# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.0631 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.019 0.669 0.003 0.009 0.029 0.039 0.026 0.004 0.001 0.029 0.174 2 E 0.033 0.846 0.001 0.004 0.008 0.017 0.008 0.005 0.001 0.021 0.054 3 L 0.045 0.715 0.010 0.008 0.012 0.015 0.016 0.012 0.003 0.052 0.113 4 Q 0.061 0.687 0.010 0.008 0.018 0.026 0.016 0.011 0.002 0.037 0.123 5 K 0.119 0.693 0.004 0.003 0.006 0.010 0.011 0.015 0.002 0.023 0.114 6 A 0.085 0.525 0.014 0.004 0.011 0.012 0.034 0.014 0.005 0.058 0.237 7 E 0.090 0.468 0.015 0.004 0.012 0.026 0.039 0.012 0.005 0.040 0.291 8 Y 0.213 0.243 0.012 0.008 0.008 0.014 0.049 0.020 0.010 0.055 0.370 9 A 0.152 0.055 0.052 0.015 0.022 0.024 0.077 0.022 0.025 0.074 0.483 10 K 0.233 0.015 0.013 0.014 0.016 0.028 0.066 0.009 0.006 0.053 0.546 11 Y 0.209 0.005 0.001 0.008 0.005 0.005 0.065 0.003 0.001 0.019 0.679 12 E 0.008 0.005 0.001 0.014 0.007 0.009 0.116 0.001 0.001 0.013 0.826 13 G 0.009 0.010 0.001 0.006 0.005 0.008 0.086 0.001 0.001 0.013 0.860 14 G 0.098 0.036 0.001 0.022 0.036 0.029 0.118 0.004 0.001 0.039 0.616 15 P 0.061 0.052 0.002 0.025 0.015 0.025 0.087 0.006 0.001 0.040 0.686 16 L 0.075 0.027 0.002 0.057 0.036 0.088 0.092 0.007 0.001 0.058 0.557 17 R 0.105 0.009 0.001 0.039 0.015 0.032 0.078 0.001 0.001 0.046 0.673 18 R 0.010 0.004 0.001 0.046 0.043 0.051 0.122 0.001 0.001 0.033 0.688 19 K 0.017 0.014 0.002 0.019 0.015 0.024 0.096 0.001 0.001 0.048 0.764 20 A 0.199 0.029 0.003 0.016 0.018 0.015 0.122 0.005 0.001 0.073 0.519 21 P 0.059 0.073 0.002 0.011 0.010 0.012 0.099 0.003 0.001 0.035 0.695 22 Q 0.067 0.190 0.001 0.012 0.008 0.023 0.066 0.006 0.001 0.029 0.598 23 S 0.061 0.163 0.003 0.011 0.011 0.035 0.097 0.004 0.001 0.136 0.478 24 L 0.017 0.170 0.004 0.039 0.042 0.062 0.094 0.002 0.001 0.139 0.429 25 E 0.022 0.133 0.007 0.079 0.091 0.237 0.051 0.004 0.001 0.186 0.190 26 V 0.048 0.069 0.004 0.098 0.060 0.176 0.080 0.007 0.003 0.159 0.297 27 M 0.024 0.022 0.004 0.193 0.169 0.206 0.051 0.003 0.001 0.093 0.235 28 A 0.007 0.005 0.002 0.106 0.166 0.336 0.042 0.001 0.001 0.072 0.262 29 I 0.029 0.006 0.002 0.178 0.143 0.113 0.095 0.001 0.001 0.107 0.326 30 E 0.012 0.003 0.002 0.061 0.141 0.103 0.124 0.001 0.001 0.054 0.497 31 S 0.026 0.003 0.001 0.043 0.033 0.051 0.141 0.002 0.001 0.073 0.626 32 P 0.025 0.003 0.002 0.031 0.021 0.022 0.137 0.002 0.001 0.042 0.715 33 P 0.070 0.004 0.002 0.019 0.010 0.013 0.128 0.004 0.001 0.044 0.706 34 P 0.070 0.005 0.002 0.024 0.008 0.013 0.124 0.005 0.001 0.051 0.698 35 P 0.047 0.005 0.001 0.019 0.003 0.006 0.118 0.002 0.001 0.032 0.768 36 E 0.012 0.003 0.001 0.026 0.007 0.014 0.150 0.001 0.001 0.037 0.748 37 P 0.008 0.007 0.001 0.022 0.006 0.011 0.146 0.001 0.001 0.039 0.758 38 T 0.214 0.039 0.003 0.028 0.009 0.011 0.110 0.011 0.002 0.086 0.487 39 P 0.326 0.056 0.003 0.016 0.004 0.006 0.096 0.017 0.003 0.059 0.413 40 A 0.107 0.038 0.003 0.024 0.005 0.014 0.131 0.011 0.002 0.057 0.606 41 D 0.108 0.015 0.003 0.032 0.007 0.021 0.133 0.004 0.001 0.081 0.595 42 C 0.013 0.011 0.002 0.045 0.021 0.035 0.185 0.001 0.001 0.057 0.630 43 Q 0.022 0.030 0.003 0.028 0.018 0.035 0.146 0.005 0.001 0.046 0.665 44 S 0.380 0.029 0.006 0.014 0.015 0.020 0.094 0.013 0.003 0.129 0.297 45 P 0.084 0.021 0.003 0.029 0.024 0.037 0.175 0.005 0.001 0.089 0.533 46 K 0.023 0.017 0.002 0.051 0.027 0.095 0.134 0.003 0.001 0.052 0.595 47 M 0.021 0.007 0.002 0.042 0.035 0.072 0.167 0.002 0.001 0.053 0.600 48 T 0.021 0.012 0.002 0.118 0.103 0.141 0.109 0.003 0.001 0.065 0.427 49 T 0.055 0.011 0.002 0.063 0.048 0.083 0.095 0.003 0.001 0.073 0.565 50 F 0.022 0.004 0.001 0.090 0.071 0.074 0.165 0.001 0.001 0.050 0.520 51 Q 0.045 0.020 0.002 0.068 0.026 0.039 0.106 0.004 0.001 0.034 0.654 52 D 0.222 0.036 0.001 0.028 0.014 0.014 0.090 0.008 0.001 0.120 0.465 53 S 0.069 0.096 0.001 0.029 0.010 0.013 0.145 0.005 0.001 0.099 0.534 54 E 0.009 0.126 0.001 0.024 0.006 0.013 0.112 0.002 0.001 0.100 0.607 55 L 0.006 0.655 0.001 0.013 0.004 0.007 0.035 0.009 0.001 0.080 0.190 56 S 0.017 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.059 0.019 57 D 0.015 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.052 0.005 58 E 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.015 0.006 59 L 0.071 0.777 0.018 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 0.014 0.065 0.010 60 Q 0.200 0.234 0.090 0.002 0.002 0.003 0.012 0.020 0.025 0.363 0.048 61 A 0.108 0.169 0.023 0.004 0.002 0.005 0.062 0.017 0.012 0.213 0.385 62 A 0.098 0.069 0.027 0.006 0.004 0.004 0.141 0.016 0.005 0.179 0.453 63 M 0.017 0.023 0.011 0.010 0.006 0.007 0.200 0.003 0.003 0.098 0.621 64 T 0.030 0.033 0.004 0.007 0.003 0.005 0.127 0.003 0.002 0.045 0.741 65 G 0.240 0.059 0.007 0.020 0.004 0.005 0.124 0.026 0.005 0.050 0.460 66 P 0.362 0.030 0.007 0.013 0.003 0.004 0.096 0.024 0.007 0.043 0.411 67 A 0.164 0.010 0.001 0.010 0.003 0.007 0.087 0.003 0.001 0.025 0.689 68 E 0.018 0.004 0.001 0.026 0.004 0.011 0.133 0.001 0.001 0.045 0.758 69 V 0.007 0.003 0.001 0.029 0.010 0.015 0.185 0.001 0.001 0.052 0.695 70 G 0.093 0.017 0.003 0.027 0.019 0.019 0.130 0.007 0.001 0.055 0.628 71 P 0.180 0.018 0.001 0.014 0.012 0.016 0.099 0.012 0.001 0.036 0.612 72 T 0.070 0.008 0.001 0.012 0.009 0.021 0.111 0.003 0.001 0.040 0.725 73 T 0.007 0.003 0.001 0.013 0.012 0.029 0.132 0.001 0.001 0.028 0.775 74 E 0.020 0.005 0.001 0.020 0.014 0.023 0.149 0.001 0.001 0.051 0.716 75 K 0.218 0.013 0.004 0.022 0.015 0.014 0.112 0.007 0.002 0.078 0.514 76 P 0.184 0.014 0.002 0.014 0.006 0.008 0.104 0.009 0.002 0.030 0.628 77 S 0.115 0.005 0.001 0.012 0.007 0.013 0.090 0.002 0.001 0.021 0.734 78 S 0.015 0.002 0.001 0.015 0.011 0.021 0.123 0.001 0.001 0.019 0.793 79 H 0.010 0.002 0.001 0.022 0.012 0.022 0.137 0.001 0.001 0.029 0.764 80 L 0.053 0.003 0.001 0.020 0.017 0.020 0.158 0.001 0.001 0.042 0.684 81 P 0.027 0.003 0.001 0.020 0.014 0.021 0.158 0.001 0.001 0.025 0.730 82 P 0.024 0.009 0.001 0.024 0.008 0.016 0.105 0.002 0.001 0.020 0.791 83 T 0.163 0.016 0.002 0.021 0.011 0.016 0.117 0.004 0.001 0.070 0.580 84 P 0.076 0.020 0.002 0.058 0.022 0.038 0.163 0.004 0.001 0.098 0.518 85 R 0.036 0.017 0.002 0.056 0.016 0.049 0.139 0.003 0.001 0.057 0.624 86 A 0.024 0.007 0.001 0.062 0.040 0.088 0.151 0.002 0.001 0.051 0.573 87 T 0.029 0.014 0.001 0.067 0.039 0.086 0.101 0.003 0.001 0.047 0.613 88 T 0.068 0.012 0.002 0.038 0.039 0.054 0.121 0.002 0.001 0.094 0.568 89 R 0.038 0.011 0.003 0.045 0.034 0.039 0.159 0.002 0.001 0.082 0.585 90 Q 0.134 0.040 0.002 0.036 0.018 0.025 0.119 0.009 0.001 0.047 0.569 91 D 0.229 0.027 0.004 0.021 0.014 0.017 0.098 0.011 0.002 0.070 0.507 92 S 0.050 0.028 0.004 0.020 0.026 0.036 0.145 0.005 0.001 0.056 0.630 93 S 0.103 0.050 0.004 0.023 0.022 0.056 0.099 0.006 0.001 0.073 0.564 94 L 0.080 0.031 0.002 0.031 0.038 0.062 0.148 0.006 0.001 0.052 0.549 95 G 0.044 0.018 0.005 0.032 0.052 0.104 0.124 0.004 0.002 0.069 0.547 96 G 0.028 0.009 0.002 0.043 0.073 0.120 0.126 0.002 0.001 0.059 0.535 97 R 0.115 0.022 0.002 0.060 0.071 0.100 0.119 0.006 0.001 0.058 0.447 98 A 0.055 0.010 0.002 0.050 0.045 0.065 0.144 0.003 0.001 0.093 0.532 99 R 0.021 0.010 0.002 0.059 0.038 0.060 0.156 0.002 0.001 0.054 0.596 100 H 0.075 0.018 0.002 0.083 0.050 0.073 0.123 0.005 0.001 0.095 0.475 101 M 0.053 0.013 0.002 0.047 0.035 0.048 0.152 0.007 0.001 0.073 0.569 102 S 0.032 0.019 0.002 0.040 0.047 0.062 0.149 0.003 0.001 0.065 0.580 103 S 0.035 0.038 0.003 0.033 0.031 0.058 0.107 0.006 0.001 0.053 0.636 104 S 0.130 0.081 0.002 0.020 0.028 0.045 0.123 0.009 0.001 0.056 0.504 105 Q 0.115 0.054 0.006 0.018 0.022 0.035 0.100 0.009 0.003 0.061 0.578 106 E 0.074 0.025 0.007 0.023 0.034 0.054 0.123 0.006 0.002 0.061 0.590 107 L 0.234 0.018 0.006 0.028 0.020 0.042 0.099 0.010 0.003 0.074 0.466 108 L 0.151 0.006 0.002 0.013 0.017 0.021 0.126 0.004 0.001 0.040 0.620 109 G 0.024 0.003 0.001 0.017 0.019 0.033 0.138 0.001 0.001 0.033 0.730 110 D 0.008 0.003 0.001 0.017 0.014 0.029 0.138 0.001 0.001 0.025 0.764 111 G 0.090 0.006 0.001 0.025 0.027 0.027 0.146 0.003 0.001 0.055 0.619 112 P 0.042 0.006 0.001 0.033 0.026 0.031 0.158 0.003 0.001 0.056 0.643 113 P 0.025 0.007 0.001 0.041 0.010 0.018 0.138 0.002 0.001 0.052 0.706 114 G 0.069 0.011 0.001 0.067 0.015 0.026 0.147 0.003 0.001 0.069 0.592 115 P 0.014 0.011 0.001 0.048 0.009 0.017 0.170 0.002 0.001 0.054 0.673 116 S 0.031 0.024 0.002 0.043 0.012 0.020 0.140 0.005 0.001 0.105 0.616 117 S 0.170 0.088 0.003 0.041 0.012 0.018 0.119 0.015 0.002 0.108 0.425 118 P 0.115 0.070 0.004 0.018 0.006 0.013 0.126 0.014 0.003 0.098 0.533 119 M 0.080 0.057 0.007 0.030 0.012 0.025 0.133 0.011 0.003 0.092 0.550 120 S 0.179 0.078 0.009 0.018 0.008 0.018 0.091 0.013 0.003 0.066 0.516 121 R 0.112 0.063 0.005 0.022 0.014 0.022 0.130 0.015 0.002 0.054 0.560 122 S 0.162 0.071 0.005 0.008 0.008 0.016 0.097 0.010 0.002 0.044 0.577 123 Q 0.048 0.041 0.002 0.013 0.022 0.037 0.154 0.004 0.001 0.048 0.631 124 E 0.035 0.046 0.004 0.014 0.015 0.034 0.120 0.004 0.001 0.049 0.677 125 Y 0.127 0.037 0.005 0.024 0.045 0.055 0.140 0.009 0.003 0.071 0.486 126 L 0.171 0.024 0.008 0.024 0.021 0.034 0.095 0.014 0.005 0.062 0.543 127 L 0.176 0.011 0.003 0.018 0.026 0.035 0.097 0.006 0.001 0.044 0.584 128 D 0.056 0.006 0.002 0.014 0.015 0.028 0.111 0.002 0.001 0.035 0.730 129 E 0.009 0.002 0.001 0.008 0.019 0.025 0.145 0.001 0.001 0.024 0.767 130 G 0.016 0.005 0.002 0.020 0.023 0.031 0.133 0.001 0.001 0.047 0.722 131 P 0.053 0.006 0.002 0.016 0.015 0.015 0.127 0.005 0.001 0.054 0.707 132 A 0.234 0.007 0.002 0.019 0.011 0.014 0.095 0.009 0.001 0.051 0.557 133 P 0.011 0.001 0.001 0.007 0.006 0.010 0.114 0.001 0.001 0.021 0.829 134 G 0.003 0.003 0.001 0.014 0.006 0.016 0.113 0.001 0.001 0.018 0.827 135 T 0.036 0.014 0.001 0.017 0.010 0.014 0.122 0.002 0.001 0.047 0.736 136 P 0.156 0.027 0.004 0.020 0.010 0.012 0.112 0.013 0.003 0.055 0.588 137 P 0.153 0.020 0.003 0.019 0.008 0.017 0.093 0.008 0.002 0.041 0.638 138 R 0.137 0.007 0.002 0.022 0.008 0.019 0.084 0.003 0.001 0.037 0.682 139 E 0.013 0.003 0.001 0.033 0.017 0.037 0.149 0.001 0.001 0.033 0.713 140 A 0.015 0.004 0.001 0.015 0.012 0.023 0.109 0.001 0.001 0.022 0.797 141 R 0.130 0.009 0.002 0.033 0.038 0.039 0.135 0.005 0.001 0.066 0.541 142 P 0.049 0.006 0.002 0.017 0.015 0.025 0.118 0.003 0.001 0.036 0.728 143 G 0.083 0.005 0.001 0.024 0.030 0.039 0.110 0.002 0.001 0.037 0.669 144 R 0.070 0.004 0.002 0.022 0.019 0.028 0.104 0.002 0.001 0.038 0.710 145 H 0.042 0.008 0.001 0.032 0.022 0.029 0.132 0.003 0.001 0.034 0.696 146 G 0.073 0.009 0.001 0.013 0.017 0.023 0.109 0.003 0.001 0.041 0.710 147 H 0.008 0.004 0.001 0.013 0.057 0.091 0.168 0.001 0.001 0.028 0.630 148 S 0.013 0.013 0.001 0.019 0.022 0.052 0.098 0.001 0.001 0.036 0.744 149 I 0.052 0.010 0.003 0.023 0.071 0.068 0.133 0.005 0.001 0.084 0.551 150 K 0.170 0.016 0.004 0.033 0.038 0.058 0.095 0.010 0.002 0.075 0.499 151 R 0.108 0.005 0.001 0.013 0.026 0.032 0.085 0.002 0.001 0.036 0.690 152 A 0.011 0.002 0.001 0.013 0.026 0.039 0.117 0.001 0.001 0.023 0.767 153 S 0.013 0.003 0.001 0.018 0.021 0.043 0.110 0.001 0.001 0.025 0.765 154 V 0.025 0.002 0.001 0.007 0.025 0.025 0.126 0.001 0.001 0.030 0.759 155 P 0.004 0.001 0.001 0.010 0.036 0.048 0.143 0.001 0.001 0.022 0.735 156 P 0.036 0.003 0.001 0.013 0.011 0.020 0.077 0.001 0.001 0.027 0.811 157 V 0.164 0.003 0.001 0.015 0.010 0.010 0.103 0.002 0.001 0.049 0.642 158 P 0.005 0.002 0.001 0.007 0.005 0.008 0.110 0.001 0.001 0.013 0.849 159 G 0.030 0.008 0.001 0.012 0.009 0.014 0.071 0.001 0.001 0.024 0.830 160 K 0.154 0.018 0.002 0.015 0.013 0.014 0.092 0.006 0.001 0.038 0.647 161 P 0.093 0.018 0.003 0.026 0.014 0.024 0.102 0.007 0.001 0.049 0.663 162 R 0.073 0.005 0.001 0.019 0.016 0.035 0.085 0.002 0.001 0.034 0.730 163 Q 0.017 0.002 0.001 0.043 0.032 0.060 0.127 0.001 0.001 0.033 0.685 164 V 0.004 0.002 0.001 0.025 0.016 0.029 0.110 0.001 0.001 0.026 0.787 165 L 0.037 0.004 0.001 0.033 0.034 0.034 0.159 0.002 0.001 0.063 0.633 166 P 0.125 0.009 0.003 0.034 0.013 0.015 0.128 0.006 0.001 0.090 0.575 167 P 0.074 0.009 0.002 0.026 0.012 0.016 0.136 0.004 0.001 0.048 0.674 168 G 0.119 0.014 0.003 0.032 0.009 0.018 0.108 0.006 0.001 0.035 0.657 169 T 0.096 0.009 0.002 0.024 0.009 0.015 0.132 0.005 0.001 0.048 0.659 170 S 0.053 0.008 0.001 0.033 0.017 0.034 0.149 0.003 0.001 0.061 0.640 171 H 0.010 0.003 0.001 0.020 0.020 0.038 0.164 0.001 0.001 0.035 0.709 172 F 0.004 0.002 0.001 0.022 0.029 0.047 0.175 0.001 0.001 0.034 0.686 173 T 0.046 0.009 0.001 0.043 0.028 0.039 0.137 0.004 0.001 0.069 0.623 174 P 0.270 0.009 0.002 0.021 0.010 0.014 0.110 0.009 0.001 0.077 0.478 175 P 0.011 0.002 0.001 0.013 0.011 0.021 0.187 0.001 0.001 0.041 0.713 176 Q 0.009 0.005 0.001 0.024 0.008 0.023 0.112 0.001 0.001 0.023 0.794 177 T 0.082 0.010 0.002 0.029 0.012 0.017 0.139 0.005 0.001 0.081 0.621 178 P 0.070 0.013 0.003 0.026 0.012 0.017 0.158 0.010 0.002 0.063 0.625 179 T 0.159 0.011 0.002 0.018 0.012 0.020 0.091 0.003 0.001 0.049 0.633 180 K 0.016 0.004 0.001 0.026 0.011 0.022 0.127 0.001 0.001 0.033 0.759 181 T 0.029 0.007 0.001 0.032 0.008 0.016 0.136 0.003 0.001 0.044 0.724 182 R 0.255 0.010 0.002 0.018 0.009 0.013 0.114 0.008 0.001 0.070 0.500 183 P 0.010 0.005 0.001 0.010 0.006 0.009 0.185 0.001 0.001 0.043 0.729 184 G 0.026 0.027 0.002 0.014 0.007 0.013 0.106 0.002 0.001 0.034 0.769 185 S 0.246 0.085 0.004 0.024 0.009 0.013 0.105 0.016 0.002 0.064 0.431 186 P 0.194 0.071 0.010 0.020 0.005 0.011 0.114 0.037 0.010 0.069 0.460 187 Q 0.318 0.032 0.006 0.019 0.014 0.028 0.083 0.011 0.003 0.057 0.431 188 A 0.108 0.013 0.002 0.020 0.010 0.021 0.110 0.003 0.001 0.050 0.663 189 L 0.008 0.006 0.002 0.030 0.019 0.031 0.192 0.001 0.001 0.060 0.650 190 G 0.035 0.015 0.003 0.031 0.019 0.034 0.157 0.004 0.001 0.053 0.647 191 G 0.166 0.009 0.002 0.022 0.023 0.027 0.150 0.006 0.001 0.081 0.513 192 P 0.018 0.005 0.001 0.024 0.015 0.024 0.148 0.002 0.001 0.041 0.720 193 H 0.056 0.006 0.001 0.020 0.013 0.028 0.122 0.002 0.001 0.041 0.711 194 G 0.028 0.006 0.001 0.036 0.017 0.029 0.166 0.002 0.001 0.049 0.664 195 P 0.018 0.005 0.001 0.015 0.008 0.013 0.131 0.001 0.001 0.044 0.764 196 A 0.123 0.013 0.003 0.066 0.049 0.059 0.104 0.005 0.001 0.071 0.506 197 P 0.069 0.008 0.002 0.017 0.008 0.017 0.112 0.003 0.001 0.036 0.728 198 A 0.018 0.002 0.001 0.034 0.042 0.085 0.145 0.001 0.001 0.027 0.645 199 T 0.031 0.007 0.001 0.029 0.013 0.036 0.087 0.001 0.001 0.026 0.769 200 A 0.019 0.005 0.001 0.030 0.037 0.051 0.158 0.001 0.001 0.028 0.671