(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html

Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • T0500
    • gi|55962741|emb|CAI11563.1|_625:772 novel protein similar to human and mouse CASK interacting protein 2 (CASKIN2) [Danio rerio]
                      10                        20              30     
                      |                         |               |     
   1 ...P...ARQ..PPAALAK.....PP...GT.P.....P..SLG..ASP...AKPP.SPGAP.AL
   2 apsP...ARQ..PPAALAK.....PP...GT.P.....P..SLG..ASP...AKPP.SPGAP.AL
   3 apsP...ARQ..PPAALAK.....PP...GT.P.....P..SLG..ASP...AKPP.SPGAP.AL
   4 apsP...ARQ..PPAALAK.....PP...GT.P.....P..SLG..ASP...AKPP.SPGAP.AL
   5 apsP...ARQ..PPAALAK.....PP...GT.P.....P..SLG..ASP...AKPP.SPGAP.AL
   6 apsP...ARQ..PPAALAK.....PP...GT.P.....P..SLG..TSP...VKPP.SPGAP.AL
   7 vpsP...ARQ..PPAALIK.....PA...SS.P.....P..SQS..ASP...VKPP.SPGTP.AL
   8 vpsP...ARQ..PPAALIK.....PA...SS.P.....P..SQS..ASP...VKPP.SPGTP.AL
   9 vpsP...ARQ..PPAALIK.....PA...SS.P.....P..SQS..ASP...VKPP.SPGTP.AL
  10 vpsP...ARQ..PPAALIK.....PA...SS.P.....P..SQS..ASP...VKPP.SPGTP.AL
  11 pgsP...ARQ..PPAALIK.....PA...SS.P.....P..SQS..ASP...VKPP.SPGTP.AL
  12 vpsP...ARQ..PPAALIK.....PA...SS.P.....P..SQS..ASP...AKPP.SPGAP.AL
  13 vpsP...ARQ..PPAALIK.....PA...SS.P.....P..SQS..ASP...AKPP.SPGAP.AL
  14 apsP...ARQ..QPAALAK.....PA...ST.P.....P..ALS..ASPaspARPP.SPGAP.AL
  15 qgsP...TPA..SKKVPLP.....GP...GS.P.....E..VKR..AHG...TPPP.VSPKP.P-
  16 h..P...VKAttPPALIVQ.....TP...HT.PqsphtP..QTP..QTP...QTPQ.TPPTPtPT
  17 vetE...PPA..PPAALLK.....VP...GA.-.....-..--G..TAP...-KPV.SVACT.QL
  18 vetE...PPA..PPAALLK.....VP...GA.-.....-..--G..TAP...-KPV.SVACT.QL
  19 vetE...PPA..PPAALLK.....VP...GA.-.....-..--G..TAP...-KPV.SVACT.QL
  20 vetE...PPA..PPAALLK.....VP...GA.-.....-..--G..TAP...-KPV.SVACT.QL
  21 vetE...PPA..PPAALLK.....VP...GA.-.....-..--G..TAP...-KPV.SVACT.QL
  22 sqeE...DSS..SGWTLGS.....LR...DH.-.....-..QRG..SRP...LAFT.APSSP.VH
  23 tptP...SPA..RQLGAAA.....KP...SStP.....P..SLC..SSP...AKPL.SPGTQ.PQ
  24 getE...TPT..PPAALIK.....VP...GA.-.....-..--G..TAP...-KPV.SVACT.QL
  25 vdtE...PPA..PPAALLK.....VP...GA.-.....-..--G..TAP...-KPV.SVACT.QL
  26 vrhS...LLA..AQAAGLS.....GP...S-.V.....T..ISG..VQT...LAFT.APSSP.VH
  27 getE...PPA..SPAALIK.....VP...GA.-.....-..--G..TAP...-KPV.SVACT.QL
  28 ppsP...LSL..SRHASQP.....AP...AH.P.....T..VVG..SSV...TLSV.VQSVA.FA
  29 getE...PPA..APAALLK.....VP...GA.-.....-..--G..TAP...-KPV.SVACT.QL
  30 getE...PPA..APATLIK.....VP...GA.-.....-..--G..TAP...-KPV.SVACT.QL
  31 getE...PPA..APAALLK.....VP...GA.-.....-..--G..TAP...-KPV.SVACT.QL
  32 getE...PPA..APAALLK.....VP...GA.-.....-..--G..TAP...-KPV.SVACT.QL
  33 getE...PPT..APAALLK.....VP...GA.-.....-..--G..TAP...-KPV.SVACT.QL
  34 mv.L...QCM..QNGGLRK.....NPlksGL.A.....P..KPG..-SP...HKPP.TPSKP.IR
  35 mv.L...QCM..QNGGLRK.....NPlksGL.A.....P..KPG..-SP...HKPP.TPSKP.IR
  36 ttaP...APV..RQHSLASrqsssPP...GL.P.....P..TNI..PSPpn.AKPL.SPSPQ.SP
  37 pppP...AEP..PPTDLAH.....LP...PL.P.....P..PEGeaRKP...AKPP.VSPKP.VL
  38 rmtP...EDL..TAIGVMK.....-P...GH.R.....K..KLM..SEV...SKLP.ATDWL.PD
  39 kiaD...IDK..RLLSLGE.....VE...DS.V.....K..KTG..IDT...-RST.GVSIS.QT
  40 kiaD...IDK..RLLSFEV.....VE...DP.V.....K..TSG..INT...-RST.GISVS.QT
  41 ...PppaEPP..PPTDLLH.....LP...PL.P.....PpdTDT..RKP...AKPP.VSPKP.VL
  42 ...-...---..-------.....--...--.-.....-..---..---...-SCS.TIGKG.KF
  43 tk.L...VFS..GPKTIYQ.....QV...LQ.P.....S..RHT..IAP...WAATeVVPNV.IG
  44 ...-...---..-------.....--...--.-.....-..---..---...----.-----.--
  45 ...-...---..-------.....--...--.-.....-..---..---...----.-----.--


          40               50               60                70       
          |                |                |                 |       
   1 HVPAKPPRA...AAAA....AAA.AAA...PPA.PP.E.GAS..PG.DSA.....RQKLEET...
   2 HVPAKPPRA...AAAA....AAA.AAA...PPA.PP.E.GAS..PG.DSA.....RQKLEET...
   3 HVPAKPPRA...AAAA....AAA.AAA...PPA.PP.E.GAS..PG.DSA.....RQKLEET...
   4 HVPAKPPRA...AAAA....AAA.AAA...PPA.PP.E.GAS..PG.DSA.....RQKLEET...
   5 HVPAKPPRA...AAAA....AAA.AAA...PPA.PP.E.GAS..PG.DSA.....RQKLEET...
   6 HVPAKPPRA...AAAA....AAA.---...PPA.PT.E.GAS..PG.DSA.....RQKLEET...
   7 HVPAKPPR-...--AA....ASV.VSG...PPV.AS.D.CAS..PG.DSA.....RQKLEET...
   8 HVPAKPPR-...--AA....ASV.VSG...PPV.AS.D.CAS..PG.DSA.....RQKLEET...
   9 HVPAKPPR-...--AA....ASV.VSG...PPV.AS.D.CAS..PG.DSA.....RQKLEET...
  10 HVPAKPPR-...--AA....ASV.VSG...PPV.AS.D.CAS..PG.DSA.....RQKLEET...
  11 HVPAKPPR-...--AA....ASV.VSG...PPV.AS.D.CAS..PG.DSA.....RQKLEET...
  12 QVPTKPPR-...--AA....ASV.VSG...PPV.AS.D.CAS..PG.DSA.....RQKLEET...
  13 QVPTKPPR-...--AA....ASV.VSG...PPV.AS.D.CAS..PG.DSA.....RQKLEET...
  14 HVPAKPPRA...AAAA....T--.--G...PPA.AP.D.GAS..PG.DSA.....RQKLEET...
  15 -PPPTAPKP...PRAA....ASV.VSG...PPV.AS.D.CAS..PG.DSA.....RQKLEET...
  16 PPPVKPPRS...SISG....VSMdSST...GSA.LV.A.GVV..TA.DAV.....HQKIEET...
  17 AFSG--PKL...APRL....GPR.PVP...PPR.PE.NtGPV..CP.GRA.....QQRLEQT...
  18 AFSG--PKL...APRL....GPR.PVP...PPR.PE.NtGPV..CP.SRA.....QQRLEQT...
  19 AFSG--PKL...APRL....GPR.PVP...PPR.PE.NtGPV..CP.SRA.....QQRLEQT...
  20 AFSG--PKL...APRL....GPR.PVP...PPR.PE.NtGPV..CP.SRA.....QQRLEQT...
  21 AFSG--PKL...APRL....GPR.PVP...PPR.PE.NtGPV..CP.SRA.....QQRLEQT...
  22 GPPAPGPGW...VSAP....QSP.CLTsarSQV.HL.Q.GRG..LGtEVV.....QQRLDQT...
  23 QVPVKPPRS...AIAG....PSV.DSA...SP-.--.-.---..--.ELV.....QQKLEET...
  24 AFSG--PKL...APRP....GPR.PVP...PPR.PE.StGAT..GS.GRA.....QQRLEQT...
  25 AFSG--PKL...APRL....GPR.PVP...PPR.PE.NtGPV..CP.GRA.....QQRLEQT...
  26 GPPAPGPGW...VSAP....QSP.CLTsarSQV.HL.Q.GRG..LGtEVV.....QQRLDQT...
  27 AFSG--PKL...APRL....GPR.PVP...PPR.PE.StGAV..GS.GRA.....QQRLEQT...
  28 APPSPIPYC...PSAEnttqGVT.SGN...VQT.PT.E.GGQ..GA.TLK.....HQRLEKT...
  29 AFSG--PKL...ASRL....GPR.PVP...PPR.PE.StGTV..GP.GQA.....QQRLEQT...
  30 AFSG--PKL...APRL....GPR.PVP...PPR.PE.StGAA..GP.GRA.....QQRLEQT...
  31 AFSG--PKL...APRL....GPR.PVP...PPR.PE.StGTV..GP.GQA.....QQRLEQT...
  32 AFSG--PKL...APRL....GPR.PVP...PPR.PE.StGTV..GP.GQA.....QQRLEQT...
  33 AFSG--PKL...APRL....GPR.PVP...PPR.PE.StGTV..GP.GQA.....QQRLEQT...
  34 HSAAATSGVsmsVVQS....VAF.AVS...PPCsPL.A.CCP..PN.ATPq15lvHKRLEQT...
  35 HSAAATSGVsmsVVQS....VAF.AVS...PPCsPL.A.CCP..PN.ATPq15lvHKRLEQT...
  36 HTPQTPPTP...QTPA....TPS.PTP...PPV.KP.P.RSS..IG.GVSv26lvQQKLEET...
  37 TQPV--PKL...QGSP....TPT.SKK...VPL.PG.P.GSPgrCM.GPA.....RAEADGDagr
  38 HKPANLADW...LAHL....GLS.QYY...QVL.VQ.N.GYE..NI.DFIsdis.LEDLQEI...
  39 HLVISGPQQ...VLQK....PSR.AVT...GPL.FP.A.GSI..LW.DEEse7reQTCIPQQ...
  40 HLVISGPQQ...VLQK....PSR.AVT...GPL.LP.A.GSI..LW.DKEsv7reRTCISQQ...
  41 AQPV--PKI...QGSP....TPA.SKK...VPL.PG.P.GSP..EV.KRAh37paPSPARQP...
  42 KRIQDGPAA...ASFP....QGP.GSP...PGL.PLmN.AAQ..LE.ALA.....QRRLEQT...
  43 SLAGPSPLT...LEAS....GKV.FVK...PLA.SA.P.GAA..L-.--V.....QQQLEHT...
  44 ---------...----....---.---...--A.ET.G.GSS..CG.DVM.....QLRLDET...
  45 ---------...----....---.---...--A.ET.G.GSS..CG.DVM.....QLRLDET...


            80         90        100          110       120         
            |          |          |            |         |         
   1 SAC.L.AAALQAVEEKI.RQEDAQGPR.DSAAEKS...TGSILDDIGSMFDDLADQLDAMLE
   2 SAC.L.AAALQAVEEKI.RQEDAQGPR.DSAAEKS...TGSILDDIGSMFDDLADQLDAMLE
   3 SAC.L.AAALQAVEEKI.RQEDAQGPR.DSAAEKS...TGSILDDIGSMFDDLADQLDAMLE
   4 SAC.L.AAALQAVEEKI.RQEDAQGPR.DSAAEKS...TGSILDDIGSMFDDLADQLDAMLE
   5 SAC.L.AAALQAVEEKI.RQEDAQGPR.DSAAEKS...TGSILDDIGSMFDDLADQLDAMLE
   6 SAC.L.AAALQAVEEKI.RQEDAQGPR.DSAAEKS...TGSILDDIGSMFDDLADQLDAMLE
   7 SAC.L.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDDLADQLDAMLE
   8 SAC.L.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDDLADQLDAMLE
   9 SAC.L.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDDLADQLDAMLE
  10 SAC.L.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDDLADQLDAMLE
  11 SAC.L.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDDLADQLDAMLE
  12 SAC.L.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDDLADQLDAMLE
  13 SAC.L.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDDLADQLDAMLE
  14 SAC.L.AAALQAVEEKI.RQEDAQGSR.PSAAEKS...TGSILDDIGSMFDDLADQLDAMLE
  15 SAC.L.AAALQAVEEKI.RQEDGQGPRpSSIEEKS...TGSILEDIGSMFDDLADQLDAMLE
  16 SAS.L.AAALQAVEQKI.K-EDGQK-D.SIAENKS...TVSILDDIGSMFDDLADQLDAMLE
  17 SSS.L.EAALRAAEKSI.GTEERDGPT.GT----S...TKHILDDISTMFDALADQLDAMLD
  18 SSS.L.EAALRAAEKSI.GTEERDGPT.GT----S...TKHILDDISTMFDALADQLDAMLD
  19 SSS.L.EAALRAAEKSI.GTEERDGPT.GT----S...TKHILDDISTMFDALADQLDAMLD
  20 SSS.L.EAALRAAEKSI.GTEERDGPT.GT----S...TKHILDDISTMFDALADQLDAMLD
  21 SSS.L.EAALRAAEKSI.GTEERDGPT.GT----S...TKHILDDISTMFDALADQLDAMLD
  22 SWS.L.AAALKAVESKL.SQEE-DSSR.N--AVTS...ARTILDDIGNMFDDLADQLDAMLD
  23 SAS.L.AAALQAVEEKI.KQEDSQAAD.STAEAKS...TGSILDDIGSMFDDLADQLDAMLE
  24 SSS.L.AAALRAAEKSI.GTEEREGPP.GT----S...TKHILDDISTMFDALADQLDAMLD
  25 SSS.L.EAALRAAEKNI.GSEEQDGPT.GP----S...TKHILDDISTMFDALADQLDAMLD
  26 SWS.L.AAALKAVESKL.SQEE-DSSR.N--AVTS...ARTILDDIGNMFDDLADQLDAMLD
  27 SSS.L.AAALRAAEKSI.GAEEREGPP.ST----S...AKHILDDISTMFDALADQLDAMLD
  28 SST.L.EEALKAVERKL.TLKNNNNVG.VSHAVKS...AGNILDDIGNMFDDLADQLDAMLD
  29 SSS.L.AAALRAAEKSI.GTEEQEGAP.SA----S...TKHILDDISTMFDALADQLDAMLD
  30 SSS.L.AAALRAAEKSI.GAEEREGAP.GA----S...TKHILDDISTMFDALADQLDAMLD
  31 SSS.L.AAALRAAEKSI.GTKEQEGTP.SA----S...TKHILDDISTMFDALADQLDAMLD
  32 SSS.L.AAALRAAEKSI.GTKEQEGTP.SA----S...TKHILDDISTMFDALADQLDAMLD
  33 SSS.L.AAALRAAEKSI.GTKEQEGTP.SA----S...TKHILDDISTMFDALADQLDAMLD
  34 STS.L.QAALQVVERKL.AQDD-PASR.GINTVKS...AGNILDDIGNMFDDLADQLDAMLD
  35 STS.L.QAALQVVERKL.AQDD-PASR.GINTVKS...AGNILDDIGNMFDDLADQLDAMLD
  36 SAS.L.AAALQAVEDKI.LHQE----D.SVAEQKT...TVSILDDIGSMFDDLADQLDAMLE
  37 GRV.L.VEVGVARPAPP.THAPCPAPRsDSAAEKS...TGSILDDIGSMFDDLADQLDAMLE
  38 GIT.-.KLAVEAVEHKI.KEEDAEN--.---EKKT...TVSILDDIGSMFDDLADQLDAMLD
  39 SISnS.DKGPPVFTSSLqNTEELQDTR.GKSCRETvqlTKNILDDISTMFDDLAEQLEAMLD
  40 SIS.IsDQGPPVFTSSLqNTGELQDPR.EKSCRETvqlTKNILDDISTMFDDLAEQLEAMLD
  41 PAA.L.AK-PASTRPSL.SASTAKPPP.SSAEEKS...TGSILDDIGSMFDDLADQLDAMLE
  42 STS.L.EAALRVVENKL.SQDSLDRS-.---TVKA...AGNILDDIGSMFDDLADQLDAMLE
  43 SII.-.--TLQAAEKKI.TVEEVQSPP.R--ATHS...AKNILEDISNMFDDLADQLDAMLD
  44 SAS.L.AAALEVVEEKI.KKDD----S.STVDNKS...TVNILDDIGSMFDDLADQLDAMLD
  45 SAS.L.AAALEVVEEKI.KKDD----S.STVDNKS...TVNILDDIGSMFDDLADQLDAMLD