# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.05968 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.050 0.025 0.024 0.016 0.025 0.059 0.008 0.793 2 A 0.109 0.036 0.054 0.036 0.083 0.083 0.020 0.579 3 G 0.187 0.028 0.066 0.060 0.061 0.079 0.014 0.505 4 P 0.003 0.002 0.003 0.003 0.003 0.009 0.001 0.977 5 Y 0.044 0.011 0.067 0.074 0.174 0.087 0.005 0.538 6 A 0.125 0.024 0.098 0.167 0.185 0.086 0.009 0.307 7 T 0.045 0.019 0.102 0.203 0.252 0.057 0.007 0.314 8 V 0.030 0.017 0.131 0.253 0.327 0.027 0.004 0.210 9 Q 0.021 0.021 0.077 0.202 0.274 0.069 0.006 0.330 10 R 0.029 0.014 0.062 0.159 0.248 0.051 0.011 0.426 11 R 0.033 0.018 0.070 0.165 0.225 0.073 0.008 0.408 12 V 0.011 0.008 0.022 0.042 0.061 0.029 0.003 0.823 13 G 0.025 0.012 0.051 0.077 0.202 0.080 0.007 0.545 14 R 0.068 0.013 0.034 0.051 0.072 0.117 0.011 0.635 15 S 0.040 0.015 0.037 0.035 0.074 0.092 0.008 0.698 16 H 0.061 0.016 0.047 0.048 0.089 0.111 0.010 0.617 17 S 0.076 0.022 0.033 0.045 0.057 0.160 0.009 0.597 18 V 0.074 0.039 0.049 0.084 0.126 0.114 0.009 0.506 19 R 0.074 0.071 0.036 0.051 0.111 0.088 0.012 0.557 20 A 0.141 0.072 0.043 0.080 0.140 0.088 0.009 0.427 21 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 22 A 0.041 0.028 0.021 0.033 0.096 0.138 0.010 0.633 23 G 0.383 0.054 0.023 0.022 0.032 0.086 0.019 0.381 24 A 0.100 0.056 0.022 0.022 0.028 0.091 0.009 0.672 25 D 0.055 0.053 0.024 0.016 0.034 0.071 0.008 0.739 26 K 0.198 0.068 0.022 0.022 0.033 0.125 0.022 0.510 27 N 0.239 0.056 0.033 0.029 0.037 0.132 0.033 0.441 28 V 0.125 0.073 0.160 0.083 0.089 0.088 0.013 0.369 29 N 0.030 0.066 0.067 0.072 0.086 0.126 0.008 0.546 30 R 0.057 0.051 0.079 0.064 0.124 0.084 0.013 0.528 31 S 0.046 0.052 0.089 0.062 0.104 0.124 0.018 0.505 32 Q 0.144 0.040 0.090 0.123 0.155 0.066 0.031 0.351 33 S 0.061 0.064 0.060 0.098 0.121 0.081 0.013 0.501 34 F 0.046 0.029 0.048 0.219 0.238 0.046 0.008 0.365 35 A 0.045 0.026 0.043 0.257 0.408 0.035 0.006 0.181 36 V 0.053 0.032 0.027 0.204 0.348 0.026 0.010 0.300 37 R 0.049 0.013 0.027 0.297 0.394 0.023 0.004 0.194 38 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 39 R 0.014 0.003 0.026 0.095 0.384 0.072 0.003 0.403 40 K 0.146 0.015 0.016 0.059 0.058 0.050 0.010 0.646 41 K 0.135 0.022 0.015 0.053 0.121 0.048 0.016 0.588 42 G 0.120 0.014 0.030 0.050 0.087 0.051 0.011 0.637 43 P 0.004 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.001 0.982 44 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 45 P 0.043 0.001 0.020 0.022 0.058 0.054 0.004 0.797 46 P 0.064 0.002 0.015 0.013 0.020 0.032 0.004 0.850 47 P 0.040 0.001 0.009 0.009 0.011 0.039 0.002 0.888 48 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.987 49 K 0.051 0.002 0.102 0.103 0.162 0.111 0.004 0.465 50 R 0.056 0.009 0.047 0.052 0.067 0.193 0.005 0.570 51 S 0.070 0.031 0.098 0.059 0.184 0.071 0.007 0.481 52 S 0.048 0.041 0.084 0.045 0.090 0.186 0.009 0.497 53 S 0.124 0.030 0.056 0.038 0.049 0.272 0.025 0.407 54 A 0.110 0.096 0.068 0.044 0.079 0.185 0.015 0.404 55 L 0.086 0.160 0.076 0.070 0.135 0.194 0.011 0.269 56 A 0.125 0.178 0.062 0.052 0.087 0.110 0.023 0.362 57 S 0.185 0.196 0.056 0.050 0.115 0.050 0.029 0.319 58 A 0.176 0.127 0.059 0.056 0.072 0.095 0.029 0.385 59 N 0.084 0.066 0.040 0.038 0.042 0.221 0.032 0.477 60 L 0.197 0.057 0.070 0.036 0.060 0.135 0.026 0.419 61 A 0.087 0.062 0.029 0.026 0.037 0.299 0.019 0.441 62 D 0.218 0.035 0.021 0.018 0.026 0.101 0.034 0.547 63 E 0.271 0.072 0.027 0.042 0.050 0.111 0.013 0.414 64 P 0.008 0.004 0.003 0.004 0.004 0.020 0.002 0.954 65 V 0.068 0.017 0.035 0.049 0.151 0.125 0.007 0.548 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 67 D 0.026 0.006 0.011 0.019 0.044 0.125 0.006 0.764 68 A 0.372 0.013 0.021 0.011 0.014 0.052 0.013 0.505 69 E 0.144 0.023 0.017 0.024 0.027 0.120 0.009 0.636 70 P 0.014 0.004 0.006 0.005 0.008 0.025 0.002 0.936 71 E 0.027 0.010 0.011 0.012 0.020 0.120 0.005 0.794 72 D 0.154 0.017 0.016 0.015 0.028 0.103 0.019 0.648 73 G 0.270 0.040 0.032 0.025 0.036 0.098 0.019 0.480 74 L 0.134 0.041 0.052 0.060 0.055 0.278 0.013 0.367 75 L 0.073 0.053 0.041 0.053 0.078 0.119 0.011 0.572 76 G 0.096 0.071 0.051 0.058 0.132 0.082 0.010 0.501 77 V 0.055 0.052 0.052 0.057 0.084 0.125 0.009 0.565 78 R 0.028 0.067 0.055 0.051 0.115 0.066 0.007 0.610 79 A 0.041 0.114 0.029 0.047 0.093 0.090 0.008 0.579 80 Q 0.052 0.114 0.022 0.027 0.050 0.161 0.013 0.561 81 C 0.098 0.248 0.046 0.032 0.064 0.088 0.013 0.412 82 R 0.113 0.306 0.036 0.035 0.051 0.078 0.013 0.368 83 R 0.090 0.206 0.026 0.022 0.039 0.058 0.026 0.532 84 A 0.200 0.215 0.082 0.040 0.093 0.040 0.032 0.297 85 S 0.097 0.170 0.043 0.041 0.033 0.108 0.025 0.483 86 D 0.106 0.096 0.061 0.020 0.034 0.069 0.024 0.590 87 L 0.230 0.085 0.086 0.024 0.034 0.237 0.030 0.274 88 A 0.291 0.038 0.075 0.035 0.048 0.143 0.044 0.325 89 G 0.106 0.039 0.180 0.080 0.103 0.134 0.016 0.341 90 S 0.040 0.014 0.066 0.046 0.051 0.102 0.008 0.674 91 V 0.035 0.011 0.110 0.063 0.129 0.094 0.007 0.550 92 D 0.023 0.011 0.056 0.059 0.065 0.346 0.011 0.428 93 T 0.170 0.013 0.058 0.042 0.066 0.132 0.034 0.484 94 G 0.132 0.023 0.071 0.033 0.036 0.260 0.023 0.422 95 S 0.095 0.010 0.040 0.033 0.032 0.394 0.019 0.376 96 A 0.056 0.019 0.040 0.023 0.060 0.142 0.010 0.648 97 G 0.032 0.014 0.038 0.047 0.065 0.436 0.007 0.362 98 S 0.072 0.020 0.024 0.031 0.044 0.356 0.010 0.443 99 V 0.055 0.136 0.050 0.056 0.131 0.078 0.005 0.488 100 K 0.015 0.219 0.031 0.077 0.163 0.148 0.003 0.343 101 S 0.026 0.352 0.027 0.045 0.084 0.138 0.007 0.320 102 I 0.018 0.764 0.013 0.032 0.076 0.014 0.003 0.079 103 A 0.009 0.801 0.019 0.030 0.092 0.007 0.002 0.040 104 A 0.013 0.755 0.023 0.052 0.077 0.022 0.010 0.049 105 M 0.064 0.679 0.033 0.039 0.068 0.016 0.023 0.079 106 L 0.055 0.693 0.032 0.062 0.073 0.007 0.013 0.065 107 E 0.067 0.282 0.177 0.105 0.140 0.034 0.030 0.166 108 L 0.087 0.198 0.151 0.102 0.141 0.031 0.027 0.264 109 S 0.075 0.172 0.115 0.105 0.178 0.045 0.021 0.289 110 S 0.058 0.081 0.093 0.044 0.079 0.069 0.016 0.561 111 I 0.074 0.047 0.204 0.030 0.048 0.158 0.018 0.420 112 G 0.137 0.035 0.088 0.024 0.046 0.141 0.027 0.501 113 G 0.126 0.038 0.075 0.028 0.046 0.132 0.018 0.537 114 G 0.059 0.023 0.050 0.019 0.030 0.104 0.009 0.705 115 G 0.074 0.021 0.044 0.027 0.056 0.109 0.009 0.660 116 R 0.091 0.033 0.036 0.051 0.081 0.140 0.009 0.558 117 A 0.095 0.051 0.021 0.049 0.062 0.092 0.009 0.621 118 A 0.155 0.086 0.031 0.076 0.110 0.101 0.014 0.427 119 R 0.269 0.099 0.020 0.057 0.081 0.066 0.033 0.375 120 R 0.224 0.071 0.029 0.055 0.073 0.051 0.019 0.477 121 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 122 P 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.011 0.001 0.975 123 E 0.093 0.004 0.019 0.017 0.030 0.114 0.010 0.712 124 G 0.352 0.006 0.019 0.013 0.017 0.056 0.023 0.515 125 H 0.276 0.010 0.060 0.035 0.041 0.124 0.007 0.447 126 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 127 T 0.025 0.002 0.053 0.074 0.193 0.163 0.003 0.488 128 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 129 R 0.043 0.002 0.025 0.034 0.071 0.116 0.002 0.706 130 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 131 A 0.051 0.003 0.021 0.021 0.040 0.165 0.005 0.695 132 S 0.376 0.006 0.022 0.019 0.027 0.057 0.007 0.486 133 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 134 E 0.026 0.002 0.011 0.016 0.025 0.126 0.002 0.793 135 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 136 G 0.062 0.016 0.030 0.045 0.112 0.137 0.004 0.595 137 R 0.235 0.046 0.043 0.034 0.048 0.111 0.008 0.475 138 V 0.082 0.145 0.041 0.046 0.090 0.061 0.007 0.528 139 A 0.068 0.175 0.073 0.072 0.137 0.076 0.009 0.390 140 T 0.076 0.176 0.035 0.062 0.071 0.179 0.015 0.386 141 V 0.064 0.308 0.062 0.063 0.120 0.071 0.012 0.300 142 L 0.042 0.430 0.043 0.060 0.123 0.056 0.010 0.235 143 A 0.108 0.298 0.030 0.042 0.056 0.121 0.032 0.313 144 S 0.158 0.278 0.039 0.037 0.058 0.068 0.045 0.318 145 V 0.148 0.267 0.057 0.047 0.079 0.064 0.022 0.316 146 K 0.029 0.064 0.021 0.025 0.029 0.107 0.013 0.713 147 H 0.076 0.079 0.044 0.042 0.102 0.114 0.021 0.522 148 K 0.100 0.147 0.029 0.043 0.069 0.083 0.014 0.515 149 E 0.103 0.122 0.043 0.065 0.070 0.142 0.018 0.437 150 A 0.174 0.166 0.055 0.098 0.110 0.062 0.018 0.316 151 I 0.090 0.093 0.081 0.155 0.276 0.030 0.018 0.256 152 G 0.060 0.068 0.078 0.223 0.205 0.062 0.013 0.290 153 P 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.985 154 G 0.009 0.003 0.013 0.012 0.028 0.152 0.008 0.776 155 G 0.468 0.003 0.027 0.017 0.029 0.054 0.063 0.339 156 E 0.398 0.005 0.089 0.081 0.058 0.179 0.016 0.173 157 V 0.010 0.002 0.026 0.056 0.048 0.064 0.002 0.791 158 V 0.004 0.001 0.067 0.240 0.598 0.019 0.001 0.071 159 N 0.006 0.002 0.026 0.077 0.099 0.065 0.002 0.723 160 R 0.021 0.003 0.070 0.175 0.306 0.055 0.004 0.365 161 R 0.019 0.004 0.054 0.107 0.157 0.059 0.005 0.594 162 R 0.039 0.005 0.144 0.228 0.239 0.071 0.009 0.267 163 T 0.031 0.009 0.069 0.105 0.143 0.092 0.005 0.545 164 L 0.027 0.012 0.132 0.110 0.306 0.046 0.004 0.363 165 S 0.017 0.010 0.091 0.066 0.173 0.102 0.006 0.535 166 G 0.062 0.010 0.095 0.081 0.116 0.106 0.008 0.523 167 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.986 168 V 0.046 0.014 0.053 0.025 0.106 0.123 0.005 0.627 169 T 0.046 0.055 0.039 0.019 0.036 0.101 0.006 0.697 170 G 0.080 0.090 0.019 0.016 0.041 0.084 0.009 0.662 171 L 0.147 0.255 0.032 0.027 0.049 0.136 0.007 0.347 172 L 0.022 0.650 0.014 0.027 0.063 0.059 0.003 0.163 173 A 0.013 0.807 0.006 0.012 0.035 0.018 0.003 0.107 174 T 0.036 0.830 0.007 0.011 0.025 0.016 0.008 0.067 175 A 0.060 0.863 0.006 0.015 0.016 0.004 0.009 0.026 176 R 0.076 0.755 0.011 0.028 0.025 0.006 0.030 0.070 177 R 0.162 0.421 0.049 0.032 0.044 0.020 0.080 0.192 178 G 0.176 0.119 0.051 0.030 0.034 0.034 0.042 0.513 179 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 180 G 0.008 0.003 0.012 0.005 0.008 0.052 0.003 0.909 181 E 0.354 0.013 0.026 0.016 0.023 0.075 0.013 0.480 182 S 0.201 0.023 0.027 0.016 0.022 0.064 0.009 0.638 183 A 0.174 0.026 0.036 0.026 0.043 0.134 0.015 0.545 184 D 0.256 0.019 0.037 0.039 0.048 0.104 0.011 0.487 185 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 186 G 0.038 0.004 0.019 0.029 0.044 0.183 0.004 0.679 187 P 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.982 188 F 0.038 0.006 0.030 0.079 0.150 0.073 0.004 0.619 189 V 0.099 0.016 0.075 0.087 0.146 0.065 0.005 0.507 190 E 0.053 0.034 0.044 0.101 0.104 0.113 0.007 0.544 191 D 0.083 0.026 0.043 0.057 0.108 0.080 0.015 0.590 192 G 0.113 0.024 0.036 0.039 0.060 0.124 0.025 0.578 193 T 0.147 0.014 0.040 0.041 0.052 0.271 0.034 0.400 194 G 0.071 0.011 0.025 0.028 0.036 0.106 0.012 0.711 195 R 0.054 0.013 0.040 0.080 0.104 0.234 0.008 0.467 196 Q 0.056 0.010 0.023 0.032 0.057 0.089 0.011 0.721 197 R 0.106 0.021 0.066 0.103 0.183 0.105 0.006 0.409 198 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 199 R 0.022 0.006 0.025 0.033 0.110 0.091 0.005 0.710 200 G 0.180 0.011 0.027 0.021 0.033 0.079 0.015 0.635