# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.0631 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.028 0.640 0.017 0.023 0.036 0.040 0.047 0.169 2 E 0.025 0.844 0.008 0.012 0.016 0.014 0.018 0.062 3 L 0.053 0.764 0.013 0.010 0.016 0.018 0.034 0.092 4 Q 0.063 0.714 0.017 0.009 0.015 0.023 0.051 0.108 5 K 0.082 0.687 0.010 0.007 0.012 0.025 0.033 0.145 6 A 0.121 0.479 0.029 0.011 0.014 0.048 0.066 0.232 7 E 0.134 0.391 0.021 0.012 0.020 0.057 0.046 0.319 8 Y 0.162 0.172 0.022 0.010 0.019 0.065 0.062 0.487 9 A 0.103 0.058 0.045 0.017 0.023 0.108 0.076 0.569 10 K 0.142 0.020 0.020 0.010 0.017 0.091 0.039 0.660 11 Y 0.138 0.011 0.014 0.012 0.013 0.085 0.035 0.691 12 E 0.023 0.007 0.012 0.007 0.016 0.120 0.018 0.797 13 G 0.037 0.014 0.013 0.010 0.017 0.102 0.031 0.776 14 G 0.089 0.032 0.031 0.039 0.046 0.106 0.062 0.595 15 P 0.078 0.021 0.030 0.029 0.046 0.100 0.044 0.651 16 L 0.110 0.015 0.035 0.039 0.068 0.097 0.042 0.593 17 R 0.098 0.010 0.037 0.033 0.058 0.094 0.052 0.619 18 R 0.018 0.005 0.021 0.031 0.052 0.116 0.026 0.730 19 K 0.021 0.010 0.016 0.020 0.028 0.096 0.033 0.776 20 A 0.174 0.064 0.011 0.018 0.019 0.089 0.111 0.514 21 P 0.089 0.058 0.008 0.010 0.015 0.109 0.044 0.668 22 Q 0.047 0.076 0.016 0.032 0.041 0.106 0.054 0.628 23 S 0.050 0.101 0.027 0.019 0.056 0.119 0.148 0.479 24 L 0.019 0.042 0.084 0.061 0.087 0.132 0.121 0.455 25 E 0.008 0.048 0.205 0.125 0.257 0.052 0.067 0.238 26 V 0.013 0.020 0.293 0.106 0.162 0.055 0.084 0.267 27 M 0.010 0.008 0.434 0.189 0.145 0.030 0.067 0.117 28 A 0.016 0.006 0.308 0.126 0.264 0.041 0.055 0.184 29 I 0.025 0.003 0.215 0.155 0.141 0.084 0.051 0.326 30 E 0.023 0.003 0.168 0.100 0.136 0.099 0.036 0.436 31 S 0.066 0.004 0.061 0.053 0.075 0.110 0.083 0.548 32 P 0.033 0.002 0.032 0.029 0.040 0.120 0.026 0.718 33 P 0.104 0.003 0.017 0.023 0.026 0.092 0.045 0.690 34 P 0.066 0.002 0.007 0.008 0.017 0.102 0.026 0.771 35 P 0.087 0.004 0.006 0.011 0.015 0.096 0.025 0.756 36 E 0.049 0.005 0.011 0.030 0.047 0.116 0.025 0.716 37 P 0.010 0.003 0.014 0.023 0.034 0.101 0.014 0.799 38 T 0.191 0.030 0.019 0.034 0.029 0.096 0.086 0.516 39 P 0.287 0.034 0.010 0.010 0.015 0.095 0.067 0.481 40 A 0.051 0.013 0.013 0.016 0.027 0.107 0.027 0.746 41 D 0.080 0.023 0.015 0.028 0.043 0.100 0.058 0.654 42 C 0.024 0.019 0.019 0.031 0.032 0.172 0.037 0.666 43 Q 0.023 0.043 0.018 0.038 0.050 0.116 0.037 0.674 44 S 0.346 0.051 0.011 0.019 0.023 0.067 0.263 0.220 45 P 0.096 0.024 0.034 0.016 0.021 0.118 0.281 0.408 46 K 0.031 0.033 0.050 0.037 0.074 0.121 0.111 0.543 47 M 0.045 0.046 0.055 0.026 0.055 0.113 0.078 0.582 48 T 0.018 0.035 0.169 0.164 0.190 0.075 0.062 0.287 49 T 0.046 0.044 0.103 0.048 0.062 0.080 0.163 0.454 50 F 0.053 0.123 0.131 0.079 0.071 0.107 0.076 0.360 51 Q 0.052 0.307 0.050 0.012 0.034 0.075 0.032 0.438 52 D 0.405 0.128 0.028 0.008 0.012 0.047 0.162 0.212 53 S 0.061 0.092 0.038 0.017 0.017 0.106 0.229 0.440 54 E 0.007 0.391 0.010 0.005 0.007 0.111 0.035 0.435 55 L 0.006 0.806 0.004 0.001 0.002 0.019 0.037 0.125 56 S 0.016 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.005 57 D 0.021 0.860 0.001 0.001 0.001 0.004 0.104 0.010 58 E 0.010 0.593 0.010 0.001 0.001 0.005 0.371 0.010 59 L 0.052 0.790 0.017 0.001 0.001 0.008 0.114 0.017 60 Q 0.171 0.065 0.144 0.003 0.003 0.020 0.526 0.068 61 A 0.397 0.030 0.040 0.008 0.010 0.089 0.084 0.344 62 A 0.050 0.007 0.018 0.005 0.006 0.144 0.032 0.739 63 M 0.004 0.004 0.009 0.003 0.004 0.217 0.007 0.754 64 T 0.019 0.012 0.008 0.003 0.006 0.110 0.021 0.820 65 G 0.450 0.038 0.008 0.007 0.006 0.062 0.092 0.338 66 P 0.219 0.017 0.018 0.006 0.012 0.095 0.053 0.580 67 A 0.184 0.007 0.018 0.006 0.011 0.104 0.036 0.634 68 E 0.043 0.004 0.047 0.019 0.040 0.144 0.047 0.654 69 V 0.008 0.002 0.017 0.017 0.027 0.122 0.024 0.782 70 G 0.136 0.017 0.017 0.037 0.033 0.103 0.085 0.572 71 P 0.219 0.028 0.010 0.018 0.025 0.079 0.055 0.567 72 T 0.145 0.018 0.007 0.016 0.026 0.082 0.037 0.669 73 T 0.029 0.011 0.016 0.042 0.068 0.107 0.033 0.695 74 E 0.019 0.010 0.025 0.039 0.056 0.097 0.038 0.716 75 K 0.169 0.021 0.020 0.053 0.042 0.086 0.095 0.514 76 P 0.203 0.017 0.011 0.015 0.017 0.070 0.040 0.627 77 S 0.161 0.012 0.008 0.008 0.013 0.069 0.036 0.693 78 S 0.037 0.004 0.011 0.014 0.020 0.107 0.021 0.786 79 H 0.027 0.003 0.015 0.020 0.027 0.100 0.021 0.787 80 L 0.068 0.003 0.015 0.025 0.026 0.109 0.045 0.709 81 P 0.028 0.004 0.016 0.023 0.027 0.141 0.027 0.734 82 P 0.019 0.007 0.012 0.010 0.021 0.111 0.019 0.801 83 T 0.163 0.022 0.024 0.018 0.021 0.120 0.122 0.510 84 P 0.158 0.025 0.030 0.017 0.030 0.115 0.123 0.501 85 R 0.058 0.013 0.042 0.030 0.045 0.122 0.060 0.630 86 A 0.033 0.010 0.076 0.043 0.082 0.141 0.051 0.564 87 T 0.024 0.011 0.078 0.080 0.108 0.111 0.042 0.545 88 T 0.168 0.036 0.040 0.042 0.051 0.102 0.121 0.440 89 R 0.111 0.037 0.042 0.035 0.040 0.139 0.081 0.516 90 Q 0.082 0.051 0.027 0.020 0.035 0.114 0.060 0.612 91 D 0.138 0.042 0.031 0.022 0.035 0.129 0.085 0.519 92 S 0.060 0.030 0.041 0.064 0.068 0.135 0.044 0.557 93 S 0.156 0.043 0.017 0.024 0.038 0.107 0.066 0.550 94 L 0.117 0.049 0.022 0.026 0.036 0.153 0.055 0.542 95 G 0.057 0.043 0.028 0.030 0.072 0.126 0.075 0.568 96 G 0.070 0.030 0.043 0.053 0.088 0.125 0.082 0.509 97 R 0.083 0.024 0.087 0.117 0.135 0.104 0.067 0.382 98 A 0.089 0.011 0.069 0.051 0.086 0.100 0.070 0.525 99 R 0.076 0.010 0.079 0.055 0.113 0.124 0.047 0.496 100 H 0.059 0.013 0.052 0.051 0.085 0.120 0.056 0.565 101 M 0.054 0.019 0.047 0.058 0.068 0.144 0.044 0.566 102 S 0.053 0.045 0.049 0.063 0.090 0.139 0.044 0.518 103 S 0.070 0.072 0.031 0.038 0.060 0.129 0.052 0.547 104 S 0.195 0.169 0.025 0.033 0.052 0.094 0.086 0.348 105 Q 0.159 0.107 0.029 0.032 0.049 0.105 0.076 0.444 106 E 0.102 0.041 0.038 0.035 0.053 0.116 0.055 0.559 107 L 0.191 0.020 0.029 0.030 0.053 0.099 0.057 0.521 108 L 0.211 0.009 0.014 0.015 0.021 0.097 0.052 0.580 109 G 0.035 0.004 0.014 0.017 0.024 0.122 0.023 0.761 110 D 0.030 0.004 0.013 0.011 0.021 0.101 0.024 0.796 111 G 0.108 0.005 0.022 0.029 0.025 0.131 0.042 0.638 112 P 0.057 0.003 0.039 0.031 0.050 0.118 0.036 0.666 113 P 0.030 0.002 0.019 0.012 0.026 0.110 0.020 0.782 114 G 0.062 0.004 0.042 0.034 0.042 0.141 0.041 0.633 115 P 0.035 0.007 0.024 0.019 0.038 0.145 0.030 0.702 116 S 0.033 0.009 0.022 0.031 0.039 0.119 0.039 0.707 117 S 0.157 0.044 0.020 0.028 0.034 0.119 0.110 0.488 118 P 0.164 0.044 0.018 0.020 0.030 0.125 0.088 0.511 119 M 0.063 0.037 0.025 0.036 0.054 0.105 0.063 0.618 120 S 0.114 0.075 0.019 0.031 0.043 0.105 0.069 0.544 121 R 0.107 0.095 0.023 0.035 0.048 0.098 0.058 0.538 122 S 0.167 0.181 0.011 0.024 0.032 0.075 0.067 0.444 123 Q 0.119 0.146 0.016 0.028 0.041 0.096 0.056 0.498 124 E 0.067 0.129 0.024 0.036 0.048 0.094 0.058 0.544 125 Y 0.098 0.072 0.030 0.042 0.059 0.098 0.071 0.529 126 L 0.179 0.035 0.031 0.029 0.038 0.082 0.080 0.526 127 L 0.234 0.016 0.010 0.015 0.019 0.076 0.044 0.585 128 D 0.067 0.009 0.007 0.009 0.014 0.079 0.024 0.791 129 E 0.026 0.005 0.008 0.011 0.016 0.109 0.020 0.807 130 G 0.024 0.003 0.020 0.027 0.038 0.092 0.030 0.766 131 P 0.145 0.004 0.011 0.025 0.022 0.076 0.045 0.673 132 A 0.198 0.003 0.008 0.012 0.016 0.074 0.033 0.656 133 P 0.022 0.001 0.008 0.008 0.016 0.100 0.009 0.836 134 G 0.010 0.002 0.017 0.037 0.083 0.087 0.015 0.748 135 T 0.013 0.005 0.016 0.062 0.053 0.089 0.025 0.736 136 P 0.204 0.023 0.020 0.056 0.041 0.090 0.089 0.477 137 P 0.124 0.015 0.012 0.020 0.041 0.073 0.039 0.677 138 R 0.122 0.009 0.014 0.032 0.039 0.087 0.032 0.665 139 E 0.018 0.004 0.026 0.056 0.131 0.079 0.024 0.663 140 A 0.027 0.005 0.014 0.041 0.046 0.084 0.024 0.760 141 R 0.118 0.012 0.024 0.082 0.065 0.095 0.066 0.538 142 P 0.030 0.007 0.017 0.025 0.039 0.087 0.026 0.769 143 G 0.099 0.010 0.019 0.031 0.044 0.092 0.043 0.661 144 R 0.083 0.007 0.030 0.050 0.050 0.100 0.044 0.637 145 H 0.071 0.011 0.016 0.019 0.035 0.088 0.040 0.720 146 G 0.136 0.011 0.011 0.020 0.030 0.107 0.038 0.647 147 H 0.020 0.009 0.027 0.083 0.084 0.109 0.025 0.643 148 S 0.022 0.008 0.021 0.042 0.084 0.100 0.032 0.692 149 I 0.080 0.006 0.031 0.074 0.056 0.114 0.070 0.568 150 K 0.132 0.010 0.019 0.044 0.060 0.082 0.060 0.594 151 R 0.110 0.005 0.006 0.014 0.023 0.072 0.035 0.735 152 A 0.017 0.002 0.014 0.047 0.043 0.103 0.014 0.762 153 S 0.026 0.005 0.012 0.040 0.084 0.062 0.029 0.743 154 V 0.141 0.005 0.008 0.049 0.036 0.090 0.041 0.631 155 P 0.019 0.002 0.025 0.108 0.127 0.071 0.017 0.631 156 P 0.033 0.001 0.006 0.025 0.055 0.051 0.015 0.814 157 V 0.219 0.002 0.009 0.052 0.033 0.073 0.039 0.573 158 P 0.007 0.001 0.005 0.020 0.039 0.069 0.006 0.854 159 G 0.017 0.002 0.005 0.020 0.039 0.052 0.017 0.847 160 K 0.120 0.007 0.011 0.092 0.046 0.076 0.054 0.593 161 P 0.068 0.005 0.008 0.018 0.031 0.069 0.021 0.780 162 R 0.090 0.004 0.009 0.038 0.053 0.073 0.025 0.710 163 Q 0.016 0.002 0.026 0.068 0.117 0.084 0.021 0.667 164 V 0.010 0.001 0.014 0.051 0.063 0.091 0.017 0.752 165 L 0.026 0.002 0.028 0.097 0.081 0.093 0.030 0.642 166 P 0.125 0.009 0.017 0.025 0.031 0.086 0.096 0.611 167 P 0.044 0.004 0.016 0.023 0.030 0.101 0.027 0.757 168 G 0.088 0.006 0.029 0.055 0.059 0.080 0.049 0.635 169 T 0.090 0.003 0.017 0.024 0.041 0.106 0.034 0.684 170 S 0.044 0.002 0.023 0.072 0.089 0.106 0.029 0.634 171 H 0.016 0.001 0.020 0.055 0.105 0.097 0.022 0.684 172 F 0.009 0.001 0.022 0.087 0.089 0.110 0.020 0.662 173 T 0.039 0.004 0.022 0.065 0.086 0.085 0.038 0.661 174 P 0.341 0.009 0.007 0.021 0.021 0.071 0.085 0.445 175 P 0.025 0.003 0.013 0.036 0.061 0.089 0.020 0.754 176 Q 0.022 0.004 0.012 0.037 0.060 0.069 0.025 0.771 177 T 0.098 0.006 0.017 0.093 0.076 0.110 0.069 0.532 178 P 0.041 0.005 0.012 0.045 0.074 0.080 0.027 0.717 179 T 0.166 0.005 0.008 0.046 0.044 0.075 0.044 0.612 180 K 0.018 0.001 0.018 0.047 0.089 0.095 0.017 0.713 181 T 0.015 0.001 0.008 0.016 0.029 0.069 0.011 0.851 182 R 0.397 0.010 0.008 0.025 0.016 0.065 0.085 0.394 183 P 0.025 0.006 0.007 0.008 0.013 0.102 0.009 0.830 184 G 0.034 0.016 0.010 0.017 0.025 0.083 0.019 0.795 185 S 0.199 0.078 0.018 0.035 0.035 0.113 0.071 0.451 186 P 0.134 0.042 0.028 0.023 0.030 0.123 0.048 0.574 187 Q 0.219 0.046 0.021 0.043 0.056 0.091 0.049 0.475 188 A 0.110 0.021 0.026 0.022 0.048 0.142 0.041 0.591 189 L 0.027 0.008 0.037 0.031 0.056 0.145 0.029 0.666 190 G 0.155 0.012 0.030 0.035 0.049 0.102 0.052 0.566 191 G 0.096 0.006 0.025 0.042 0.047 0.114 0.052 0.619 192 P 0.012 0.001 0.013 0.009 0.018 0.124 0.010 0.813 193 H 0.190 0.009 0.015 0.022 0.023 0.093 0.091 0.557 194 G 0.034 0.003 0.018 0.019 0.031 0.129 0.027 0.739 195 P 0.061 0.004 0.014 0.019 0.022 0.089 0.048 0.744 196 A 0.050 0.004 0.028 0.048 0.074 0.125 0.042 0.629 197 P 0.081 0.003 0.027 0.021 0.032 0.103 0.040 0.692 198 A 0.025 0.002 0.034 0.079 0.118 0.101 0.023 0.620 199 T 0.025 0.003 0.039 0.040 0.071 0.095 0.050 0.676 200 A 0.023 0.003 0.039 0.054 0.060 0.127 0.036 0.658