# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.4095 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.079 0.012 0.008 0.045 0.064 0.084 0.105 0.002 0.001 0.005 0.596 2 A 0.022 0.004 0.003 0.031 0.035 0.066 0.031 0.001 0.001 0.002 0.805 3 G 0.034 0.002 0.002 0.034 0.062 0.106 0.045 0.001 0.001 0.002 0.712 4 P 0.008 0.001 0.001 0.013 0.016 0.025 0.013 0.001 0.001 0.001 0.924 5 Y 0.034 0.001 0.002 0.050 0.110 0.243 0.065 0.001 0.001 0.002 0.493 6 A 0.068 0.004 0.003 0.091 0.263 0.307 0.040 0.001 0.001 0.004 0.218 7 T 0.007 0.002 0.001 0.069 0.228 0.302 0.040 0.001 0.001 0.001 0.350 8 V 0.005 0.002 0.001 0.075 0.345 0.416 0.019 0.001 0.001 0.001 0.137 9 Q 0.004 0.003 0.001 0.086 0.298 0.313 0.057 0.001 0.001 0.003 0.234 10 R 0.006 0.001 0.001 0.066 0.180 0.302 0.051 0.001 0.001 0.004 0.387 11 R 0.007 0.001 0.001 0.076 0.236 0.207 0.103 0.001 0.001 0.003 0.366 12 V 0.002 0.001 0.001 0.016 0.033 0.077 0.028 0.001 0.001 0.001 0.842 13 G 0.021 0.003 0.002 0.049 0.114 0.242 0.146 0.001 0.001 0.017 0.405 14 R 0.099 0.004 0.001 0.020 0.024 0.041 0.116 0.001 0.001 0.012 0.682 15 S 0.078 0.019 0.004 0.038 0.057 0.097 0.125 0.001 0.001 0.011 0.570 16 H 0.081 0.010 0.003 0.029 0.051 0.086 0.101 0.001 0.001 0.008 0.631 17 S 0.061 0.020 0.002 0.036 0.041 0.064 0.174 0.001 0.001 0.005 0.597 18 V 0.128 0.034 0.006 0.053 0.082 0.139 0.101 0.002 0.001 0.007 0.447 19 R 0.075 0.091 0.012 0.051 0.066 0.148 0.141 0.005 0.001 0.008 0.402 20 A 0.102 0.063 0.012 0.039 0.084 0.114 0.103 0.004 0.001 0.007 0.473 21 P 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.972 22 A 0.027 0.006 0.002 0.021 0.023 0.064 0.080 0.001 0.001 0.001 0.776 23 G 0.218 0.021 0.005 0.025 0.026 0.041 0.113 0.003 0.001 0.011 0.537 24 A 0.150 0.028 0.004 0.019 0.019 0.026 0.072 0.002 0.001 0.003 0.678 25 D 0.076 0.020 0.009 0.032 0.027 0.049 0.112 0.002 0.001 0.006 0.667 26 K 0.228 0.022 0.008 0.032 0.048 0.074 0.096 0.002 0.001 0.015 0.474 27 N 0.047 0.013 0.003 0.035 0.021 0.029 0.233 0.002 0.001 0.006 0.612 28 V 0.219 0.023 0.024 0.065 0.067 0.098 0.087 0.002 0.001 0.010 0.404 29 N 0.015 0.013 0.005 0.089 0.053 0.060 0.213 0.001 0.001 0.004 0.547 30 R 0.045 0.011 0.005 0.040 0.058 0.071 0.087 0.001 0.001 0.006 0.676 31 S 0.040 0.018 0.005 0.079 0.054 0.108 0.136 0.001 0.001 0.012 0.547 32 Q 0.150 0.020 0.005 0.050 0.096 0.163 0.170 0.001 0.001 0.016 0.328 33 S 0.068 0.035 0.006 0.039 0.098 0.148 0.110 0.001 0.001 0.006 0.489 34 F 0.035 0.017 0.002 0.044 0.135 0.274 0.048 0.001 0.001 0.002 0.442 35 A 0.043 0.060 0.004 0.052 0.170 0.417 0.062 0.002 0.001 0.003 0.188 36 V 0.081 0.080 0.006 0.081 0.136 0.287 0.073 0.005 0.001 0.004 0.246 37 R 0.059 0.089 0.010 0.043 0.288 0.255 0.059 0.006 0.001 0.004 0.189 38 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.968 39 R 0.016 0.004 0.002 0.079 0.068 0.253 0.155 0.001 0.001 0.001 0.421 40 K 0.348 0.016 0.005 0.038 0.037 0.037 0.057 0.003 0.001 0.008 0.451 41 K 0.203 0.055 0.019 0.129 0.062 0.096 0.037 0.005 0.001 0.006 0.388 42 G 0.190 0.009 0.035 0.230 0.081 0.174 0.051 0.005 0.001 0.007 0.218 43 P 0.012 0.001 0.001 0.064 0.020 0.031 0.018 0.001 0.001 0.001 0.854 44 P 0.001 0.001 0.001 0.014 0.016 0.043 0.006 0.001 0.001 0.001 0.920 45 P 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.964 46 P 0.016 0.001 0.001 0.013 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 0.001 0.947 47 P 0.053 0.001 0.001 0.014 0.002 0.002 0.036 0.001 0.001 0.001 0.893 48 P 0.042 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.942 49 K 0.125 0.005 0.001 0.092 0.067 0.143 0.117 0.001 0.001 0.005 0.444 50 R 0.232 0.015 0.003 0.099 0.043 0.076 0.127 0.002 0.001 0.014 0.391 51 S 0.111 0.038 0.004 0.199 0.079 0.144 0.069 0.002 0.001 0.007 0.347 52 S 0.058 0.026 0.005 0.203 0.098 0.155 0.117 0.003 0.001 0.009 0.325 53 S 0.041 0.024 0.006 0.256 0.069 0.083 0.092 0.002 0.001 0.009 0.418 54 A 0.017 0.027 0.004 0.235 0.092 0.143 0.080 0.001 0.001 0.005 0.394 55 L 0.016 0.040 0.003 0.144 0.061 0.120 0.206 0.001 0.001 0.006 0.401 56 A 0.045 0.040 0.003 0.121 0.133 0.190 0.108 0.003 0.001 0.010 0.348 57 S 0.068 0.067 0.008 0.049 0.054 0.113 0.077 0.003 0.001 0.007 0.553 58 A 0.075 0.095 0.006 0.086 0.078 0.160 0.123 0.006 0.001 0.007 0.364 59 N 0.070 0.027 0.003 0.040 0.034 0.054 0.138 0.005 0.001 0.007 0.623 60 L 0.136 0.065 0.012 0.041 0.035 0.070 0.119 0.006 0.001 0.009 0.507 61 A 0.020 0.017 0.004 0.019 0.013 0.022 0.411 0.002 0.001 0.007 0.485 62 D 0.232 0.020 0.018 0.012 0.011 0.018 0.140 0.005 0.001 0.026 0.518 63 E 0.280 0.030 0.024 0.016 0.018 0.022 0.133 0.003 0.001 0.011 0.462 64 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.974 65 V 0.055 0.005 0.006 0.021 0.058 0.072 0.094 0.001 0.001 0.002 0.686 66 P 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.980 67 D 0.045 0.004 0.002 0.030 0.029 0.074 0.050 0.001 0.001 0.001 0.766 68 A 0.125 0.007 0.004 0.032 0.017 0.049 0.078 0.001 0.001 0.007 0.678 69 E 0.105 0.015 0.003 0.024 0.048 0.051 0.219 0.001 0.001 0.007 0.527 70 P 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.983 71 E 0.013 0.004 0.001 0.031 0.017 0.052 0.187 0.001 0.001 0.001 0.694 72 D 0.129 0.012 0.001 0.014 0.009 0.011 0.124 0.001 0.001 0.013 0.686 73 G 0.251 0.033 0.005 0.017 0.018 0.019 0.094 0.002 0.001 0.010 0.552 74 L 0.202 0.063 0.027 0.039 0.030 0.034 0.252 0.002 0.001 0.012 0.339 75 L 0.054 0.080 0.005 0.055 0.064 0.084 0.170 0.002 0.001 0.007 0.481 76 G 0.063 0.072 0.005 0.051 0.105 0.134 0.139 0.004 0.001 0.009 0.419 77 V 0.102 0.123 0.020 0.092 0.085 0.120 0.085 0.004 0.001 0.007 0.363 78 R 0.019 0.072 0.005 0.077 0.103 0.152 0.164 0.002 0.001 0.002 0.404 79 A 0.021 0.061 0.004 0.037 0.069 0.115 0.106 0.002 0.001 0.004 0.581 80 Q 0.058 0.115 0.004 0.046 0.097 0.172 0.103 0.003 0.001 0.008 0.395 81 C 0.158 0.137 0.010 0.024 0.045 0.086 0.091 0.005 0.001 0.009 0.434 82 R 0.158 0.245 0.015 0.038 0.041 0.073 0.094 0.009 0.001 0.007 0.320 83 R 0.140 0.133 0.011 0.024 0.038 0.056 0.110 0.010 0.001 0.007 0.471 84 A 0.153 0.100 0.010 0.020 0.023 0.048 0.037 0.007 0.001 0.003 0.599 85 S 0.077 0.073 0.007 0.033 0.036 0.060 0.166 0.007 0.001 0.007 0.535 86 D 0.260 0.047 0.010 0.015 0.021 0.026 0.081 0.007 0.001 0.009 0.524 87 L 0.125 0.133 0.021 0.025 0.017 0.034 0.125 0.005 0.001 0.010 0.504 88 A 0.114 0.042 0.014 0.034 0.040 0.072 0.315 0.005 0.001 0.015 0.348 89 G 0.106 0.026 0.008 0.023 0.025 0.028 0.081 0.004 0.001 0.006 0.692 90 S 0.079 0.044 0.014 0.050 0.073 0.083 0.058 0.005 0.001 0.005 0.590 91 V 0.068 0.019 0.009 0.066 0.049 0.059 0.070 0.003 0.001 0.005 0.653 92 D 0.016 0.011 0.002 0.058 0.037 0.043 0.209 0.001 0.001 0.005 0.618 93 T 0.091 0.014 0.010 0.061 0.075 0.103 0.144 0.002 0.001 0.043 0.458 94 G 0.115 0.024 0.010 0.063 0.041 0.050 0.224 0.002 0.001 0.028 0.442 95 S 0.044 0.020 0.009 0.038 0.028 0.036 0.316 0.001 0.001 0.010 0.497 96 A 0.046 0.027 0.005 0.062 0.037 0.073 0.134 0.001 0.001 0.009 0.607 97 G 0.041 0.044 0.004 0.035 0.052 0.080 0.238 0.001 0.001 0.014 0.491 98 S 0.122 0.073 0.005 0.019 0.032 0.036 0.202 0.002 0.001 0.009 0.498 99 V 0.046 0.138 0.007 0.022 0.027 0.056 0.103 0.002 0.001 0.003 0.596 100 K 0.023 0.246 0.005 0.014 0.038 0.080 0.212 0.002 0.001 0.003 0.377 101 S 0.033 0.252 0.002 0.008 0.012 0.020 0.183 0.002 0.001 0.003 0.484 102 I 0.067 0.621 0.005 0.004 0.011 0.024 0.033 0.004 0.001 0.002 0.232 103 A 0.036 0.775 0.006 0.003 0.007 0.014 0.028 0.004 0.001 0.001 0.126 104 A 0.062 0.722 0.005 0.003 0.006 0.008 0.027 0.010 0.001 0.001 0.156 105 M 0.116 0.774 0.006 0.002 0.007 0.009 0.005 0.015 0.001 0.001 0.065 106 L 0.092 0.724 0.021 0.006 0.017 0.020 0.009 0.023 0.001 0.001 0.087 107 E 0.079 0.440 0.027 0.014 0.051 0.068 0.025 0.034 0.001 0.002 0.260 108 L 0.109 0.261 0.041 0.027 0.064 0.103 0.025 0.030 0.001 0.003 0.337 109 S 0.141 0.170 0.025 0.059 0.102 0.120 0.046 0.025 0.001 0.005 0.305 110 S 0.053 0.043 0.025 0.047 0.065 0.070 0.060 0.008 0.001 0.005 0.624 111 I 0.030 0.034 0.019 0.066 0.047 0.092 0.116 0.003 0.001 0.008 0.585 112 G 0.030 0.014 0.005 0.046 0.021 0.044 0.347 0.001 0.001 0.023 0.467 113 G 0.187 0.013 0.006 0.022 0.017 0.021 0.149 0.001 0.001 0.020 0.564 114 G 0.061 0.020 0.005 0.021 0.012 0.019 0.146 0.001 0.001 0.006 0.708 115 G 0.041 0.015 0.003 0.026 0.012 0.029 0.143 0.001 0.001 0.004 0.726 116 R 0.078 0.041 0.002 0.044 0.034 0.067 0.192 0.001 0.001 0.006 0.533 117 A 0.083 0.049 0.002 0.023 0.031 0.049 0.079 0.002 0.001 0.003 0.678 118 A 0.178 0.111 0.008 0.041 0.048 0.106 0.084 0.005 0.001 0.005 0.414 119 R 0.206 0.072 0.016 0.037 0.023 0.054 0.067 0.011 0.001 0.007 0.507 120 R 0.229 0.060 0.027 0.028 0.023 0.062 0.062 0.007 0.001 0.003 0.499 121 P 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.974 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.993 123 E 0.036 0.004 0.001 0.014 0.010 0.024 0.168 0.001 0.001 0.003 0.739 124 G 0.573 0.010 0.005 0.007 0.005 0.011 0.042 0.002 0.001 0.009 0.333 125 H 0.220 0.042 0.020 0.024 0.038 0.024 0.087 0.002 0.001 0.004 0.539 126 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 127 T 0.013 0.004 0.001 0.041 0.064 0.127 0.168 0.001 0.001 0.002 0.580 128 P 0.024 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.965 129 R 0.018 0.005 0.001 0.021 0.020 0.041 0.182 0.001 0.001 0.001 0.710 130 P 0.021 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.964 131 A 0.026 0.003 0.001 0.013 0.008 0.019 0.055 0.001 0.001 0.001 0.874 132 S 0.238 0.007 0.006 0.018 0.051 0.027 0.111 0.002 0.001 0.013 0.526 133 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 134 E 0.006 0.001 0.001 0.022 0.040 0.039 0.481 0.001 0.001 0.001 0.408 135 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 136 G 0.019 0.007 0.001 0.033 0.056 0.150 0.091 0.001 0.001 0.001 0.641 137 R 0.086 0.006 0.003 0.018 0.021 0.033 0.122 0.001 0.001 0.011 0.699 138 V 0.112 0.019 0.001 0.025 0.024 0.048 0.050 0.001 0.001 0.003 0.718 139 A 0.059 0.023 0.003 0.045 0.059 0.094 0.129 0.001 0.001 0.006 0.583 140 T 0.078 0.028 0.002 0.023 0.031 0.037 0.116 0.001 0.001 0.006 0.678 141 V 0.129 0.100 0.006 0.031 0.047 0.081 0.086 0.003 0.001 0.005 0.511 142 L 0.063 0.170 0.008 0.042 0.055 0.095 0.172 0.003 0.001 0.006 0.387 143 A 0.073 0.169 0.008 0.030 0.078 0.106 0.142 0.006 0.001 0.008 0.381 144 S 0.088 0.178 0.009 0.020 0.062 0.089 0.069 0.007 0.001 0.006 0.471 145 V 0.120 0.185 0.024 0.030 0.076 0.124 0.087 0.008 0.001 0.007 0.338 146 K 0.056 0.123 0.007 0.020 0.034 0.051 0.153 0.005 0.001 0.005 0.546 147 H 0.084 0.116 0.010 0.022 0.034 0.067 0.111 0.004 0.001 0.007 0.544 148 K 0.131 0.084 0.009 0.020 0.024 0.050 0.081 0.003 0.001 0.007 0.591 149 E 0.116 0.092 0.008 0.026 0.017 0.030 0.212 0.003 0.001 0.006 0.489 150 A 0.320 0.132 0.015 0.036 0.029 0.052 0.087 0.008 0.001 0.008 0.312 151 I 0.248 0.230 0.041 0.041 0.033 0.074 0.060 0.021 0.001 0.007 0.246 152 G 0.144 0.125 0.028 0.039 0.066 0.071 0.070 0.016 0.001 0.004 0.436 153 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.988 154 G 0.022 0.003 0.002 0.029 0.013 0.030 0.135 0.001 0.001 0.001 0.765 155 G 0.276 0.009 0.011 0.016 0.010 0.012 0.059 0.001 0.001 0.013 0.594 156 E 0.089 0.014 0.004 0.023 0.025 0.026 0.176 0.001 0.001 0.004 0.638 157 V 0.027 0.004 0.002 0.015 0.018 0.035 0.066 0.001 0.001 0.001 0.832 158 V 0.043 0.033 0.003 0.074 0.109 0.273 0.067 0.001 0.001 0.003 0.394 159 N 0.028 0.036 0.002 0.058 0.042 0.076 0.096 0.001 0.001 0.005 0.657 160 R 0.129 0.056 0.003 0.062 0.038 0.084 0.078 0.003 0.001 0.008 0.540 161 R 0.234 0.046 0.013 0.062 0.040 0.074 0.128 0.003 0.001 0.013 0.388 162 R 0.117 0.037 0.007 0.042 0.056 0.066 0.105 0.003 0.001 0.005 0.563 163 T 0.074 0.020 0.007 0.029 0.045 0.067 0.098 0.003 0.001 0.005 0.652 164 L 0.182 0.028 0.019 0.058 0.045 0.081 0.066 0.004 0.001 0.006 0.510 165 S 0.046 0.020 0.012 0.044 0.035 0.070 0.206 0.003 0.001 0.007 0.557 166 G 0.043 0.004 0.003 0.018 0.020 0.021 0.070 0.001 0.001 0.002 0.819 167 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.986 168 V 0.037 0.011 0.003 0.031 0.038 0.091 0.136 0.001 0.001 0.002 0.649 169 T 0.119 0.062 0.003 0.043 0.030 0.052 0.124 0.001 0.001 0.011 0.556 170 G 0.110 0.109 0.004 0.033 0.048 0.072 0.097 0.002 0.001 0.005 0.521 171 L 0.085 0.256 0.010 0.045 0.038 0.061 0.126 0.002 0.001 0.005 0.370 172 L 0.047 0.361 0.003 0.042 0.051 0.097 0.100 0.003 0.001 0.003 0.293 173 A 0.036 0.524 0.004 0.033 0.040 0.085 0.056 0.004 0.001 0.002 0.217 174 T 0.065 0.588 0.006 0.024 0.041 0.072 0.029 0.008 0.001 0.002 0.165 175 A 0.102 0.548 0.010 0.018 0.041 0.079 0.023 0.017 0.001 0.002 0.161 176 R 0.109 0.465 0.018 0.016 0.044 0.089 0.029 0.027 0.001 0.003 0.200 177 R 0.158 0.227 0.039 0.022 0.046 0.135 0.045 0.033 0.001 0.004 0.292 178 G 0.124 0.082 0.025 0.014 0.038 0.050 0.057 0.015 0.001 0.004 0.592 179 P 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.984 180 G 0.018 0.001 0.003 0.012 0.006 0.013 0.086 0.001 0.001 0.001 0.860 181 E 0.272 0.005 0.004 0.007 0.007 0.009 0.058 0.001 0.001 0.004 0.633 182 S 0.051 0.004 0.003 0.020 0.010 0.009 0.078 0.001 0.001 0.002 0.823 183 A 0.072 0.002 0.007 0.012 0.012 0.025 0.033 0.001 0.001 0.002 0.834 184 D 0.026 0.004 0.002 0.027 0.034 0.021 0.311 0.001 0.001 0.005 0.569 185 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 186 G 0.007 0.002 0.001 0.047 0.059 0.126 0.219 0.001 0.001 0.001 0.537 187 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.989 188 F 0.051 0.010 0.001 0.048 0.070 0.166 0.059 0.001 0.001 0.001 0.594 189 V 0.133 0.018 0.004 0.047 0.045 0.094 0.078 0.001 0.001 0.010 0.569 190 E 0.094 0.039 0.001 0.056 0.047 0.091 0.072 0.001 0.001 0.003 0.596 191 D 0.150 0.037 0.005 0.051 0.035 0.075 0.068 0.003 0.001 0.010 0.566 192 G 0.367 0.052 0.006 0.047 0.037 0.070 0.074 0.006 0.001 0.012 0.329 193 T 0.097 0.036 0.013 0.041 0.031 0.033 0.174 0.004 0.001 0.006 0.565 194 G 0.060 0.019 0.011 0.040 0.039 0.061 0.068 0.003 0.001 0.005 0.695 195 R 0.032 0.012 0.006 0.048 0.035 0.064 0.210 0.001 0.001 0.008 0.584 196 Q 0.124 0.010 0.010 0.032 0.032 0.054 0.098 0.002 0.001 0.011 0.626 197 R 0.127 0.016 0.011 0.031 0.096 0.070 0.076 0.002 0.001 0.006 0.566 198 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 199 R 0.017 0.002 0.001 0.048 0.038 0.136 0.118 0.001 0.001 0.001 0.640 200 G 0.108 0.003 0.001 0.015 0.013 0.020 0.065 0.001 0.001 0.006 0.768