# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.902 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.461 0.163 0.037 0.096 0.067 0.043 0.051 0.034 0.023 0.014 0.009 2 A 0.323 0.120 0.040 0.092 0.077 0.062 0.088 0.066 0.060 0.042 0.030 3 R 0.220 0.203 0.064 0.170 0.117 0.071 0.064 0.039 0.027 0.016 0.009 4 Q 0.154 0.145 0.052 0.142 0.122 0.097 0.102 0.075 0.054 0.036 0.022 5 P 0.178 0.166 0.061 0.165 0.127 0.087 0.081 0.059 0.038 0.024 0.014 6 P 0.170 0.119 0.059 0.166 0.126 0.098 0.104 0.069 0.045 0.030 0.014 7 A 0.105 0.065 0.057 0.136 0.124 0.127 0.139 0.092 0.075 0.053 0.027 8 A 0.080 0.091 0.075 0.155 0.128 0.119 0.133 0.084 0.067 0.044 0.024 9 L 0.023 0.023 0.029 0.064 0.076 0.093 0.153 0.141 0.165 0.136 0.096 10 A 0.042 0.041 0.044 0.084 0.098 0.110 0.165 0.127 0.125 0.100 0.064 11 K 0.091 0.158 0.125 0.241 0.154 0.083 0.061 0.037 0.025 0.016 0.009 12 P 0.099 0.067 0.033 0.084 0.090 0.117 0.154 0.118 0.102 0.081 0.053 13 P 0.263 0.138 0.036 0.120 0.096 0.076 0.092 0.067 0.052 0.036 0.023 14 G 0.305 0.135 0.043 0.113 0.088 0.077 0.088 0.058 0.045 0.031 0.018 15 T 0.153 0.124 0.040 0.114 0.093 0.097 0.110 0.078 0.082 0.064 0.044 16 P 0.127 0.125 0.028 0.106 0.101 0.097 0.128 0.098 0.085 0.061 0.042 17 P 0.292 0.160 0.050 0.157 0.113 0.068 0.062 0.043 0.027 0.016 0.011 18 S 0.263 0.169 0.052 0.145 0.102 0.080 0.073 0.047 0.032 0.024 0.014 19 L 0.098 0.094 0.025 0.114 0.112 0.115 0.133 0.108 0.091 0.066 0.043 20 G 0.261 0.137 0.033 0.110 0.093 0.074 0.094 0.073 0.057 0.041 0.026 21 A 0.139 0.105 0.052 0.131 0.111 0.107 0.115 0.080 0.071 0.055 0.034 22 S 0.199 0.237 0.067 0.177 0.111 0.073 0.057 0.033 0.024 0.014 0.008 23 P 0.218 0.105 0.029 0.115 0.100 0.077 0.092 0.088 0.077 0.054 0.045 24 A 0.151 0.093 0.033 0.095 0.088 0.080 0.110 0.108 0.100 0.082 0.060 25 K 0.113 0.176 0.064 0.232 0.160 0.094 0.065 0.040 0.028 0.017 0.010 26 P 0.099 0.055 0.027 0.072 0.081 0.094 0.126 0.131 0.128 0.102 0.084 27 P 0.157 0.103 0.034 0.135 0.121 0.092 0.117 0.093 0.070 0.043 0.034 28 S 0.075 0.069 0.030 0.073 0.071 0.068 0.113 0.115 0.144 0.129 0.114 29 P 0.168 0.129 0.041 0.159 0.146 0.090 0.087 0.066 0.053 0.035 0.026 30 G 0.441 0.171 0.038 0.102 0.061 0.045 0.049 0.033 0.029 0.020 0.012 31 A 0.131 0.095 0.031 0.145 0.129 0.109 0.119 0.087 0.070 0.047 0.036 32 P 0.188 0.147 0.041 0.140 0.113 0.085 0.093 0.075 0.056 0.038 0.023 33 A 0.099 0.086 0.036 0.125 0.118 0.107 0.125 0.101 0.092 0.067 0.045 34 L 0.068 0.053 0.034 0.098 0.103 0.105 0.150 0.124 0.113 0.090 0.061 35 H 0.113 0.106 0.062 0.168 0.134 0.114 0.111 0.069 0.058 0.044 0.021 36 V 0.063 0.065 0.036 0.095 0.099 0.132 0.153 0.114 0.114 0.082 0.049 37 P 0.136 0.132 0.042 0.126 0.101 0.080 0.113 0.091 0.079 0.059 0.042 38 A 0.120 0.067 0.031 0.087 0.094 0.099 0.136 0.105 0.110 0.087 0.063 39 K 0.352 0.254 0.071 0.153 0.079 0.037 0.024 0.014 0.009 0.005 0.003 40 P 0.111 0.080 0.028 0.118 0.119 0.109 0.134 0.110 0.089 0.060 0.044 41 P 0.052 0.037 0.018 0.056 0.073 0.079 0.135 0.151 0.151 0.128 0.120 42 R 0.098 0.135 0.097 0.236 0.170 0.099 0.075 0.042 0.026 0.014 0.008 43 A 0.040 0.031 0.040 0.079 0.091 0.116 0.158 0.130 0.134 0.103 0.079 44 A 0.045 0.040 0.033 0.090 0.105 0.094 0.154 0.135 0.130 0.095 0.077 45 A 0.056 0.057 0.058 0.125 0.126 0.113 0.157 0.109 0.094 0.067 0.038 46 A 0.060 0.072 0.081 0.147 0.136 0.128 0.131 0.086 0.074 0.054 0.033 47 A 0.146 0.135 0.072 0.165 0.126 0.094 0.102 0.066 0.046 0.030 0.017 48 A 0.141 0.094 0.051 0.129 0.115 0.100 0.124 0.093 0.071 0.050 0.033 49 A 0.143 0.115 0.071 0.142 0.120 0.100 0.105 0.075 0.060 0.043 0.027 50 A 0.105 0.092 0.058 0.138 0.126 0.119 0.130 0.087 0.069 0.046 0.029 51 A 0.095 0.085 0.051 0.106 0.102 0.097 0.124 0.104 0.098 0.078 0.059 52 A 0.093 0.076 0.042 0.110 0.111 0.111 0.140 0.107 0.096 0.070 0.044 53 A 0.188 0.150 0.064 0.166 0.118 0.086 0.081 0.056 0.043 0.030 0.018 54 P 0.121 0.077 0.036 0.112 0.107 0.106 0.130 0.106 0.092 0.066 0.048 55 P 0.161 0.102 0.037 0.117 0.105 0.087 0.106 0.092 0.083 0.061 0.049 56 A 0.050 0.046 0.022 0.069 0.082 0.093 0.133 0.134 0.148 0.116 0.107 57 P 0.147 0.117 0.047 0.140 0.128 0.092 0.106 0.080 0.063 0.045 0.035 58 P 0.215 0.114 0.038 0.117 0.099 0.086 0.106 0.077 0.067 0.048 0.033 59 E 0.349 0.169 0.035 0.143 0.097 0.057 0.056 0.038 0.027 0.016 0.011 60 G 0.206 0.087 0.025 0.092 0.081 0.072 0.106 0.096 0.097 0.078 0.059 61 A 0.098 0.088 0.034 0.124 0.119 0.116 0.130 0.099 0.085 0.062 0.046 62 S 0.167 0.161 0.057 0.139 0.119 0.093 0.096 0.066 0.050 0.032 0.021 63 P 0.175 0.143 0.040 0.126 0.113 0.086 0.108 0.082 0.060 0.038 0.029 64 G 0.271 0.113 0.038 0.109 0.097 0.080 0.116 0.071 0.053 0.033 0.021 65 D 0.416 0.193 0.072 0.138 0.072 0.040 0.035 0.016 0.010 0.005 0.003 66 S 0.208 0.141 0.070 0.158 0.135 0.090 0.090 0.050 0.031 0.017 0.011 67 A 0.123 0.121 0.068 0.130 0.119 0.090 0.140 0.094 0.059 0.037 0.018 68 R 0.048 0.052 0.115 0.183 0.171 0.154 0.146 0.066 0.037 0.021 0.007 69 Q 0.062 0.090 0.381 0.209 0.105 0.073 0.046 0.019 0.009 0.005 0.002 70 K 0.026 0.080 0.188 0.247 0.173 0.109 0.098 0.045 0.020 0.009 0.004 71 L 0.009 0.007 0.028 0.020 0.033 0.058 0.170 0.178 0.198 0.184 0.115 72 E 0.050 0.095 0.417 0.238 0.112 0.048 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 73 E 0.024 0.048 0.275 0.147 0.139 0.115 0.124 0.068 0.032 0.020 0.008 74 T 0.024 0.043 0.077 0.081 0.098 0.116 0.202 0.148 0.108 0.073 0.031 75 S 0.050 0.038 0.063 0.082 0.082 0.122 0.205 0.143 0.112 0.070 0.032 76 A 0.076 0.069 0.202 0.189 0.141 0.112 0.105 0.053 0.028 0.015 0.009 77 C 0.005 0.009 0.030 0.031 0.060 0.048 0.154 0.221 0.170 0.135 0.136 78 L 0.001 0.001 0.006 0.010 0.025 0.042 0.125 0.179 0.231 0.215 0.165 79 A 0.043 0.030 0.243 0.184 0.168 0.122 0.121 0.043 0.027 0.013 0.006 80 A 0.010 0.026 0.172 0.189 0.185 0.156 0.167 0.056 0.024 0.010 0.005 81 A 0.001 0.003 0.011 0.011 0.018 0.024 0.085 0.126 0.242 0.246 0.234 82 L 0.004 0.003 0.014 0.017 0.040 0.095 0.285 0.164 0.176 0.135 0.068 83 Q 0.010 0.048 0.710 0.170 0.045 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.010 0.007 0.050 0.036 0.091 0.126 0.279 0.205 0.091 0.058 0.048 85 V 0.008 0.032 0.039 0.041 0.048 0.066 0.185 0.173 0.187 0.154 0.066 86 E 0.035 0.039 0.187 0.180 0.176 0.158 0.148 0.044 0.021 0.009 0.003 87 E 0.112 0.072 0.673 0.105 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 88 K 0.036 0.059 0.143 0.185 0.185 0.129 0.172 0.062 0.019 0.006 0.003 89 I 0.010 0.004 0.012 0.008 0.015 0.025 0.111 0.178 0.211 0.247 0.179 90 R 0.009 0.108 0.588 0.198 0.066 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 91 Q 0.035 0.067 0.541 0.168 0.097 0.048 0.028 0.010 0.003 0.002 0.001 92 E 0.488 0.146 0.128 0.099 0.053 0.034 0.029 0.015 0.005 0.002 0.001 93 D 0.214 0.200 0.115 0.155 0.093 0.066 0.081 0.045 0.019 0.009 0.004 94 A 0.123 0.070 0.120 0.108 0.113 0.104 0.149 0.099 0.056 0.040 0.020 95 Q 0.271 0.211 0.242 0.147 0.063 0.030 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 96 G 0.250 0.145 0.147 0.155 0.103 0.069 0.070 0.034 0.015 0.007 0.004 97 P 0.157 0.136 0.068 0.109 0.098 0.085 0.124 0.095 0.063 0.042 0.023 98 R 0.136 0.183 0.102 0.182 0.130 0.096 0.087 0.044 0.023 0.012 0.005 99 D 0.411 0.145 0.149 0.134 0.073 0.037 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 100 S 0.294 0.174 0.121 0.166 0.102 0.051 0.049 0.024 0.010 0.005 0.003 101 A 0.098 0.072 0.056 0.123 0.131 0.098 0.157 0.122 0.074 0.046 0.023 102 A 0.088 0.071 0.100 0.168 0.144 0.119 0.140 0.084 0.045 0.030 0.010 103 E 0.031 0.075 0.320 0.236 0.135 0.092 0.058 0.025 0.014 0.008 0.003 104 K 0.031 0.067 0.166 0.164 0.149 0.139 0.131 0.073 0.041 0.025 0.014 105 S 0.031 0.053 0.062 0.080 0.089 0.092 0.144 0.140 0.136 0.100 0.073 106 T 0.112 0.067 0.078 0.096 0.091 0.081 0.135 0.109 0.106 0.078 0.046 107 G 0.172 0.100 0.161 0.197 0.123 0.089 0.074 0.033 0.026 0.016 0.009 108 S 0.064 0.093 0.120 0.159 0.129 0.119 0.134 0.078 0.054 0.033 0.017 109 I 0.013 0.024 0.023 0.051 0.065 0.092 0.170 0.164 0.178 0.125 0.095 110 L 0.011 0.011 0.016 0.034 0.047 0.061 0.141 0.182 0.180 0.164 0.153 111 D 0.040 0.066 0.168 0.190 0.142 0.125 0.113 0.057 0.050 0.031 0.018 112 D 0.013 0.019 0.046 0.076 0.099 0.095 0.209 0.175 0.125 0.090 0.053 113 I 0.006 0.011 0.020 0.028 0.030 0.044 0.105 0.127 0.235 0.233 0.160 114 G 0.039 0.046 0.052 0.089 0.081 0.094 0.158 0.112 0.143 0.107 0.080 115 S 0.011 0.017 0.039 0.052 0.061 0.088 0.152 0.155 0.177 0.151 0.098 116 M 0.008 0.015 0.026 0.046 0.069 0.064 0.156 0.231 0.166 0.136 0.082 117 F 0.006 0.007 0.017 0.024 0.030 0.038 0.104 0.176 0.217 0.227 0.154 118 D 0.014 0.021 0.055 0.093 0.104 0.125 0.179 0.136 0.125 0.087 0.060 119 D 0.016 0.023 0.064 0.082 0.107 0.107 0.203 0.162 0.122 0.078 0.036 120 L 0.006 0.012 0.040 0.043 0.054 0.063 0.161 0.163 0.198 0.166 0.095 121 A 0.009 0.011 0.034 0.047 0.059 0.102 0.206 0.144 0.172 0.131 0.085 122 D 0.055 0.077 0.210 0.158 0.123 0.117 0.135 0.049 0.043 0.022 0.011 123 Q 0.010 0.014 0.068 0.073 0.114 0.096 0.220 0.196 0.102 0.068 0.040 124 L 0.008 0.010 0.032 0.030 0.034 0.065 0.163 0.159 0.201 0.215 0.083 125 D 0.040 0.099 0.243 0.205 0.127 0.104 0.095 0.034 0.029 0.015 0.007 126 A 0.053 0.037 0.149 0.124 0.147 0.126 0.159 0.114 0.051 0.026 0.015 127 M 0.095 0.106 0.171 0.146 0.111 0.085 0.125 0.074 0.046 0.028 0.014 128 L 0.026 0.027 0.057 0.057 0.079 0.091 0.229 0.173 0.126 0.082 0.053 129 E 0.197 0.156 0.271 0.179 0.093 0.044 0.031 0.014 0.008 0.004 0.002