# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.902 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.315 0.005 0.001 0.019 0.020 0.030 0.055 0.009 0.001 0.035 0.511 2 A 0.043 0.002 0.001 0.038 0.017 0.021 0.088 0.002 0.001 0.016 0.773 3 R 0.007 0.003 0.001 0.034 0.009 0.016 0.158 0.001 0.001 0.009 0.761 4 Q 0.026 0.032 0.001 0.018 0.014 0.013 0.183 0.005 0.001 0.015 0.692 5 P 0.453 0.126 0.002 0.011 0.013 0.013 0.094 0.020 0.001 0.032 0.237 6 P 0.431 0.170 0.003 0.011 0.008 0.011 0.047 0.011 0.001 0.022 0.286 7 A 0.341 0.071 0.005 0.025 0.015 0.026 0.070 0.017 0.002 0.036 0.393 8 A 0.255 0.019 0.002 0.031 0.020 0.060 0.070 0.016 0.001 0.040 0.485 9 L 0.046 0.003 0.001 0.044 0.042 0.040 0.099 0.004 0.001 0.045 0.676 10 A 0.006 0.002 0.002 0.037 0.072 0.047 0.135 0.002 0.001 0.018 0.679 11 K 0.044 0.003 0.001 0.017 0.036 0.040 0.103 0.007 0.001 0.026 0.723 12 P 0.350 0.003 0.001 0.021 0.020 0.023 0.074 0.007 0.001 0.044 0.457 13 P 0.029 0.001 0.001 0.051 0.015 0.019 0.147 0.001 0.001 0.020 0.717 14 G 0.008 0.002 0.001 0.066 0.010 0.027 0.140 0.001 0.001 0.017 0.728 15 T 0.031 0.005 0.001 0.043 0.017 0.021 0.161 0.003 0.001 0.028 0.690 16 P 0.157 0.008 0.001 0.039 0.022 0.025 0.133 0.005 0.001 0.048 0.561 17 P 0.213 0.010 0.001 0.021 0.012 0.016 0.094 0.004 0.001 0.033 0.595 18 S 0.195 0.005 0.001 0.036 0.014 0.025 0.068 0.004 0.001 0.035 0.617 19 L 0.019 0.002 0.001 0.042 0.014 0.019 0.140 0.001 0.001 0.030 0.734 20 G 0.013 0.005 0.001 0.048 0.031 0.062 0.162 0.002 0.001 0.028 0.650 21 A 0.048 0.013 0.001 0.020 0.042 0.028 0.142 0.004 0.001 0.033 0.669 22 S 0.381 0.014 0.001 0.029 0.045 0.059 0.060 0.007 0.001 0.081 0.322 23 P 0.059 0.003 0.001 0.031 0.018 0.027 0.123 0.001 0.001 0.052 0.685 24 A 0.022 0.003 0.001 0.055 0.021 0.042 0.117 0.001 0.001 0.039 0.700 25 K 0.033 0.001 0.001 0.032 0.019 0.024 0.105 0.001 0.001 0.048 0.737 26 P 0.035 0.002 0.001 0.041 0.031 0.033 0.165 0.002 0.001 0.053 0.637 27 P 0.028 0.003 0.001 0.016 0.010 0.011 0.121 0.001 0.001 0.013 0.797 28 S 0.273 0.005 0.001 0.044 0.013 0.022 0.095 0.005 0.001 0.066 0.476 29 P 0.023 0.004 0.001 0.028 0.006 0.009 0.205 0.001 0.001 0.013 0.710 30 G 0.024 0.020 0.001 0.029 0.009 0.017 0.125 0.002 0.001 0.023 0.751 31 A 0.305 0.027 0.002 0.023 0.024 0.025 0.131 0.015 0.001 0.056 0.390 32 P 0.350 0.026 0.001 0.020 0.018 0.025 0.077 0.009 0.001 0.037 0.437 33 A 0.157 0.008 0.001 0.034 0.018 0.026 0.092 0.004 0.001 0.045 0.617 34 L 0.018 0.007 0.001 0.041 0.035 0.045 0.144 0.002 0.001 0.021 0.686 35 H 0.041 0.009 0.001 0.021 0.031 0.043 0.088 0.006 0.001 0.027 0.733 36 V 0.273 0.010 0.001 0.020 0.056 0.049 0.073 0.012 0.001 0.043 0.462 37 P 0.040 0.004 0.001 0.022 0.022 0.021 0.120 0.002 0.001 0.030 0.738 38 A 0.013 0.009 0.001 0.033 0.014 0.019 0.155 0.002 0.001 0.022 0.732 39 K 0.054 0.068 0.002 0.020 0.012 0.014 0.111 0.008 0.001 0.024 0.687 40 P 0.257 0.257 0.002 0.013 0.010 0.010 0.060 0.017 0.001 0.037 0.335 41 P 0.112 0.465 0.002 0.008 0.006 0.007 0.054 0.008 0.001 0.030 0.308 42 R 0.090 0.663 0.002 0.008 0.004 0.006 0.025 0.009 0.001 0.032 0.159 43 A 0.093 0.629 0.005 0.007 0.005 0.006 0.027 0.014 0.002 0.045 0.166 44 A 0.108 0.607 0.009 0.006 0.007 0.008 0.026 0.016 0.004 0.051 0.157 45 A 0.128 0.464 0.009 0.007 0.011 0.010 0.036 0.017 0.005 0.063 0.250 46 A 0.126 0.396 0.011 0.009 0.011 0.010 0.050 0.017 0.007 0.070 0.294 47 A 0.120 0.295 0.012 0.008 0.009 0.009 0.067 0.014 0.007 0.066 0.393 48 A 0.170 0.181 0.014 0.009 0.011 0.012 0.071 0.019 0.007 0.078 0.428 49 A 0.260 0.070 0.009 0.010 0.011 0.014 0.086 0.020 0.005 0.077 0.439 50 A 0.209 0.020 0.003 0.017 0.012 0.019 0.086 0.009 0.002 0.056 0.567 51 A 0.040 0.004 0.001 0.023 0.012 0.018 0.105 0.002 0.001 0.034 0.759 52 A 0.017 0.003 0.001 0.023 0.015 0.023 0.115 0.002 0.001 0.029 0.772 53 A 0.056 0.002 0.001 0.022 0.022 0.027 0.101 0.004 0.001 0.055 0.710 54 P 0.071 0.001 0.001 0.046 0.020 0.024 0.121 0.001 0.001 0.050 0.665 55 P 0.006 0.001 0.001 0.038 0.007 0.010 0.179 0.001 0.001 0.023 0.735 56 A 0.015 0.002 0.001 0.040 0.010 0.015 0.194 0.001 0.001 0.030 0.693 57 P 0.335 0.007 0.001 0.022 0.007 0.011 0.084 0.005 0.001 0.062 0.466 58 P 0.351 0.004 0.001 0.021 0.007 0.009 0.078 0.003 0.001 0.054 0.471 59 E 0.026 0.002 0.001 0.030 0.005 0.009 0.123 0.001 0.001 0.039 0.766 60 G 0.021 0.006 0.001 0.040 0.011 0.021 0.151 0.001 0.001 0.060 0.688 61 A 0.040 0.015 0.001 0.022 0.021 0.020 0.161 0.004 0.001 0.053 0.664 62 S 0.179 0.064 0.001 0.015 0.022 0.019 0.079 0.007 0.001 0.114 0.501 63 P 0.125 0.162 0.001 0.013 0.018 0.013 0.084 0.004 0.001 0.077 0.502 64 G 0.040 0.388 0.002 0.011 0.011 0.013 0.080 0.003 0.001 0.057 0.395 65 D 0.097 0.485 0.003 0.008 0.013 0.024 0.043 0.009 0.001 0.094 0.221 66 S 0.112 0.573 0.005 0.005 0.018 0.015 0.040 0.008 0.001 0.071 0.152 67 A 0.075 0.584 0.005 0.006 0.018 0.024 0.034 0.008 0.002 0.047 0.196 68 R 0.067 0.549 0.005 0.006 0.019 0.024 0.031 0.007 0.003 0.047 0.242 69 Q 0.066 0.388 0.007 0.008 0.029 0.033 0.046 0.009 0.003 0.088 0.324 70 K 0.076 0.124 0.006 0.008 0.025 0.030 0.075 0.010 0.003 0.308 0.335 71 L 0.084 0.133 0.012 0.018 0.028 0.029 0.097 0.008 0.006 0.204 0.382 72 E 0.044 0.143 0.005 0.022 0.020 0.020 0.072 0.004 0.002 0.066 0.602 73 E 0.022 0.291 0.004 0.015 0.012 0.015 0.057 0.006 0.002 0.051 0.526 74 T 0.034 0.561 0.002 0.009 0.008 0.011 0.054 0.008 0.002 0.064 0.246 75 S 0.015 0.877 0.001 0.003 0.002 0.003 0.011 0.003 0.001 0.023 0.062 76 A 0.014 0.900 0.002 0.003 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.025 0.043 77 C 0.013 0.894 0.006 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 0.003 0.031 0.039 78 L 0.032 0.869 0.008 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.005 0.033 0.037 79 A 0.042 0.832 0.008 0.001 0.002 0.002 0.007 0.005 0.006 0.038 0.058 80 A 0.026 0.885 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.018 0.052 81 A 0.021 0.892 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.003 0.017 0.052 82 L 0.024 0.876 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.027 0.054 83 Q 0.020 0.797 0.007 0.003 0.002 0.003 0.013 0.004 0.003 0.072 0.077 84 A 0.027 0.507 0.027 0.006 0.007 0.006 0.040 0.007 0.011 0.174 0.189 85 V 0.129 0.503 0.032 0.008 0.005 0.008 0.034 0.014 0.019 0.088 0.160 86 E 0.189 0.210 0.015 0.011 0.007 0.008 0.039 0.014 0.010 0.072 0.423 87 E 0.077 0.146 0.006 0.015 0.008 0.011 0.066 0.009 0.005 0.049 0.607 88 K 0.064 0.167 0.005 0.018 0.006 0.012 0.083 0.009 0.004 0.052 0.579 89 I 0.056 0.132 0.006 0.018 0.009 0.010 0.132 0.010 0.003 0.061 0.563 90 R 0.113 0.246 0.005 0.017 0.008 0.013 0.077 0.014 0.003 0.050 0.453 91 Q 0.242 0.145 0.005 0.016 0.011 0.014 0.067 0.015 0.003 0.065 0.416 92 E 0.161 0.085 0.007 0.020 0.015 0.019 0.080 0.013 0.003 0.063 0.534 93 D 0.248 0.029 0.003 0.019 0.009 0.020 0.066 0.011 0.002 0.069 0.524 94 A 0.063 0.008 0.002 0.020 0.013 0.017 0.094 0.004 0.001 0.041 0.737 95 Q 0.015 0.007 0.001 0.013 0.010 0.010 0.107 0.002 0.001 0.023 0.811 96 G 0.072 0.012 0.001 0.011 0.011 0.014 0.107 0.006 0.001 0.062 0.701 97 P 0.131 0.027 0.001 0.011 0.010 0.010 0.151 0.005 0.001 0.055 0.598 98 R 0.071 0.083 0.001 0.013 0.008 0.012 0.103 0.003 0.001 0.035 0.670 99 D 0.101 0.186 0.001 0.015 0.014 0.025 0.081 0.007 0.001 0.058 0.511 100 S 0.097 0.251 0.002 0.022 0.032 0.052 0.070 0.007 0.001 0.092 0.375 101 A 0.050 0.103 0.003 0.031 0.052 0.073 0.099 0.005 0.001 0.194 0.389 102 A 0.031 0.059 0.005 0.042 0.085 0.087 0.090 0.005 0.002 0.211 0.384 103 E 0.050 0.058 0.009 0.053 0.084 0.087 0.122 0.005 0.003 0.118 0.410 104 K 0.067 0.049 0.006 0.044 0.052 0.070 0.086 0.007 0.002 0.088 0.529 105 S 0.096 0.067 0.004 0.036 0.033 0.040 0.116 0.011 0.002 0.086 0.510 106 T 0.076 0.147 0.003 0.043 0.024 0.031 0.142 0.006 0.001 0.055 0.472 107 G 0.038 0.128 0.005 0.062 0.021 0.025 0.146 0.006 0.001 0.111 0.456 108 S 0.098 0.131 0.025 0.069 0.038 0.060 0.130 0.027 0.006 0.133 0.284 109 I 0.270 0.124 0.009 0.039 0.022 0.028 0.057 0.030 0.004 0.050 0.369 110 L 0.286 0.045 0.006 0.081 0.022 0.023 0.078 0.023 0.004 0.082 0.350 111 D 0.014 0.024 0.004 0.050 0.015 0.013 0.120 0.004 0.002 0.050 0.704 112 D 0.070 0.076 0.008 0.049 0.016 0.021 0.111 0.021 0.005 0.111 0.511 113 I 0.158 0.168 0.010 0.035 0.016 0.010 0.123 0.029 0.003 0.045 0.401 114 G 0.088 0.228 0.004 0.032 0.008 0.009 0.097 0.015 0.001 0.057 0.461 115 S 0.095 0.390 0.006 0.035 0.008 0.012 0.067 0.019 0.004 0.076 0.287 116 M 0.022 0.806 0.003 0.010 0.002 0.002 0.015 0.006 0.001 0.012 0.121 117 F 0.037 0.857 0.002 0.003 0.001 0.001 0.008 0.011 0.001 0.021 0.058 118 D 0.039 0.729 0.004 0.003 0.002 0.001 0.014 0.013 0.004 0.103 0.088 119 D 0.008 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.012 0.020 120 L 0.016 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.010 121 A 0.026 0.889 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.005 0.036 0.027 122 D 0.007 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.015 123 Q 0.008 0.928 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.020 0.029 124 L 0.028 0.814 0.024 0.001 0.001 0.002 0.010 0.008 0.014 0.058 0.041 125 D 0.094 0.586 0.033 0.003 0.003 0.004 0.024 0.011 0.018 0.081 0.145 126 A 0.114 0.252 0.035 0.010 0.008 0.008 0.054 0.016 0.017 0.116 0.370 127 M 0.146 0.084 0.022 0.019 0.007 0.013 0.088 0.015 0.019 0.130 0.458 128 L 0.094 0.032 0.012 0.023 0.007 0.010 0.090 0.008 0.008 0.055 0.660 129 E 0.050 0.025 0.004 0.019 0.007 0.010 0.104 0.006 0.003 0.033 0.739