# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.60949 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.005 0.002 0.016 0.023 0.046 0.128 0.018 0.761 2 A 0.040 0.006 0.017 0.024 0.051 0.113 0.020 0.729 3 G 0.254 0.018 0.021 0.036 0.029 0.095 0.100 0.447 4 P 0.046 0.056 0.044 0.046 0.087 0.126 0.059 0.537 5 Y 0.013 0.019 0.063 0.029 0.119 0.084 0.043 0.629 6 A 0.021 0.022 0.101 0.235 0.227 0.073 0.071 0.250 7 T 0.028 0.025 0.143 0.162 0.261 0.047 0.080 0.254 8 V 0.028 0.016 0.093 0.219 0.308 0.053 0.055 0.227 9 Q 0.010 0.007 0.131 0.178 0.322 0.047 0.056 0.249 10 R 0.036 0.007 0.049 0.163 0.190 0.076 0.032 0.447 11 R 0.056 0.009 0.047 0.145 0.159 0.091 0.048 0.446 12 V 0.023 0.009 0.026 0.043 0.078 0.118 0.032 0.671 13 G 0.050 0.018 0.046 0.052 0.086 0.117 0.076 0.555 14 R 0.080 0.034 0.023 0.067 0.067 0.104 0.083 0.543 15 S 0.099 0.063 0.026 0.041 0.062 0.089 0.086 0.533 16 H 0.081 0.053 0.033 0.068 0.128 0.108 0.053 0.477 17 S 0.051 0.025 0.038 0.067 0.117 0.102 0.070 0.530 18 V 0.034 0.027 0.037 0.074 0.107 0.129 0.057 0.535 19 R 0.034 0.020 0.041 0.057 0.093 0.118 0.056 0.582 20 A 0.198 0.046 0.018 0.036 0.035 0.115 0.055 0.497 21 P 0.120 0.057 0.023 0.023 0.027 0.097 0.059 0.592 22 A 0.097 0.050 0.010 0.009 0.019 0.102 0.024 0.688 23 G 0.141 0.049 0.024 0.027 0.030 0.095 0.118 0.515 24 A 0.092 0.054 0.011 0.021 0.027 0.106 0.053 0.636 25 D 0.110 0.034 0.024 0.021 0.044 0.091 0.098 0.577 26 K 0.049 0.018 0.020 0.045 0.064 0.129 0.038 0.638 27 N 0.045 0.011 0.027 0.037 0.079 0.106 0.059 0.637 28 V 0.024 0.009 0.023 0.041 0.063 0.148 0.033 0.659 29 N 0.055 0.018 0.039 0.049 0.103 0.135 0.084 0.518 30 R 0.053 0.033 0.030 0.047 0.058 0.132 0.083 0.565 31 S 0.056 0.072 0.036 0.057 0.120 0.112 0.056 0.492 32 Q 0.094 0.065 0.032 0.089 0.185 0.072 0.065 0.397 33 S 0.056 0.042 0.025 0.141 0.323 0.059 0.032 0.323 34 F 0.041 0.020 0.026 0.219 0.295 0.060 0.019 0.321 35 A 0.003 0.005 0.022 0.223 0.379 0.078 0.018 0.273 36 V 0.008 0.005 0.033 0.148 0.264 0.073 0.039 0.429 37 R 0.150 0.016 0.023 0.299 0.207 0.041 0.127 0.138 38 P 0.205 0.011 0.018 0.057 0.085 0.068 0.046 0.510 39 R 0.197 0.006 0.013 0.047 0.069 0.075 0.043 0.551 40 K 0.019 0.001 0.010 0.018 0.032 0.091 0.018 0.811 41 K 0.025 0.001 0.010 0.018 0.031 0.086 0.022 0.807 42 G 0.064 0.002 0.017 0.041 0.036 0.114 0.041 0.685 43 P 0.029 0.001 0.016 0.020 0.025 0.098 0.024 0.787 44 P 0.036 0.001 0.018 0.017 0.022 0.099 0.021 0.787 45 P 0.030 0.001 0.014 0.013 0.016 0.112 0.020 0.793 46 P 0.046 0.004 0.013 0.008 0.010 0.115 0.020 0.784 47 P 0.083 0.010 0.025 0.015 0.021 0.158 0.053 0.636 48 P 0.052 0.008 0.027 0.009 0.016 0.124 0.054 0.709 49 K 0.082 0.018 0.058 0.021 0.026 0.170 0.119 0.506 50 R 0.058 0.030 0.062 0.013 0.023 0.170 0.074 0.571 51 S 0.045 0.038 0.085 0.016 0.034 0.166 0.061 0.557 52 S 0.061 0.049 0.095 0.021 0.041 0.139 0.079 0.515 53 S 0.079 0.063 0.140 0.033 0.061 0.115 0.218 0.290 54 A 0.068 0.065 0.094 0.039 0.068 0.143 0.111 0.412 55 L 0.046 0.030 0.107 0.043 0.075 0.137 0.095 0.466 56 A 0.045 0.040 0.054 0.040 0.059 0.153 0.069 0.539 57 S 0.150 0.059 0.036 0.020 0.035 0.138 0.085 0.476 58 A 0.058 0.027 0.055 0.037 0.045 0.158 0.081 0.540 59 N 0.156 0.020 0.025 0.014 0.027 0.110 0.055 0.594 60 L 0.380 0.013 0.018 0.018 0.018 0.100 0.072 0.382 61 A 0.029 0.005 0.011 0.009 0.020 0.136 0.023 0.768 62 D 0.028 0.005 0.011 0.008 0.020 0.106 0.027 0.797 63 E 0.019 0.007 0.030 0.046 0.054 0.191 0.044 0.608 64 P 0.043 0.010 0.030 0.021 0.038 0.118 0.034 0.707 65 V 0.241 0.023 0.026 0.049 0.051 0.113 0.054 0.443 66 P 0.062 0.015 0.018 0.015 0.024 0.111 0.029 0.726 67 D 0.055 0.028 0.021 0.029 0.049 0.124 0.049 0.645 68 A 0.036 0.020 0.021 0.025 0.038 0.140 0.039 0.681 69 E 0.144 0.036 0.023 0.035 0.037 0.159 0.056 0.510 70 P 0.265 0.053 0.011 0.016 0.019 0.091 0.035 0.509 71 E 0.145 0.079 0.007 0.010 0.021 0.093 0.034 0.612 72 D 0.038 0.042 0.018 0.019 0.043 0.114 0.040 0.686 73 G 0.146 0.082 0.017 0.049 0.073 0.116 0.063 0.453 74 L 0.122 0.075 0.020 0.053 0.064 0.096 0.055 0.515 75 L 0.020 0.050 0.031 0.050 0.118 0.113 0.028 0.589 76 G 0.035 0.079 0.033 0.067 0.134 0.084 0.065 0.502 77 V 0.086 0.147 0.034 0.098 0.082 0.080 0.071 0.402 78 R 0.089 0.168 0.041 0.082 0.108 0.072 0.075 0.365 79 A 0.057 0.120 0.031 0.056 0.081 0.078 0.071 0.506 80 Q 0.093 0.122 0.037 0.064 0.078 0.088 0.073 0.445 81 C 0.079 0.060 0.028 0.040 0.050 0.100 0.107 0.536 82 R 0.046 0.049 0.033 0.040 0.045 0.116 0.106 0.566 83 R 0.137 0.059 0.023 0.020 0.027 0.108 0.061 0.566 84 A 0.132 0.036 0.024 0.019 0.024 0.121 0.078 0.565 85 S 0.087 0.021 0.021 0.012 0.021 0.120 0.042 0.676 86 D 0.085 0.018 0.023 0.017 0.027 0.133 0.079 0.618 87 L 0.032 0.013 0.026 0.014 0.021 0.168 0.051 0.675 88 A 0.051 0.015 0.040 0.023 0.044 0.186 0.062 0.579 89 G 0.034 0.007 0.029 0.021 0.033 0.159 0.094 0.623 90 S 0.082 0.019 0.051 0.027 0.041 0.153 0.152 0.476 91 V 0.103 0.014 0.037 0.024 0.037 0.176 0.062 0.547 92 D 0.050 0.011 0.036 0.018 0.036 0.166 0.072 0.611 93 T 0.033 0.013 0.042 0.014 0.032 0.176 0.042 0.648 94 G 0.075 0.020 0.038 0.021 0.034 0.175 0.064 0.574 95 S 0.134 0.110 0.028 0.019 0.027 0.123 0.130 0.428 96 A 0.070 0.159 0.025 0.013 0.028 0.149 0.040 0.515 97 G 0.033 0.079 0.034 0.025 0.041 0.116 0.124 0.549 98 S 0.049 0.442 0.016 0.018 0.023 0.058 0.249 0.144 99 V 0.052 0.751 0.011 0.007 0.012 0.028 0.044 0.094 100 K 0.041 0.610 0.016 0.027 0.034 0.041 0.042 0.188 101 S 0.035 0.769 0.012 0.009 0.011 0.020 0.051 0.092 102 I 0.061 0.792 0.009 0.008 0.010 0.018 0.035 0.067 103 A 0.130 0.475 0.029 0.030 0.033 0.040 0.074 0.188 104 A 0.107 0.234 0.017 0.028 0.040 0.067 0.099 0.408 105 M 0.087 0.054 0.030 0.028 0.066 0.115 0.161 0.458 106 L 0.028 0.027 0.029 0.070 0.108 0.136 0.193 0.409 107 E 0.022 0.017 0.025 0.041 0.085 0.147 0.061 0.601 108 L 0.036 0.012 0.033 0.058 0.091 0.156 0.059 0.555 109 S 0.095 0.015 0.036 0.050 0.055 0.160 0.070 0.520 110 S 0.182 0.016 0.027 0.019 0.028 0.133 0.059 0.535 111 I 0.063 0.012 0.018 0.012 0.018 0.157 0.026 0.693 112 G 0.084 0.021 0.017 0.010 0.017 0.156 0.030 0.666 113 G 0.078 0.052 0.016 0.016 0.023 0.137 0.039 0.640 114 G 0.110 0.117 0.018 0.018 0.030 0.106 0.052 0.548 115 G 0.114 0.080 0.040 0.051 0.066 0.102 0.102 0.446 116 R 0.128 0.045 0.029 0.071 0.093 0.105 0.058 0.473 117 A 0.150 0.023 0.028 0.045 0.078 0.098 0.054 0.525 118 A 0.036 0.013 0.021 0.045 0.080 0.139 0.033 0.633 119 R 0.015 0.008 0.021 0.037 0.075 0.112 0.039 0.693 120 R 0.048 0.011 0.022 0.038 0.042 0.129 0.050 0.660 121 P 0.370 0.018 0.022 0.031 0.033 0.092 0.092 0.343 122 P 0.176 0.009 0.012 0.012 0.019 0.101 0.044 0.626 123 E 0.017 0.002 0.017 0.011 0.030 0.117 0.026 0.779 124 G 0.021 0.002 0.023 0.017 0.033 0.134 0.036 0.733 125 H 0.050 0.006 0.031 0.041 0.045 0.172 0.047 0.609 126 P 0.030 0.003 0.021 0.013 0.017 0.127 0.023 0.766 127 T 0.074 0.011 0.023 0.019 0.025 0.136 0.062 0.650 128 P 0.100 0.010 0.015 0.009 0.014 0.117 0.041 0.693 129 R 0.179 0.018 0.020 0.017 0.021 0.132 0.073 0.539 130 P 0.053 0.015 0.016 0.011 0.021 0.128 0.035 0.720 131 A 0.056 0.012 0.017 0.012 0.023 0.147 0.034 0.699 132 S 0.063 0.026 0.022 0.024 0.035 0.150 0.067 0.614 133 P 0.089 0.031 0.015 0.011 0.019 0.120 0.034 0.681 134 E 0.198 0.068 0.020 0.026 0.034 0.109 0.058 0.486 135 P 0.056 0.051 0.016 0.012 0.028 0.110 0.037 0.690 136 G 0.037 0.038 0.031 0.030 0.053 0.127 0.091 0.592 137 R 0.060 0.125 0.024 0.043 0.052 0.120 0.105 0.471 138 V 0.082 0.208 0.027 0.028 0.042 0.089 0.067 0.457 139 A 0.081 0.167 0.036 0.044 0.080 0.093 0.050 0.449 140 T 0.064 0.109 0.034 0.043 0.075 0.073 0.216 0.387 141 V 0.062 0.130 0.035 0.060 0.079 0.099 0.167 0.368 142 L 0.085 0.101 0.033 0.064 0.096 0.085 0.069 0.467 143 A 0.039 0.067 0.022 0.056 0.076 0.093 0.053 0.595 144 S 0.052 0.104 0.032 0.031 0.059 0.108 0.065 0.549 145 V 0.062 0.121 0.026 0.061 0.057 0.130 0.043 0.499 146 K 0.055 0.153 0.015 0.021 0.025 0.076 0.036 0.619 147 H 0.226 0.418 0.009 0.013 0.016 0.041 0.052 0.227 148 K 0.109 0.280 0.031 0.028 0.036 0.066 0.086 0.363 149 E 0.149 0.143 0.025 0.032 0.035 0.079 0.054 0.484 150 A 0.063 0.026 0.057 0.043 0.047 0.130 0.097 0.536 151 I 0.059 0.013 0.021 0.014 0.022 0.124 0.034 0.713 152 G 0.642 0.014 0.007 0.005 0.007 0.046 0.030 0.248 153 P 0.055 0.010 0.004 0.004 0.006 0.087 0.013 0.821 154 G 0.031 0.025 0.006 0.004 0.016 0.086 0.017 0.815 155 G 0.033 0.032 0.021 0.022 0.032 0.120 0.063 0.676 156 E 0.033 0.064 0.051 0.120 0.072 0.122 0.067 0.471 157 V 0.091 0.074 0.064 0.041 0.054 0.065 0.067 0.544 158 V 0.155 0.046 0.045 0.045 0.055 0.081 0.077 0.497 159 N 0.083 0.025 0.050 0.050 0.049 0.061 0.140 0.543 160 R 0.042 0.026 0.018 0.027 0.045 0.091 0.061 0.690 161 R 0.042 0.012 0.051 0.042 0.079 0.101 0.085 0.587 162 R 0.056 0.010 0.031 0.068 0.103 0.122 0.041 0.570 163 T 0.031 0.005 0.030 0.031 0.051 0.096 0.045 0.710 164 L 0.017 0.008 0.033 0.043 0.070 0.142 0.030 0.658 165 S 0.047 0.012 0.044 0.026 0.050 0.098 0.119 0.603 166 G 0.033 0.036 0.052 0.074 0.048 0.134 0.099 0.525 167 P 0.043 0.135 0.039 0.017 0.027 0.105 0.026 0.608 168 V 0.119 0.430 0.027 0.020 0.023 0.056 0.043 0.283 169 T 0.095 0.570 0.019 0.008 0.012 0.045 0.028 0.222 170 G 0.063 0.224 0.033 0.013 0.016 0.051 0.420 0.181 171 L 0.048 0.428 0.032 0.014 0.014 0.062 0.244 0.157 172 L 0.235 0.407 0.028 0.015 0.024 0.041 0.083 0.167 173 A 0.133 0.129 0.024 0.022 0.036 0.072 0.072 0.512 174 T 0.093 0.054 0.022 0.020 0.040 0.081 0.096 0.594 175 A 0.124 0.022 0.013 0.021 0.026 0.147 0.049 0.597 176 R 0.021 0.005 0.020 0.020 0.033 0.148 0.041 0.711 177 R 0.048 0.004 0.012 0.010 0.017 0.128 0.019 0.762 178 G 0.253 0.009 0.018 0.018 0.021 0.120 0.072 0.490 179 P 0.022 0.004 0.015 0.011 0.016 0.128 0.022 0.782 180 G 0.036 0.004 0.014 0.008 0.017 0.097 0.023 0.802 181 E 0.120 0.009 0.018 0.023 0.019 0.133 0.070 0.608 182 S 0.067 0.012 0.021 0.016 0.023 0.128 0.052 0.680 183 A 0.058 0.008 0.020 0.015 0.030 0.134 0.030 0.704 184 D 0.038 0.010 0.023 0.030 0.046 0.134 0.037 0.681 185 P 0.086 0.033 0.020 0.016 0.030 0.107 0.029 0.678 186 G 0.099 0.043 0.031 0.041 0.052 0.141 0.045 0.548 187 P 0.030 0.019 0.041 0.036 0.058 0.117 0.066 0.633 188 F 0.171 0.027 0.032 0.044 0.071 0.091 0.109 0.455 189 V 0.227 0.009 0.024 0.040 0.045 0.103 0.113 0.439 190 E 0.037 0.010 0.015 0.026 0.044 0.109 0.040 0.720 191 D 0.012 0.005 0.008 0.010 0.031 0.096 0.009 0.831 192 G 0.036 0.008 0.020 0.039 0.044 0.122 0.024 0.708 193 T 0.240 0.042 0.016 0.049 0.062 0.078 0.055 0.458 194 G 0.216 0.015 0.018 0.042 0.050 0.076 0.049 0.533 195 R 0.017 0.004 0.026 0.103 0.153 0.102 0.037 0.559 196 Q 0.014 0.001 0.014 0.028 0.061 0.067 0.022 0.793 197 R 0.083 0.002 0.018 0.120 0.110 0.128 0.045 0.494 198 P 0.032 0.001 0.008 0.015 0.026 0.074 0.017 0.826 199 R 0.066 0.004 0.011 0.026 0.050 0.124 0.027 0.692 200 G 0.030 0.004 0.012 0.017 0.033 0.092 0.022 0.790