# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.902 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.098 0.288 0.128 0.025 0.181 0.018 0.035 0.071 0.072 0.043 0.040 2 A 0.051 0.237 0.100 0.031 0.119 0.037 0.115 0.106 0.102 0.072 0.030 3 R 0.069 0.153 0.115 0.056 0.114 0.024 0.066 0.083 0.079 0.192 0.049 4 Q 0.032 0.281 0.388 0.062 0.069 0.011 0.023 0.031 0.028 0.056 0.021 5 P 0.018 0.445 0.383 0.015 0.071 0.004 0.008 0.023 0.014 0.009 0.012 6 P 0.054 0.249 0.047 0.008 0.111 0.012 0.031 0.231 0.186 0.043 0.027 7 A 0.037 0.112 0.023 0.006 0.091 0.016 0.053 0.277 0.296 0.066 0.023 8 A 0.078 0.081 0.023 0.007 0.134 0.017 0.050 0.214 0.184 0.182 0.032 9 L 0.062 0.078 0.033 0.014 0.114 0.026 0.073 0.142 0.176 0.241 0.040 10 A 0.058 0.256 0.124 0.038 0.187 0.014 0.046 0.058 0.077 0.111 0.030 11 K 0.053 0.261 0.401 0.052 0.100 0.005 0.018 0.021 0.032 0.037 0.020 12 P 0.026 0.296 0.463 0.039 0.079 0.009 0.020 0.022 0.024 0.010 0.011 13 P 0.023 0.246 0.077 0.034 0.061 0.042 0.301 0.095 0.077 0.031 0.012 14 G 0.032 0.054 0.081 0.108 0.039 0.025 0.063 0.049 0.072 0.409 0.069 15 T 0.021 0.248 0.511 0.064 0.067 0.005 0.011 0.012 0.018 0.030 0.013 16 P 0.028 0.369 0.422 0.017 0.094 0.004 0.010 0.018 0.017 0.008 0.013 17 P 0.054 0.342 0.143 0.019 0.130 0.016 0.063 0.086 0.078 0.036 0.033 18 S 0.086 0.224 0.114 0.023 0.148 0.027 0.063 0.088 0.082 0.088 0.056 19 L 0.061 0.221 0.105 0.041 0.120 0.042 0.078 0.084 0.088 0.120 0.040 20 G 0.082 0.112 0.112 0.082 0.115 0.028 0.033 0.061 0.076 0.224 0.075 21 A 0.094 0.237 0.101 0.034 0.194 0.018 0.038 0.050 0.077 0.107 0.050 22 S 0.066 0.381 0.209 0.030 0.181 0.010 0.015 0.019 0.026 0.031 0.032 23 P 0.082 0.236 0.115 0.031 0.168 0.019 0.069 0.061 0.109 0.072 0.038 24 A 0.057 0.277 0.229 0.059 0.134 0.014 0.046 0.034 0.062 0.065 0.023 25 K 0.030 0.280 0.376 0.072 0.081 0.010 0.031 0.024 0.049 0.032 0.015 26 P 0.029 0.338 0.371 0.026 0.110 0.005 0.024 0.021 0.043 0.020 0.014 27 P 0.059 0.334 0.188 0.032 0.127 0.013 0.054 0.037 0.070 0.056 0.031 28 S 0.031 0.344 0.331 0.036 0.096 0.014 0.036 0.024 0.034 0.030 0.024 29 P 0.043 0.198 0.105 0.046 0.093 0.034 0.157 0.108 0.104 0.087 0.025 30 G 0.037 0.150 0.274 0.113 0.062 0.022 0.039 0.047 0.061 0.163 0.031 31 A 0.037 0.350 0.348 0.031 0.107 0.007 0.015 0.029 0.029 0.027 0.020 32 P 0.070 0.377 0.154 0.013 0.168 0.009 0.022 0.072 0.057 0.026 0.032 33 A 0.067 0.174 0.047 0.014 0.133 0.029 0.074 0.175 0.170 0.077 0.041 34 L 0.080 0.167 0.063 0.018 0.165 0.023 0.066 0.107 0.126 0.140 0.044 35 H 0.109 0.175 0.094 0.028 0.180 0.017 0.042 0.050 0.072 0.176 0.056 36 V 0.062 0.364 0.245 0.027 0.177 0.008 0.018 0.019 0.025 0.027 0.027 37 P 0.065 0.320 0.189 0.038 0.138 0.018 0.049 0.046 0.062 0.047 0.028 38 A 0.047 0.229 0.209 0.062 0.102 0.022 0.087 0.064 0.087 0.067 0.024 39 K 0.030 0.237 0.404 0.078 0.065 0.011 0.029 0.036 0.043 0.049 0.017 40 P 0.027 0.348 0.357 0.023 0.080 0.009 0.029 0.046 0.040 0.023 0.019 41 P 0.046 0.401 0.131 0.012 0.135 0.013 0.034 0.100 0.064 0.035 0.029 42 R 0.070 0.196 0.043 0.010 0.139 0.019 0.052 0.224 0.130 0.079 0.038 43 A 0.088 0.124 0.037 0.008 0.164 0.015 0.033 0.241 0.156 0.098 0.036 44 A 0.095 0.083 0.029 0.010 0.127 0.020 0.046 0.294 0.152 0.110 0.034 45 A 0.077 0.112 0.053 0.018 0.121 0.030 0.057 0.213 0.111 0.158 0.050 46 A 0.077 0.236 0.091 0.020 0.165 0.020 0.038 0.154 0.070 0.089 0.041 47 A 0.068 0.183 0.089 0.020 0.115 0.022 0.050 0.209 0.105 0.100 0.040 48 A 0.061 0.212 0.091 0.016 0.131 0.016 0.038 0.199 0.115 0.085 0.037 49 A 0.079 0.145 0.043 0.012 0.130 0.016 0.039 0.225 0.176 0.094 0.039 50 A 0.061 0.145 0.046 0.015 0.127 0.022 0.062 0.201 0.190 0.095 0.035 51 A 0.065 0.116 0.048 0.021 0.119 0.029 0.092 0.114 0.141 0.214 0.042 52 A 0.064 0.212 0.129 0.059 0.142 0.021 0.061 0.043 0.080 0.153 0.037 53 A 0.034 0.291 0.378 0.095 0.093 0.008 0.018 0.013 0.030 0.028 0.013 54 P 0.034 0.322 0.347 0.036 0.107 0.008 0.037 0.023 0.053 0.020 0.013 55 P 0.033 0.346 0.334 0.023 0.111 0.006 0.032 0.021 0.048 0.027 0.018 56 A 0.031 0.351 0.302 0.037 0.098 0.007 0.043 0.027 0.047 0.039 0.018 57 P 0.016 0.287 0.534 0.031 0.051 0.004 0.015 0.014 0.024 0.013 0.010 58 P 0.028 0.238 0.234 0.056 0.064 0.030 0.098 0.102 0.102 0.032 0.015 59 E 0.018 0.160 0.086 0.053 0.044 0.055 0.232 0.121 0.128 0.084 0.019 60 G 0.044 0.077 0.115 0.067 0.056 0.012 0.015 0.036 0.055 0.440 0.083 61 A 0.078 0.278 0.167 0.025 0.188 0.011 0.032 0.060 0.054 0.070 0.037 62 S 0.036 0.346 0.391 0.026 0.103 0.007 0.010 0.027 0.016 0.015 0.022 63 P 0.047 0.183 0.075 0.031 0.074 0.034 0.111 0.250 0.109 0.059 0.027 64 G 0.031 0.106 0.107 0.042 0.051 0.045 0.067 0.215 0.125 0.174 0.037 65 D 0.074 0.146 0.061 0.016 0.128 0.014 0.025 0.256 0.106 0.129 0.046 66 S 0.049 0.074 0.026 0.007 0.083 0.010 0.020 0.421 0.195 0.089 0.026 67 A 0.043 0.083 0.026 0.009 0.077 0.017 0.029 0.460 0.158 0.077 0.021 68 R 0.091 0.054 0.018 0.009 0.107 0.015 0.028 0.424 0.134 0.083 0.037 69 Q 0.048 0.107 0.041 0.013 0.109 0.021 0.072 0.437 0.092 0.042 0.019 70 K 0.114 0.078 0.031 0.009 0.103 0.010 0.049 0.335 0.074 0.148 0.049 71 L 0.069 0.156 0.031 0.010 0.153 0.009 0.015 0.358 0.125 0.044 0.030 72 E 0.020 0.035 0.017 0.009 0.031 0.017 0.041 0.675 0.116 0.026 0.013 73 E 0.029 0.035 0.018 0.006 0.029 0.008 0.037 0.610 0.101 0.104 0.023 74 T 0.026 0.103 0.037 0.008 0.050 0.008 0.015 0.590 0.082 0.064 0.017 75 S 0.010 0.026 0.008 0.003 0.018 0.004 0.006 0.835 0.072 0.012 0.006 76 A 0.003 0.008 0.003 0.001 0.005 0.002 0.008 0.898 0.065 0.006 0.001 77 C 0.004 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.949 0.022 0.008 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.051 0.003 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.045 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.936 0.051 0.008 0.001 81 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.936 0.046 0.011 0.001 82 L 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.888 0.090 0.005 0.001 83 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.922 0.036 0.004 0.001 84 A 0.008 0.006 0.003 0.001 0.006 0.001 0.022 0.894 0.041 0.016 0.002 85 V 0.010 0.011 0.003 0.002 0.012 0.005 0.015 0.736 0.162 0.037 0.006 86 E 0.006 0.007 0.002 0.002 0.009 0.006 0.025 0.771 0.152 0.016 0.004 87 E 0.010 0.028 0.014 0.004 0.026 0.012 0.086 0.616 0.139 0.059 0.005 88 K 0.094 0.074 0.030 0.006 0.105 0.010 0.092 0.342 0.084 0.125 0.038 89 I 0.101 0.207 0.054 0.009 0.180 0.012 0.037 0.203 0.067 0.078 0.050 90 R 0.109 0.211 0.070 0.014 0.176 0.016 0.033 0.194 0.059 0.061 0.058 91 Q 0.066 0.134 0.045 0.013 0.127 0.015 0.030 0.330 0.158 0.054 0.028 92 E 0.033 0.055 0.029 0.014 0.058 0.031 0.094 0.401 0.196 0.068 0.021 93 D 0.079 0.063 0.033 0.015 0.101 0.023 0.055 0.218 0.128 0.234 0.052 94 A 0.069 0.132 0.044 0.019 0.132 0.024 0.061 0.188 0.153 0.134 0.043 95 Q 0.053 0.112 0.062 0.065 0.086 0.043 0.083 0.128 0.106 0.216 0.047 96 G 0.054 0.198 0.356 0.103 0.101 0.012 0.012 0.031 0.027 0.067 0.041 97 P 0.051 0.342 0.177 0.025 0.147 0.014 0.035 0.092 0.062 0.032 0.022 98 R 0.043 0.123 0.056 0.028 0.079 0.045 0.113 0.238 0.150 0.095 0.031 99 D 0.074 0.135 0.066 0.023 0.147 0.023 0.035 0.154 0.131 0.157 0.055 100 S 0.074 0.094 0.032 0.009 0.125 0.013 0.033 0.267 0.200 0.122 0.031 101 A 0.081 0.081 0.031 0.013 0.105 0.020 0.034 0.276 0.173 0.144 0.042 102 A 0.087 0.179 0.046 0.015 0.221 0.018 0.027 0.211 0.094 0.066 0.036 103 E 0.163 0.091 0.028 0.010 0.248 0.016 0.039 0.195 0.082 0.079 0.048 104 K 0.135 0.105 0.057 0.019 0.186 0.021 0.062 0.202 0.071 0.086 0.056 105 S 0.091 0.136 0.093 0.048 0.104 0.041 0.056 0.178 0.062 0.133 0.059 106 T 0.039 0.187 0.079 0.077 0.091 0.042 0.067 0.224 0.090 0.077 0.026 107 G 0.034 0.059 0.083 0.073 0.043 0.047 0.040 0.208 0.118 0.229 0.066 108 S 0.046 0.336 0.046 0.003 0.182 0.005 0.017 0.245 0.068 0.031 0.022 109 I 0.048 0.033 0.008 0.002 0.052 0.004 0.013 0.543 0.203 0.075 0.019 110 L 0.036 0.047 0.019 0.014 0.045 0.016 0.022 0.555 0.181 0.046 0.019 111 D 0.017 0.030 0.025 0.015 0.035 0.037 0.086 0.531 0.134 0.073 0.015 112 D 0.072 0.069 0.039 0.005 0.089 0.007 0.031 0.427 0.065 0.174 0.022 113 I 0.016 0.027 0.008 0.003 0.022 0.004 0.009 0.540 0.274 0.081 0.015 114 G 0.005 0.017 0.010 0.006 0.007 0.009 0.015 0.778 0.133 0.017 0.005 115 S 0.005 0.018 0.008 0.002 0.008 0.002 0.010 0.808 0.097 0.036 0.005 116 M 0.006 0.007 0.004 0.001 0.006 0.002 0.008 0.759 0.127 0.075 0.004 117 F 0.006 0.016 0.005 0.003 0.010 0.005 0.010 0.796 0.127 0.019 0.004 118 D 0.002 0.007 0.006 0.002 0.005 0.005 0.033 0.847 0.080 0.012 0.002 119 D 0.008 0.012 0.006 0.001 0.006 0.001 0.011 0.888 0.038 0.028 0.002 120 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.752 0.218 0.020 0.002 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.041 0.001 0.001 122 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.949 0.040 0.006 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.970 0.015 0.004 0.001 124 L 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.936 0.043 0.004 0.001 125 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.928 0.055 0.002 0.001 126 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.937 0.031 0.006 0.001 127 M 0.007 0.005 0.002 0.001 0.006 0.002 0.020 0.836 0.085 0.032 0.003 128 L 0.008 0.021 0.007 0.003 0.017 0.007 0.020 0.741 0.144 0.024 0.007 129 E 0.016 0.033 0.015 0.005 0.031 0.010 0.045 0.642 0.132 0.060 0.011