# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.05968 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.602 0.229 0.092 0.049 0.022 0.006 0.001 2 A 0.507 0.254 0.117 0.081 0.030 0.010 0.001 3 G 0.376 0.241 0.198 0.122 0.047 0.015 0.002 4 P 0.361 0.343 0.180 0.088 0.020 0.007 0.001 5 Y 0.103 0.131 0.191 0.232 0.217 0.111 0.015 6 A 0.084 0.081 0.109 0.215 0.251 0.216 0.045 7 T 0.088 0.149 0.190 0.211 0.180 0.149 0.033 8 V 0.073 0.096 0.131 0.204 0.243 0.200 0.053 9 Q 0.157 0.247 0.213 0.179 0.130 0.062 0.012 10 R 0.119 0.155 0.173 0.226 0.192 0.112 0.023 11 R 0.169 0.191 0.187 0.177 0.163 0.094 0.019 12 V 0.189 0.168 0.160 0.197 0.151 0.108 0.027 13 G 0.274 0.193 0.146 0.142 0.134 0.088 0.024 14 R 0.239 0.209 0.177 0.168 0.109 0.076 0.021 15 S 0.228 0.144 0.125 0.153 0.168 0.136 0.047 16 H 0.223 0.208 0.170 0.162 0.125 0.085 0.026 17 S 0.234 0.182 0.155 0.164 0.133 0.099 0.035 18 V 0.160 0.141 0.141 0.179 0.200 0.142 0.037 19 R 0.197 0.235 0.208 0.177 0.107 0.064 0.012 20 A 0.164 0.136 0.165 0.203 0.197 0.119 0.017 21 P 0.316 0.300 0.191 0.124 0.048 0.019 0.002 22 A 0.253 0.162 0.199 0.206 0.125 0.051 0.004 23 G 0.569 0.242 0.111 0.054 0.018 0.005 0.001 24 A 0.715 0.215 0.043 0.018 0.006 0.002 0.001 25 D 0.614 0.224 0.089 0.048 0.018 0.005 0.001 26 K 0.551 0.237 0.119 0.065 0.022 0.006 0.001 27 N 0.467 0.294 0.142 0.063 0.025 0.009 0.001 28 V 0.152 0.125 0.178 0.242 0.193 0.094 0.015 29 N 0.221 0.235 0.179 0.148 0.130 0.075 0.012 30 R 0.140 0.152 0.168 0.192 0.164 0.141 0.042 31 S 0.103 0.082 0.094 0.139 0.194 0.241 0.146 32 Q 0.053 0.051 0.063 0.104 0.164 0.299 0.265 33 S 0.067 0.055 0.067 0.106 0.169 0.266 0.270 34 F 0.058 0.059 0.068 0.095 0.158 0.292 0.269 35 A 0.072 0.059 0.073 0.128 0.155 0.269 0.243 36 V 0.072 0.062 0.074 0.123 0.176 0.300 0.194 37 R 0.185 0.162 0.168 0.185 0.153 0.112 0.035 38 P 0.401 0.247 0.125 0.102 0.072 0.045 0.009 39 R 0.402 0.239 0.140 0.113 0.066 0.033 0.006 40 K 0.499 0.218 0.111 0.081 0.058 0.028 0.004 41 K 0.492 0.230 0.124 0.082 0.045 0.022 0.004 42 G 0.506 0.196 0.112 0.088 0.059 0.033 0.007 43 P 0.461 0.217 0.125 0.092 0.061 0.035 0.008 44 P 0.429 0.190 0.124 0.106 0.081 0.053 0.016 45 P 0.362 0.193 0.129 0.115 0.096 0.075 0.030 46 P 0.329 0.204 0.142 0.122 0.096 0.072 0.035 47 P 0.189 0.141 0.118 0.137 0.164 0.160 0.090 48 P 0.135 0.124 0.111 0.133 0.174 0.190 0.133 49 K 0.053 0.039 0.050 0.097 0.147 0.277 0.337 50 R 0.041 0.038 0.052 0.092 0.139 0.270 0.369 51 S 0.032 0.027 0.032 0.061 0.123 0.283 0.444 52 S 0.024 0.025 0.024 0.043 0.087 0.260 0.536 53 S 0.027 0.028 0.031 0.064 0.093 0.240 0.518 54 A 0.023 0.027 0.034 0.073 0.142 0.286 0.416 55 L 0.035 0.046 0.050 0.093 0.172 0.298 0.306 56 A 0.038 0.048 0.053 0.102 0.181 0.317 0.260 57 S 0.073 0.103 0.107 0.168 0.192 0.222 0.135 58 A 0.073 0.110 0.155 0.206 0.239 0.175 0.041 59 N 0.119 0.238 0.267 0.215 0.104 0.050 0.007 60 L 0.115 0.133 0.197 0.254 0.204 0.088 0.008 61 A 0.322 0.255 0.178 0.142 0.078 0.025 0.001 62 D 0.530 0.273 0.121 0.055 0.017 0.004 0.001 63 E 0.563 0.294 0.094 0.038 0.009 0.002 0.001 64 P 0.349 0.335 0.181 0.099 0.029 0.006 0.001 65 V 0.134 0.132 0.258 0.303 0.146 0.026 0.001 66 P 0.540 0.308 0.104 0.036 0.010 0.001 0.001 67 D 0.625 0.263 0.077 0.028 0.007 0.001 0.001 68 A 0.565 0.265 0.103 0.050 0.015 0.002 0.001 69 E 0.591 0.291 0.077 0.031 0.009 0.002 0.001 70 P 0.453 0.252 0.175 0.090 0.024 0.005 0.001 71 E 0.550 0.239 0.136 0.057 0.015 0.003 0.001 72 D 0.496 0.275 0.135 0.066 0.022 0.006 0.001 73 G 0.213 0.192 0.205 0.215 0.125 0.047 0.004 74 L 0.177 0.223 0.209 0.192 0.123 0.069 0.006 75 L 0.165 0.202 0.198 0.197 0.140 0.087 0.012 76 G 0.174 0.177 0.169 0.184 0.170 0.106 0.020 77 V 0.147 0.184 0.179 0.183 0.176 0.109 0.022 78 R 0.138 0.183 0.203 0.206 0.159 0.092 0.019 79 A 0.135 0.169 0.196 0.208 0.171 0.100 0.021 80 Q 0.156 0.224 0.194 0.183 0.141 0.083 0.018 81 C 0.071 0.125 0.179 0.250 0.213 0.135 0.027 82 R 0.070 0.128 0.177 0.236 0.222 0.144 0.023 83 R 0.065 0.134 0.177 0.230 0.211 0.152 0.030 84 A 0.054 0.057 0.071 0.143 0.240 0.321 0.115 85 S 0.115 0.167 0.185 0.214 0.158 0.124 0.038 86 D 0.140 0.178 0.207 0.220 0.124 0.095 0.036 87 L 0.089 0.094 0.108 0.164 0.225 0.232 0.088 88 A 0.113 0.120 0.113 0.154 0.186 0.212 0.102 89 G 0.098 0.103 0.102 0.148 0.184 0.238 0.127 90 S 0.186 0.205 0.170 0.179 0.123 0.095 0.042 91 V 0.153 0.139 0.146 0.173 0.187 0.150 0.053 92 D 0.228 0.257 0.192 0.145 0.090 0.064 0.023 93 T 0.183 0.128 0.137 0.188 0.174 0.139 0.050 94 G 0.203 0.200 0.175 0.159 0.130 0.096 0.036 95 S 0.151 0.155 0.134 0.167 0.160 0.163 0.071 96 A 0.103 0.114 0.140 0.183 0.193 0.193 0.075 97 G 0.130 0.175 0.187 0.185 0.149 0.123 0.051 98 S 0.046 0.061 0.091 0.142 0.184 0.256 0.219 99 V 0.022 0.023 0.031 0.071 0.160 0.359 0.333 100 K 0.033 0.072 0.119 0.188 0.214 0.251 0.122 101 S 0.030 0.050 0.081 0.141 0.199 0.274 0.225 102 I 0.005 0.008 0.014 0.037 0.097 0.359 0.480 103 A 0.009 0.017 0.030 0.072 0.154 0.314 0.404 104 A 0.013 0.026 0.042 0.075 0.158 0.323 0.363 105 M 0.022 0.044 0.062 0.120 0.184 0.294 0.274 106 L 0.012 0.016 0.024 0.062 0.147 0.371 0.369 107 E 0.026 0.052 0.066 0.120 0.222 0.312 0.201 108 L 0.044 0.071 0.088 0.152 0.244 0.258 0.143 109 S 0.093 0.114 0.116 0.192 0.197 0.203 0.085 110 S 0.155 0.197 0.207 0.200 0.121 0.091 0.029 111 I 0.161 0.132 0.149 0.203 0.170 0.134 0.049 112 G 0.222 0.167 0.144 0.165 0.145 0.117 0.040 113 G 0.246 0.201 0.175 0.162 0.102 0.083 0.031 114 G 0.274 0.194 0.132 0.142 0.118 0.096 0.043 115 G 0.175 0.153 0.150 0.164 0.173 0.135 0.050 116 R 0.139 0.164 0.178 0.194 0.156 0.121 0.048 117 A 0.123 0.117 0.101 0.138 0.202 0.228 0.091 118 A 0.116 0.125 0.135 0.191 0.209 0.172 0.051 119 R 0.169 0.220 0.216 0.180 0.125 0.076 0.014 120 R 0.161 0.231 0.219 0.208 0.120 0.054 0.007 121 P 0.159 0.160 0.166 0.207 0.199 0.097 0.010 122 P 0.315 0.249 0.188 0.142 0.076 0.027 0.003 123 E 0.565 0.261 0.106 0.048 0.015 0.005 0.001 124 G 0.320 0.224 0.197 0.166 0.068 0.022 0.002 125 H 0.261 0.230 0.205 0.170 0.094 0.037 0.002 126 P 0.264 0.220 0.190 0.171 0.106 0.045 0.003 127 T 0.452 0.282 0.135 0.079 0.038 0.013 0.001 128 P 0.408 0.255 0.160 0.109 0.050 0.017 0.001 129 R 0.353 0.265 0.190 0.117 0.056 0.017 0.001 130 P 0.274 0.246 0.207 0.161 0.083 0.027 0.002 131 A 0.214 0.209 0.225 0.203 0.109 0.037 0.002 132 S 0.388 0.283 0.163 0.101 0.049 0.016 0.001 133 P 0.488 0.268 0.134 0.076 0.026 0.008 0.001 134 E 0.481 0.256 0.136 0.083 0.034 0.010 0.001 135 P 0.316 0.331 0.197 0.105 0.037 0.013 0.001 136 G 0.108 0.109 0.180 0.267 0.231 0.096 0.009 137 R 0.166 0.275 0.241 0.180 0.094 0.041 0.003 138 V 0.140 0.184 0.196 0.222 0.160 0.088 0.010 139 A 0.136 0.179 0.215 0.228 0.157 0.075 0.009 140 T 0.156 0.229 0.209 0.198 0.134 0.065 0.010 141 V 0.073 0.100 0.142 0.217 0.268 0.171 0.029 142 L 0.105 0.159 0.183 0.222 0.202 0.114 0.015 143 A 0.157 0.224 0.210 0.186 0.140 0.074 0.009 144 S 0.113 0.196 0.227 0.235 0.156 0.065 0.007 145 V 0.122 0.161 0.215 0.241 0.196 0.060 0.005 146 K 0.262 0.319 0.206 0.124 0.066 0.021 0.002 147 H 0.240 0.272 0.194 0.173 0.086 0.031 0.004 148 K 0.133 0.219 0.277 0.243 0.095 0.030 0.002 149 E 0.122 0.261 0.301 0.231 0.065 0.019 0.001 150 A 0.043 0.068 0.132 0.202 0.312 0.228 0.015 151 I 0.071 0.097 0.148 0.318 0.227 0.126 0.013 152 G 0.179 0.205 0.277 0.215 0.089 0.033 0.003 153 P 0.414 0.319 0.160 0.084 0.020 0.004 0.001 154 G 0.693 0.252 0.039 0.011 0.004 0.001 0.001 155 G 0.385 0.227 0.154 0.145 0.070 0.019 0.002 156 E 0.389 0.360 0.146 0.066 0.028 0.010 0.001 157 V 0.131 0.165 0.213 0.246 0.157 0.078 0.010 158 V 0.188 0.213 0.238 0.191 0.116 0.048 0.006 159 N 0.211 0.219 0.205 0.173 0.118 0.061 0.013 160 R 0.081 0.097 0.137 0.209 0.239 0.184 0.052 161 R 0.077 0.123 0.147 0.195 0.223 0.188 0.047 162 R 0.084 0.114 0.151 0.204 0.208 0.181 0.057 163 T 0.113 0.119 0.118 0.153 0.191 0.208 0.098 164 L 0.063 0.055 0.071 0.135 0.212 0.301 0.163 165 S 0.139 0.160 0.136 0.153 0.168 0.165 0.078 166 G 0.119 0.132 0.155 0.197 0.191 0.152 0.055 167 P 0.147 0.180 0.167 0.179 0.151 0.127 0.050 168 V 0.071 0.083 0.103 0.160 0.224 0.257 0.101 169 T 0.155 0.165 0.192 0.194 0.160 0.103 0.031 170 G 0.122 0.193 0.239 0.221 0.124 0.076 0.025 171 L 0.038 0.041 0.058 0.119 0.225 0.355 0.163 172 L 0.045 0.070 0.108 0.203 0.272 0.245 0.056 173 A 0.124 0.260 0.249 0.186 0.112 0.061 0.008 174 T 0.055 0.106 0.175 0.283 0.233 0.132 0.016 175 A 0.049 0.067 0.119 0.211 0.309 0.222 0.022 176 R 0.188 0.292 0.249 0.166 0.084 0.021 0.001 177 R 0.392 0.355 0.145 0.074 0.028 0.006 0.001 178 G 0.401 0.285 0.156 0.107 0.042 0.008 0.001 179 P 0.491 0.281 0.123 0.070 0.029 0.006 0.001 180 G 0.492 0.265 0.155 0.066 0.019 0.003 0.001 181 E 0.535 0.289 0.120 0.045 0.010 0.001 0.001 182 S 0.345 0.313 0.197 0.103 0.035 0.007 0.001 183 A 0.175 0.145 0.237 0.272 0.141 0.029 0.001 184 D 0.561 0.307 0.090 0.030 0.010 0.002 0.001 185 P 0.605 0.283 0.070 0.031 0.009 0.002 0.001 186 G 0.385 0.271 0.180 0.112 0.044 0.008 0.001 187 P 0.350 0.337 0.186 0.093 0.028 0.006 0.001 188 F 0.125 0.179 0.265 0.256 0.136 0.037 0.002 189 V 0.136 0.147 0.233 0.256 0.176 0.051 0.002 190 E 0.436 0.310 0.151 0.073 0.026 0.005 0.001 191 D 0.653 0.258 0.059 0.022 0.007 0.001 0.001 192 G 0.484 0.236 0.146 0.095 0.031 0.006 0.001 193 T 0.599 0.249 0.096 0.041 0.013 0.003 0.001 194 G 0.530 0.258 0.123 0.064 0.020 0.004 0.001 195 R 0.420 0.253 0.175 0.101 0.041 0.010 0.001 196 Q 0.437 0.257 0.162 0.094 0.040 0.010 0.001 197 R 0.540 0.256 0.122 0.057 0.020 0.005 0.001 198 P 0.623 0.205 0.097 0.052 0.018 0.005 0.001 199 R 0.689 0.179 0.082 0.036 0.011 0.003 0.001 200 G 0.792 0.154 0.035 0.013 0.004 0.001 0.001