# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.4095 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.052 0.016 0.035 0.022 0.041 0.038 0.006 0.790 2 A 0.033 0.015 0.043 0.025 0.065 0.044 0.006 0.769 3 G 0.062 0.010 0.060 0.042 0.068 0.100 0.007 0.650 4 P 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.001 0.986 5 Y 0.035 0.013 0.106 0.071 0.172 0.095 0.006 0.501 6 A 0.168 0.020 0.172 0.162 0.162 0.064 0.005 0.246 7 T 0.045 0.043 0.145 0.162 0.185 0.056 0.005 0.360 8 V 0.029 0.040 0.150 0.217 0.299 0.043 0.003 0.220 9 Q 0.016 0.053 0.097 0.152 0.303 0.147 0.005 0.227 10 R 0.054 0.070 0.063 0.137 0.280 0.056 0.012 0.327 11 R 0.077 0.104 0.109 0.090 0.166 0.072 0.014 0.368 12 V 0.037 0.057 0.044 0.045 0.072 0.050 0.012 0.682 13 G 0.100 0.055 0.044 0.057 0.143 0.072 0.027 0.502 14 R 0.136 0.050 0.062 0.047 0.072 0.130 0.012 0.491 15 S 0.051 0.063 0.048 0.046 0.069 0.096 0.015 0.612 16 H 0.137 0.055 0.037 0.038 0.067 0.080 0.017 0.568 17 S 0.092 0.071 0.040 0.030 0.038 0.239 0.013 0.478 18 V 0.133 0.090 0.041 0.084 0.113 0.128 0.016 0.395 19 R 0.115 0.124 0.055 0.078 0.157 0.113 0.013 0.345 20 A 0.077 0.102 0.048 0.068 0.109 0.083 0.013 0.500 21 P 0.008 0.004 0.003 0.003 0.010 0.005 0.001 0.967 22 A 0.043 0.027 0.019 0.029 0.056 0.121 0.011 0.694 23 G 0.224 0.016 0.016 0.024 0.034 0.085 0.025 0.576 24 A 0.130 0.015 0.018 0.010 0.015 0.054 0.010 0.749 25 D 0.057 0.022 0.045 0.022 0.027 0.166 0.011 0.650 26 K 0.229 0.025 0.047 0.025 0.036 0.121 0.019 0.498 27 N 0.149 0.027 0.057 0.018 0.035 0.160 0.014 0.540 28 V 0.099 0.031 0.129 0.067 0.081 0.114 0.007 0.471 29 N 0.025 0.026 0.066 0.066 0.088 0.186 0.005 0.538 30 R 0.040 0.025 0.052 0.048 0.088 0.087 0.005 0.654 31 S 0.040 0.067 0.069 0.045 0.107 0.182 0.012 0.477 32 Q 0.129 0.073 0.043 0.073 0.097 0.115 0.022 0.448 33 S 0.084 0.115 0.039 0.063 0.081 0.219 0.018 0.381 34 F 0.117 0.114 0.027 0.106 0.103 0.132 0.025 0.375 35 A 0.131 0.178 0.068 0.195 0.218 0.052 0.015 0.144 36 V 0.044 0.182 0.041 0.149 0.290 0.057 0.012 0.225 37 R 0.055 0.086 0.031 0.207 0.354 0.050 0.008 0.209 38 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 39 R 0.025 0.021 0.022 0.162 0.299 0.089 0.008 0.374 40 K 0.299 0.020 0.019 0.094 0.085 0.059 0.012 0.412 41 K 0.160 0.053 0.029 0.101 0.129 0.032 0.017 0.478 42 G 0.136 0.024 0.063 0.114 0.114 0.041 0.014 0.494 43 P 0.003 0.001 0.002 0.004 0.006 0.002 0.001 0.982 44 P 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.002 0.001 0.979 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.992 46 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.990 47 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.993 48 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 49 K 0.134 0.001 0.035 0.054 0.107 0.107 0.002 0.561 50 R 0.280 0.005 0.045 0.030 0.039 0.097 0.003 0.501 51 S 0.080 0.022 0.097 0.045 0.082 0.107 0.006 0.560 52 S 0.097 0.029 0.083 0.042 0.075 0.164 0.012 0.498 53 S 0.089 0.040 0.063 0.035 0.048 0.221 0.013 0.490 54 A 0.115 0.080 0.083 0.037 0.057 0.171 0.018 0.438 55 L 0.072 0.132 0.070 0.044 0.073 0.231 0.015 0.362 56 A 0.112 0.155 0.050 0.034 0.060 0.214 0.023 0.352 57 S 0.182 0.178 0.048 0.025 0.050 0.086 0.033 0.397 58 A 0.170 0.126 0.059 0.025 0.036 0.100 0.028 0.455 59 N 0.082 0.075 0.028 0.027 0.030 0.171 0.027 0.559 60 L 0.206 0.064 0.043 0.025 0.036 0.103 0.033 0.490 61 A 0.098 0.049 0.038 0.024 0.024 0.342 0.020 0.405 62 D 0.181 0.052 0.035 0.025 0.032 0.142 0.041 0.491 63 E 0.288 0.033 0.061 0.026 0.026 0.098 0.025 0.443 64 P 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.989 65 V 0.051 0.006 0.054 0.073 0.142 0.144 0.004 0.528 66 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 67 D 0.033 0.003 0.011 0.028 0.058 0.065 0.003 0.799 68 A 0.296 0.008 0.026 0.027 0.047 0.070 0.008 0.517 69 E 0.206 0.009 0.014 0.028 0.048 0.185 0.013 0.498 70 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 71 E 0.013 0.003 0.009 0.009 0.022 0.128 0.003 0.812 72 D 0.111 0.003 0.006 0.006 0.009 0.067 0.009 0.790 73 G 0.441 0.011 0.016 0.012 0.020 0.088 0.028 0.383 74 L 0.165 0.026 0.044 0.038 0.038 0.308 0.012 0.368 75 L 0.069 0.034 0.048 0.108 0.147 0.162 0.009 0.423 76 G 0.093 0.033 0.046 0.059 0.139 0.105 0.008 0.517 77 V 0.048 0.039 0.086 0.141 0.187 0.067 0.004 0.428 78 R 0.014 0.045 0.052 0.146 0.229 0.078 0.003 0.434 79 A 0.026 0.048 0.024 0.071 0.155 0.078 0.004 0.594 80 Q 0.066 0.163 0.050 0.076 0.194 0.111 0.011 0.330 81 C 0.101 0.174 0.035 0.054 0.114 0.053 0.014 0.456 82 R 0.069 0.234 0.058 0.065 0.119 0.060 0.016 0.379 83 R 0.141 0.138 0.037 0.038 0.076 0.058 0.023 0.488 84 A 0.102 0.109 0.051 0.036 0.063 0.043 0.015 0.581 85 S 0.070 0.119 0.047 0.046 0.067 0.154 0.024 0.472 86 D 0.219 0.062 0.039 0.021 0.029 0.091 0.028 0.510 87 L 0.141 0.087 0.085 0.025 0.036 0.169 0.029 0.428 88 A 0.133 0.035 0.039 0.025 0.028 0.292 0.026 0.422 89 G 0.152 0.037 0.071 0.027 0.036 0.139 0.017 0.520 90 S 0.057 0.026 0.056 0.031 0.048 0.137 0.011 0.635 91 V 0.073 0.029 0.071 0.062 0.079 0.144 0.010 0.533 92 D 0.050 0.028 0.035 0.041 0.064 0.249 0.008 0.524 93 T 0.075 0.037 0.033 0.047 0.067 0.242 0.016 0.484 94 G 0.149 0.051 0.046 0.030 0.047 0.181 0.030 0.466 95 S 0.093 0.042 0.030 0.029 0.031 0.337 0.015 0.423 96 A 0.058 0.061 0.035 0.028 0.048 0.109 0.016 0.644 97 G 0.109 0.061 0.027 0.041 0.072 0.241 0.022 0.428 98 S 0.171 0.066 0.025 0.029 0.037 0.266 0.017 0.387 99 V 0.068 0.116 0.031 0.039 0.076 0.083 0.011 0.577 100 K 0.032 0.085 0.017 0.071 0.105 0.292 0.006 0.392 101 S 0.064 0.122 0.012 0.031 0.052 0.261 0.007 0.450 102 I 0.081 0.471 0.030 0.045 0.098 0.037 0.009 0.230 103 A 0.027 0.562 0.028 0.027 0.047 0.064 0.006 0.240 104 A 0.052 0.507 0.013 0.023 0.038 0.098 0.016 0.253 105 M 0.190 0.530 0.023 0.018 0.042 0.021 0.033 0.143 106 L 0.097 0.518 0.088 0.045 0.049 0.030 0.024 0.149 107 E 0.080 0.325 0.115 0.074 0.085 0.045 0.032 0.245 108 L 0.143 0.169 0.124 0.048 0.072 0.041 0.026 0.377 109 S 0.092 0.090 0.113 0.111 0.109 0.092 0.025 0.369 110 S 0.062 0.036 0.080 0.060 0.070 0.117 0.016 0.558 111 I 0.057 0.033 0.094 0.057 0.071 0.192 0.015 0.481 112 G 0.076 0.024 0.035 0.033 0.041 0.297 0.018 0.475 113 G 0.084 0.026 0.030 0.021 0.029 0.225 0.014 0.571 114 G 0.059 0.022 0.021 0.012 0.024 0.135 0.013 0.714 115 G 0.089 0.026 0.026 0.023 0.039 0.148 0.014 0.636 116 R 0.111 0.033 0.031 0.049 0.072 0.184 0.010 0.509 117 A 0.049 0.034 0.027 0.046 0.079 0.070 0.006 0.690 118 A 0.089 0.068 0.049 0.095 0.152 0.083 0.011 0.452 119 R 0.118 0.047 0.032 0.050 0.089 0.079 0.012 0.574 120 R 0.097 0.036 0.045 0.053 0.122 0.067 0.017 0.562 121 P 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.001 0.983 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 123 E 0.028 0.001 0.010 0.011 0.023 0.059 0.003 0.865 124 G 0.551 0.002 0.009 0.006 0.011 0.030 0.011 0.380 125 H 0.400 0.003 0.021 0.015 0.019 0.067 0.006 0.470 126 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 127 T 0.057 0.002 0.025 0.028 0.063 0.209 0.004 0.612 128 P 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.988 129 R 0.034 0.003 0.015 0.019 0.035 0.171 0.003 0.720 130 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 131 A 0.103 0.006 0.023 0.023 0.048 0.092 0.007 0.698 132 S 0.218 0.004 0.016 0.026 0.028 0.070 0.006 0.633 133 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 134 E 0.060 0.003 0.034 0.050 0.083 0.287 0.004 0.478 135 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 136 G 0.032 0.005 0.026 0.045 0.107 0.073 0.002 0.710 137 R 0.135 0.005 0.024 0.030 0.041 0.086 0.003 0.675 138 V 0.079 0.017 0.024 0.036 0.071 0.053 0.003 0.717 139 A 0.046 0.043 0.047 0.073 0.145 0.089 0.004 0.554 140 T 0.039 0.030 0.021 0.022 0.047 0.071 0.005 0.765 141 V 0.117 0.123 0.049 0.052 0.100 0.071 0.012 0.477 142 L 0.081 0.192 0.062 0.056 0.096 0.114 0.011 0.389 143 A 0.083 0.174 0.036 0.050 0.080 0.102 0.012 0.463 144 S 0.105 0.235 0.051 0.032 0.076 0.053 0.018 0.430 145 V 0.115 0.229 0.059 0.053 0.082 0.056 0.016 0.389 146 K 0.056 0.189 0.033 0.035 0.053 0.124 0.013 0.496 147 H 0.077 0.176 0.026 0.031 0.064 0.093 0.017 0.516 148 K 0.111 0.167 0.038 0.024 0.044 0.072 0.022 0.522 149 E 0.112 0.188 0.048 0.041 0.042 0.085 0.024 0.461 150 A 0.237 0.196 0.044 0.039 0.052 0.055 0.027 0.349 151 I 0.178 0.203 0.064 0.045 0.084 0.046 0.027 0.354 152 G 0.157 0.070 0.044 0.054 0.082 0.101 0.029 0.463 153 P 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.986 154 G 0.008 0.003 0.015 0.007 0.015 0.059 0.004 0.889 155 G 0.321 0.005 0.016 0.010 0.015 0.089 0.034 0.510 156 E 0.369 0.013 0.055 0.045 0.027 0.184 0.009 0.297 157 V 0.006 0.003 0.007 0.006 0.013 0.022 0.001 0.942 158 V 0.024 0.016 0.035 0.193 0.403 0.061 0.002 0.265 159 N 0.036 0.050 0.035 0.078 0.150 0.100 0.003 0.548 160 R 0.083 0.102 0.024 0.064 0.135 0.084 0.010 0.498 161 R 0.145 0.179 0.048 0.050 0.125 0.064 0.015 0.374 162 R 0.083 0.152 0.044 0.092 0.114 0.085 0.015 0.416 163 T 0.138 0.116 0.053 0.049 0.088 0.055 0.029 0.472 164 L 0.166 0.099 0.122 0.033 0.054 0.048 0.015 0.461 165 S 0.049 0.064 0.055 0.032 0.053 0.146 0.015 0.586 166 G 0.078 0.021 0.031 0.013 0.025 0.115 0.009 0.708 167 P 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.987 168 V 0.045 0.028 0.051 0.025 0.042 0.146 0.006 0.657 169 T 0.094 0.073 0.043 0.028 0.034 0.108 0.006 0.615 170 G 0.083 0.125 0.027 0.010 0.025 0.070 0.006 0.654 171 L 0.102 0.276 0.048 0.024 0.049 0.086 0.009 0.406 172 L 0.051 0.547 0.030 0.030 0.054 0.086 0.008 0.193 173 A 0.076 0.642 0.017 0.014 0.029 0.048 0.011 0.163 174 T 0.063 0.737 0.024 0.011 0.021 0.018 0.018 0.108 175 A 0.209 0.462 0.029 0.017 0.021 0.023 0.054 0.186 176 R 0.202 0.339 0.033 0.031 0.032 0.058 0.046 0.258 177 R 0.169 0.231 0.037 0.032 0.053 0.065 0.066 0.347 178 G 0.191 0.054 0.025 0.020 0.026 0.086 0.035 0.564 179 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 180 G 0.025 0.005 0.018 0.014 0.024 0.078 0.005 0.830 181 E 0.257 0.005 0.009 0.010 0.010 0.076 0.007 0.626 182 S 0.126 0.010 0.011 0.010 0.015 0.066 0.006 0.755 183 A 0.133 0.010 0.021 0.010 0.017 0.098 0.013 0.698 184 D 0.207 0.006 0.023 0.019 0.020 0.178 0.011 0.536 185 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 186 G 0.049 0.004 0.042 0.065 0.115 0.206 0.004 0.514 187 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 188 F 0.027 0.004 0.017 0.048 0.116 0.090 0.002 0.696 189 V 0.095 0.008 0.018 0.035 0.061 0.061 0.003 0.719 190 E 0.091 0.036 0.022 0.038 0.071 0.181 0.008 0.554 191 D 0.191 0.027 0.013 0.016 0.029 0.071 0.030 0.622 192 G 0.407 0.028 0.026 0.019 0.026 0.053 0.064 0.377 193 T 0.124 0.013 0.026 0.031 0.030 0.171 0.017 0.588 194 G 0.019 0.006 0.018 0.027 0.039 0.037 0.003 0.851 195 R 0.044 0.008 0.024 0.092 0.129 0.147 0.004 0.552 196 Q 0.054 0.011 0.019 0.055 0.096 0.119 0.004 0.642 197 R 0.074 0.019 0.053 0.084 0.164 0.081 0.005 0.520 198 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 199 R 0.019 0.004 0.018 0.044 0.118 0.076 0.003 0.718 200 G 0.090 0.002 0.007 0.010 0.022 0.022 0.003 0.844