# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.4224 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.390 0.182 0.042 0.105 0.083 0.057 0.060 0.036 0.023 0.015 0.008 2 A 0.286 0.149 0.045 0.111 0.108 0.086 0.083 0.053 0.039 0.026 0.015 3 R 0.413 0.247 0.057 0.109 0.071 0.033 0.031 0.017 0.011 0.007 0.004 4 Q 0.216 0.124 0.044 0.109 0.104 0.086 0.114 0.088 0.055 0.037 0.023 5 P 0.216 0.185 0.062 0.155 0.121 0.089 0.075 0.044 0.028 0.017 0.008 6 P 0.259 0.146 0.066 0.158 0.109 0.093 0.085 0.039 0.024 0.014 0.006 7 A 0.250 0.128 0.062 0.171 0.120 0.102 0.080 0.037 0.027 0.016 0.007 8 A 0.089 0.067 0.043 0.115 0.121 0.118 0.156 0.106 0.091 0.056 0.038 9 L 0.035 0.061 0.051 0.113 0.111 0.098 0.152 0.116 0.114 0.088 0.061 10 A 0.036 0.043 0.057 0.106 0.107 0.123 0.170 0.114 0.106 0.082 0.054 11 K 0.270 0.191 0.135 0.218 0.103 0.033 0.024 0.011 0.008 0.005 0.002 12 P 0.122 0.075 0.034 0.096 0.087 0.116 0.157 0.108 0.095 0.066 0.045 13 P 0.198 0.141 0.039 0.127 0.115 0.090 0.106 0.065 0.053 0.041 0.025 14 G 0.346 0.159 0.061 0.114 0.079 0.067 0.071 0.042 0.031 0.019 0.011 15 T 0.212 0.162 0.084 0.143 0.114 0.084 0.080 0.048 0.036 0.025 0.013 16 P 0.186 0.119 0.039 0.104 0.098 0.091 0.129 0.091 0.066 0.046 0.031 17 P 0.204 0.115 0.044 0.122 0.116 0.120 0.108 0.072 0.049 0.032 0.019 18 S 0.367 0.197 0.089 0.143 0.079 0.048 0.034 0.018 0.013 0.009 0.004 19 L 0.126 0.083 0.040 0.107 0.106 0.112 0.142 0.110 0.083 0.057 0.035 20 G 0.223 0.128 0.047 0.122 0.111 0.093 0.104 0.064 0.051 0.036 0.021 21 A 0.220 0.175 0.081 0.173 0.116 0.078 0.065 0.035 0.028 0.019 0.010 22 S 0.203 0.107 0.060 0.119 0.102 0.098 0.115 0.071 0.062 0.039 0.025 23 P 0.238 0.166 0.048 0.165 0.136 0.075 0.075 0.038 0.028 0.018 0.011 24 A 0.120 0.065 0.035 0.092 0.084 0.104 0.137 0.110 0.111 0.080 0.061 25 K 0.265 0.208 0.072 0.188 0.117 0.058 0.044 0.020 0.014 0.009 0.004 26 P 0.086 0.051 0.029 0.071 0.066 0.084 0.141 0.141 0.136 0.112 0.083 27 P 0.265 0.159 0.051 0.151 0.121 0.087 0.071 0.038 0.029 0.019 0.010 28 S 0.206 0.127 0.054 0.118 0.087 0.082 0.105 0.069 0.064 0.052 0.035 29 P 0.163 0.089 0.037 0.096 0.097 0.102 0.125 0.099 0.085 0.062 0.045 30 G 0.402 0.197 0.047 0.115 0.081 0.049 0.044 0.025 0.019 0.013 0.008 31 A 0.182 0.091 0.040 0.118 0.112 0.105 0.111 0.080 0.071 0.052 0.038 32 P 0.309 0.164 0.049 0.131 0.108 0.071 0.068 0.038 0.031 0.019 0.012 33 A 0.153 0.102 0.044 0.125 0.109 0.099 0.122 0.088 0.075 0.052 0.032 34 L 0.099 0.060 0.038 0.108 0.107 0.123 0.147 0.106 0.094 0.073 0.046 35 H 0.129 0.106 0.061 0.159 0.120 0.112 0.121 0.067 0.061 0.040 0.023 36 V 0.100 0.096 0.050 0.126 0.121 0.110 0.140 0.097 0.079 0.051 0.029 37 P 0.075 0.053 0.034 0.084 0.085 0.089 0.149 0.116 0.120 0.108 0.086 38 A 0.065 0.050 0.034 0.098 0.099 0.129 0.157 0.114 0.108 0.081 0.063 39 K 0.267 0.266 0.105 0.172 0.090 0.037 0.028 0.014 0.010 0.007 0.003 40 P 0.107 0.069 0.032 0.103 0.104 0.101 0.148 0.125 0.095 0.068 0.048 41 P 0.053 0.042 0.024 0.071 0.086 0.120 0.160 0.126 0.130 0.111 0.077 42 R 0.144 0.163 0.116 0.250 0.137 0.082 0.056 0.023 0.016 0.010 0.004 43 A 0.033 0.034 0.049 0.086 0.086 0.113 0.175 0.142 0.129 0.091 0.062 44 A 0.021 0.027 0.030 0.065 0.071 0.071 0.139 0.142 0.168 0.151 0.115 45 A 0.026 0.045 0.071 0.115 0.102 0.127 0.164 0.113 0.103 0.082 0.051 46 A 0.077 0.084 0.162 0.196 0.147 0.104 0.097 0.050 0.039 0.029 0.015 47 A 0.111 0.081 0.068 0.136 0.117 0.119 0.147 0.082 0.066 0.046 0.026 48 A 0.170 0.099 0.054 0.134 0.109 0.101 0.119 0.076 0.063 0.046 0.028 49 A 0.228 0.138 0.080 0.146 0.101 0.082 0.085 0.050 0.042 0.030 0.019 50 A 0.150 0.101 0.071 0.138 0.113 0.103 0.118 0.072 0.063 0.043 0.029 51 A 0.213 0.127 0.062 0.135 0.103 0.085 0.101 0.058 0.052 0.038 0.027 52 A 0.111 0.074 0.044 0.109 0.095 0.107 0.141 0.100 0.095 0.069 0.053 53 A 0.197 0.130 0.060 0.140 0.110 0.090 0.099 0.061 0.052 0.036 0.025 54 P 0.104 0.061 0.036 0.091 0.089 0.103 0.151 0.114 0.106 0.083 0.062 55 P 0.163 0.102 0.048 0.119 0.100 0.103 0.120 0.078 0.075 0.053 0.039 56 A 0.073 0.054 0.033 0.075 0.075 0.092 0.143 0.130 0.127 0.111 0.087 57 P 0.121 0.088 0.042 0.122 0.122 0.112 0.127 0.096 0.073 0.056 0.042 58 P 0.212 0.129 0.047 0.116 0.105 0.087 0.092 0.070 0.060 0.047 0.037 59 E 0.312 0.207 0.049 0.145 0.109 0.057 0.048 0.029 0.022 0.013 0.008 60 G 0.220 0.077 0.029 0.084 0.088 0.077 0.114 0.104 0.092 0.069 0.047 61 A 0.085 0.075 0.039 0.116 0.121 0.112 0.140 0.104 0.097 0.071 0.040 62 S 0.148 0.124 0.062 0.129 0.103 0.093 0.124 0.079 0.068 0.045 0.026 63 P 0.150 0.133 0.051 0.107 0.105 0.097 0.125 0.088 0.067 0.050 0.027 64 G 0.267 0.152 0.043 0.118 0.114 0.090 0.089 0.054 0.037 0.025 0.012 65 D 0.382 0.138 0.061 0.119 0.096 0.064 0.061 0.035 0.023 0.015 0.007 66 S 0.286 0.160 0.099 0.167 0.110 0.066 0.056 0.029 0.015 0.009 0.004 67 A 0.040 0.046 0.048 0.078 0.077 0.112 0.220 0.135 0.119 0.087 0.040 68 R 0.020 0.026 0.059 0.110 0.130 0.192 0.215 0.120 0.072 0.038 0.016 69 Q 0.121 0.062 0.409 0.187 0.087 0.061 0.041 0.015 0.009 0.006 0.002 70 K 0.025 0.045 0.171 0.190 0.174 0.160 0.145 0.045 0.026 0.014 0.005 71 L 0.006 0.008 0.021 0.017 0.029 0.062 0.177 0.241 0.190 0.147 0.101 72 E 0.128 0.070 0.446 0.163 0.095 0.038 0.030 0.014 0.008 0.007 0.002 73 E 0.052 0.053 0.399 0.169 0.122 0.086 0.068 0.025 0.015 0.009 0.003 74 T 0.038 0.050 0.089 0.080 0.094 0.123 0.222 0.096 0.107 0.070 0.031 75 S 0.029 0.022 0.043 0.060 0.097 0.160 0.267 0.132 0.104 0.058 0.028 76 A 0.070 0.078 0.399 0.178 0.108 0.059 0.054 0.028 0.015 0.009 0.003 77 C 0.003 0.011 0.049 0.040 0.043 0.095 0.243 0.158 0.167 0.123 0.067 78 L 0.001 0.002 0.011 0.010 0.012 0.027 0.118 0.128 0.239 0.209 0.242 79 A 0.020 0.020 0.215 0.216 0.204 0.146 0.102 0.034 0.022 0.015 0.005 80 A 0.006 0.023 0.192 0.203 0.206 0.176 0.134 0.036 0.015 0.006 0.002 81 A 0.001 0.003 0.010 0.007 0.007 0.016 0.084 0.129 0.245 0.272 0.226 82 L 0.003 0.004 0.018 0.021 0.030 0.099 0.262 0.189 0.178 0.124 0.073 83 Q 0.024 0.033 0.659 0.189 0.064 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 84 A 0.002 0.007 0.035 0.027 0.036 0.123 0.280 0.209 0.131 0.104 0.047 85 V 0.007 0.031 0.045 0.035 0.032 0.043 0.157 0.154 0.184 0.226 0.087 86 E 0.029 0.060 0.180 0.167 0.146 0.173 0.149 0.057 0.022 0.013 0.004 87 E 0.339 0.048 0.465 0.090 0.029 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 88 K 0.097 0.138 0.122 0.223 0.166 0.103 0.104 0.024 0.014 0.007 0.002 89 I 0.002 0.004 0.006 0.008 0.010 0.040 0.133 0.159 0.240 0.199 0.200 90 R 0.064 0.140 0.475 0.180 0.084 0.029 0.017 0.005 0.002 0.002 0.001 91 Q 0.072 0.102 0.475 0.173 0.092 0.046 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 92 E 0.433 0.127 0.147 0.104 0.073 0.043 0.042 0.014 0.008 0.005 0.002 93 D 0.180 0.176 0.102 0.149 0.114 0.100 0.115 0.033 0.018 0.008 0.003 94 A 0.019 0.042 0.126 0.118 0.133 0.151 0.174 0.102 0.073 0.040 0.023 95 Q 0.358 0.152 0.291 0.117 0.045 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 96 G 0.215 0.139 0.163 0.167 0.112 0.086 0.070 0.026 0.012 0.006 0.002 97 P 0.051 0.059 0.040 0.066 0.071 0.112 0.195 0.118 0.129 0.097 0.061 98 R 0.076 0.138 0.087 0.149 0.145 0.147 0.155 0.055 0.029 0.013 0.006 99 D 0.301 0.134 0.254 0.124 0.067 0.042 0.037 0.021 0.011 0.007 0.003 100 S 0.327 0.165 0.125 0.134 0.082 0.062 0.057 0.023 0.013 0.009 0.004 101 A 0.106 0.112 0.056 0.124 0.105 0.117 0.166 0.091 0.061 0.038 0.023 102 A 0.124 0.108 0.110 0.171 0.144 0.126 0.107 0.050 0.031 0.019 0.010 103 E 0.139 0.083 0.230 0.224 0.152 0.087 0.052 0.017 0.009 0.006 0.002 104 K 0.089 0.078 0.161 0.223 0.189 0.109 0.090 0.032 0.017 0.009 0.004 105 S 0.017 0.030 0.037 0.046 0.048 0.079 0.169 0.162 0.167 0.134 0.111 106 T 0.015 0.025 0.053 0.075 0.083 0.132 0.201 0.146 0.117 0.091 0.062 107 G 0.302 0.137 0.255 0.156 0.064 0.032 0.024 0.011 0.009 0.007 0.003 108 S 0.056 0.057 0.058 0.147 0.152 0.173 0.176 0.076 0.058 0.031 0.017 109 I 0.022 0.014 0.012 0.023 0.028 0.037 0.099 0.127 0.214 0.189 0.235 110 L 0.010 0.014 0.019 0.032 0.050 0.077 0.153 0.146 0.192 0.158 0.148 111 D 0.023 0.057 0.142 0.114 0.125 0.092 0.119 0.094 0.105 0.081 0.049 112 D 0.009 0.011 0.018 0.024 0.040 0.056 0.168 0.188 0.206 0.155 0.124 113 I 0.018 0.015 0.020 0.028 0.037 0.046 0.113 0.156 0.198 0.204 0.166 114 G 0.029 0.024 0.031 0.049 0.077 0.079 0.142 0.160 0.159 0.141 0.111 115 S 0.028 0.034 0.051 0.074 0.106 0.099 0.155 0.151 0.136 0.105 0.061 116 M 0.036 0.034 0.055 0.076 0.095 0.101 0.165 0.137 0.132 0.109 0.059 117 F 0.048 0.027 0.047 0.054 0.070 0.079 0.142 0.135 0.156 0.140 0.102 118 D 0.053 0.043 0.073 0.096 0.124 0.134 0.147 0.105 0.098 0.082 0.044 119 D 0.048 0.053 0.115 0.122 0.132 0.117 0.140 0.094 0.086 0.065 0.028 120 L 0.019 0.016 0.045 0.033 0.038 0.058 0.146 0.141 0.194 0.184 0.126 121 A 0.026 0.024 0.072 0.079 0.090 0.114 0.163 0.116 0.134 0.117 0.066 122 D 0.031 0.040 0.207 0.156 0.165 0.106 0.135 0.071 0.048 0.029 0.011 123 Q 0.013 0.026 0.091 0.088 0.097 0.131 0.232 0.120 0.104 0.064 0.033 124 L 0.008 0.006 0.032 0.020 0.019 0.038 0.119 0.112 0.229 0.230 0.187 125 D 0.021 0.028 0.171 0.221 0.285 0.087 0.096 0.043 0.029 0.014 0.006 126 A 0.012 0.028 0.139 0.079 0.087 0.134 0.199 0.112 0.109 0.066 0.033 127 M 0.061 0.058 0.129 0.113 0.098 0.099 0.179 0.090 0.082 0.062 0.029 128 L 0.042 0.031 0.053 0.050 0.056 0.081 0.182 0.179 0.160 0.103 0.063 129 E 0.138 0.134 0.205 0.189 0.138 0.068 0.051 0.032 0.023 0.017 0.007