# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.4095 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.028 0.006 0.050 0.040 0.089 0.143 0.035 0.610 2 A 0.039 0.007 0.025 0.020 0.045 0.133 0.031 0.700 3 G 0.086 0.014 0.031 0.037 0.063 0.160 0.130 0.478 4 P 0.035 0.024 0.065 0.083 0.148 0.140 0.100 0.405 5 Y 0.012 0.005 0.040 0.047 0.134 0.123 0.038 0.600 6 A 0.006 0.009 0.115 0.207 0.249 0.097 0.055 0.262 7 T 0.016 0.012 0.129 0.154 0.362 0.060 0.072 0.195 8 V 0.024 0.006 0.106 0.196 0.213 0.091 0.087 0.278 9 Q 0.008 0.004 0.055 0.140 0.173 0.113 0.052 0.456 10 R 0.020 0.006 0.074 0.094 0.172 0.101 0.043 0.490 11 R 0.095 0.026 0.052 0.084 0.110 0.115 0.128 0.389 12 V 0.023 0.009 0.029 0.035 0.050 0.144 0.039 0.671 13 G 0.050 0.022 0.057 0.043 0.102 0.132 0.086 0.508 14 R 0.058 0.023 0.027 0.055 0.061 0.136 0.060 0.579 15 S 0.083 0.033 0.032 0.035 0.066 0.130 0.058 0.562 16 H 0.087 0.060 0.033 0.048 0.095 0.110 0.082 0.484 17 S 0.078 0.019 0.037 0.042 0.105 0.127 0.081 0.512 18 V 0.019 0.017 0.046 0.093 0.148 0.157 0.058 0.462 19 R 0.024 0.016 0.038 0.039 0.098 0.129 0.048 0.607 20 A 0.139 0.056 0.014 0.043 0.046 0.109 0.089 0.503 21 P 0.112 0.057 0.010 0.018 0.023 0.124 0.075 0.581 22 A 0.063 0.055 0.015 0.014 0.030 0.108 0.040 0.674 23 G 0.135 0.042 0.021 0.019 0.036 0.097 0.173 0.477 24 A 0.141 0.025 0.015 0.026 0.024 0.109 0.056 0.603 25 D 0.148 0.019 0.013 0.011 0.028 0.090 0.068 0.622 26 K 0.020 0.011 0.019 0.020 0.030 0.116 0.022 0.761 27 N 0.070 0.016 0.017 0.023 0.043 0.118 0.061 0.651 28 V 0.018 0.009 0.034 0.053 0.044 0.140 0.061 0.642 29 N 0.074 0.028 0.056 0.033 0.077 0.109 0.089 0.534 30 R 0.046 0.017 0.029 0.052 0.045 0.137 0.062 0.613 31 S 0.109 0.043 0.038 0.042 0.077 0.115 0.042 0.534 32 Q 0.135 0.083 0.031 0.058 0.118 0.105 0.092 0.378 33 S 0.090 0.062 0.050 0.086 0.182 0.089 0.113 0.329 34 F 0.047 0.024 0.041 0.125 0.334 0.080 0.097 0.251 35 A 0.014 0.011 0.035 0.181 0.301 0.090 0.044 0.323 36 V 0.013 0.009 0.030 0.195 0.327 0.069 0.034 0.323 37 R 0.028 0.017 0.037 0.276 0.283 0.065 0.056 0.239 38 P 0.030 0.005 0.021 0.105 0.132 0.086 0.037 0.585 39 R 0.030 0.004 0.034 0.188 0.212 0.084 0.063 0.386 40 K 0.029 0.003 0.025 0.070 0.118 0.100 0.024 0.631 41 K 0.016 0.003 0.026 0.058 0.083 0.108 0.022 0.684 42 G 0.029 0.004 0.023 0.044 0.079 0.131 0.039 0.651 43 P 0.034 0.003 0.026 0.044 0.066 0.133 0.055 0.639 44 P 0.018 0.003 0.020 0.021 0.036 0.144 0.041 0.716 45 P 0.023 0.008 0.019 0.027 0.039 0.125 0.040 0.718 46 P 0.069 0.022 0.024 0.026 0.056 0.121 0.065 0.618 47 P 0.036 0.019 0.032 0.040 0.056 0.144 0.102 0.571 48 P 0.016 0.010 0.027 0.032 0.056 0.136 0.089 0.634 49 K 0.048 0.024 0.059 0.078 0.108 0.109 0.189 0.385 50 R 0.033 0.019 0.021 0.041 0.061 0.112 0.044 0.669 51 S 0.020 0.034 0.039 0.042 0.087 0.140 0.049 0.590 52 S 0.041 0.068 0.048 0.069 0.133 0.131 0.089 0.422 53 S 0.076 0.058 0.072 0.072 0.145 0.108 0.179 0.290 54 A 0.051 0.055 0.090 0.067 0.119 0.134 0.114 0.370 55 L 0.031 0.028 0.073 0.043 0.105 0.142 0.117 0.463 56 A 0.031 0.040 0.090 0.076 0.118 0.154 0.081 0.409 57 S 0.039 0.029 0.025 0.038 0.062 0.156 0.044 0.607 58 A 0.046 0.030 0.059 0.042 0.079 0.141 0.084 0.518 59 N 0.233 0.030 0.020 0.034 0.052 0.109 0.088 0.435 60 L 0.123 0.011 0.028 0.021 0.041 0.145 0.085 0.545 61 A 0.043 0.007 0.017 0.014 0.027 0.114 0.022 0.755 62 D 0.103 0.008 0.008 0.010 0.025 0.105 0.040 0.701 63 E 0.016 0.004 0.019 0.030 0.036 0.185 0.029 0.681 64 P 0.022 0.004 0.008 0.015 0.030 0.121 0.015 0.785 65 V 0.073 0.014 0.024 0.049 0.055 0.130 0.074 0.580 66 P 0.170 0.016 0.021 0.029 0.047 0.103 0.044 0.570 67 D 0.021 0.006 0.013 0.024 0.039 0.137 0.035 0.726 68 A 0.007 0.003 0.035 0.021 0.056 0.175 0.041 0.662 69 E 0.095 0.026 0.018 0.060 0.051 0.124 0.113 0.514 70 P 0.436 0.023 0.005 0.006 0.008 0.063 0.044 0.416 71 E 0.127 0.046 0.009 0.009 0.013 0.099 0.055 0.641 72 D 0.027 0.021 0.013 0.010 0.023 0.141 0.044 0.722 73 G 0.094 0.046 0.019 0.052 0.061 0.123 0.074 0.531 74 L 0.101 0.051 0.016 0.045 0.072 0.105 0.049 0.561 75 L 0.015 0.045 0.030 0.044 0.082 0.110 0.031 0.642 76 G 0.030 0.108 0.039 0.084 0.177 0.098 0.115 0.349 77 V 0.053 0.150 0.048 0.156 0.129 0.070 0.099 0.294 78 R 0.072 0.230 0.064 0.120 0.124 0.053 0.097 0.240 79 A 0.066 0.157 0.067 0.062 0.093 0.064 0.126 0.367 80 Q 0.094 0.180 0.078 0.075 0.098 0.071 0.092 0.313 81 C 0.103 0.116 0.055 0.049 0.096 0.084 0.098 0.400 82 R 0.055 0.067 0.061 0.042 0.066 0.098 0.078 0.533 83 R 0.155 0.089 0.040 0.027 0.055 0.104 0.127 0.402 84 A 0.075 0.041 0.063 0.030 0.031 0.155 0.100 0.504 85 S 0.196 0.037 0.036 0.014 0.029 0.116 0.083 0.488 86 D 0.062 0.024 0.027 0.012 0.021 0.153 0.065 0.636 87 L 0.021 0.011 0.066 0.015 0.036 0.214 0.041 0.596 88 A 0.024 0.018 0.045 0.029 0.053 0.195 0.075 0.561 89 G 0.024 0.010 0.072 0.022 0.044 0.200 0.061 0.568 90 S 0.071 0.036 0.054 0.031 0.048 0.170 0.150 0.441 91 V 0.052 0.016 0.048 0.016 0.030 0.168 0.095 0.575 92 D 0.043 0.022 0.033 0.019 0.032 0.176 0.062 0.613 93 T 0.030 0.020 0.027 0.014 0.032 0.210 0.064 0.602 94 G 0.070 0.050 0.023 0.023 0.036 0.174 0.095 0.528 95 S 0.172 0.134 0.012 0.017 0.033 0.140 0.093 0.398 96 A 0.061 0.099 0.010 0.015 0.026 0.149 0.037 0.604 97 G 0.024 0.097 0.012 0.021 0.052 0.138 0.087 0.568 98 S 0.027 0.417 0.017 0.050 0.065 0.076 0.111 0.238 99 V 0.065 0.571 0.008 0.035 0.032 0.041 0.066 0.182 100 K 0.031 0.670 0.007 0.042 0.024 0.027 0.058 0.141 101 S 0.122 0.623 0.005 0.013 0.029 0.018 0.068 0.122 102 I 0.139 0.525 0.011 0.032 0.031 0.031 0.094 0.137 103 A 0.126 0.402 0.020 0.037 0.065 0.046 0.066 0.238 104 A 0.172 0.257 0.021 0.030 0.106 0.049 0.058 0.307 105 M 0.068 0.147 0.052 0.068 0.119 0.096 0.103 0.346 106 L 0.033 0.033 0.108 0.076 0.159 0.109 0.143 0.339 107 E 0.032 0.034 0.107 0.082 0.134 0.119 0.067 0.425 108 L 0.016 0.014 0.093 0.056 0.072 0.149 0.040 0.559 109 S 0.035 0.018 0.162 0.056 0.086 0.151 0.083 0.409 110 S 0.120 0.032 0.083 0.022 0.039 0.141 0.112 0.452 111 I 0.066 0.021 0.052 0.011 0.018 0.154 0.064 0.614 112 G 0.054 0.040 0.028 0.012 0.021 0.144 0.055 0.645 113 G 0.056 0.058 0.021 0.016 0.027 0.142 0.052 0.628 114 G 0.097 0.082 0.019 0.028 0.039 0.130 0.054 0.550 115 G 0.118 0.067 0.024 0.044 0.069 0.111 0.068 0.500 116 R 0.164 0.048 0.030 0.049 0.103 0.095 0.062 0.447 117 A 0.120 0.022 0.020 0.041 0.133 0.093 0.054 0.516 118 A 0.022 0.006 0.031 0.053 0.132 0.132 0.033 0.591 119 R 0.010 0.005 0.024 0.055 0.137 0.148 0.026 0.594 120 R 0.033 0.008 0.029 0.047 0.053 0.142 0.046 0.642 121 P 0.523 0.016 0.010 0.021 0.020 0.057 0.084 0.269 122 P 0.140 0.006 0.017 0.009 0.016 0.106 0.046 0.660 123 E 0.008 0.003 0.048 0.011 0.030 0.142 0.024 0.734 124 G 0.009 0.002 0.018 0.019 0.032 0.161 0.023 0.736 125 H 0.031 0.007 0.047 0.076 0.067 0.154 0.075 0.544 126 P 0.027 0.002 0.015 0.013 0.020 0.121 0.024 0.777 127 T 0.027 0.006 0.031 0.026 0.029 0.133 0.045 0.703 128 P 0.041 0.003 0.021 0.011 0.016 0.106 0.028 0.773 129 R 0.163 0.009 0.027 0.029 0.031 0.110 0.091 0.538 130 P 0.019 0.003 0.015 0.011 0.016 0.114 0.030 0.793 131 A 0.017 0.002 0.028 0.014 0.027 0.126 0.029 0.756 132 S 0.038 0.010 0.016 0.030 0.029 0.140 0.066 0.671 133 P 0.037 0.005 0.012 0.012 0.013 0.109 0.027 0.786 134 E 0.175 0.033 0.022 0.023 0.029 0.097 0.084 0.536 135 P 0.050 0.011 0.012 0.009 0.014 0.100 0.028 0.777 136 G 0.030 0.009 0.033 0.021 0.037 0.136 0.103 0.631 137 R 0.050 0.045 0.025 0.062 0.064 0.125 0.096 0.532 138 V 0.135 0.053 0.018 0.025 0.041 0.093 0.045 0.589 139 A 0.059 0.088 0.020 0.052 0.064 0.106 0.057 0.555 140 T 0.081 0.070 0.034 0.049 0.119 0.104 0.148 0.394 141 V 0.054 0.070 0.046 0.126 0.119 0.102 0.110 0.372 142 L 0.119 0.079 0.043 0.063 0.125 0.083 0.068 0.420 143 A 0.047 0.094 0.045 0.089 0.144 0.088 0.078 0.415 144 S 0.040 0.056 0.037 0.065 0.123 0.112 0.067 0.499 145 V 0.085 0.065 0.037 0.083 0.102 0.096 0.104 0.428 146 K 0.126 0.082 0.024 0.046 0.051 0.084 0.046 0.541 147 H 0.329 0.159 0.016 0.025 0.037 0.065 0.051 0.319 148 K 0.184 0.076 0.018 0.035 0.051 0.082 0.084 0.469 149 E 0.088 0.019 0.023 0.048 0.099 0.086 0.042 0.594 150 A 0.017 0.007 0.045 0.054 0.177 0.119 0.025 0.555 151 I 0.017 0.005 0.058 0.057 0.092 0.108 0.028 0.634 152 G 0.363 0.014 0.009 0.033 0.028 0.078 0.072 0.402 153 P 0.214 0.016 0.012 0.009 0.015 0.083 0.038 0.613 154 G 0.034 0.020 0.010 0.009 0.018 0.085 0.018 0.805 155 G 0.045 0.018 0.008 0.014 0.024 0.117 0.041 0.733 156 E 0.029 0.041 0.029 0.143 0.104 0.109 0.113 0.432 157 V 0.154 0.050 0.025 0.048 0.114 0.067 0.068 0.473 158 V 0.187 0.039 0.027 0.090 0.115 0.069 0.083 0.391 159 N 0.021 0.007 0.036 0.064 0.126 0.102 0.062 0.582 160 R 0.027 0.017 0.054 0.127 0.187 0.090 0.062 0.436 161 R 0.085 0.015 0.034 0.070 0.075 0.094 0.101 0.527 162 R 0.032 0.009 0.061 0.093 0.061 0.120 0.051 0.573 163 T 0.062 0.009 0.023 0.023 0.037 0.122 0.033 0.690 164 L 0.039 0.015 0.054 0.025 0.024 0.121 0.053 0.668 165 S 0.051 0.029 0.033 0.011 0.017 0.099 0.101 0.660 166 G 0.033 0.108 0.048 0.030 0.020 0.109 0.217 0.436 167 P 0.042 0.237 0.026 0.013 0.018 0.070 0.033 0.562 168 V 0.068 0.581 0.019 0.013 0.022 0.041 0.044 0.211 169 T 0.037 0.671 0.021 0.008 0.021 0.033 0.080 0.130 170 G 0.016 0.121 0.029 0.013 0.026 0.033 0.696 0.066 171 L 0.018 0.361 0.056 0.056 0.037 0.054 0.297 0.121 172 L 0.160 0.358 0.049 0.029 0.041 0.045 0.157 0.161 173 A 0.076 0.167 0.042 0.041 0.027 0.109 0.105 0.432 174 T 0.101 0.080 0.056 0.021 0.041 0.114 0.102 0.485 175 A 0.123 0.019 0.051 0.022 0.037 0.107 0.092 0.550 176 R 0.015 0.007 0.033 0.016 0.028 0.130 0.030 0.742 177 R 0.024 0.009 0.024 0.017 0.024 0.120 0.021 0.763 178 G 0.149 0.012 0.014 0.013 0.016 0.118 0.050 0.629 179 P 0.038 0.006 0.020 0.009 0.012 0.123 0.031 0.761 180 G 0.048 0.006 0.022 0.011 0.022 0.109 0.034 0.747 181 E 0.079 0.006 0.037 0.019 0.026 0.132 0.064 0.637 182 S 0.077 0.006 0.026 0.020 0.022 0.111 0.039 0.699 183 A 0.099 0.004 0.019 0.009 0.020 0.105 0.059 0.687 184 D 0.022 0.008 0.036 0.027 0.034 0.146 0.058 0.668 185 P 0.012 0.003 0.006 0.009 0.015 0.106 0.010 0.838 186 G 0.050 0.028 0.017 0.065 0.056 0.136 0.054 0.594 187 P 0.043 0.029 0.022 0.032 0.060 0.117 0.046 0.650 188 F 0.137 0.064 0.046 0.050 0.066 0.095 0.164 0.379 189 V 0.279 0.017 0.018 0.031 0.041 0.079 0.173 0.362 190 E 0.046 0.018 0.035 0.054 0.075 0.109 0.070 0.593 191 D 0.044 0.010 0.014 0.022 0.065 0.102 0.017 0.727 192 G 0.046 0.015 0.024 0.084 0.107 0.137 0.055 0.531 193 T 0.050 0.013 0.028 0.094 0.120 0.103 0.047 0.546 194 G 0.117 0.005 0.020 0.039 0.090 0.074 0.054 0.600 195 R 0.011 0.002 0.046 0.112 0.124 0.111 0.029 0.566 196 Q 0.008 0.001 0.019 0.031 0.052 0.085 0.011 0.793 197 R 0.156 0.003 0.023 0.101 0.068 0.078 0.063 0.508 198 P 0.147 0.001 0.013 0.012 0.021 0.067 0.022 0.716 199 R 0.016 0.002 0.026 0.023 0.038 0.114 0.018 0.762 200 G 0.013 0.001 0.005 0.017 0.025 0.097 0.010 0.833