DA....
  24 APK.PVSVA.CTQLAFSG.PKL...APRLGPR.PVPP...PR..PE.NtGP....VCP.GR....
  25 APK.PVSVA.CTQLAFSG.PKL...ASRLGPR.PVPP...PR..PE.StGT....VGP.GQ....
  26 APK.PVSVA.CTQLAFSG.PKL...APRLGPR.PVPP...PR..PE.StGT....VGP.GQ....
  27 APK.PVSVA.CTQLAFSG.PKL...APRLGPR.PVPP...PR..PE.StGT....VGP.GQ....
  28 APK.PVSVA.CTQLAFSG.PKL...APRLGPR.PVPP...PR..PE.StGT....VGP.GQ....
  29 APK.PVSVA.CTQLAFSG.PKL...APRLGPR.PVPP...PR..PE.StGA....AGP.GR....
  30 KPL.SPGTQ.PQQVPVKP.PRS...AIAGPSV.DSAS...P-..--.-.--....---.EL....
  31 AFT.APSSP.VHGPPAPG.PGW...VSAPQSP.CLTSarsQV..HL.Q.GR....GLGtEV....
  32 AFT.APSSP.VHGPPAPG.PGW...VSAPQSP.CLTSarsQV..HL.Q.GR....GLGtEV....
  33 KPP.TPSKP.IRHSAAAT.SGVsmsVVQSVAF.AVSP...PCs.PL.A.CC....PPN.ATp15v
  34 KPP.TPSKP.IRHSAAAT.SGVsmsVVQSVAF.AVSP...PCs.PL.A.CC....PPN.ATp15v
  35 HPT.VVGSS.VTLSVVQS.VAF...AAPPSPI.PYCP...SAenTT.Q.GV....TSG.NVq12t
  36 KPL.SPSPQ.SPHTPQTP.PTP...QTPATPS.PTPP...PV..KP.P.RS....SIG.GVs26f
  37 SCS.TIGKG.KFKRIQDG.PAA...ASFPQGP.GSPP...GL..PLmN.AA....QLE.AL....
  38 RST.GISVS.QTHLVISG.PQQ...VLQKPSR.AVTG...PL..LP.A.GS....ILW.DKesva
  39 KLP.ATDWL.PDHKPANL.ADW...LAHLGLS.QYYQ...VL..VQ.N.GYenidFIS.DI....
  40 RST.GVSIS.QTHLVISG.PQQ...VLQKPSR.AVTG...PL..FP.A.GS....ILW.DEesea
  41 KPP.VSPKP.VLTQPV--.PKL...QGSPTPT.SKKV...PL..PG.P.GSpg..RCM.GP....
  42 AAT.EVVPN.VIGSLAGPsPLT...LEASGKV.FVKP...LA..SA.P.GA....---.AL....
  43 ---.-----.--------.---...-------.----...-A..ET.G.GS....SCG.DV....
  44 ---.-----.--------.---...-------.----...-A..ET.G.GS....SCG.DV....
  45 PPPvSPKPP.PPPTAPKP.AKA...AAGLQSG.SASPs..PA..PS.P.AR....QPP.--....


         70              80         90        100          110       12
         |               |          |          |            |         
   1 .ARQK..LEET...SACL.AAALQAVEEKI.RQEDAQGPR.DSAAEKS...TGSILDDIGSMFDD
   2 .ARQK..LEET...SACL.AAALQAVEEKI.RQEDAQGPR.DSAAEKS...TGSILDDIGSMFDD
   3 .ARQK..LEET...SACL.AAALQAVEEKI.RQEDAQGPR.DSAAEKS...TGSILDDIGSMFDD
   4 .ARQK..LEET...SACL.AAALQAVEEKI.RQEDAQGPR.DSAAEKS...TGSILDDIGSMFDD
   5 .ARQK..LEET...SACL.AAALQAVEEKI.RQEDAQGPR.DSAAEKS...TGSILDDIGSMFDD
   6 .ARQK..LEET...SACL.AAALQAVEEKI.RQEDAQGPR.DSAAEKS...TGSILDDIGSMFDD
   7 .ARQK..LEET...SACL.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDD
   8 .ARQK..LEET...SACL.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDD
   9 .ARQK..LEET...SACL.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDD
  10 .ARQK..LEET...SACL.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDD
  11 .ARQK..LEET...SACL.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDD
  12 .ARQK..LEET...SACL.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDD
  13 .ARQK..LEET...SACL.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDD
  14 .ARQK..LEET...SACL.AAALQAVEEKI.RQEDAQGSR.PSAAEKS...TGSILDDIGSMFDD
  15 .ARQK..LEET...SACL.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDD
  16 .AQQR..LEQT...SSSL.EAALRAAEKSI.GTEERDGPT.GT----S...TKHILDDISTMFDA
  17 .AQQR..LEQT...SSSL.EAALRAAEKSI.GTEERDGPT.GT----S...TKHILDDISTMFDA
  18 .AQQR..LEQT...SSSL.EAALRAAEKSI.GTEERDGPT.GT----S...TKHILDDISTMFDA
  19 .AQQR..LEQT...SSSL.EAALRAAEKSI.GTEERDGPT.GT----S...TKHILDDISTMFDA
  20 .AQQR..LEQT...SSSL.EAALRAAEKSI.GTEERDGPT.GT----S...TKHILDDISTMFDA
  21 .AQQR..LEQT...SSSL.AAALRAAEKSI.GTEEREGPP.GT----S...TKHILDDISTMFDA
  22 .AQQR..LEQT...SSSL.AAALRAAEKSI.GAEEREGPP.ST----S...AKHILDDISTMFDA
  23 .VHQK..IEET...SASL.AAALQAVEQKI.K-EDGQK-D.SIAENKS...TVSILDDIGSMFDD
  24 .AQQR..LEQT...SSSL.EAALRAAEKNI.GSEEQDGPT.GP----S...TKHILDDISTMFDA
  25 .AQQR..LEQT...SSSL.AAALRAAEKSI.GTEEQEGAP.SA----S...TKHILDDISTMFDA
  26 .AQQR..LEQT...SSSL.AAALRAAEKSI.GTKEQEGTP.SA----S...TKHILDDISTMFDA
  27 .AQQR..LEQT...SSSL.AAALRAAEKSI.GTKEQEGTP.SA----S...TKHILDDISTMFDA
  28 .AQQR..LEQT...SSSL.AAALRAAEKSI.GTKEQEGTP.SA----S...TKHILDDISTMFDA
  29 .AQQR..LEQT...SSSL.AAALRAAEKSI.GAEEREGAP.GA----S...TKHILDDISTMFDA
  30 .VQQK..LEET...SASL.AAALQAVEEKI.KQEDSQAAD.STAEAKS...TGSILDDIGSMFDD
  31 .VQQR..LDQT...SWSL.AAALKAVESKL.SQEE-DSSR.N--AVTS...ARTILDDIGNMFDD
  32 .VQQR..LDQT...SWSL.AAALKAVESKL.SQEE-DSSR.N--AVTS...ARTILDDIGNMFDD
  33 lVHKR..LEQT...STSL.QAALQVVERKL.AQDD-PASR.GINTVKS...AGNILDDIGNMFDD
  34 lVHKR..LEQT...STSL.QAALQVVERKL.AQDD-PASR.GINTVKS...AGNILDDIGNMFDD
  35 lKHQR..LEKT...SSTL.EEALKAVERKL.TLKNNNNVG.VSHAVKS...AGNILDDIGNMFDD
  36 lVQQK..LEET...SASL.AAALQAVEDKI.LHQE----D.SVAEQKT...TVSILDDIGSMFDD
  37 .AQRR..LEQT...STSL.EAALRVVENKL.SQDSLD--R.ST--VKA...AGNILDDIGSMFDD
  38 pSRERtcISQQ...SISIsDQGPPVFTSSLqNTGELQDPR.EKSCRETvqlTKNILDDISTMFDD
  39 .SLED..LQEI...GIT-.KLAVEAVEHKI.KEEDAEN--.---EKKT...TVSILDDIGSMFDD
  40 sSREQtcIPQQ...SISNsDKGPPVFTSSLqNTEELQDTR.GKSCRETvqlTKNILDDISTMFDD
  41 .ARAE..ADGDagrGRVL.VEVGVARPAPP.THAPCPAPRsDSAAEKS...TGSILDDIGSMFDD
  42 .VQQQ..LEHT...SII-.--TLQAAEKKI.TVEEVQSPP.R--ATHS...AKNILEDISNMFDD
  43 .MQLR..LDET...SASL.AAALEVVEEKI.KKDD----S.STVDNKS...TVNILDDIGSMFDD
  44 .MQLR..LDET...SASL.AAALEVVEEKI.KKDD----S.STVDNKS...TVNILDDIGSMFDD
  45 .----..----...-AAL.AK-PASTRPSL.SASTAKPPP.SSAEEKS...TGSILDDIGSMFDD


      0         
     |         
   1 LADQLDAMLE
   2 LADQLDAMLE
   3 LADQLDAMLE
   4 LADQLDAMLE
   5 LADQLDAMLE
   6 LADQLDAMLE
   7 LADQLDAMLE
   8 LADQLDAMLE
   9 LADQLDAMLE
  10 LADQLDAMLE
  11 LADQLDAMLE
  12 LADQLDAMLE
  13 LADQLDAMLE
  14 LADQLDAMLE
  15 LADQLDAMLE
  16 LADQLDAMLD
  17 LADQLDAMLD
  18 LADQLDAMLD
  19 LADQLDAMLD
  20 LADQLDAMLD
  21 LADQLDAMLD
  22 LADQLDAMLD
  23 LADQLDAMLE
  24 LADQLDAMLD
  25 LADQLDAMLD
  26 LADQLDAMLD
  27 LADQLDAMLD
  28 LADQLDAMLD
  29 LADQLDAMLD
  30 LADQLDAMLE
  31 LADQLDAMLD
  32 LADQLDAMLD
  33 LADQLDAMLD
  34 LADQLDAMLD
  35 LADQLDAMLD
  36 LADQLDAMLE
  37 LADQLDAMLE
  38 LAEQLEAMLD
  39 LADQLDAMLD
  40 LAEQLEAMLD
  41 LADQLDAMLE
  42 LADQLDAMLD
  43 LADQLDAMLD
  44 LADQLDAMLD
  45 LADQLDAMLE