# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.4224 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 A 0.011 0.002 0.015 0.021 0.063 0.079 0.002 0.806 3 R 0.104 0.004 0.009 0.007 0.013 0.054 0.011 0.800 4 Q 0.231 0.013 0.020 0.014 0.026 0.074 0.011 0.612 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 7 A 0.028 0.005 0.014 0.023 0.051 0.099 0.004 0.777 8 A 0.560 0.011 0.013 0.009 0.014 0.050 0.008 0.334 9 L 0.419 0.078 0.053 0.045 0.051 0.054 0.007 0.294 10 A 0.249 0.085 0.079 0.043 0.074 0.080 0.014 0.375 11 K 0.128 0.058 0.073 0.038 0.061 0.057 0.027 0.557 12 P 0.010 0.004 0.005 0.006 0.006 0.016 0.002 0.952 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 14 G 0.051 0.006 0.017 0.021 0.055 0.124 0.022 0.703 15 T 0.511 0.005 0.024 0.013 0.018 0.056 0.014 0.358 16 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 18 S 0.038 0.002 0.018 0.019 0.037 0.128 0.003 0.754 19 L 0.297 0.007 0.013 0.014 0.026 0.072 0.006 0.565 20 G 0.242 0.035 0.029 0.040 0.056 0.089 0.008 0.501 21 A 0.230 0.022 0.039 0.018 0.040 0.099 0.015 0.537 22 S 0.114 0.021 0.033 0.058 0.049 0.087 0.008 0.630 23 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 24 A 0.025 0.005 0.020 0.034 0.118 0.197 0.009 0.592 25 K 0.263 0.005 0.016 0.014 0.019 0.066 0.017 0.601 26 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 28 S 0.064 0.002 0.024 0.030 0.050 0.122 0.003 0.704 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 30 G 0.044 0.003 0.019 0.025 0.074 0.179 0.005 0.651 31 A 0.469 0.003 0.035 0.019 0.023 0.066 0.005 0.380 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 33 A 0.018 0.002 0.019 0.024 0.056 0.082 0.003 0.796 34 L 0.192 0.010 0.070 0.049 0.067 0.092 0.012 0.507 35 H 0.142 0.019 0.046 0.054 0.109 0.077 0.018 0.535 36 V 0.108 0.010 0.086 0.077 0.074 0.057 0.005 0.582 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 38 A 0.019 0.004 0.036 0.037 0.124 0.102 0.006 0.672 39 K 0.095 0.009 0.026 0.020 0.028 0.078 0.012 0.731 40 P 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.001 0.981 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 42 R 0.022 0.008 0.020 0.021 0.044 0.191 0.003 0.692 43 A 0.180 0.070 0.021 0.014 0.026 0.111 0.006 0.572 44 A 0.157 0.397 0.027 0.026 0.061 0.058 0.005 0.268 45 A 0.119 0.489 0.023 0.020 0.031 0.052 0.007 0.259 46 A 0.146 0.491 0.025 0.015 0.024 0.046 0.020 0.232 47 A 0.197 0.447 0.017 0.012 0.018 0.028 0.030 0.250 48 A 0.199 0.394 0.027 0.016 0.026 0.042 0.040 0.256 49 A 0.105 0.240 0.031 0.014 0.020 0.054 0.031 0.505 50 A 0.174 0.200 0.040 0.018 0.021 0.060 0.034 0.452 51 A 0.194 0.138 0.057 0.023 0.022 0.071 0.040 0.455 52 A 0.197 0.094 0.091 0.023 0.036 0.072 0.047 0.441 53 A 0.104 0.058 0.090 0.031 0.042 0.067 0.020 0.588 54 P 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.004 0.001 0.985 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 A 0.073 0.004 0.057 0.047 0.091 0.065 0.011 0.653 57 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 59 E 0.045 0.002 0.020 0.021 0.036 0.102 0.003 0.772 60 G 0.507 0.003 0.016 0.008 0.011 0.037 0.011 0.408 61 A 0.376 0.013 0.066 0.025 0.035 0.075 0.009 0.401 62 S 0.057 0.008 0.024 0.025 0.036 0.113 0.003 0.733 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 64 G 0.012 0.006 0.009 0.011 0.036 0.258 0.004 0.664 65 D 0.218 0.017 0.008 0.006 0.009 0.161 0.009 0.572 66 S 0.084 0.119 0.010 0.011 0.017 0.112 0.004 0.644 67 A 0.103 0.247 0.015 0.020 0.065 0.197 0.006 0.348 68 R 0.075 0.517 0.017 0.022 0.042 0.103 0.008 0.217 69 Q 0.036 0.828 0.007 0.017 0.017 0.022 0.007 0.068 70 K 0.062 0.766 0.010 0.010 0.014 0.013 0.012 0.112 71 L 0.057 0.778 0.015 0.015 0.023 0.012 0.010 0.090 72 E 0.049 0.579 0.024 0.016 0.027 0.055 0.020 0.232 73 E 0.094 0.549 0.018 0.009 0.012 0.049 0.020 0.249 74 T 0.087 0.684 0.022 0.007 0.008 0.029 0.015 0.148 75 S 0.034 0.569 0.028 0.011 0.011 0.033 0.013 0.301 76 A 0.029 0.564 0.034 0.013 0.017 0.069 0.008 0.265 77 C 0.043 0.604 0.013 0.008 0.014 0.150 0.008 0.162 78 L 0.054 0.788 0.006 0.003 0.011 0.033 0.005 0.101 79 A 0.012 0.874 0.002 0.001 0.002 0.014 0.002 0.092 80 A 0.020 0.861 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 0.083 81 A 0.021 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 82 L 0.013 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.023 83 Q 0.018 0.935 0.004 0.002 0.002 0.003 0.005 0.030 84 A 0.010 0.954 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.024 85 V 0.015 0.916 0.004 0.003 0.006 0.007 0.005 0.044 86 E 0.010 0.926 0.007 0.002 0.004 0.006 0.003 0.042 87 E 0.009 0.945 0.004 0.002 0.001 0.004 0.005 0.029 88 K 0.083 0.783 0.009 0.003 0.002 0.007 0.032 0.082 89 I 0.058 0.828 0.021 0.007 0.005 0.007 0.012 0.063 90 R 0.060 0.489 0.044 0.017 0.028 0.091 0.025 0.247 91 Q 0.119 0.347 0.031 0.013 0.028 0.049 0.018 0.394 92 E 0.084 0.357 0.024 0.010 0.015 0.091 0.016 0.404 93 D 0.069 0.219 0.014 0.007 0.007 0.088 0.025 0.571 94 A 0.256 0.247 0.029 0.010 0.014 0.040 0.030 0.374 95 Q 0.167 0.163 0.038 0.015 0.026 0.144 0.044 0.402 96 G 0.204 0.056 0.021 0.015 0.021 0.089 0.019 0.575 97 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 98 R 0.015 0.007 0.010 0.009 0.021 0.167 0.004 0.766 99 D 0.131 0.017 0.012 0.007 0.011 0.116 0.008 0.698 100 S 0.057 0.043 0.008 0.007 0.016 0.074 0.003 0.791 101 A 0.075 0.069 0.012 0.011 0.028 0.241 0.004 0.560 102 A 0.107 0.162 0.012 0.011 0.019 0.277 0.009 0.403 103 E 0.154 0.529 0.017 0.017 0.025 0.075 0.010 0.174 104 K 0.078 0.686 0.021 0.019 0.021 0.024 0.010 0.140 105 S 0.042 0.619 0.044 0.023 0.036 0.038 0.014 0.183 106 T 0.093 0.459 0.050 0.029 0.052 0.039 0.026 0.253 107 G 0.168 0.282 0.054 0.018 0.030 0.136 0.036 0.275 108 S 0.286 0.143 0.057 0.012 0.018 0.257 0.032 0.194 109 I 0.059 0.587 0.073 0.012 0.015 0.070 0.009 0.176 110 L 0.066 0.394 0.112 0.015 0.043 0.134 0.016 0.219 111 D 0.080 0.349 0.056 0.011 0.021 0.170 0.015 0.298 112 D 0.207 0.331 0.023 0.005 0.010 0.118 0.022 0.285 113 I 0.089 0.671 0.046 0.004 0.007 0.059 0.012 0.112 114 G 0.055 0.604 0.021 0.003 0.006 0.163 0.022 0.126 115 S 0.109 0.668 0.028 0.002 0.003 0.090 0.014 0.086 116 M 0.069 0.830 0.022 0.001 0.001 0.023 0.008 0.046 117 F 0.109 0.670 0.041 0.002 0.003 0.073 0.023 0.079 118 D 0.035 0.844 0.035 0.002 0.003 0.020 0.007 0.054 119 D 0.027 0.868 0.013 0.001 0.003 0.028 0.006 0.055 120 L 0.049 0.653 0.012 0.001 0.004 0.231 0.011 0.040 121 A 0.067 0.819 0.002 0.001 0.001 0.059 0.006 0.046 122 D 0.038 0.920 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.021 123 Q 0.060 0.912 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.014 124 L 0.039 0.927 0.005 0.001 0.001 0.002 0.008 0.016 125 D 0.033 0.897 0.020 0.003 0.005 0.005 0.013 0.024 126 A 0.077 0.856 0.018 0.003 0.005 0.007 0.015 0.020 127 M 0.135 0.753 0.042 0.005 0.007 0.009 0.024 0.025 128 L 0.248 0.418 0.111 0.014 0.013 0.030 0.065 0.100 129 E 0.196 0.243 0.149 0.015 0.019 0.062 0.044 0.272