# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.902 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.305 0.008 0.013 0.008 0.012 0.056 0.049 0.548 2 A 0.015 0.003 0.026 0.008 0.014 0.118 0.029 0.787 3 R 0.007 0.010 0.011 0.009 0.015 0.108 0.013 0.828 4 Q 0.059 0.041 0.015 0.021 0.022 0.110 0.043 0.690 5 P 0.279 0.148 0.011 0.020 0.014 0.069 0.075 0.383 6 P 0.302 0.119 0.025 0.011 0.026 0.072 0.087 0.358 7 A 0.165 0.056 0.056 0.024 0.048 0.082 0.087 0.482 8 A 0.133 0.024 0.040 0.047 0.131 0.071 0.088 0.466 9 L 0.023 0.004 0.037 0.055 0.126 0.118 0.021 0.616 10 A 0.009 0.003 0.068 0.061 0.130 0.111 0.023 0.594 11 K 0.081 0.003 0.023 0.055 0.042 0.102 0.029 0.664 12 P 0.373 0.007 0.014 0.017 0.021 0.065 0.052 0.451 13 P 0.007 0.001 0.036 0.008 0.017 0.133 0.025 0.773 14 G 0.004 0.001 0.019 0.009 0.016 0.142 0.015 0.795 15 T 0.021 0.005 0.030 0.038 0.033 0.178 0.043 0.651 16 P 0.109 0.010 0.027 0.022 0.021 0.114 0.056 0.642 17 P 0.154 0.021 0.025 0.016 0.025 0.105 0.094 0.560 18 S 0.094 0.012 0.045 0.013 0.028 0.096 0.057 0.654 19 L 0.038 0.004 0.035 0.033 0.060 0.133 0.037 0.661 20 G 0.011 0.004 0.019 0.039 0.071 0.146 0.025 0.685 21 A 0.017 0.003 0.031 0.041 0.069 0.121 0.027 0.689 22 S 0.187 0.011 0.030 0.052 0.063 0.113 0.089 0.456 23 P 0.018 0.002 0.015 0.015 0.019 0.136 0.026 0.769 24 A 0.013 0.005 0.070 0.025 0.054 0.133 0.042 0.659 25 K 0.044 0.006 0.035 0.035 0.041 0.155 0.052 0.632 26 P 0.014 0.004 0.033 0.024 0.027 0.166 0.037 0.696 27 P 0.043 0.010 0.037 0.019 0.036 0.138 0.054 0.663 28 S 0.180 0.023 0.022 0.017 0.025 0.109 0.111 0.513 29 P 0.020 0.009 0.020 0.013 0.015 0.139 0.025 0.759 30 G 0.068 0.025 0.017 0.017 0.037 0.121 0.042 0.674 31 A 0.100 0.028 0.022 0.041 0.042 0.124 0.087 0.556 32 P 0.122 0.015 0.019 0.030 0.043 0.089 0.044 0.639 33 A 0.068 0.007 0.015 0.024 0.055 0.097 0.036 0.698 34 L 0.013 0.005 0.040 0.041 0.078 0.127 0.017 0.678 35 H 0.033 0.006 0.031 0.046 0.063 0.115 0.026 0.678 36 V 0.129 0.010 0.031 0.047 0.041 0.100 0.059 0.584 37 P 0.034 0.005 0.032 0.013 0.021 0.102 0.032 0.760 38 A 0.008 0.008 0.058 0.013 0.020 0.119 0.032 0.744 39 K 0.038 0.059 0.033 0.017 0.017 0.115 0.043 0.678 40 P 0.124 0.281 0.017 0.014 0.012 0.075 0.057 0.420 41 P 0.128 0.461 0.014 0.006 0.008 0.039 0.064 0.278 42 R 0.141 0.483 0.018 0.009 0.012 0.030 0.120 0.187 43 A 0.197 0.362 0.032 0.012 0.025 0.046 0.084 0.241 44 A 0.190 0.269 0.026 0.018 0.047 0.057 0.094 0.298 45 A 0.139 0.279 0.013 0.018 0.048 0.070 0.064 0.370 46 A 0.125 0.304 0.010 0.016 0.034 0.065 0.060 0.386 47 A 0.119 0.254 0.014 0.021 0.029 0.082 0.074 0.407 48 A 0.184 0.207 0.019 0.020 0.027 0.080 0.103 0.361 49 A 0.235 0.071 0.022 0.019 0.024 0.082 0.102 0.445 50 A 0.180 0.016 0.023 0.017 0.027 0.094 0.070 0.573 51 A 0.014 0.005 0.041 0.017 0.035 0.141 0.028 0.719 52 A 0.020 0.005 0.058 0.016 0.032 0.141 0.020 0.708 53 A 0.105 0.013 0.031 0.024 0.031 0.136 0.065 0.596 54 P 0.025 0.004 0.044 0.015 0.024 0.150 0.033 0.705 55 P 0.008 0.002 0.040 0.015 0.034 0.161 0.030 0.710 56 A 0.010 0.002 0.069 0.022 0.028 0.165 0.043 0.662 57 P 0.244 0.012 0.034 0.017 0.019 0.112 0.075 0.485 58 P 0.306 0.014 0.016 0.006 0.010 0.086 0.090 0.472 59 E 0.016 0.005 0.026 0.006 0.014 0.150 0.029 0.754 60 G 0.008 0.009 0.012 0.014 0.025 0.170 0.020 0.741 61 A 0.032 0.025 0.015 0.032 0.034 0.160 0.036 0.666 62 S 0.124 0.059 0.013 0.018 0.020 0.121 0.118 0.526 63 P 0.046 0.142 0.008 0.009 0.012 0.126 0.077 0.581 64 G 0.096 0.374 0.010 0.007 0.011 0.067 0.091 0.345 65 D 0.066 0.520 0.006 0.019 0.011 0.039 0.116 0.223 66 S 0.074 0.572 0.007 0.009 0.015 0.032 0.072 0.218 67 A 0.060 0.660 0.010 0.010 0.017 0.027 0.047 0.169 68 R 0.104 0.572 0.008 0.020 0.022 0.036 0.060 0.179 69 Q 0.062 0.546 0.010 0.018 0.033 0.036 0.061 0.235 70 K 0.060 0.293 0.041 0.018 0.038 0.063 0.242 0.245 71 L 0.074 0.346 0.035 0.028 0.018 0.054 0.283 0.160 72 E 0.064 0.273 0.040 0.013 0.014 0.081 0.109 0.407 73 E 0.027 0.412 0.023 0.008 0.008 0.069 0.058 0.396 74 T 0.023 0.731 0.010 0.004 0.005 0.033 0.048 0.146 75 S 0.039 0.796 0.010 0.003 0.004 0.021 0.056 0.071 76 A 0.024 0.798 0.009 0.003 0.003 0.015 0.083 0.065 77 C 0.021 0.879 0.006 0.001 0.002 0.006 0.059 0.026 78 L 0.032 0.874 0.003 0.002 0.001 0.007 0.058 0.023 79 A 0.040 0.835 0.003 0.002 0.002 0.012 0.052 0.054 80 A 0.030 0.836 0.002 0.001 0.002 0.013 0.017 0.100 81 A 0.015 0.946 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.018 82 L 0.013 0.898 0.002 0.002 0.002 0.009 0.042 0.033 83 Q 0.013 0.840 0.004 0.006 0.004 0.010 0.080 0.044 84 A 0.030 0.744 0.018 0.009 0.013 0.018 0.076 0.092 85 V 0.116 0.634 0.039 0.015 0.013 0.022 0.077 0.086 86 E 0.205 0.366 0.023 0.011 0.013 0.045 0.079 0.259 87 E 0.073 0.252 0.031 0.013 0.023 0.057 0.057 0.493 88 K 0.077 0.209 0.039 0.016 0.045 0.074 0.071 0.468 89 I 0.057 0.126 0.072 0.039 0.052 0.099 0.106 0.449 90 R 0.168 0.109 0.028 0.032 0.043 0.081 0.058 0.480 91 Q 0.242 0.085 0.034 0.023 0.028 0.085 0.077 0.425 92 E 0.156 0.041 0.041 0.024 0.033 0.080 0.057 0.569 93 D 0.251 0.014 0.026 0.010 0.028 0.077 0.077 0.516 94 A 0.012 0.004 0.055 0.022 0.037 0.189 0.045 0.637 95 Q 0.013 0.007 0.026 0.013 0.029 0.149 0.024 0.739 96 G 0.106 0.023 0.012 0.020 0.016 0.140 0.085 0.599 97 P 0.107 0.047 0.009 0.009 0.010 0.122 0.068 0.628 98 R 0.056 0.099 0.011 0.006 0.012 0.114 0.058 0.644 99 D 0.079 0.237 0.020 0.014 0.022 0.103 0.108 0.417 100 S 0.083 0.253 0.022 0.038 0.056 0.099 0.144 0.305 101 A 0.049 0.163 0.037 0.048 0.103 0.096 0.168 0.336 102 A 0.017 0.083 0.080 0.076 0.155 0.101 0.215 0.273 103 E 0.014 0.090 0.095 0.128 0.127 0.109 0.154 0.283 104 K 0.030 0.097 0.069 0.108 0.111 0.104 0.095 0.385 105 S 0.063 0.241 0.094 0.061 0.088 0.075 0.099 0.279 106 T 0.054 0.273 0.077 0.034 0.051 0.081 0.109 0.321 107 G 0.036 0.189 0.079 0.050 0.054 0.090 0.160 0.343 108 S 0.048 0.210 0.108 0.081 0.086 0.062 0.120 0.285 109 I 0.105 0.143 0.106 0.034 0.088 0.070 0.058 0.397 110 L 0.096 0.140 0.113 0.041 0.049 0.102 0.087 0.372 111 D 0.137 0.067 0.057 0.018 0.032 0.101 0.156 0.431 112 D 0.114 0.086 0.052 0.015 0.020 0.112 0.123 0.479 113 I 0.078 0.127 0.024 0.007 0.012 0.112 0.047 0.594 114 G 0.094 0.174 0.018 0.008 0.011 0.121 0.045 0.530 115 S 0.069 0.500 0.013 0.005 0.007 0.059 0.062 0.285 116 M 0.073 0.522 0.014 0.002 0.005 0.046 0.137 0.200 117 F 0.042 0.767 0.004 0.003 0.002 0.024 0.062 0.095 118 D 0.046 0.835 0.003 0.002 0.002 0.015 0.028 0.071 119 D 0.019 0.897 0.002 0.001 0.001 0.006 0.033 0.040 120 L 0.007 0.925 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.014 121 A 0.012 0.873 0.002 0.001 0.001 0.003 0.096 0.010 122 D 0.008 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.024 123 Q 0.030 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 124 L 0.016 0.922 0.004 0.002 0.001 0.004 0.036 0.015 125 D 0.275 0.424 0.013 0.003 0.009 0.018 0.165 0.094 126 A 0.308 0.216 0.014 0.010 0.012 0.038 0.100 0.301 127 M 0.105 0.076 0.047 0.011 0.027 0.110 0.084 0.539 128 L 0.086 0.066 0.044 0.016 0.017 0.134 0.057 0.580 129 E 0.162 0.052 0.018 0.007 0.010 0.089 0.043 0.618