# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.4224 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.096 0.150 0.081 0.038 0.154 0.020 0.030 0.098 0.152 0.113 0.067 2 A 0.052 0.167 0.066 0.021 0.128 0.028 0.080 0.147 0.184 0.093 0.033 3 R 0.078 0.121 0.067 0.020 0.133 0.018 0.063 0.087 0.097 0.249 0.066 4 Q 0.042 0.353 0.304 0.020 0.145 0.010 0.014 0.018 0.026 0.052 0.017 5 P 0.049 0.397 0.329 0.010 0.150 0.006 0.007 0.019 0.014 0.008 0.010 6 P 0.035 0.130 0.034 0.007 0.067 0.017 0.065 0.249 0.344 0.037 0.015 7 A 0.039 0.070 0.022 0.007 0.069 0.016 0.066 0.252 0.299 0.131 0.029 8 A 0.077 0.084 0.021 0.006 0.126 0.010 0.037 0.222 0.212 0.158 0.045 9 L 0.073 0.110 0.034 0.010 0.167 0.016 0.067 0.184 0.137 0.160 0.042 10 A 0.073 0.206 0.104 0.019 0.174 0.017 0.039 0.063 0.077 0.186 0.042 11 K 0.029 0.392 0.362 0.015 0.122 0.006 0.009 0.015 0.018 0.020 0.012 12 P 0.039 0.367 0.287 0.017 0.108 0.012 0.029 0.050 0.064 0.014 0.011 13 P 0.029 0.126 0.042 0.020 0.053 0.026 0.206 0.165 0.223 0.085 0.026 14 G 0.037 0.062 0.047 0.039 0.048 0.017 0.045 0.054 0.085 0.484 0.083 15 T 0.030 0.336 0.299 0.044 0.107 0.014 0.014 0.032 0.033 0.065 0.026 16 P 0.094 0.293 0.157 0.021 0.218 0.012 0.018 0.049 0.049 0.050 0.039 17 P 0.071 0.199 0.090 0.019 0.140 0.025 0.058 0.150 0.144 0.067 0.036 18 S 0.132 0.165 0.099 0.024 0.192 0.021 0.052 0.121 0.071 0.069 0.054 19 L 0.066 0.160 0.088 0.058 0.104 0.067 0.089 0.119 0.108 0.097 0.043 20 G 0.074 0.105 0.096 0.117 0.095 0.056 0.061 0.080 0.063 0.192 0.061 21 A 0.092 0.133 0.078 0.048 0.166 0.020 0.025 0.061 0.081 0.216 0.079 22 S 0.079 0.302 0.188 0.034 0.215 0.022 0.022 0.042 0.042 0.030 0.024 23 P 0.126 0.181 0.055 0.023 0.215 0.023 0.056 0.090 0.089 0.073 0.068 24 A 0.100 0.138 0.072 0.035 0.147 0.022 0.055 0.062 0.105 0.181 0.083 25 K 0.044 0.319 0.302 0.043 0.126 0.027 0.022 0.028 0.030 0.036 0.023 26 P 0.102 0.376 0.139 0.015 0.238 0.008 0.015 0.023 0.028 0.028 0.028 27 P 0.091 0.178 0.090 0.024 0.140 0.027 0.057 0.073 0.119 0.128 0.073 28 S 0.071 0.270 0.283 0.042 0.152 0.025 0.041 0.039 0.029 0.026 0.022 29 P 0.052 0.138 0.083 0.087 0.076 0.066 0.143 0.096 0.112 0.104 0.044 30 G 0.050 0.089 0.131 0.212 0.063 0.040 0.037 0.032 0.048 0.234 0.063 31 A 0.046 0.312 0.234 0.068 0.140 0.020 0.016 0.036 0.045 0.056 0.026 32 P 0.111 0.262 0.095 0.020 0.254 0.013 0.024 0.053 0.069 0.049 0.051 33 A 0.160 0.158 0.056 0.016 0.225 0.023 0.043 0.084 0.096 0.070 0.069 34 L 0.109 0.214 0.074 0.021 0.205 0.034 0.076 0.081 0.063 0.078 0.046 35 H 0.137 0.189 0.111 0.030 0.198 0.020 0.022 0.039 0.060 0.118 0.076 36 V 0.049 0.344 0.218 0.037 0.154 0.025 0.027 0.052 0.051 0.025 0.017 37 P 0.133 0.181 0.080 0.024 0.186 0.017 0.060 0.086 0.069 0.092 0.073 38 A 0.092 0.185 0.079 0.039 0.140 0.026 0.063 0.070 0.073 0.157 0.076 39 K 0.029 0.258 0.331 0.108 0.081 0.037 0.029 0.039 0.027 0.042 0.018 40 P 0.046 0.226 0.205 0.079 0.084 0.026 0.029 0.120 0.092 0.062 0.031 41 P 0.061 0.116 0.049 0.018 0.108 0.018 0.032 0.272 0.192 0.097 0.037 42 R 0.047 0.089 0.031 0.007 0.088 0.016 0.037 0.390 0.189 0.078 0.027 43 A 0.090 0.092 0.025 0.005 0.146 0.010 0.032 0.361 0.126 0.078 0.035 44 A 0.093 0.088 0.025 0.009 0.143 0.017 0.040 0.342 0.129 0.076 0.038 45 A 0.066 0.088 0.040 0.016 0.116 0.025 0.046 0.340 0.136 0.094 0.032 46 A 0.062 0.132 0.059 0.015 0.141 0.015 0.042 0.313 0.117 0.079 0.025 47 A 0.059 0.118 0.055 0.014 0.118 0.018 0.053 0.282 0.150 0.106 0.029 48 A 0.061 0.195 0.085 0.014 0.135 0.017 0.042 0.227 0.119 0.078 0.026 49 A 0.065 0.125 0.041 0.010 0.120 0.014 0.036 0.273 0.197 0.087 0.033 50 A 0.042 0.102 0.041 0.012 0.086 0.023 0.066 0.290 0.228 0.086 0.024 51 A 0.074 0.115 0.048 0.013 0.121 0.022 0.086 0.211 0.127 0.141 0.042 52 A 0.080 0.155 0.071 0.020 0.137 0.017 0.046 0.095 0.108 0.205 0.066 53 A 0.052 0.285 0.220 0.048 0.126 0.024 0.027 0.052 0.076 0.060 0.029 54 P 0.045 0.276 0.149 0.046 0.131 0.026 0.058 0.064 0.110 0.068 0.027 55 P 0.092 0.141 0.071 0.022 0.167 0.011 0.049 0.063 0.106 0.202 0.077 56 A 0.054 0.390 0.189 0.015 0.196 0.010 0.022 0.020 0.030 0.054 0.020 57 P 0.045 0.376 0.386 0.009 0.143 0.004 0.005 0.008 0.006 0.007 0.010 58 P 0.029 0.079 0.062 0.023 0.037 0.032 0.103 0.241 0.351 0.026 0.017 59 E 0.013 0.045 0.036 0.053 0.020 0.055 0.221 0.174 0.189 0.172 0.023 60 G 0.045 0.070 0.053 0.052 0.060 0.015 0.020 0.053 0.053 0.481 0.097 61 A 0.059 0.227 0.134 0.036 0.160 0.019 0.026 0.043 0.043 0.198 0.055 62 S 0.065 0.263 0.390 0.039 0.137 0.016 0.012 0.021 0.013 0.020 0.026 63 P 0.032 0.098 0.068 0.077 0.047 0.056 0.093 0.240 0.209 0.051 0.029 64 G 0.022 0.068 0.062 0.070 0.032 0.041 0.056 0.208 0.146 0.268 0.027 65 D 0.042 0.087 0.062 0.017 0.075 0.014 0.020 0.321 0.140 0.174 0.048 66 S 0.030 0.070 0.027 0.005 0.054 0.009 0.023 0.548 0.144 0.070 0.020 67 A 0.031 0.066 0.021 0.006 0.050 0.009 0.022 0.569 0.140 0.068 0.018 68 R 0.037 0.033 0.009 0.004 0.056 0.005 0.010 0.668 0.133 0.030 0.014 69 Q 0.018 0.033 0.010 0.002 0.045 0.005 0.017 0.755 0.096 0.014 0.005 70 K 0.031 0.026 0.007 0.002 0.035 0.004 0.029 0.760 0.070 0.024 0.011 71 L 0.028 0.026 0.007 0.005 0.039 0.006 0.021 0.671 0.155 0.031 0.012 72 E 0.009 0.026 0.012 0.005 0.018 0.011 0.035 0.756 0.102 0.019 0.007 73 E 0.015 0.025 0.010 0.002 0.024 0.004 0.036 0.688 0.115 0.068 0.013 74 T 0.027 0.095 0.037 0.006 0.050 0.011 0.026 0.545 0.117 0.068 0.018 75 S 0.023 0.033 0.011 0.003 0.030 0.005 0.010 0.716 0.113 0.042 0.016 76 A 0.006 0.010 0.003 0.001 0.009 0.003 0.013 0.854 0.083 0.014 0.004 77 C 0.009 0.018 0.004 0.001 0.011 0.002 0.009 0.873 0.047 0.021 0.006 78 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.877 0.109 0.005 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.922 0.074 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.955 0.035 0.005 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.045 0.012 0.001 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.079 0.002 0.001 83 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.947 0.044 0.002 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.927 0.044 0.006 0.001 85 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.851 0.114 0.011 0.002 86 E 0.005 0.005 0.001 0.001 0.008 0.002 0.010 0.820 0.136 0.009 0.004 87 E 0.008 0.078 0.023 0.002 0.029 0.007 0.089 0.653 0.094 0.014 0.004 88 K 0.083 0.042 0.018 0.005 0.076 0.008 0.072 0.430 0.070 0.116 0.080 89 I 0.079 0.182 0.038 0.010 0.169 0.012 0.025 0.243 0.113 0.085 0.044 90 R 0.085 0.183 0.087 0.020 0.154 0.023 0.046 0.239 0.059 0.054 0.051 91 Q 0.055 0.093 0.044 0.012 0.097 0.015 0.042 0.379 0.183 0.056 0.025 92 E 0.036 0.127 0.048 0.018 0.092 0.040 0.094 0.337 0.131 0.057 0.021 93 D 0.090 0.057 0.036 0.013 0.091 0.014 0.038 0.215 0.110 0.249 0.086 94 A 0.088 0.102 0.049 0.018 0.138 0.018 0.048 0.249 0.121 0.114 0.054 95 Q 0.035 0.150 0.098 0.088 0.073 0.073 0.098 0.131 0.091 0.136 0.028 96 G 0.052 0.134 0.190 0.168 0.085 0.034 0.030 0.075 0.050 0.133 0.049 97 P 0.099 0.175 0.095 0.031 0.205 0.014 0.021 0.129 0.082 0.101 0.047 98 R 0.051 0.133 0.053 0.016 0.104 0.027 0.052 0.277 0.178 0.088 0.023 99 D 0.058 0.115 0.083 0.017 0.115 0.019 0.041 0.304 0.134 0.085 0.027 100 S 0.039 0.068 0.029 0.009 0.065 0.013 0.040 0.448 0.180 0.084 0.023 101 A 0.051 0.069 0.028 0.011 0.075 0.015 0.039 0.403 0.159 0.113 0.036 102 A 0.064 0.119 0.044 0.012 0.124 0.016 0.031 0.335 0.118 0.098 0.039 103 E 0.092 0.152 0.041 0.008 0.215 0.014 0.037 0.267 0.080 0.063 0.030 104 K 0.087 0.123 0.056 0.013 0.132 0.029 0.068 0.257 0.089 0.102 0.044 105 S 0.102 0.133 0.110 0.031 0.163 0.027 0.044 0.208 0.055 0.080 0.045 106 T 0.029 0.088 0.036 0.036 0.051 0.034 0.056 0.391 0.176 0.083 0.020 107 G 0.026 0.045 0.035 0.042 0.036 0.031 0.038 0.344 0.125 0.243 0.034 108 S 0.049 0.091 0.043 0.010 0.118 0.008 0.022 0.409 0.109 0.110 0.031 109 I 0.057 0.048 0.016 0.005 0.064 0.008 0.025 0.549 0.136 0.064 0.027 110 L 0.029 0.045 0.017 0.014 0.051 0.020 0.031 0.536 0.186 0.055 0.015 111 D 0.021 0.037 0.030 0.021 0.031 0.032 0.066 0.564 0.122 0.062 0.014 112 D 0.045 0.035 0.026 0.011 0.057 0.010 0.040 0.461 0.119 0.162 0.033 113 I 0.046 0.060 0.024 0.016 0.070 0.018 0.047 0.421 0.152 0.117 0.029 114 G 0.030 0.071 0.044 0.038 0.048 0.036 0.053 0.413 0.117 0.123 0.027 115 S 0.036 0.073 0.049 0.015 0.069 0.012 0.032 0.446 0.118 0.120 0.030 116 M 0.029 0.036 0.016 0.005 0.041 0.007 0.022 0.618 0.131 0.072 0.023 117 F 0.020 0.057 0.018 0.006 0.040 0.008 0.015 0.650 0.122 0.053 0.013 118 D 0.009 0.016 0.008 0.004 0.014 0.007 0.015 0.792 0.099 0.031 0.007 119 D 0.003 0.008 0.004 0.001 0.006 0.001 0.006 0.885 0.071 0.013 0.003 120 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.926 0.058 0.008 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.045 0.002 0.001 122 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.034 0.002 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.021 0.002 0.001 124 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.034 0.001 0.001 125 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.042 0.002 0.001 126 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.936 0.049 0.003 0.001 127 M 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.023 0.876 0.071 0.011 0.002 128 L 0.015 0.023 0.006 0.002 0.025 0.005 0.033 0.713 0.135 0.033 0.009 129 E 0.031 0.057 0.030 0.007 0.053 0.013 0.072 0.547 0.117 0.052 0.021