# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.4095 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.126 0.191 0.082 0.022 0.260 0.020 0.057 0.070 0.056 0.069 0.048 2 A 0.133 0.118 0.060 0.059 0.152 0.038 0.074 0.068 0.065 0.164 0.069 3 G 0.067 0.218 0.320 0.126 0.143 0.020 0.011 0.017 0.022 0.027 0.028 4 P 0.102 0.153 0.062 0.037 0.199 0.049 0.118 0.123 0.097 0.037 0.022 5 Y 0.190 0.072 0.034 0.027 0.193 0.037 0.061 0.063 0.065 0.175 0.084 6 A 0.133 0.223 0.022 0.006 0.540 0.007 0.010 0.012 0.008 0.012 0.026 7 T 0.289 0.122 0.020 0.003 0.511 0.003 0.005 0.009 0.004 0.006 0.029 8 V 0.253 0.146 0.042 0.007 0.377 0.014 0.014 0.021 0.017 0.020 0.088 9 Q 0.164 0.253 0.049 0.008 0.421 0.008 0.013 0.020 0.014 0.013 0.037 10 R 0.220 0.141 0.063 0.024 0.219 0.023 0.049 0.053 0.043 0.090 0.074 11 R 0.071 0.291 0.288 0.028 0.202 0.013 0.017 0.019 0.015 0.015 0.041 12 V 0.072 0.185 0.063 0.059 0.110 0.061 0.104 0.131 0.098 0.079 0.037 13 G 0.046 0.092 0.134 0.122 0.062 0.055 0.055 0.085 0.083 0.204 0.061 14 R 0.086 0.164 0.098 0.037 0.143 0.031 0.042 0.108 0.088 0.147 0.056 15 S 0.111 0.187 0.074 0.029 0.191 0.027 0.035 0.122 0.089 0.086 0.049 16 H 0.088 0.128 0.052 0.033 0.146 0.038 0.050 0.170 0.149 0.103 0.043 17 S 0.127 0.125 0.048 0.017 0.204 0.022 0.041 0.145 0.107 0.115 0.048 18 V 0.133 0.158 0.048 0.016 0.242 0.018 0.038 0.119 0.096 0.086 0.047 19 R 0.110 0.179 0.092 0.028 0.206 0.022 0.054 0.082 0.065 0.101 0.061 20 A 0.066 0.305 0.277 0.035 0.164 0.009 0.015 0.033 0.026 0.036 0.034 21 P 0.065 0.246 0.155 0.038 0.128 0.022 0.059 0.119 0.091 0.050 0.028 22 A 0.035 0.141 0.085 0.051 0.068 0.049 0.137 0.184 0.128 0.096 0.027 23 G 0.054 0.136 0.230 0.109 0.084 0.021 0.022 0.082 0.063 0.149 0.051 24 A 0.050 0.146 0.075 0.019 0.120 0.028 0.068 0.227 0.154 0.083 0.030 25 D 0.112 0.092 0.041 0.016 0.150 0.022 0.030 0.174 0.148 0.145 0.069 26 K 0.037 0.150 0.052 0.021 0.099 0.027 0.071 0.279 0.164 0.076 0.024 27 N 0.115 0.049 0.031 0.014 0.085 0.020 0.038 0.126 0.080 0.343 0.098 28 V 0.074 0.379 0.060 0.017 0.244 0.015 0.022 0.080 0.040 0.040 0.028 29 N 0.139 0.093 0.053 0.039 0.152 0.032 0.036 0.149 0.075 0.146 0.088 30 R 0.086 0.195 0.055 0.017 0.216 0.020 0.033 0.161 0.092 0.081 0.044 31 S 0.149 0.129 0.035 0.013 0.237 0.019 0.033 0.175 0.069 0.089 0.053 32 Q 0.094 0.115 0.042 0.019 0.153 0.023 0.035 0.223 0.147 0.104 0.045 33 S 0.112 0.109 0.037 0.022 0.164 0.027 0.049 0.209 0.129 0.098 0.045 34 F 0.066 0.111 0.036 0.018 0.106 0.026 0.041 0.245 0.188 0.125 0.038 35 A 0.087 0.102 0.037 0.013 0.156 0.017 0.056 0.224 0.115 0.157 0.037 36 V 0.087 0.229 0.104 0.027 0.148 0.019 0.042 0.122 0.056 0.130 0.036 37 R 0.027 0.389 0.345 0.020 0.116 0.005 0.008 0.049 0.019 0.008 0.014 38 P 0.032 0.120 0.035 0.007 0.075 0.010 0.039 0.409 0.235 0.025 0.015 39 R 0.045 0.077 0.040 0.006 0.076 0.013 0.078 0.271 0.226 0.132 0.035 40 K 0.061 0.157 0.052 0.014 0.114 0.023 0.093 0.154 0.105 0.172 0.055 41 K 0.031 0.321 0.105 0.060 0.081 0.032 0.099 0.040 0.062 0.136 0.034 42 G 0.020 0.157 0.301 0.309 0.043 0.010 0.016 0.007 0.024 0.088 0.023 43 P 0.016 0.230 0.555 0.100 0.043 0.003 0.011 0.005 0.017 0.014 0.006 44 P 0.015 0.301 0.453 0.059 0.052 0.008 0.039 0.014 0.038 0.014 0.007 45 P 0.016 0.279 0.449 0.060 0.056 0.009 0.041 0.016 0.045 0.018 0.009 46 P 0.020 0.263 0.469 0.054 0.052 0.008 0.033 0.020 0.048 0.024 0.010 47 P 0.015 0.304 0.491 0.020 0.058 0.007 0.029 0.019 0.031 0.014 0.013 48 P 0.079 0.361 0.133 0.011 0.170 0.009 0.034 0.050 0.061 0.048 0.045 49 K 0.082 0.281 0.058 0.010 0.213 0.020 0.059 0.078 0.084 0.070 0.045 50 R 0.145 0.218 0.097 0.012 0.294 0.013 0.025 0.053 0.040 0.055 0.050 51 S 0.173 0.102 0.039 0.017 0.170 0.022 0.042 0.139 0.112 0.126 0.059 52 S 0.076 0.165 0.091 0.045 0.131 0.045 0.052 0.145 0.100 0.107 0.044 53 S 0.125 0.158 0.058 0.023 0.218 0.018 0.026 0.160 0.087 0.080 0.047 54 A 0.102 0.110 0.030 0.011 0.206 0.017 0.043 0.249 0.144 0.058 0.030 55 L 0.112 0.081 0.039 0.016 0.140 0.025 0.071 0.220 0.115 0.121 0.059 56 A 0.086 0.224 0.099 0.023 0.190 0.022 0.039 0.121 0.060 0.083 0.055 57 S 0.110 0.140 0.056 0.025 0.159 0.024 0.041 0.151 0.104 0.132 0.057 58 A 0.051 0.211 0.086 0.033 0.151 0.031 0.063 0.156 0.124 0.070 0.026 59 N 0.124 0.128 0.102 0.025 0.177 0.015 0.033 0.126 0.088 0.119 0.061 60 L 0.089 0.099 0.046 0.020 0.119 0.023 0.047 0.181 0.185 0.145 0.046 61 A 0.046 0.239 0.101 0.060 0.111 0.056 0.090 0.123 0.082 0.068 0.025 62 D 0.078 0.085 0.055 0.067 0.094 0.039 0.067 0.112 0.100 0.236 0.067 63 E 0.068 0.273 0.190 0.044 0.209 0.012 0.024 0.046 0.042 0.063 0.029 64 P 0.104 0.287 0.181 0.021 0.210 0.009 0.026 0.039 0.037 0.040 0.045 65 V 0.071 0.388 0.179 0.020 0.181 0.012 0.021 0.029 0.034 0.023 0.043 66 P 0.070 0.329 0.102 0.027 0.189 0.028 0.060 0.070 0.066 0.036 0.024 67 D 0.118 0.112 0.053 0.016 0.168 0.017 0.054 0.093 0.134 0.180 0.054 68 A 0.073 0.248 0.098 0.019 0.237 0.012 0.042 0.059 0.065 0.106 0.042 69 E 0.057 0.313 0.345 0.033 0.165 0.004 0.007 0.021 0.014 0.018 0.023 70 P 0.049 0.260 0.266 0.045 0.097 0.017 0.041 0.123 0.064 0.020 0.020 71 E 0.017 0.097 0.073 0.043 0.037 0.080 0.210 0.258 0.112 0.054 0.017 72 D 0.026 0.171 0.141 0.141 0.044 0.041 0.063 0.094 0.056 0.173 0.051 73 G 0.039 0.082 0.143 0.073 0.048 0.020 0.015 0.073 0.059 0.333 0.116 74 L 0.143 0.110 0.060 0.016 0.174 0.024 0.037 0.152 0.115 0.112 0.058 75 L 0.060 0.245 0.114 0.060 0.123 0.065 0.068 0.115 0.059 0.060 0.031 76 G 0.117 0.123 0.132 0.069 0.131 0.026 0.025 0.090 0.047 0.162 0.078 77 V 0.129 0.212 0.060 0.012 0.244 0.015 0.024 0.139 0.067 0.061 0.038 78 R 0.108 0.240 0.093 0.016 0.250 0.018 0.022 0.134 0.048 0.028 0.044 79 A 0.103 0.096 0.036 0.016 0.133 0.019 0.046 0.320 0.129 0.060 0.041 80 Q 0.069 0.089 0.047 0.019 0.109 0.036 0.085 0.250 0.116 0.137 0.042 81 C 0.124 0.145 0.054 0.019 0.166 0.020 0.036 0.162 0.083 0.127 0.064 82 R 0.048 0.152 0.080 0.040 0.112 0.056 0.083 0.176 0.098 0.114 0.041 83 R 0.136 0.206 0.110 0.016 0.258 0.011 0.015 0.082 0.040 0.070 0.057 84 A 0.044 0.048 0.014 0.006 0.055 0.009 0.016 0.289 0.386 0.109 0.025 85 S 0.027 0.078 0.035 0.017 0.058 0.034 0.068 0.339 0.244 0.081 0.020 86 D 0.099 0.078 0.037 0.015 0.130 0.017 0.037 0.212 0.132 0.198 0.045 87 L 0.072 0.085 0.046 0.016 0.109 0.024 0.063 0.229 0.172 0.144 0.039 88 A 0.074 0.121 0.060 0.030 0.107 0.028 0.068 0.168 0.110 0.187 0.048 89 G 0.040 0.216 0.162 0.094 0.116 0.029 0.045 0.091 0.064 0.111 0.033 90 S 0.076 0.242 0.332 0.036 0.192 0.005 0.007 0.046 0.026 0.018 0.020 91 V 0.026 0.046 0.016 0.005 0.051 0.014 0.073 0.440 0.285 0.032 0.013 92 D 0.053 0.077 0.045 0.022 0.079 0.040 0.103 0.230 0.127 0.175 0.050 93 T 0.057 0.224 0.084 0.061 0.109 0.030 0.046 0.085 0.058 0.186 0.059 94 G 0.041 0.089 0.197 0.207 0.050 0.030 0.016 0.055 0.047 0.190 0.078 95 S 0.063 0.179 0.144 0.040 0.106 0.029 0.049 0.169 0.102 0.086 0.034 96 A 0.044 0.126 0.058 0.035 0.075 0.036 0.072 0.258 0.144 0.116 0.035 97 G 0.028 0.092 0.153 0.092 0.045 0.042 0.037 0.210 0.121 0.143 0.038 98 S 0.057 0.251 0.110 0.010 0.144 0.008 0.020 0.252 0.072 0.052 0.025 99 V 0.041 0.049 0.014 0.003 0.057 0.005 0.009 0.547 0.193 0.060 0.021 100 K 0.017 0.061 0.024 0.007 0.036 0.014 0.031 0.661 0.114 0.025 0.010 101 S 0.048 0.058 0.015 0.003 0.050 0.003 0.020 0.683 0.063 0.045 0.012 102 I 0.010 0.009 0.003 0.001 0.012 0.003 0.005 0.711 0.211 0.031 0.004 103 A 0.005 0.007 0.003 0.002 0.006 0.006 0.015 0.784 0.158 0.011 0.003 104 A 0.009 0.014 0.006 0.003 0.016 0.008 0.046 0.684 0.145 0.063 0.005 105 M 0.054 0.029 0.013 0.006 0.058 0.010 0.064 0.491 0.124 0.134 0.018 106 L 0.092 0.171 0.037 0.012 0.217 0.018 0.041 0.225 0.109 0.046 0.032 107 E 0.144 0.103 0.035 0.010 0.204 0.018 0.082 0.233 0.082 0.051 0.037 108 L 0.165 0.095 0.038 0.009 0.218 0.013 0.048 0.150 0.077 0.126 0.060 109 S 0.091 0.224 0.072 0.030 0.222 0.024 0.052 0.110 0.063 0.067 0.045 110 S 0.129 0.161 0.174 0.040 0.185 0.016 0.029 0.104 0.059 0.047 0.056 111 I 0.055 0.082 0.051 0.032 0.087 0.064 0.117 0.239 0.129 0.103 0.041 112 G 0.035 0.135 0.138 0.172 0.057 0.077 0.061 0.083 0.049 0.143 0.049 113 G 0.038 0.087 0.087 0.133 0.046 0.053 0.047 0.101 0.060 0.277 0.071 114 G 0.049 0.152 0.164 0.098 0.082 0.034 0.027 0.108 0.069 0.167 0.050 115 G 0.086 0.139 0.103 0.043 0.128 0.031 0.034 0.183 0.124 0.085 0.042 116 R 0.098 0.135 0.061 0.019 0.140 0.026 0.056 0.190 0.143 0.088 0.045 117 A 0.103 0.121 0.054 0.025 0.144 0.025 0.032 0.162 0.143 0.139 0.053 118 A 0.080 0.177 0.068 0.027 0.161 0.029 0.064 0.145 0.115 0.098 0.037 119 R 0.075 0.161 0.101 0.033 0.142 0.019 0.064 0.089 0.080 0.188 0.047 120 R 0.033 0.322 0.364 0.064 0.103 0.007 0.015 0.021 0.022 0.034 0.016 121 P 0.026 0.304 0.494 0.038 0.065 0.004 0.009 0.021 0.021 0.008 0.010 122 P 0.028 0.161 0.082 0.024 0.066 0.033 0.145 0.215 0.196 0.033 0.017 123 E 0.042 0.152 0.067 0.033 0.082 0.035 0.131 0.124 0.131 0.166 0.037 124 G 0.047 0.117 0.098 0.067 0.077 0.027 0.037 0.039 0.070 0.340 0.080 125 H 0.071 0.317 0.244 0.025 0.221 0.006 0.012 0.021 0.025 0.032 0.026 126 P 0.086 0.249 0.105 0.035 0.144 0.022 0.061 0.077 0.111 0.077 0.034 127 T 0.036 0.319 0.357 0.030 0.122 0.008 0.021 0.023 0.032 0.028 0.023 128 P 0.078 0.292 0.138 0.038 0.136 0.014 0.053 0.068 0.088 0.064 0.031 129 R 0.034 0.298 0.339 0.030 0.115 0.011 0.024 0.031 0.054 0.037 0.026 130 P 0.079 0.244 0.073 0.017 0.176 0.014 0.077 0.099 0.127 0.064 0.029 131 A 0.046 0.149 0.102 0.046 0.090 0.032 0.098 0.067 0.121 0.206 0.042 132 S 0.032 0.300 0.373 0.066 0.114 0.007 0.015 0.016 0.025 0.034 0.017 133 P 0.061 0.247 0.261 0.063 0.109 0.012 0.041 0.056 0.078 0.050 0.022 134 E 0.031 0.304 0.369 0.032 0.101 0.012 0.029 0.034 0.044 0.025 0.021 135 P 0.066 0.241 0.076 0.024 0.133 0.026 0.113 0.126 0.098 0.064 0.034 136 G 0.045 0.100 0.110 0.072 0.067 0.052 0.081 0.097 0.092 0.226 0.059 137 R 0.080 0.266 0.185 0.034 0.186 0.015 0.023 0.057 0.043 0.073 0.039 138 V 0.131 0.164 0.063 0.016 0.192 0.016 0.029 0.137 0.111 0.093 0.048 139 A 0.079 0.236 0.085 0.022 0.187 0.029 0.046 0.141 0.080 0.054 0.041 140 T 0.156 0.145 0.048 0.013 0.219 0.017 0.031 0.142 0.069 0.095 0.064 141 V 0.145 0.171 0.041 0.011 0.272 0.018 0.034 0.141 0.070 0.060 0.038 142 L 0.158 0.125 0.049 0.020 0.206 0.031 0.051 0.154 0.078 0.073 0.056 143 A 0.093 0.226 0.081 0.025 0.212 0.022 0.041 0.130 0.070 0.057 0.044 144 S 0.129 0.148 0.058 0.018 0.212 0.019 0.038 0.135 0.078 0.100 0.065 145 V 0.114 0.242 0.081 0.013 0.227 0.014 0.037 0.119 0.054 0.053 0.046 146 K 0.081 0.227 0.115 0.025 0.152 0.032 0.061 0.125 0.051 0.082 0.049 147 H 0.109 0.229 0.078 0.021 0.210 0.016 0.024 0.136 0.085 0.055 0.038 148 K 0.030 0.039 0.016 0.009 0.044 0.015 0.025 0.295 0.433 0.074 0.021 149 E 0.028 0.058 0.021 0.008 0.055 0.017 0.064 0.337 0.268 0.126 0.019 150 A 0.085 0.056 0.019 0.005 0.121 0.010 0.052 0.165 0.129 0.309 0.050 151 I 0.069 0.178 0.064 0.057 0.171 0.031 0.058 0.089 0.067 0.179 0.036 152 G 0.021 0.140 0.577 0.167 0.040 0.006 0.006 0.016 0.010 0.009 0.007 153 P 0.016 0.066 0.058 0.041 0.037 0.072 0.217 0.317 0.128 0.034 0.011 154 G 0.018 0.162 0.136 0.139 0.037 0.064 0.131 0.120 0.053 0.113 0.027 155 G 0.041 0.043 0.056 0.058 0.033 0.018 0.016 0.066 0.050 0.469 0.150 156 E 0.057 0.399 0.107 0.007 0.257 0.008 0.015 0.063 0.028 0.031 0.026 157 V 0.281 0.123 0.031 0.007 0.275 0.009 0.015 0.111 0.046 0.047 0.054 158 V 0.110 0.140 0.061 0.038 0.173 0.065 0.064 0.164 0.084 0.057 0.045 159 N 0.120 0.095 0.062 0.036 0.169 0.042 0.065 0.186 0.076 0.098 0.051 160 R 0.108 0.124 0.052 0.023 0.149 0.026 0.047 0.131 0.077 0.201 0.062 161 R 0.093 0.288 0.090 0.018 0.249 0.013 0.018 0.072 0.053 0.049 0.057 162 R 0.108 0.181 0.054 0.022 0.177 0.025 0.045 0.140 0.122 0.072 0.054 163 T 0.117 0.146 0.081 0.019 0.192 0.022 0.049 0.113 0.084 0.118 0.059 164 L 0.104 0.109 0.046 0.016 0.128 0.023 0.070 0.155 0.133 0.164 0.051 165 S 0.044 0.171 0.098 0.097 0.099 0.039 0.069 0.119 0.103 0.128 0.032 166 G 0.028 0.169 0.395 0.158 0.069 0.014 0.013 0.052 0.042 0.040 0.019 167 P 0.045 0.233 0.102 0.007 0.121 0.009 0.048 0.273 0.105 0.034 0.022 168 V 0.048 0.066 0.025 0.011 0.054 0.016 0.042 0.383 0.159 0.153 0.043 169 T 0.024 0.262 0.108 0.045 0.068 0.032 0.043 0.283 0.074 0.043 0.019 170 G 0.031 0.081 0.066 0.024 0.042 0.018 0.014 0.416 0.115 0.151 0.042 171 L 0.025 0.019 0.007 0.002 0.029 0.003 0.011 0.700 0.160 0.038 0.007 172 L 0.021 0.035 0.011 0.005 0.034 0.011 0.023 0.692 0.134 0.025 0.009 173 A 0.022 0.021 0.009 0.006 0.024 0.011 0.058 0.637 0.138 0.062 0.012 174 T 0.034 0.055 0.021 0.006 0.076 0.013 0.034 0.463 0.179 0.101 0.017 175 A 0.047 0.073 0.029 0.011 0.083 0.020 0.058 0.344 0.193 0.115 0.028 176 R 0.088 0.065 0.033 0.010 0.116 0.018 0.100 0.250 0.128 0.145 0.047 177 R 0.053 0.183 0.122 0.056 0.100 0.036 0.068 0.094 0.067 0.179 0.041 178 G 0.038 0.121 0.295 0.284 0.055 0.029 0.017 0.036 0.032 0.056 0.035 179 P 0.025 0.128 0.069 0.050 0.057 0.055 0.190 0.188 0.147 0.072 0.018 180 G 0.035 0.070 0.100 0.093 0.043 0.031 0.038 0.070 0.069 0.371 0.079 181 E 0.072 0.211 0.139 0.044 0.144 0.021 0.034 0.076 0.088 0.119 0.050 182 S 0.078 0.267 0.142 0.035 0.178 0.019 0.040 0.076 0.076 0.059 0.030 183 A 0.091 0.124 0.078 0.052 0.126 0.037 0.070 0.114 0.130 0.128 0.049 184 D 0.081 0.248 0.136 0.037 0.206 0.021 0.046 0.057 0.059 0.076 0.035 185 P 0.127 0.204 0.107 0.030 0.224 0.016 0.037 0.054 0.063 0.092 0.046 186 G 0.071 0.344 0.225 0.030 0.194 0.009 0.016 0.027 0.027 0.027 0.029 187 P 0.065 0.337 0.179 0.016 0.192 0.011 0.034 0.061 0.042 0.029 0.033 188 F 0.089 0.319 0.132 0.018 0.200 0.011 0.025 0.068 0.047 0.048 0.041 189 V 0.064 0.193 0.136 0.027 0.136 0.022 0.054 0.181 0.108 0.046 0.032 190 E 0.063 0.064 0.053 0.029 0.084 0.047 0.102 0.281 0.137 0.098 0.041 191 D 0.052 0.240 0.119 0.059 0.100 0.044 0.068 0.084 0.056 0.138 0.041 192 G 0.063 0.092 0.108 0.135 0.078 0.038 0.024 0.046 0.044 0.254 0.119 193 T 0.088 0.217 0.136 0.071 0.137 0.035 0.045 0.077 0.064 0.087 0.043 194 G 0.094 0.144 0.116 0.086 0.121 0.054 0.043 0.084 0.087 0.114 0.056 195 R 0.103 0.189 0.084 0.027 0.222 0.028 0.057 0.093 0.097 0.065 0.035 196 Q 0.142 0.169 0.083 0.025 0.224 0.017 0.041 0.060 0.053 0.128 0.059 197 R 0.062 0.330 0.316 0.020 0.178 0.005 0.008 0.015 0.013 0.016 0.037 198 P 0.071 0.355 0.197 0.029 0.150 0.017 0.032 0.058 0.040 0.024 0.028 199 R 0.055 0.158 0.096 0.048 0.087 0.054 0.143 0.136 0.105 0.084 0.033 200 G 0.065 0.144 0.150 0.078 0.097 0.031 0.036 0.086 0.086 0.171 0.055