# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.4224 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.642 0.242 0.074 0.029 0.011 0.001 0.001 2 A 0.723 0.220 0.042 0.012 0.003 0.001 0.001 3 R 0.681 0.221 0.076 0.019 0.003 0.001 0.001 4 Q 0.508 0.233 0.174 0.073 0.011 0.001 0.001 5 P 0.770 0.185 0.034 0.009 0.002 0.001 0.001 6 P 0.630 0.256 0.078 0.030 0.006 0.001 0.001 7 A 0.497 0.318 0.122 0.048 0.013 0.002 0.001 8 A 0.204 0.233 0.230 0.207 0.099 0.025 0.001 9 L 0.139 0.187 0.232 0.219 0.161 0.058 0.005 10 A 0.126 0.166 0.233 0.238 0.166 0.066 0.006 11 K 0.238 0.303 0.232 0.140 0.065 0.021 0.002 12 P 0.213 0.205 0.188 0.195 0.139 0.054 0.006 13 P 0.261 0.214 0.190 0.173 0.112 0.046 0.005 14 G 0.381 0.267 0.183 0.108 0.043 0.016 0.002 15 T 0.424 0.256 0.160 0.102 0.041 0.015 0.002 16 P 0.394 0.226 0.153 0.127 0.071 0.026 0.003 17 P 0.432 0.234 0.157 0.106 0.051 0.018 0.002 18 S 0.531 0.268 0.112 0.056 0.023 0.008 0.001 19 L 0.299 0.229 0.196 0.160 0.083 0.030 0.003 20 G 0.260 0.200 0.187 0.178 0.120 0.050 0.005 21 A 0.343 0.264 0.180 0.121 0.061 0.027 0.003 22 S 0.308 0.217 0.187 0.156 0.089 0.039 0.004 23 P 0.379 0.259 0.159 0.115 0.059 0.026 0.004 24 A 0.287 0.187 0.193 0.174 0.105 0.047 0.007 25 K 0.365 0.275 0.171 0.110 0.051 0.024 0.004 26 P 0.257 0.173 0.171 0.186 0.133 0.070 0.011 27 P 0.344 0.257 0.166 0.126 0.068 0.033 0.005 28 S 0.317 0.231 0.169 0.138 0.087 0.049 0.008 29 P 0.258 0.170 0.159 0.179 0.139 0.078 0.016 30 G 0.329 0.262 0.169 0.119 0.073 0.040 0.008 31 A 0.272 0.205 0.186 0.168 0.100 0.055 0.013 32 P 0.347 0.240 0.162 0.124 0.076 0.042 0.010 33 A 0.198 0.179 0.164 0.179 0.145 0.104 0.031 34 L 0.118 0.123 0.148 0.199 0.207 0.161 0.044 35 H 0.151 0.195 0.182 0.191 0.153 0.104 0.023 36 V 0.125 0.154 0.170 0.194 0.187 0.135 0.035 37 P 0.098 0.118 0.122 0.188 0.210 0.201 0.063 38 A 0.110 0.131 0.192 0.232 0.188 0.119 0.030 39 K 0.176 0.246 0.245 0.185 0.089 0.049 0.011 40 P 0.130 0.161 0.153 0.198 0.189 0.132 0.037 41 P 0.083 0.097 0.141 0.223 0.236 0.176 0.043 42 R 0.149 0.235 0.249 0.200 0.092 0.060 0.013 43 A 0.085 0.105 0.143 0.209 0.234 0.177 0.047 44 A 0.069 0.079 0.087 0.161 0.238 0.276 0.090 45 A 0.094 0.131 0.162 0.209 0.200 0.160 0.045 46 A 0.165 0.210 0.208 0.202 0.120 0.076 0.019 47 A 0.191 0.197 0.195 0.191 0.136 0.074 0.016 48 A 0.211 0.189 0.173 0.184 0.139 0.085 0.019 49 A 0.248 0.217 0.176 0.158 0.116 0.070 0.016 50 A 0.216 0.188 0.181 0.182 0.130 0.083 0.020 51 A 0.247 0.213 0.171 0.159 0.113 0.076 0.022 52 A 0.159 0.160 0.172 0.196 0.162 0.117 0.034 53 A 0.169 0.184 0.163 0.183 0.154 0.114 0.034 54 P 0.111 0.121 0.125 0.179 0.215 0.194 0.055 55 P 0.114 0.144 0.143 0.187 0.191 0.168 0.052 56 A 0.084 0.105 0.139 0.204 0.237 0.183 0.048 57 P 0.131 0.188 0.184 0.208 0.157 0.103 0.028 58 P 0.216 0.204 0.207 0.180 0.113 0.064 0.016 59 E 0.352 0.261 0.179 0.125 0.048 0.027 0.009 60 G 0.234 0.143 0.134 0.180 0.168 0.115 0.025 61 A 0.218 0.189 0.168 0.176 0.132 0.100 0.017 62 S 0.203 0.205 0.190 0.182 0.121 0.085 0.013 63 P 0.267 0.208 0.173 0.169 0.112 0.060 0.010 64 G 0.412 0.244 0.157 0.104 0.056 0.024 0.004 65 D 0.588 0.252 0.097 0.040 0.016 0.006 0.001 66 S 0.369 0.291 0.177 0.106 0.041 0.014 0.002 67 A 0.123 0.159 0.181 0.245 0.196 0.086 0.010 68 R 0.081 0.180 0.253 0.289 0.140 0.055 0.003 69 Q 0.316 0.351 0.169 0.101 0.048 0.014 0.001 70 K 0.105 0.229 0.278 0.248 0.108 0.030 0.002 71 L 0.049 0.057 0.115 0.253 0.350 0.162 0.014 72 E 0.194 0.318 0.245 0.157 0.068 0.017 0.001 73 E 0.294 0.324 0.199 0.116 0.050 0.016 0.002 74 T 0.124 0.174 0.199 0.238 0.167 0.087 0.011 75 S 0.084 0.126 0.184 0.219 0.228 0.141 0.016 76 A 0.107 0.186 0.284 0.245 0.115 0.054 0.010 77 C 0.051 0.077 0.141 0.176 0.265 0.222 0.068 78 L 0.024 0.042 0.059 0.110 0.244 0.389 0.132 79 A 0.145 0.293 0.279 0.177 0.076 0.027 0.004 80 A 0.089 0.251 0.277 0.257 0.090 0.032 0.004 81 A 0.014 0.031 0.066 0.157 0.305 0.372 0.054 82 L 0.016 0.037 0.094 0.240 0.367 0.228 0.018 83 Q 0.190 0.532 0.195 0.055 0.022 0.006 0.001 84 A 0.031 0.086 0.168 0.326 0.273 0.107 0.009 85 V 0.025 0.064 0.140 0.230 0.350 0.181 0.010 86 E 0.162 0.301 0.259 0.193 0.073 0.012 0.001 87 E 0.556 0.384 0.045 0.010 0.004 0.001 0.001 88 K 0.150 0.355 0.307 0.157 0.028 0.003 0.001 89 I 0.046 0.060 0.231 0.352 0.273 0.036 0.001 90 R 0.409 0.416 0.132 0.033 0.009 0.001 0.001 91 Q 0.595 0.313 0.068 0.020 0.004 0.001 0.001 92 E 0.596 0.313 0.064 0.021 0.005 0.001 0.001 93 D 0.482 0.338 0.128 0.043 0.008 0.001 0.001 94 A 0.198 0.167 0.338 0.221 0.070 0.006 0.001 95 Q 0.623 0.294 0.068 0.012 0.002 0.001 0.001 96 G 0.408 0.311 0.183 0.081 0.015 0.002 0.001 97 P 0.304 0.172 0.216 0.200 0.092 0.015 0.001 98 R 0.594 0.263 0.099 0.034 0.008 0.001 0.001 99 D 0.739 0.216 0.034 0.008 0.002 0.001 0.001 100 S 0.501 0.287 0.125 0.064 0.019 0.004 0.001 101 A 0.326 0.224 0.204 0.153 0.072 0.019 0.001 102 A 0.389 0.266 0.192 0.102 0.038 0.012 0.001 103 E 0.464 0.281 0.151 0.070 0.025 0.008 0.001 104 K 0.193 0.231 0.238 0.199 0.100 0.036 0.004 105 S 0.133 0.140 0.164 0.221 0.202 0.122 0.018 106 T 0.138 0.174 0.203 0.222 0.153 0.096 0.013 107 G 0.352 0.279 0.168 0.108 0.058 0.031 0.005 108 S 0.214 0.233 0.198 0.177 0.108 0.056 0.014 109 I 0.071 0.065 0.089 0.156 0.234 0.278 0.107 110 L 0.094 0.097 0.146 0.213 0.214 0.180 0.056 111 D 0.340 0.288 0.156 0.094 0.066 0.043 0.013 112 D 0.186 0.159 0.161 0.195 0.154 0.104 0.042 113 I 0.137 0.089 0.085 0.121 0.189 0.254 0.126 114 G 0.362 0.208 0.128 0.110 0.091 0.069 0.031 115 S 0.457 0.209 0.110 0.088 0.061 0.051 0.025 116 M 0.220 0.137 0.117 0.144 0.153 0.164 0.065 117 F 0.202 0.148 0.128 0.141 0.171 0.151 0.059 118 D 0.412 0.233 0.135 0.101 0.065 0.039 0.015 119 D 0.372 0.220 0.145 0.111 0.079 0.051 0.023 120 L 0.147 0.096 0.111 0.155 0.188 0.210 0.092 121 A 0.211 0.164 0.173 0.163 0.154 0.107 0.029 122 D 0.243 0.265 0.207 0.151 0.077 0.044 0.013 123 Q 0.068 0.052 0.084 0.150 0.215 0.293 0.138 124 L 0.067 0.064 0.088 0.148 0.277 0.281 0.074 125 D 0.408 0.363 0.128 0.054 0.031 0.014 0.002 126 A 0.159 0.194 0.193 0.230 0.139 0.073 0.012 127 M 0.121 0.096 0.137 0.175 0.216 0.218 0.037 128 L 0.269 0.174 0.218 0.210 0.096 0.029 0.003 129 E 0.805 0.171 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001