# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.60949 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.152 0.241 0.330 0.102 0.050 0.053 0.026 0.003 0.038 0.004 0.001 2 A 0.142 0.178 0.296 0.268 0.036 0.050 0.011 0.001 0.014 0.002 0.002 3 G 0.015 0.084 0.280 0.002 0.252 0.006 0.007 0.005 0.068 0.281 0.001 4 P 0.364 0.003 0.524 0.019 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.076 5 Y 0.074 0.148 0.114 0.261 0.089 0.024 0.182 0.079 0.021 0.006 0.001 6 A 0.021 0.694 0.184 0.019 0.052 0.009 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 7 T 0.024 0.621 0.268 0.009 0.024 0.036 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 8 V 0.027 0.694 0.165 0.016 0.042 0.036 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 9 Q 0.045 0.539 0.210 0.039 0.076 0.050 0.006 0.001 0.032 0.001 0.001 10 R 0.050 0.425 0.280 0.034 0.092 0.045 0.022 0.004 0.041 0.005 0.001 11 R 0.041 0.327 0.452 0.025 0.050 0.039 0.009 0.001 0.051 0.003 0.001 12 V 0.107 0.115 0.580 0.104 0.023 0.035 0.012 0.001 0.018 0.002 0.004 13 G 0.038 0.019 0.077 0.014 0.162 0.013 0.045 0.238 0.007 0.388 0.001 14 R 0.230 0.173 0.252 0.123 0.123 0.048 0.017 0.005 0.014 0.015 0.001 15 S 0.179 0.239 0.204 0.135 0.126 0.035 0.036 0.006 0.018 0.021 0.001 16 H 0.290 0.189 0.159 0.128 0.117 0.037 0.037 0.015 0.019 0.007 0.001 17 S 0.250 0.222 0.247 0.140 0.047 0.036 0.024 0.006 0.021 0.004 0.002 18 V 0.236 0.374 0.188 0.106 0.036 0.035 0.007 0.001 0.014 0.001 0.002 19 R 0.080 0.475 0.263 0.050 0.038 0.041 0.006 0.001 0.045 0.001 0.001 20 A 0.016 0.081 0.701 0.003 0.023 0.020 0.005 0.001 0.146 0.003 0.001 21 P 0.186 0.005 0.761 0.009 0.002 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 22 A 0.355 0.055 0.336 0.182 0.018 0.017 0.015 0.008 0.009 0.003 0.002 23 G 0.101 0.028 0.115 0.032 0.169 0.014 0.032 0.281 0.012 0.216 0.001 24 A 0.418 0.106 0.271 0.127 0.030 0.022 0.010 0.002 0.007 0.005 0.003 25 D 0.222 0.124 0.183 0.284 0.036 0.055 0.047 0.011 0.026 0.008 0.003 26 K 0.308 0.287 0.178 0.115 0.042 0.019 0.026 0.009 0.014 0.003 0.001 27 N 0.113 0.124 0.202 0.180 0.040 0.118 0.151 0.023 0.042 0.003 0.003 28 V 0.042 0.510 0.329 0.054 0.021 0.015 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 29 N 0.070 0.121 0.400 0.065 0.039 0.170 0.081 0.004 0.041 0.003 0.005 30 R 0.121 0.428 0.129 0.088 0.162 0.029 0.014 0.006 0.018 0.005 0.001 31 S 0.067 0.535 0.195 0.031 0.125 0.025 0.004 0.001 0.016 0.002 0.001 32 Q 0.109 0.533 0.169 0.037 0.067 0.068 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 33 S 0.063 0.764 0.078 0.016 0.061 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 34 F 0.135 0.329 0.071 0.038 0.381 0.019 0.011 0.004 0.008 0.003 0.001 35 A 0.123 0.417 0.218 0.035 0.065 0.071 0.024 0.002 0.042 0.001 0.001 36 V 0.153 0.557 0.164 0.046 0.021 0.041 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 37 R 0.022 0.352 0.200 0.003 0.068 0.043 0.004 0.001 0.305 0.001 0.001 38 P 0.286 0.005 0.590 0.023 0.002 0.046 0.008 0.001 0.003 0.001 0.034 39 R 0.372 0.102 0.171 0.223 0.023 0.021 0.039 0.022 0.024 0.002 0.001 40 K 0.204 0.179 0.323 0.197 0.020 0.031 0.018 0.003 0.023 0.001 0.002 41 K 0.111 0.091 0.222 0.490 0.019 0.022 0.028 0.001 0.009 0.002 0.004 42 G 0.008 0.056 0.164 0.003 0.277 0.004 0.011 0.024 0.056 0.395 0.001 43 P 0.008 0.002 0.947 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.032 44 P 0.011 0.004 0.915 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.049 45 P 0.013 0.004 0.938 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.028 46 P 0.015 0.004 0.929 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.035 47 P 0.023 0.012 0.927 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.012 48 P 0.132 0.010 0.784 0.018 0.002 0.022 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 49 K 0.279 0.156 0.334 0.147 0.031 0.026 0.006 0.004 0.013 0.002 0.003 50 R 0.117 0.209 0.366 0.131 0.056 0.050 0.016 0.004 0.046 0.004 0.001 51 S 0.220 0.122 0.366 0.145 0.033 0.057 0.021 0.004 0.024 0.005 0.003 52 S 0.243 0.239 0.197 0.135 0.110 0.026 0.014 0.005 0.015 0.014 0.001 53 S 0.212 0.213 0.245 0.077 0.157 0.038 0.016 0.005 0.023 0.014 0.001 54 A 0.401 0.128 0.195 0.088 0.065 0.052 0.031 0.008 0.020 0.010 0.002 55 L 0.260 0.230 0.242 0.159 0.041 0.028 0.011 0.001 0.024 0.002 0.001 56 A 0.245 0.217 0.224 0.091 0.124 0.033 0.025 0.011 0.014 0.016 0.001 57 S 0.283 0.195 0.216 0.090 0.118 0.041 0.023 0.006 0.017 0.011 0.001 58 A 0.337 0.180 0.151 0.141 0.097 0.025 0.024 0.011 0.016 0.017 0.001 59 N 0.172 0.112 0.215 0.188 0.047 0.086 0.116 0.013 0.043 0.008 0.001 60 L 0.445 0.130 0.189 0.138 0.022 0.028 0.018 0.009 0.014 0.005 0.003 61 A 0.445 0.095 0.156 0.206 0.024 0.019 0.034 0.005 0.009 0.004 0.002 62 D 0.149 0.075 0.135 0.328 0.048 0.038 0.130 0.054 0.030 0.009 0.003 63 E 0.042 0.265 0.467 0.012 0.051 0.017 0.024 0.003 0.112 0.007 0.001 64 P 0.116 0.012 0.740 0.031 0.001 0.054 0.002 0.001 0.005 0.001 0.039 65 V 0.024 0.538 0.266 0.005 0.086 0.006 0.001 0.001 0.070 0.003 0.001 66 P 0.213 0.006 0.684 0.013 0.003 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.062 67 D 0.251 0.103 0.215 0.253 0.039 0.026 0.062 0.025 0.017 0.006 0.003 68 A 0.239 0.160 0.270 0.179 0.042 0.037 0.019 0.009 0.038 0.005 0.002 69 E 0.031 0.251 0.555 0.010 0.026 0.024 0.004 0.001 0.096 0.003 0.001 70 P 0.255 0.008 0.679 0.010 0.002 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 71 E 0.675 0.043 0.081 0.147 0.013 0.010 0.011 0.008 0.008 0.003 0.001 72 D 0.098 0.024 0.088 0.467 0.024 0.021 0.219 0.030 0.021 0.006 0.001 73 G 0.038 0.006 0.034 0.017 0.033 0.006 0.118 0.548 0.003 0.197 0.001 74 L 0.264 0.208 0.384 0.081 0.022 0.024 0.003 0.001 0.012 0.002 0.001 75 L 0.248 0.161 0.327 0.174 0.034 0.021 0.013 0.001 0.014 0.002 0.005 76 G 0.060 0.033 0.094 0.034 0.138 0.027 0.171 0.348 0.014 0.083 0.001 77 V 0.056 0.520 0.324 0.029 0.037 0.015 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 78 R 0.099 0.345 0.410 0.020 0.038 0.049 0.004 0.001 0.031 0.001 0.003 79 A 0.243 0.231 0.340 0.042 0.062 0.051 0.007 0.003 0.017 0.002 0.002 80 Q 0.275 0.272 0.205 0.073 0.062 0.059 0.014 0.003 0.032 0.003 0.002 81 C 0.253 0.138 0.321 0.121 0.039 0.058 0.023 0.004 0.036 0.005 0.002 82 R 0.262 0.180 0.196 0.228 0.054 0.025 0.026 0.007 0.017 0.005 0.001 83 R 0.103 0.194 0.296 0.107 0.110 0.056 0.052 0.012 0.053 0.016 0.001 84 A 0.505 0.068 0.271 0.077 0.019 0.034 0.008 0.003 0.007 0.004 0.004 85 S 0.504 0.111 0.132 0.127 0.046 0.020 0.019 0.009 0.011 0.019 0.001 86 D 0.278 0.102 0.201 0.181 0.051 0.052 0.059 0.012 0.050 0.011 0.002 87 L 0.270 0.047 0.252 0.295 0.012 0.024 0.070 0.006 0.016 0.005 0.002 88 A 0.155 0.054 0.194 0.129 0.132 0.014 0.079 0.103 0.012 0.129 0.001 89 G 0.149 0.068 0.239 0.047 0.209 0.023 0.030 0.064 0.010 0.162 0.001 90 S 0.206 0.179 0.353 0.090 0.080 0.045 0.012 0.003 0.015 0.017 0.002 91 V 0.413 0.169 0.207 0.088 0.053 0.031 0.014 0.004 0.013 0.008 0.002 92 D 0.294 0.091 0.174 0.217 0.032 0.065 0.062 0.018 0.036 0.008 0.002 93 T 0.193 0.143 0.177 0.328 0.056 0.022 0.049 0.007 0.017 0.008 0.001 94 G 0.080 0.024 0.099 0.052 0.108 0.016 0.087 0.235 0.009 0.291 0.001 95 S 0.162 0.139 0.376 0.101 0.090 0.041 0.028 0.005 0.024 0.032 0.001 96 A 0.438 0.050 0.232 0.149 0.035 0.030 0.036 0.005 0.009 0.012 0.004 97 G 0.288 0.042 0.133 0.062 0.146 0.016 0.045 0.128 0.008 0.132 0.001 98 S 0.386 0.133 0.240 0.092 0.073 0.043 0.014 0.003 0.012 0.003 0.001 99 V 0.529 0.160 0.139 0.058 0.029 0.054 0.010 0.001 0.016 0.001 0.002 100 K 0.533 0.203 0.108 0.080 0.029 0.028 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 101 S 0.444 0.152 0.137 0.076 0.060 0.089 0.014 0.002 0.026 0.001 0.001 102 I 0.839 0.045 0.036 0.045 0.013 0.015 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 103 A 0.752 0.058 0.064 0.067 0.014 0.019 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 104 A 0.746 0.049 0.066 0.082 0.014 0.023 0.013 0.002 0.005 0.001 0.001 105 M 0.619 0.130 0.097 0.100 0.015 0.019 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 106 L 0.352 0.189 0.185 0.134 0.071 0.026 0.019 0.003 0.019 0.002 0.001 107 E 0.205 0.280 0.233 0.085 0.057 0.061 0.037 0.003 0.038 0.001 0.001 108 L 0.161 0.222 0.348 0.135 0.032 0.066 0.010 0.002 0.023 0.002 0.001 109 S 0.227 0.234 0.265 0.105 0.104 0.021 0.008 0.003 0.015 0.017 0.001 110 S 0.352 0.104 0.210 0.125 0.073 0.051 0.034 0.008 0.021 0.021 0.001 111 I 0.322 0.065 0.182 0.315 0.023 0.021 0.040 0.005 0.015 0.012 0.001 112 G 0.092 0.011 0.076 0.080 0.061 0.006 0.106 0.197 0.006 0.367 0.001 113 G 0.106 0.011 0.151 0.075 0.085 0.009 0.086 0.166 0.005 0.305 0.001 114 G 0.080 0.015 0.135 0.064 0.076 0.012 0.104 0.141 0.006 0.368 0.001 115 G 0.182 0.040 0.215 0.070 0.110 0.027 0.052 0.117 0.008 0.178 0.001 116 R 0.299 0.220 0.220 0.119 0.062 0.035 0.018 0.004 0.018 0.004 0.003 117 A 0.273 0.127 0.268 0.142 0.062 0.039 0.028 0.023 0.023 0.013 0.003 118 A 0.284 0.191 0.241 0.183 0.036 0.023 0.017 0.005 0.014 0.003 0.004 119 R 0.182 0.154 0.260 0.184 0.045 0.066 0.051 0.010 0.037 0.006 0.006 120 R 0.018 0.237 0.475 0.011 0.034 0.025 0.005 0.001 0.191 0.003 0.001 121 P 0.016 0.003 0.956 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 122 P 0.368 0.005 0.560 0.015 0.001 0.010 0.001 0.003 0.002 0.001 0.033 123 E 0.328 0.058 0.272 0.255 0.023 0.016 0.024 0.008 0.010 0.003 0.002 124 G 0.062 0.020 0.062 0.087 0.070 0.019 0.065 0.487 0.010 0.119 0.001 125 H 0.014 0.241 0.527 0.011 0.051 0.017 0.009 0.001 0.126 0.004 0.001 126 P 0.179 0.007 0.595 0.026 0.001 0.029 0.001 0.001 0.003 0.001 0.159 127 T 0.024 0.289 0.435 0.013 0.052 0.014 0.006 0.002 0.160 0.004 0.001 128 P 0.161 0.004 0.623 0.021 0.001 0.025 0.001 0.001 0.003 0.001 0.161 129 R 0.041 0.258 0.465 0.017 0.045 0.012 0.011 0.003 0.140 0.006 0.001 130 P 0.185 0.007 0.709 0.020 0.002 0.020 0.002 0.001 0.003 0.001 0.051 131 A 0.189 0.177 0.256 0.266 0.026 0.028 0.016 0.011 0.024 0.003 0.003 132 S 0.019 0.264 0.481 0.011 0.068 0.020 0.004 0.001 0.126 0.005 0.001 133 P 0.203 0.004 0.657 0.020 0.001 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.088 134 E 0.031 0.241 0.419 0.010 0.046 0.012 0.004 0.001 0.229 0.006 0.001 135 P 0.141 0.002 0.735 0.021 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 136 G 0.113 0.021 0.088 0.037 0.060 0.008 0.071 0.513 0.005 0.083 0.001 137 R 0.151 0.171 0.409 0.119 0.063 0.047 0.009 0.003 0.021 0.005 0.001 138 V 0.172 0.246 0.397 0.066 0.031 0.043 0.012 0.001 0.025 0.003 0.004 139 A 0.366 0.140 0.310 0.068 0.038 0.041 0.013 0.003 0.015 0.003 0.003 140 T 0.302 0.205 0.219 0.111 0.068 0.046 0.014 0.005 0.027 0.003 0.001 141 V 0.276 0.338 0.229 0.050 0.041 0.034 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 142 L 0.330 0.202 0.263 0.080 0.028 0.054 0.009 0.001 0.029 0.001 0.002 143 A 0.271 0.258 0.196 0.102 0.089 0.035 0.022 0.004 0.019 0.003 0.001 144 S 0.208 0.255 0.255 0.102 0.068 0.054 0.025 0.006 0.023 0.004 0.001 145 V 0.118 0.439 0.281 0.043 0.047 0.033 0.008 0.001 0.030 0.001 0.001 146 K 0.174 0.150 0.435 0.091 0.029 0.073 0.011 0.002 0.029 0.003 0.003 147 H 0.135 0.162 0.418 0.064 0.066 0.053 0.018 0.002 0.072 0.009 0.002 148 K 0.797 0.015 0.111 0.039 0.009 0.013 0.005 0.003 0.002 0.002 0.005 149 E 0.565 0.085 0.094 0.185 0.023 0.012 0.016 0.006 0.010 0.002 0.001 150 A 0.422 0.141 0.151 0.182 0.023 0.033 0.021 0.005 0.018 0.002 0.001 151 I 0.208 0.181 0.329 0.221 0.011 0.022 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 152 G 0.044 0.110 0.312 0.011 0.208 0.013 0.022 0.024 0.075 0.181 0.001 153 P 0.213 0.007 0.716 0.031 0.003 0.010 0.003 0.001 0.003 0.001 0.011 154 G 0.142 0.011 0.106 0.094 0.038 0.011 0.136 0.363 0.007 0.091 0.001 155 G 0.180 0.022 0.169 0.044 0.098 0.011 0.045 0.283 0.008 0.141 0.001 156 E 0.283 0.148 0.391 0.063 0.038 0.040 0.014 0.004 0.012 0.003 0.003 157 V 0.345 0.205 0.288 0.063 0.018 0.059 0.004 0.001 0.014 0.001 0.003 158 V 0.404 0.296 0.154 0.056 0.028 0.026 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 159 N 0.471 0.056 0.185 0.140 0.028 0.051 0.034 0.008 0.022 0.002 0.004 160 R 0.382 0.138 0.118 0.198 0.046 0.035 0.047 0.017 0.014 0.004 0.001 161 R 0.214 0.250 0.330 0.083 0.026 0.038 0.014 0.001 0.041 0.001 0.001 162 R 0.333 0.121 0.337 0.081 0.030 0.043 0.028 0.005 0.016 0.003 0.002 163 T 0.155 0.311 0.234 0.123 0.068 0.040 0.023 0.005 0.037 0.003 0.001 164 L 0.192 0.281 0.303 0.109 0.032 0.050 0.010 0.002 0.018 0.002 0.001 165 S 0.180 0.198 0.235 0.215 0.059 0.048 0.028 0.002 0.027 0.005 0.002 166 G 0.039 0.148 0.217 0.005 0.388 0.012 0.012 0.013 0.055 0.111 0.001 167 P 0.237 0.007 0.688 0.012 0.003 0.029 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 168 V 0.535 0.151 0.150 0.086 0.025 0.027 0.006 0.002 0.015 0.002 0.001 169 T 0.479 0.087 0.196 0.142 0.038 0.023 0.016 0.002 0.014 0.002 0.002 170 G 0.367 0.026 0.099 0.080 0.078 0.039 0.136 0.132 0.008 0.035 0.001 171 L 0.571 0.116 0.167 0.080 0.017 0.029 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 172 L 0.646 0.117 0.137 0.044 0.017 0.022 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 173 A 0.692 0.062 0.085 0.072 0.024 0.040 0.010 0.002 0.011 0.001 0.001 174 T 0.602 0.107 0.082 0.139 0.032 0.018 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 175 A 0.440 0.097 0.131 0.182 0.056 0.020 0.038 0.011 0.019 0.007 0.001 176 R 0.300 0.203 0.220 0.155 0.026 0.037 0.032 0.004 0.018 0.003 0.001 177 R 0.147 0.205 0.247 0.287 0.027 0.034 0.026 0.002 0.021 0.002 0.001 178 G 0.017 0.058 0.240 0.006 0.223 0.013 0.033 0.050 0.066 0.293 0.001 179 P 0.107 0.004 0.806 0.031 0.002 0.010 0.005 0.001 0.002 0.001 0.030 180 G 0.039 0.011 0.066 0.018 0.048 0.011 0.065 0.567 0.008 0.166 0.001 181 E 0.122 0.245 0.389 0.129 0.054 0.031 0.004 0.003 0.017 0.005 0.002 182 S 0.159 0.139 0.449 0.083 0.053 0.051 0.022 0.003 0.016 0.016 0.009 183 A 0.384 0.079 0.246 0.146 0.035 0.034 0.017 0.014 0.020 0.011 0.014 184 D 0.030 0.152 0.444 0.016 0.031 0.021 0.014 0.001 0.284 0.005 0.001 185 P 0.105 0.004 0.695 0.048 0.001 0.023 0.003 0.001 0.002 0.001 0.119 186 G 0.040 0.128 0.349 0.006 0.230 0.006 0.011 0.033 0.057 0.138 0.001 187 P 0.177 0.006 0.736 0.017 0.003 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 188 F 0.140 0.227 0.292 0.130 0.071 0.048 0.038 0.014 0.027 0.011 0.001 189 V 0.345 0.204 0.293 0.066 0.045 0.024 0.004 0.002 0.012 0.003 0.002 190 E 0.353 0.164 0.249 0.136 0.027 0.031 0.013 0.004 0.018 0.004 0.002 191 D 0.144 0.106 0.251 0.259 0.051 0.037 0.091 0.012 0.034 0.012 0.001 192 G 0.069 0.034 0.107 0.032 0.133 0.013 0.083 0.251 0.011 0.266 0.001 193 T 0.138 0.131 0.436 0.155 0.058 0.029 0.024 0.003 0.018 0.007 0.002 194 G 0.138 0.058 0.172 0.057 0.139 0.022 0.059 0.175 0.012 0.167 0.001 195 R 0.255 0.194 0.297 0.145 0.042 0.032 0.014 0.003 0.012 0.003 0.004 196 Q 0.106 0.416 0.241 0.113 0.041 0.044 0.008 0.001 0.025 0.001 0.003 197 R 0.011 0.234 0.520 0.003 0.037 0.013 0.003 0.001 0.177 0.002 0.001 198 P 0.103 0.004 0.830 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.035 199 R 0.209 0.117 0.369 0.181 0.036 0.024 0.027 0.012 0.020 0.003 0.002 200 G 0.093 0.030 0.161 0.037 0.119 0.023 0.049 0.296 0.013 0.179 0.001