This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 301 NATAA A A 2 302 NATAA A A 3 303 NATAA G A 4 304 NATRO P A 5 305 NATAA Y A 6 306 NATAA A A 7 307 NATAA T A 8 308 NATAA V A 9 309 NATAA Q A 10 310 NATAA R A 11 311 NATAA R A 12 312 NATAA V A 13 313 NATAA G A 14 314 NATAA R A 15 315 NATAA S A 16 316 NATAA H A 17 317 NATAA S A 18 318 NATAA V A 19 319 NATAA R A 20 320 NATAA A A 21 321 NATRO P A 22 322 NATAA A A 23 323 NATAA G A 24 324 NATAA A A 25 325 NATAA D A 26 326 NATAA K A 27 327 NATAA N A 28 328 NATAA V A 29 329 NATAA N A 30 330 NATAA R A 31 331 NATAA S A 32 332 NATAA Q A 33 333 NATAA S A 34 334 NATAA F A 35 335 NATAA A A 36 336 NATAA V A 37 337 NATAA R A 38 338 NATRO P A 39 339 NATAA R A 40 340 NATAA K A 41 341 NATAA K A 42 342 NATAA G A 43 343 NATRO P A 44 344 NATRO P A 45 345 NATRO P A 46 346 NATRO P A 47 347 NATRO P A 48 348 NATRO P A 49 349 NATAA K A 50 350 NATAA R A 51 351 NATAA S A 52 352 NATAA S A 53 353 NATAA S A 54 354 NATAA A A 55 355 NATAA L A 56 356 NATAA A A 57 357 NATAA S A 58 358 NATAA A A 59 359 NATAA N A 60 360 NATAA L A 61 361 NATAA A A 62 362 NATAA D A 63 363 NATAA E A 64 364 NATRO P A 65 365 NATAA V A 66 366 NATRO P A 67 367 NATAA D A 68 368 NATAA A A 69 369 NATAA E A 70 370 NATRO P A 71 371 NATAA E A 72 372 NATAA D A 73 373 NATAA G A 74 374 NATAA L A 75 375 NATAA L A 76 376 NATAA G A 77 377 NATAA V A 78 378 NATAA R A 79 379 NATAA A A 80 380 NATAA Q A 81 381 NATRO C A 82 382 NATAA R A 83 383 NATAA R A 84 384 NATAA A A 85 385 NATAA S A 86 386 NATAA D A 87 387 NATAA L A 88 388 NATAA A A 89 389 NATAA G A 90 390 NATAA S A 91 391 NATAA V A 92 392 NATAA D A 93 393 NATAA T A 94 394 NATAA G A 95 395 NATAA S A 96 396 NATAA A A 97 397 NATAA G A 98 398 NATAA S A 99 399 NATAA V A 100 400 NATAA K A 101 401 NATAA S A 102 402 NATAA I A 103 403 NATAA A A 104 404 NATAA A A 105 405 NATAA M A 106 406 NATAA L A 107 407 NATAA E A 108 408 NATAA L A 109 409 NATAA S A 110 410 NATAA S A 111 411 NATAA I A 112 412 NATAA G A 113 413 NATAA G A 114 414 NATAA G A 115 415 NATAA G A 116 416 NATAA R A 117 417 NATAA A A 118 418 NATAA A A 119 419 NATAA R A 120 420 NATAA R A 121 421 NATRO P A 122 422 NATRO P A 123 423 NATAA E A 124 424 NATAA G A 125 425 NATAA H A 126 426 NATRO P A 127 427 NATAA T A 128 428 NATRO P A 129 429 NATAA R A 130 430 NATRO P A 131 431 NATAA A A 132 432 NATAA S A 133 433 NATRO P A 134 434 NATAA E A 135 435 NATRO P A 136 436 NATAA G A 137 437 NATAA R A 138 438 NATAA V A 139 439 NATAA A A 140 440 NATAA T A 141 441 NATAA V A 142 442 NATAA L A 143 443 NATAA A A 144 444 NATAA S A 145 445 NATAA V A 146 446 NATAA K A 147 447 NATAA H A 148 448 NATAA K A 149 449 NATAA E A 150 450 NATAA A A 151 451 NATAA I A 152 452 NATAA G A 153 453 NATRO P A 154 454 NATAA G A 155 455 NATAA G A 156 456 NATAA E A 157 457 NATAA V A 158 458 NATAA V A 159 459 NATAA N A 160 460 NATAA R A 161 461 NATAA R A 162 462 NATAA R A 163 463 NATAA T A 164 464 NATAA L A 165 465 NATAA S A 166 466 NATAA G A 167 467 NATRO P A 168 468 NATAA V A 169 469 NATAA T A 170 470 NATAA G A 171 471 NATAA L A 172 472 NATAA L A 173 473 NATAA A A 174 474 NATAA T A 175 475 NATAA A A 176 476 NATAA R A 177 477 NATAA R A 178 478 NATAA G A 179 479 NATRO P A 180 480 NATAA G A 181 481 NATAA E A 182 482 NATAA S A 183 483 NATAA A A 184 484 NATAA D A 185 485 NATRO P A 186 486 NATAA G A 187 487 NATRO P A 188 488 NATAA F A 189 489 NATAA V A 190 490 NATAA E A 191 491 NATAA D A 192 492 NATAA G A 193 493 NATAA T A 194 494 NATAA G A 195 495 NATAA R A 196 496 NATAA Q A 197 497 NATAA R A 198 498 NATRO P A 199 499 NATAA R A 200 500 NATAA G