# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.4095 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.740 0.144 0.083 0.024 0.008 0.002 0.001 2 A 0.659 0.171 0.113 0.041 0.012 0.003 0.001 3 G 0.655 0.194 0.103 0.037 0.008 0.002 0.001 4 P 0.553 0.244 0.155 0.033 0.011 0.004 0.001 5 Y 0.111 0.146 0.193 0.257 0.190 0.094 0.009 6 A 0.067 0.092 0.126 0.220 0.269 0.196 0.028 7 T 0.140 0.171 0.208 0.201 0.162 0.096 0.023 8 V 0.103 0.094 0.114 0.171 0.202 0.233 0.084 9 Q 0.112 0.162 0.186 0.204 0.175 0.119 0.042 10 R 0.122 0.117 0.139 0.182 0.185 0.179 0.076 11 R 0.165 0.173 0.174 0.185 0.146 0.115 0.041 12 V 0.162 0.170 0.168 0.177 0.146 0.131 0.045 13 G 0.164 0.165 0.154 0.161 0.164 0.138 0.054 14 R 0.150 0.146 0.152 0.181 0.147 0.147 0.077 15 S 0.140 0.125 0.133 0.166 0.178 0.175 0.082 16 H 0.162 0.160 0.161 0.172 0.145 0.136 0.064 17 S 0.132 0.109 0.117 0.154 0.190 0.188 0.110 18 V 0.122 0.102 0.106 0.141 0.188 0.223 0.119 19 R 0.156 0.146 0.172 0.210 0.164 0.112 0.040 20 A 0.228 0.206 0.179 0.162 0.125 0.079 0.022 21 P 0.263 0.216 0.205 0.149 0.097 0.058 0.012 22 A 0.219 0.183 0.186 0.179 0.157 0.068 0.009 23 G 0.349 0.391 0.130 0.090 0.028 0.011 0.001 24 A 0.259 0.215 0.211 0.166 0.119 0.028 0.002 25 D 0.433 0.371 0.107 0.069 0.015 0.004 0.001 26 K 0.300 0.289 0.163 0.158 0.078 0.011 0.001 27 N 0.347 0.370 0.152 0.098 0.025 0.008 0.001 28 V 0.039 0.063 0.176 0.313 0.317 0.086 0.005 29 N 0.163 0.362 0.230 0.173 0.050 0.019 0.003 30 R 0.057 0.102 0.165 0.246 0.268 0.143 0.019 31 S 0.119 0.144 0.174 0.199 0.169 0.152 0.043 32 Q 0.099 0.129 0.153 0.208 0.180 0.170 0.062 33 S 0.163 0.152 0.156 0.169 0.160 0.138 0.063 34 F 0.147 0.132 0.123 0.156 0.173 0.190 0.081 35 A 0.181 0.125 0.126 0.160 0.176 0.168 0.064 36 V 0.223 0.136 0.160 0.171 0.169 0.115 0.027 37 R 0.342 0.194 0.195 0.138 0.080 0.045 0.007 38 P 0.505 0.219 0.150 0.069 0.038 0.017 0.002 39 R 0.497 0.265 0.135 0.067 0.026 0.010 0.001 40 K 0.494 0.274 0.131 0.066 0.028 0.007 0.001 41 K 0.477 0.293 0.129 0.080 0.018 0.003 0.001 42 G 0.775 0.156 0.050 0.015 0.003 0.001 0.001 43 P 0.767 0.173 0.042 0.016 0.002 0.001 0.001 44 P 0.806 0.130 0.054 0.008 0.001 0.001 0.001 45 P 0.698 0.198 0.086 0.014 0.003 0.001 0.001 46 P 0.591 0.296 0.075 0.033 0.005 0.001 0.001 47 P 0.466 0.282 0.174 0.054 0.020 0.004 0.001 48 P 0.105 0.174 0.257 0.253 0.163 0.046 0.002 49 K 0.051 0.106 0.190 0.273 0.259 0.107 0.014 50 R 0.059 0.108 0.161 0.206 0.222 0.191 0.053 51 S 0.068 0.093 0.113 0.161 0.194 0.247 0.125 52 S 0.056 0.076 0.078 0.135 0.196 0.251 0.209 53 S 0.055 0.069 0.070 0.115 0.162 0.240 0.289 54 A 0.050 0.060 0.057 0.098 0.146 0.289 0.300 55 L 0.078 0.092 0.103 0.160 0.185 0.199 0.183 56 A 0.070 0.079 0.076 0.129 0.190 0.255 0.200 57 S 0.103 0.112 0.124 0.162 0.193 0.200 0.107 58 A 0.100 0.098 0.110 0.179 0.216 0.218 0.079 59 N 0.195 0.247 0.212 0.166 0.103 0.062 0.016 60 L 0.146 0.136 0.169 0.223 0.188 0.117 0.021 61 A 0.232 0.225 0.197 0.178 0.110 0.051 0.008 62 D 0.366 0.283 0.176 0.112 0.045 0.017 0.002 63 E 0.428 0.264 0.155 0.100 0.040 0.012 0.001 64 P 0.367 0.334 0.173 0.087 0.030 0.009 0.001 65 V 0.148 0.145 0.196 0.283 0.180 0.045 0.002 66 P 0.357 0.315 0.189 0.104 0.029 0.005 0.001 67 D 0.637 0.257 0.076 0.024 0.005 0.001 0.001 68 A 0.473 0.263 0.145 0.084 0.030 0.005 0.001 69 E 0.432 0.310 0.155 0.077 0.020 0.005 0.001 70 P 0.361 0.266 0.202 0.116 0.047 0.007 0.001 71 E 0.563 0.300 0.085 0.042 0.009 0.001 0.001 72 D 0.472 0.304 0.134 0.062 0.023 0.005 0.001 73 G 0.186 0.238 0.218 0.194 0.120 0.041 0.003 74 L 0.071 0.137 0.239 0.284 0.191 0.071 0.007 75 L 0.082 0.193 0.221 0.247 0.182 0.067 0.008 76 G 0.066 0.180 0.281 0.265 0.148 0.052 0.007 77 V 0.018 0.021 0.042 0.112 0.354 0.390 0.062 78 R 0.070 0.183 0.272 0.261 0.141 0.061 0.011 79 A 0.129 0.232 0.212 0.215 0.134 0.065 0.012 80 Q 0.130 0.206 0.228 0.214 0.142 0.068 0.011 81 C 0.100 0.122 0.163 0.242 0.214 0.135 0.025 82 R 0.228 0.294 0.219 0.144 0.076 0.033 0.006 83 R 0.214 0.274 0.204 0.165 0.088 0.045 0.009 84 A 0.112 0.116 0.145 0.209 0.225 0.157 0.036 85 S 0.155 0.191 0.183 0.205 0.137 0.098 0.032 86 D 0.150 0.157 0.164 0.174 0.169 0.135 0.051 87 L 0.084 0.095 0.119 0.184 0.211 0.217 0.089 88 A 0.101 0.122 0.142 0.172 0.186 0.188 0.088 89 G 0.123 0.126 0.143 0.179 0.175 0.171 0.084 90 S 0.147 0.127 0.125 0.166 0.182 0.168 0.086 91 V 0.213 0.188 0.156 0.166 0.137 0.094 0.046 92 D 0.362 0.254 0.157 0.120 0.056 0.034 0.016 93 T 0.222 0.127 0.123 0.163 0.187 0.137 0.041 94 G 0.297 0.239 0.153 0.133 0.090 0.066 0.023 95 S 0.227 0.162 0.135 0.140 0.152 0.129 0.054 96 A 0.280 0.199 0.168 0.159 0.107 0.063 0.024 97 G 0.234 0.215 0.167 0.171 0.121 0.073 0.019 98 S 0.170 0.153 0.223 0.185 0.163 0.093 0.014 99 V 0.115 0.084 0.149 0.189 0.252 0.188 0.023 100 K 0.172 0.291 0.227 0.189 0.087 0.031 0.004 101 S 0.241 0.332 0.188 0.143 0.069 0.025 0.003 102 I 0.139 0.165 0.205 0.251 0.174 0.058 0.008 103 A 0.353 0.316 0.167 0.121 0.028 0.012 0.002 104 A 0.181 0.246 0.238 0.177 0.113 0.041 0.004 105 M 0.051 0.097 0.186 0.246 0.254 0.146 0.021 106 L 0.024 0.041 0.074 0.134 0.221 0.365 0.141 107 E 0.038 0.060 0.086 0.120 0.165 0.340 0.191 108 L 0.051 0.066 0.083 0.159 0.193 0.266 0.181 109 S 0.053 0.058 0.065 0.114 0.189 0.299 0.223 110 S 0.095 0.114 0.127 0.170 0.197 0.194 0.104 111 I 0.114 0.125 0.146 0.204 0.195 0.162 0.053 112 G 0.268 0.219 0.186 0.153 0.096 0.061 0.017 113 G 0.325 0.227 0.165 0.133 0.085 0.052 0.013 114 G 0.333 0.223 0.178 0.125 0.082 0.047 0.011 115 G 0.278 0.201 0.186 0.169 0.106 0.050 0.010 116 R 0.252 0.260 0.206 0.164 0.077 0.036 0.006 117 A 0.125 0.119 0.163 0.204 0.228 0.146 0.015 118 A 0.134 0.161 0.196 0.227 0.181 0.091 0.010 119 R 0.243 0.334 0.196 0.141 0.060 0.024 0.003 120 R 0.164 0.195 0.209 0.242 0.138 0.048 0.004 121 P 0.276 0.252 0.196 0.167 0.077 0.029 0.003 122 P 0.394 0.268 0.172 0.116 0.038 0.011 0.001 123 E 0.583 0.258 0.108 0.037 0.011 0.003 0.001 124 G 0.233 0.221 0.211 0.183 0.110 0.038 0.003 125 H 0.287 0.276 0.203 0.151 0.059 0.022 0.002 126 P 0.269 0.241 0.195 0.165 0.096 0.032 0.002 127 T 0.337 0.307 0.177 0.119 0.045 0.014 0.001 128 P 0.298 0.241 0.196 0.150 0.091 0.023 0.001 129 R 0.455 0.322 0.121 0.077 0.020 0.005 0.001 130 P 0.530 0.249 0.128 0.062 0.025 0.005 0.001 131 A 0.440 0.273 0.144 0.108 0.030 0.005 0.001 132 S 0.595 0.235 0.117 0.041 0.011 0.002 0.001 133 P 0.591 0.255 0.101 0.040 0.010 0.002 0.001 134 E 0.547 0.261 0.114 0.059 0.016 0.003 0.001 135 P 0.560 0.268 0.109 0.045 0.014 0.003 0.001 136 G 0.404 0.244 0.171 0.126 0.046 0.008 0.001 137 R 0.519 0.294 0.117 0.050 0.016 0.003 0.001 138 V 0.371 0.264 0.157 0.134 0.061 0.012 0.001 139 A 0.496 0.243 0.131 0.087 0.034 0.009 0.001 140 T 0.347 0.264 0.187 0.120 0.062 0.018 0.002 141 V 0.206 0.152 0.208 0.196 0.163 0.069 0.006 142 L 0.218 0.246 0.213 0.186 0.098 0.035 0.004 143 A 0.224 0.277 0.206 0.164 0.091 0.036 0.002 144 S 0.202 0.185 0.225 0.189 0.139 0.056 0.003 145 V 0.190 0.217 0.229 0.227 0.102 0.032 0.002 146 K 0.456 0.318 0.138 0.063 0.019 0.005 0.001 147 H 0.302 0.272 0.183 0.159 0.064 0.018 0.001 148 K 0.419 0.256 0.190 0.099 0.027 0.007 0.001 149 E 0.300 0.349 0.204 0.105 0.032 0.008 0.001 150 A 0.127 0.152 0.207 0.245 0.199 0.067 0.003 151 I 0.129 0.159 0.216 0.289 0.157 0.048 0.002 152 G 0.495 0.294 0.144 0.050 0.014 0.003 0.001 153 P 0.443 0.252 0.168 0.097 0.034 0.007 0.001 154 G 0.668 0.230 0.077 0.019 0.005 0.001 0.001 155 G 0.539 0.260 0.118 0.061 0.019 0.004 0.001 156 E 0.330 0.299 0.182 0.127 0.050 0.012 0.001 157 V 0.177 0.244 0.242 0.188 0.110 0.037 0.002 158 V 0.087 0.134 0.237 0.305 0.195 0.040 0.002 159 N 0.342 0.417 0.159 0.063 0.014 0.005 0.001 160 R 0.056 0.117 0.211 0.292 0.257 0.064 0.003 161 R 0.075 0.113 0.202 0.292 0.222 0.091 0.006 162 R 0.201 0.342 0.246 0.148 0.051 0.011 0.001 163 T 0.281 0.428 0.182 0.079 0.024 0.006 0.001 164 L 0.038 0.057 0.115 0.272 0.346 0.162 0.010 165 S 0.202 0.306 0.244 0.178 0.050 0.018 0.002 166 G 0.233 0.286 0.237 0.138 0.076 0.028 0.003 167 P 0.100 0.154 0.176 0.209 0.206 0.130 0.024 168 V 0.054 0.112 0.172 0.251 0.216 0.160 0.036 169 T 0.125 0.208 0.212 0.206 0.153 0.080 0.016 170 G 0.088 0.202 0.264 0.252 0.134 0.051 0.009 171 L 0.038 0.033 0.060 0.130 0.323 0.354 0.061 172 L 0.079 0.162 0.219 0.268 0.185 0.077 0.010 173 A 0.189 0.338 0.255 0.142 0.053 0.020 0.002 174 T 0.091 0.125 0.182 0.289 0.232 0.078 0.004 175 A 0.293 0.383 0.181 0.101 0.031 0.011 0.001 176 R 0.294 0.323 0.175 0.136 0.060 0.012 0.001 177 R 0.362 0.276 0.191 0.124 0.040 0.007 0.001 178 G 0.448 0.303 0.156 0.073 0.017 0.003 0.001 179 P 0.637 0.240 0.090 0.026 0.006 0.001 0.001 180 G 0.672 0.233 0.065 0.024 0.004 0.001 0.001 181 E 0.651 0.223 0.091 0.028 0.006 0.001 0.001 182 S 0.610 0.246 0.101 0.035 0.008 0.001 0.001 183 A 0.562 0.249 0.116 0.056 0.015 0.002 0.001 184 D 0.613 0.247 0.096 0.034 0.008 0.002 0.001 185 P 0.264 0.210 0.218 0.166 0.113 0.028 0.001 186 G 0.205 0.217 0.229 0.207 0.103 0.036 0.003 187 P 0.221 0.216 0.216 0.163 0.128 0.051 0.005 188 F 0.203 0.199 0.222 0.209 0.112 0.051 0.004 189 V 0.253 0.202 0.195 0.173 0.126 0.047 0.004 190 E 0.408 0.282 0.170 0.092 0.036 0.011 0.001 191 D 0.611 0.228 0.096 0.046 0.015 0.004 0.001 192 G 0.484 0.267 0.124 0.087 0.031 0.006 0.001 193 T 0.565 0.274 0.108 0.040 0.010 0.003 0.001 194 G 0.359 0.237 0.211 0.126 0.058 0.009 0.001 195 R 0.494 0.337 0.098 0.058 0.011 0.002 0.001 196 Q 0.347 0.302 0.200 0.100 0.044 0.007 0.001 197 R 0.346 0.244 0.231 0.141 0.033 0.004 0.001 198 P 0.659 0.236 0.076 0.023 0.004 0.001 0.001 199 R 0.786 0.177 0.027 0.009 0.001 0.001 0.001 200 G 0.752 0.158 0.069 0.016 0.004 0.001 0.001