# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.60949 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.306 0.137 0.041 0.090 0.078 0.080 0.096 0.056 0.054 0.038 0.025 2 A 0.275 0.164 0.045 0.133 0.106 0.068 0.078 0.045 0.038 0.027 0.021 3 G 0.103 0.075 0.028 0.090 0.092 0.108 0.142 0.116 0.110 0.076 0.060 4 P 0.271 0.257 0.059 0.176 0.117 0.047 0.036 0.016 0.011 0.006 0.003 5 Y 0.080 0.069 0.033 0.141 0.133 0.120 0.139 0.102 0.091 0.054 0.038 6 A 0.021 0.021 0.018 0.041 0.050 0.077 0.141 0.141 0.186 0.159 0.145 7 T 0.034 0.104 0.068 0.223 0.187 0.111 0.124 0.061 0.042 0.027 0.017 8 V 0.013 0.015 0.023 0.038 0.045 0.061 0.121 0.151 0.200 0.170 0.161 9 Q 0.187 0.170 0.099 0.260 0.172 0.043 0.031 0.015 0.011 0.008 0.003 10 R 0.074 0.051 0.042 0.120 0.106 0.112 0.155 0.113 0.109 0.074 0.044 11 R 0.098 0.090 0.055 0.156 0.143 0.118 0.116 0.069 0.071 0.051 0.032 12 V 0.068 0.073 0.051 0.104 0.100 0.111 0.169 0.110 0.105 0.068 0.041 13 G 0.126 0.092 0.070 0.100 0.097 0.093 0.125 0.093 0.091 0.073 0.039 14 R 0.078 0.071 0.049 0.122 0.125 0.113 0.150 0.102 0.089 0.063 0.039 15 S 0.068 0.047 0.036 0.084 0.083 0.091 0.140 0.121 0.137 0.107 0.085 16 H 0.105 0.093 0.057 0.152 0.159 0.104 0.126 0.073 0.064 0.039 0.028 17 S 0.073 0.065 0.055 0.120 0.107 0.099 0.136 0.102 0.109 0.077 0.057 18 V 0.025 0.024 0.032 0.075 0.074 0.098 0.163 0.132 0.155 0.123 0.098 19 R 0.047 0.076 0.066 0.179 0.148 0.122 0.142 0.085 0.065 0.044 0.026 20 A 0.076 0.069 0.057 0.118 0.116 0.117 0.152 0.104 0.087 0.064 0.039 21 P 0.291 0.175 0.066 0.166 0.110 0.064 0.054 0.028 0.022 0.016 0.008 22 A 0.099 0.050 0.028 0.063 0.060 0.082 0.140 0.118 0.141 0.122 0.097 23 G 0.280 0.246 0.058 0.150 0.103 0.050 0.045 0.025 0.020 0.014 0.008 24 A 0.157 0.116 0.051 0.107 0.097 0.093 0.121 0.086 0.074 0.055 0.043 25 D 0.355 0.236 0.060 0.143 0.092 0.043 0.031 0.017 0.011 0.007 0.004 26 K 0.189 0.102 0.045 0.110 0.110 0.120 0.134 0.079 0.055 0.035 0.021 27 N 0.449 0.201 0.074 0.138 0.070 0.029 0.018 0.010 0.006 0.004 0.002 28 V 0.040 0.022 0.025 0.048 0.056 0.108 0.166 0.162 0.164 0.128 0.082 29 N 0.181 0.153 0.133 0.186 0.143 0.073 0.056 0.030 0.023 0.017 0.006 30 R 0.065 0.054 0.084 0.097 0.116 0.128 0.161 0.109 0.092 0.064 0.029 31 S 0.076 0.063 0.123 0.116 0.125 0.112 0.124 0.087 0.081 0.065 0.027 32 Q 0.031 0.028 0.055 0.064 0.085 0.104 0.193 0.163 0.138 0.096 0.043 33 S 0.050 0.052 0.122 0.135 0.130 0.113 0.137 0.095 0.085 0.059 0.022 34 F 0.045 0.037 0.094 0.097 0.111 0.112 0.189 0.106 0.108 0.069 0.032 35 A 0.043 0.046 0.088 0.111 0.106 0.110 0.170 0.101 0.113 0.072 0.040 36 V 0.031 0.026 0.063 0.076 0.081 0.101 0.179 0.119 0.148 0.106 0.070 37 R 0.048 0.062 0.121 0.184 0.187 0.114 0.126 0.067 0.050 0.028 0.013 38 P 0.096 0.071 0.113 0.146 0.130 0.111 0.138 0.074 0.060 0.039 0.019 39 R 0.125 0.077 0.093 0.174 0.155 0.106 0.116 0.062 0.048 0.030 0.014 40 K 0.114 0.086 0.079 0.123 0.106 0.109 0.143 0.089 0.076 0.049 0.027 41 K 0.137 0.116 0.087 0.162 0.141 0.095 0.106 0.063 0.046 0.030 0.016 42 G 0.312 0.142 0.073 0.105 0.084 0.064 0.081 0.054 0.044 0.027 0.015 43 P 0.277 0.180 0.064 0.129 0.107 0.068 0.072 0.041 0.033 0.020 0.010 44 P 0.263 0.118 0.046 0.101 0.090 0.084 0.108 0.074 0.058 0.036 0.022 45 P 0.263 0.136 0.057 0.131 0.115 0.088 0.085 0.053 0.037 0.023 0.013 46 P 0.205 0.139 0.060 0.127 0.114 0.095 0.102 0.068 0.047 0.028 0.016 47 P 0.235 0.125 0.054 0.119 0.116 0.092 0.100 0.068 0.047 0.028 0.015 48 P 0.253 0.103 0.055 0.118 0.113 0.099 0.100 0.064 0.049 0.031 0.016 49 K 0.101 0.076 0.057 0.127 0.140 0.133 0.135 0.087 0.074 0.047 0.023 50 R 0.063 0.052 0.044 0.091 0.111 0.115 0.165 0.132 0.115 0.070 0.041 51 S 0.044 0.041 0.044 0.076 0.102 0.096 0.161 0.141 0.138 0.100 0.057 52 S 0.024 0.028 0.036 0.058 0.083 0.080 0.159 0.170 0.173 0.117 0.073 53 S 0.021 0.023 0.035 0.059 0.077 0.080 0.166 0.153 0.185 0.129 0.072 54 A 0.015 0.014 0.024 0.037 0.047 0.063 0.149 0.140 0.203 0.178 0.130 55 L 0.022 0.029 0.036 0.082 0.100 0.108 0.161 0.134 0.145 0.108 0.075 56 A 0.024 0.023 0.029 0.057 0.069 0.081 0.163 0.165 0.172 0.125 0.092 57 S 0.033 0.039 0.036 0.096 0.101 0.091 0.160 0.134 0.133 0.101 0.076 58 A 0.041 0.029 0.028 0.064 0.066 0.095 0.159 0.135 0.159 0.129 0.095 59 N 0.141 0.116 0.069 0.193 0.160 0.103 0.092 0.047 0.039 0.025 0.016 60 L 0.041 0.038 0.024 0.059 0.056 0.082 0.139 0.122 0.144 0.153 0.142 61 A 0.225 0.215 0.052 0.170 0.123 0.066 0.060 0.033 0.024 0.018 0.013 62 D 0.418 0.240 0.045 0.107 0.075 0.033 0.033 0.020 0.014 0.009 0.006 63 E 0.287 0.131 0.048 0.131 0.110 0.088 0.084 0.048 0.034 0.024 0.014 64 P 0.422 0.168 0.046 0.134 0.073 0.051 0.050 0.024 0.017 0.010 0.005 65 V 0.018 0.028 0.016 0.046 0.047 0.091 0.165 0.157 0.171 0.156 0.105 66 P 0.162 0.182 0.060 0.150 0.125 0.109 0.104 0.050 0.028 0.018 0.010 67 D 0.446 0.222 0.073 0.118 0.058 0.029 0.023 0.013 0.009 0.006 0.003 68 A 0.401 0.122 0.043 0.103 0.096 0.069 0.066 0.040 0.028 0.018 0.014 69 E 0.253 0.264 0.051 0.132 0.105 0.053 0.060 0.032 0.023 0.016 0.009 70 P 0.083 0.080 0.049 0.130 0.120 0.149 0.158 0.098 0.067 0.040 0.026 71 E 0.396 0.204 0.112 0.142 0.072 0.031 0.022 0.010 0.006 0.003 0.002 72 D 0.316 0.193 0.060 0.136 0.101 0.069 0.064 0.030 0.018 0.010 0.005 73 G 0.167 0.102 0.041 0.128 0.113 0.114 0.132 0.074 0.063 0.042 0.024 74 L 0.056 0.058 0.052 0.146 0.138 0.161 0.166 0.081 0.071 0.043 0.025 75 L 0.059 0.072 0.100 0.136 0.134 0.137 0.152 0.092 0.060 0.038 0.019 76 G 0.110 0.149 0.115 0.214 0.146 0.097 0.085 0.037 0.025 0.017 0.007 77 V 0.004 0.005 0.007 0.012 0.015 0.030 0.089 0.174 0.219 0.225 0.219 78 R 0.079 0.115 0.117 0.243 0.181 0.097 0.081 0.038 0.024 0.019 0.007 79 A 0.142 0.098 0.177 0.173 0.115 0.083 0.086 0.045 0.036 0.029 0.014 80 Q 0.073 0.087 0.075 0.163 0.149 0.143 0.147 0.066 0.051 0.030 0.016 81 C 0.037 0.029 0.031 0.055 0.059 0.092 0.189 0.161 0.153 0.115 0.080 82 R 0.138 0.119 0.183 0.205 0.128 0.085 0.066 0.034 0.021 0.015 0.007 83 R 0.142 0.120 0.157 0.192 0.129 0.098 0.082 0.036 0.023 0.014 0.008 84 A 0.094 0.057 0.050 0.096 0.099 0.110 0.162 0.113 0.094 0.072 0.054 85 S 0.216 0.124 0.080 0.159 0.120 0.096 0.094 0.046 0.034 0.021 0.010 86 D 0.152 0.107 0.105 0.143 0.103 0.099 0.106 0.066 0.058 0.038 0.022 87 L 0.060 0.043 0.030 0.057 0.064 0.091 0.170 0.132 0.141 0.118 0.093 88 A 0.155 0.104 0.042 0.095 0.085 0.090 0.130 0.088 0.087 0.068 0.057 89 G 0.116 0.073 0.050 0.094 0.089 0.086 0.121 0.100 0.107 0.084 0.080 90 S 0.098 0.077 0.042 0.096 0.098 0.086 0.132 0.108 0.092 0.089 0.082 91 V 0.120 0.079 0.035 0.130 0.116 0.132 0.133 0.101 0.069 0.049 0.035 92 D 0.485 0.178 0.052 0.119 0.061 0.041 0.025 0.015 0.011 0.008 0.005 93 T 0.077 0.043 0.024 0.066 0.071 0.088 0.138 0.134 0.127 0.131 0.101 94 G 0.311 0.172 0.036 0.113 0.095 0.075 0.073 0.045 0.038 0.026 0.015 95 S 0.127 0.112 0.055 0.091 0.076 0.081 0.110 0.072 0.099 0.109 0.069 96 A 0.133 0.111 0.052 0.176 0.157 0.124 0.110 0.058 0.040 0.024 0.015 97 G 0.340 0.119 0.049 0.088 0.084 0.061 0.084 0.063 0.050 0.036 0.025 98 S 0.091 0.226 0.066 0.206 0.174 0.086 0.071 0.034 0.024 0.016 0.007 99 V 0.017 0.014 0.015 0.029 0.034 0.077 0.168 0.183 0.183 0.145 0.135 100 K 0.294 0.163 0.155 0.212 0.092 0.037 0.024 0.012 0.006 0.004 0.001 101 S 0.198 0.157 0.147 0.194 0.108 0.080 0.060 0.026 0.016 0.010 0.004 102 I 0.104 0.051 0.055 0.108 0.114 0.126 0.159 0.093 0.089 0.061 0.041 103 A 0.069 0.054 0.100 0.153 0.155 0.152 0.150 0.067 0.056 0.030 0.014 104 A 0.021 0.036 0.177 0.147 0.162 0.143 0.134 0.073 0.061 0.032 0.013 105 M 0.017 0.024 0.070 0.077 0.109 0.128 0.213 0.134 0.120 0.072 0.037 106 L 0.007 0.011 0.026 0.029 0.041 0.056 0.138 0.176 0.216 0.182 0.119 107 E 0.009 0.015 0.039 0.043 0.057 0.063 0.147 0.194 0.192 0.145 0.095 108 L 0.013 0.017 0.044 0.054 0.058 0.065 0.167 0.158 0.178 0.153 0.093 109 S 0.019 0.018 0.028 0.065 0.071 0.092 0.192 0.162 0.171 0.108 0.074 110 S 0.084 0.074 0.044 0.115 0.113 0.131 0.164 0.107 0.087 0.050 0.030 111 I 0.123 0.074 0.038 0.112 0.121 0.124 0.148 0.105 0.072 0.054 0.029 112 G 0.290 0.145 0.049 0.123 0.101 0.078 0.073 0.052 0.040 0.030 0.018 113 G 0.188 0.170 0.044 0.111 0.101 0.085 0.094 0.067 0.061 0.047 0.031 114 G 0.378 0.202 0.040 0.114 0.096 0.052 0.048 0.030 0.020 0.012 0.008 115 G 0.244 0.096 0.036 0.102 0.107 0.105 0.106 0.074 0.061 0.044 0.026 116 R 0.117 0.164 0.065 0.221 0.163 0.100 0.079 0.040 0.028 0.016 0.007 117 A 0.040 0.029 0.021 0.052 0.052 0.067 0.162 0.168 0.176 0.131 0.104 118 A 0.042 0.048 0.037 0.113 0.125 0.131 0.174 0.117 0.103 0.070 0.041 119 R 0.130 0.130 0.127 0.197 0.119 0.088 0.082 0.044 0.040 0.028 0.015 120 R 0.083 0.078 0.051 0.135 0.130 0.121 0.166 0.095 0.067 0.045 0.028 121 P 0.123 0.093 0.040 0.111 0.109 0.108 0.139 0.105 0.078 0.057 0.037 122 P 0.467 0.210 0.065 0.113 0.058 0.031 0.025 0.014 0.008 0.006 0.003 123 E 0.388 0.171 0.065 0.137 0.085 0.056 0.044 0.024 0.015 0.009 0.005 124 G 0.285 0.101 0.033 0.092 0.090 0.082 0.111 0.075 0.061 0.043 0.027 125 H 0.132 0.132 0.050 0.150 0.128 0.116 0.120 0.063 0.056 0.034 0.020 126 P 0.164 0.100 0.063 0.093 0.081 0.097 0.130 0.087 0.085 0.058 0.043 127 T 0.179 0.148 0.055 0.163 0.144 0.093 0.097 0.050 0.035 0.023 0.014 128 P 0.172 0.084 0.031 0.090 0.087 0.100 0.128 0.099 0.097 0.062 0.050 129 R 0.282 0.228 0.057 0.161 0.122 0.053 0.043 0.022 0.016 0.011 0.006 130 P 0.217 0.088 0.040 0.115 0.097 0.091 0.122 0.089 0.068 0.043 0.031 131 A 0.144 0.126 0.049 0.127 0.125 0.102 0.112 0.077 0.064 0.046 0.029 132 S 0.187 0.205 0.062 0.166 0.117 0.080 0.086 0.045 0.027 0.017 0.009 133 P 0.354 0.115 0.043 0.104 0.087 0.080 0.084 0.058 0.038 0.024 0.013 134 E 0.435 0.222 0.055 0.117 0.068 0.038 0.028 0.015 0.011 0.007 0.003 135 P 0.246 0.115 0.036 0.123 0.106 0.093 0.113 0.070 0.048 0.030 0.019 136 G 0.196 0.098 0.041 0.091 0.095 0.100 0.123 0.086 0.077 0.057 0.036 137 R 0.144 0.186 0.091 0.185 0.137 0.091 0.079 0.038 0.026 0.017 0.008 138 V 0.141 0.081 0.061 0.116 0.105 0.109 0.142 0.097 0.071 0.047 0.030 139 A 0.196 0.117 0.070 0.148 0.123 0.100 0.097 0.060 0.043 0.030 0.016 140 T 0.165 0.141 0.093 0.180 0.121 0.099 0.088 0.047 0.033 0.022 0.010 141 V 0.063 0.044 0.047 0.097 0.101 0.125 0.178 0.126 0.101 0.078 0.040 142 L 0.093 0.089 0.098 0.172 0.138 0.115 0.123 0.068 0.053 0.036 0.014 143 A 0.087 0.104 0.113 0.141 0.122 0.105 0.138 0.076 0.057 0.039 0.018 144 S 0.068 0.087 0.073 0.118 0.105 0.111 0.173 0.090 0.082 0.060 0.033 145 V 0.095 0.067 0.070 0.114 0.118 0.133 0.168 0.099 0.066 0.044 0.026 146 K 0.328 0.263 0.176 0.139 0.047 0.020 0.014 0.006 0.004 0.003 0.001 147 H 0.050 0.051 0.041 0.105 0.122 0.171 0.209 0.119 0.067 0.038 0.026 148 K 0.288 0.126 0.126 0.170 0.111 0.058 0.053 0.029 0.018 0.014 0.006 149 E 0.111 0.075 0.172 0.265 0.184 0.094 0.063 0.020 0.009 0.004 0.002 150 A 0.021 0.040 0.086 0.077 0.068 0.098 0.173 0.126 0.142 0.099 0.070 151 I 0.024 0.031 0.039 0.079 0.096 0.142 0.252 0.133 0.103 0.065 0.038 152 G 0.281 0.170 0.196 0.149 0.078 0.043 0.037 0.019 0.014 0.009 0.005 153 P 0.162 0.136 0.077 0.119 0.104 0.116 0.116 0.059 0.051 0.037 0.023 154 G 0.470 0.250 0.031 0.078 0.059 0.031 0.036 0.019 0.013 0.008 0.005 155 G 0.336 0.108 0.030 0.095 0.102 0.080 0.089 0.065 0.045 0.029 0.020 156 E 0.228 0.236 0.107 0.157 0.116 0.057 0.044 0.025 0.016 0.010 0.005 157 V 0.077 0.101 0.046 0.125 0.112 0.117 0.183 0.103 0.071 0.043 0.023 158 V 0.030 0.027 0.021 0.067 0.086 0.156 0.215 0.157 0.118 0.072 0.050 159 N 0.336 0.173 0.159 0.180 0.065 0.038 0.022 0.011 0.008 0.006 0.002 160 R 0.061 0.059 0.062 0.173 0.139 0.161 0.162 0.083 0.053 0.031 0.017 161 R 0.045 0.043 0.036 0.093 0.097 0.099 0.143 0.121 0.137 0.106 0.081 162 R 0.065 0.083 0.098 0.164 0.166 0.154 0.138 0.056 0.039 0.025 0.011 163 T 0.156 0.168 0.203 0.234 0.124 0.051 0.034 0.013 0.008 0.005 0.002 164 L 0.014 0.010 0.009 0.018 0.023 0.043 0.114 0.185 0.214 0.188 0.182 165 S 0.183 0.261 0.074 0.190 0.132 0.054 0.049 0.024 0.017 0.012 0.005 166 G 0.248 0.138 0.082 0.113 0.088 0.068 0.085 0.056 0.053 0.043 0.025 167 P 0.119 0.106 0.059 0.153 0.150 0.140 0.120 0.063 0.046 0.030 0.015 168 V 0.066 0.067 0.033 0.093 0.083 0.100 0.171 0.131 0.117 0.088 0.051 169 T 0.064 0.074 0.043 0.102 0.120 0.125 0.157 0.129 0.088 0.061 0.036 170 G 0.259 0.188 0.115 0.179 0.105 0.056 0.044 0.022 0.016 0.010 0.004 171 L 0.031 0.026 0.031 0.071 0.068 0.097 0.180 0.122 0.156 0.129 0.088 172 L 0.025 0.035 0.041 0.112 0.122 0.133 0.192 0.124 0.106 0.067 0.042 173 A 0.076 0.109 0.186 0.206 0.136 0.090 0.089 0.042 0.033 0.022 0.010 174 T 0.041 0.046 0.093 0.145 0.144 0.143 0.171 0.094 0.061 0.039 0.023 175 A 0.164 0.090 0.121 0.164 0.119 0.084 0.111 0.056 0.046 0.032 0.015 176 R 0.088 0.087 0.109 0.184 0.160 0.118 0.129 0.056 0.035 0.023 0.010 177 R 0.085 0.088 0.104 0.155 0.130 0.126 0.150 0.077 0.046 0.027 0.013 178 G 0.463 0.159 0.080 0.090 0.050 0.048 0.050 0.026 0.018 0.011 0.005 179 P 0.358 0.215 0.066 0.109 0.076 0.059 0.057 0.027 0.017 0.011 0.006 180 G 0.433 0.120 0.037 0.078 0.064 0.064 0.076 0.049 0.037 0.024 0.018 181 E 0.289 0.239 0.068 0.121 0.097 0.061 0.053 0.028 0.021 0.014 0.009 182 S 0.272 0.230 0.074 0.141 0.115 0.056 0.052 0.029 0.015 0.009 0.006 183 A 0.358 0.122 0.048 0.093 0.089 0.081 0.084 0.055 0.033 0.021 0.014 184 D 0.303 0.230 0.078 0.190 0.095 0.048 0.029 0.013 0.008 0.004 0.002 185 P 0.110 0.049 0.032 0.077 0.074 0.099 0.168 0.151 0.114 0.079 0.049 186 G 0.129 0.106 0.044 0.133 0.129 0.130 0.132 0.073 0.062 0.042 0.019 187 P 0.117 0.100 0.076 0.126 0.100 0.109 0.123 0.069 0.079 0.063 0.037 188 F 0.085 0.064 0.053 0.110 0.123 0.109 0.152 0.112 0.085 0.063 0.044 189 V 0.076 0.074 0.045 0.099 0.099 0.104 0.141 0.113 0.104 0.084 0.061 190 E 0.181 0.181 0.080 0.175 0.142 0.075 0.068 0.043 0.026 0.019 0.010 191 D 0.496 0.152 0.064 0.106 0.069 0.037 0.032 0.020 0.012 0.008 0.003 192 G 0.307 0.136 0.047 0.114 0.087 0.087 0.087 0.050 0.040 0.029 0.014 193 T 0.184 0.147 0.043 0.127 0.110 0.108 0.117 0.063 0.051 0.033 0.018 194 G 0.372 0.133 0.055 0.097 0.083 0.070 0.077 0.047 0.033 0.022 0.011 195 R 0.198 0.164 0.089 0.189 0.144 0.084 0.061 0.031 0.022 0.013 0.006 196 Q 0.089 0.062 0.043 0.078 0.082 0.088 0.148 0.142 0.121 0.087 0.061 197 R 0.098 0.105 0.070 0.176 0.163 0.123 0.119 0.068 0.040 0.027 0.012 198 P 0.250 0.135 0.118 0.128 0.078 0.080 0.077 0.050 0.040 0.029 0.015 199 R 0.314 0.213 0.082 0.160 0.104 0.054 0.038 0.017 0.010 0.006 0.002 200 G 0.518 0.105 0.037 0.072 0.059 0.054 0.061 0.039 0.029 0.018 0.009