# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.0631 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.056 0.146 0.022 0.003 0.151 0.007 0.014 0.501 0.066 0.020 0.013 2 E 0.041 0.058 0.005 0.001 0.071 0.003 0.008 0.735 0.037 0.023 0.018 3 L 0.034 0.010 0.001 0.001 0.020 0.001 0.006 0.792 0.114 0.012 0.010 4 Q 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.927 0.042 0.007 0.001 5 K 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.874 0.085 0.017 0.001 6 A 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.020 0.722 0.224 0.016 0.002 7 E 0.006 0.007 0.003 0.001 0.006 0.002 0.045 0.693 0.200 0.032 0.004 8 Y 0.019 0.040 0.015 0.002 0.023 0.004 0.067 0.572 0.136 0.111 0.011 9 A 0.041 0.182 0.066 0.009 0.081 0.013 0.062 0.308 0.100 0.110 0.028 10 K 0.087 0.087 0.064 0.016 0.106 0.016 0.052 0.243 0.117 0.149 0.063 11 Y 0.054 0.126 0.104 0.032 0.092 0.029 0.067 0.249 0.111 0.098 0.036 12 E 0.051 0.143 0.084 0.050 0.084 0.043 0.134 0.171 0.082 0.119 0.039 13 G 0.051 0.089 0.079 0.127 0.061 0.052 0.051 0.080 0.065 0.265 0.081 14 G 0.034 0.174 0.186 0.150 0.075 0.055 0.039 0.066 0.053 0.126 0.041 15 P 0.090 0.225 0.126 0.027 0.194 0.014 0.026 0.089 0.085 0.086 0.038 16 L 0.109 0.117 0.037 0.010 0.182 0.015 0.048 0.155 0.204 0.082 0.041 17 R 0.092 0.145 0.066 0.022 0.197 0.039 0.055 0.121 0.111 0.102 0.050 18 R 0.104 0.234 0.105 0.017 0.234 0.020 0.039 0.086 0.056 0.063 0.042 19 K 0.091 0.191 0.169 0.027 0.147 0.022 0.046 0.056 0.047 0.141 0.063 20 A 0.041 0.409 0.275 0.024 0.108 0.012 0.012 0.028 0.030 0.040 0.022 21 P 0.045 0.258 0.127 0.029 0.105 0.019 0.043 0.187 0.137 0.029 0.020 22 Q 0.018 0.053 0.044 0.024 0.031 0.037 0.072 0.270 0.277 0.151 0.023 23 S 0.112 0.168 0.034 0.007 0.226 0.007 0.018 0.129 0.061 0.177 0.062 24 L 0.237 0.102 0.017 0.004 0.440 0.009 0.024 0.061 0.055 0.014 0.036 25 E 0.180 0.144 0.020 0.006 0.386 0.023 0.044 0.091 0.028 0.033 0.046 26 V 0.359 0.093 0.008 0.002 0.395 0.006 0.022 0.034 0.021 0.014 0.045 27 M 0.218 0.114 0.013 0.004 0.545 0.014 0.025 0.025 0.010 0.009 0.024 28 A 0.298 0.067 0.009 0.002 0.541 0.004 0.006 0.013 0.006 0.014 0.042 29 I 0.225 0.117 0.030 0.006 0.451 0.010 0.017 0.015 0.013 0.031 0.086 30 E 0.145 0.224 0.107 0.031 0.316 0.020 0.024 0.013 0.011 0.047 0.062 31 S 0.102 0.335 0.179 0.030 0.204 0.013 0.017 0.013 0.018 0.045 0.043 32 P 0.038 0.229 0.236 0.096 0.080 0.040 0.060 0.047 0.075 0.068 0.031 33 P 0.043 0.179 0.172 0.119 0.085 0.059 0.076 0.041 0.069 0.127 0.029 34 P 0.058 0.293 0.292 0.033 0.147 0.010 0.016 0.022 0.042 0.062 0.024 35 P 0.035 0.104 0.079 0.048 0.068 0.045 0.065 0.110 0.285 0.122 0.038 36 E 0.052 0.227 0.173 0.040 0.147 0.026 0.053 0.059 0.083 0.107 0.034 37 P 0.074 0.119 0.095 0.037 0.119 0.023 0.037 0.068 0.099 0.251 0.078 38 T 0.039 0.378 0.287 0.033 0.129 0.015 0.016 0.021 0.022 0.041 0.019 39 P 0.097 0.248 0.163 0.019 0.209 0.012 0.019 0.082 0.082 0.039 0.030 40 A 0.028 0.093 0.049 0.024 0.055 0.029 0.060 0.256 0.294 0.091 0.021 41 D 0.060 0.162 0.081 0.024 0.134 0.022 0.042 0.140 0.118 0.172 0.045 42 C 0.076 0.082 0.044 0.015 0.116 0.014 0.034 0.252 0.163 0.143 0.062 43 Q 0.055 0.099 0.063 0.046 0.095 0.059 0.086 0.121 0.081 0.247 0.048 44 S 0.094 0.350 0.181 0.015 0.272 0.004 0.005 0.025 0.012 0.024 0.018 45 P 0.066 0.067 0.022 0.009 0.107 0.018 0.049 0.322 0.287 0.031 0.021 46 K 0.079 0.142 0.050 0.014 0.143 0.022 0.053 0.214 0.123 0.117 0.043 47 M 0.226 0.080 0.015 0.004 0.211 0.008 0.037 0.158 0.106 0.080 0.075 48 T 0.108 0.144 0.040 0.020 0.243 0.038 0.067 0.151 0.063 0.081 0.046 49 T 0.159 0.199 0.039 0.008 0.426 0.008 0.010 0.056 0.019 0.039 0.036 50 F 0.214 0.078 0.024 0.006 0.352 0.010 0.026 0.121 0.041 0.070 0.059 51 Q 0.069 0.314 0.108 0.036 0.195 0.041 0.039 0.080 0.024 0.065 0.029 52 D 0.109 0.334 0.136 0.015 0.254 0.007 0.007 0.054 0.035 0.032 0.018 53 S 0.003 0.023 0.009 0.003 0.008 0.006 0.016 0.350 0.559 0.017 0.005 54 E 0.009 0.019 0.010 0.002 0.018 0.004 0.084 0.582 0.186 0.075 0.009 55 L 0.021 0.122 0.027 0.003 0.031 0.007 0.023 0.172 0.073 0.496 0.025 56 S 0.011 0.515 0.259 0.007 0.048 0.001 0.001 0.126 0.020 0.005 0.008 57 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.876 0.122 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.008 0.015 0.001 59 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.794 0.196 0.003 0.002 60 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.931 0.059 0.004 0.001 62 A 0.001 0.025 0.005 0.001 0.003 0.001 0.019 0.875 0.056 0.016 0.001 63 M 0.057 0.014 0.010 0.006 0.029 0.007 0.065 0.563 0.102 0.111 0.036 64 T 0.028 0.196 0.130 0.081 0.051 0.068 0.103 0.169 0.053 0.098 0.024 65 G 0.033 0.068 0.109 0.179 0.050 0.050 0.061 0.087 0.050 0.253 0.059 66 P 0.114 0.109 0.093 0.021 0.200 0.011 0.026 0.071 0.122 0.181 0.052 67 A 0.052 0.226 0.101 0.022 0.135 0.021 0.057 0.116 0.180 0.057 0.033 68 E 0.085 0.099 0.058 0.036 0.126 0.038 0.126 0.146 0.131 0.100 0.054 69 V 0.082 0.131 0.110 0.064 0.109 0.042 0.066 0.072 0.068 0.193 0.062 70 G 0.040 0.174 0.231 0.142 0.077 0.051 0.036 0.048 0.039 0.119 0.044 71 P 0.077 0.265 0.174 0.040 0.174 0.017 0.023 0.060 0.063 0.076 0.031 72 T 0.081 0.171 0.086 0.019 0.186 0.016 0.027 0.112 0.170 0.093 0.040 73 T 0.078 0.158 0.059 0.010 0.205 0.015 0.046 0.158 0.148 0.081 0.042 74 E 0.162 0.157 0.055 0.010 0.261 0.013 0.035 0.067 0.040 0.134 0.065 75 K 0.055 0.388 0.284 0.021 0.150 0.010 0.011 0.027 0.013 0.021 0.021 76 P 0.055 0.167 0.102 0.048 0.087 0.048 0.069 0.198 0.133 0.059 0.034 77 S 0.041 0.147 0.101 0.065 0.078 0.040 0.049 0.150 0.154 0.144 0.030 78 S 0.035 0.096 0.060 0.042 0.066 0.034 0.064 0.147 0.203 0.201 0.053 79 H 0.075 0.125 0.090 0.027 0.132 0.019 0.049 0.079 0.092 0.245 0.069 80 L 0.088 0.290 0.152 0.028 0.199 0.019 0.020 0.030 0.040 0.088 0.046 81 P 0.045 0.341 0.241 0.040 0.127 0.022 0.035 0.051 0.044 0.031 0.022 82 P 0.070 0.134 0.105 0.046 0.114 0.035 0.061 0.099 0.096 0.187 0.052 83 T 0.071 0.351 0.221 0.019 0.199 0.008 0.009 0.025 0.024 0.051 0.022 84 P 0.045 0.274 0.118 0.021 0.118 0.017 0.031 0.155 0.167 0.033 0.022 85 R 0.053 0.073 0.035 0.015 0.084 0.018 0.055 0.234 0.261 0.131 0.040 86 A 0.091 0.124 0.044 0.009 0.176 0.012 0.032 0.177 0.105 0.176 0.054 87 T 0.108 0.149 0.064 0.030 0.182 0.028 0.039 0.084 0.050 0.187 0.079 88 T 0.099 0.316 0.182 0.020 0.239 0.009 0.010 0.040 0.020 0.036 0.029 89 R 0.065 0.073 0.046 0.026 0.094 0.027 0.050 0.307 0.187 0.090 0.035 90 Q 0.079 0.137 0.074 0.031 0.154 0.031 0.055 0.175 0.110 0.119 0.034 91 D 0.084 0.108 0.063 0.024 0.134 0.021 0.038 0.198 0.131 0.138 0.060 92 S 0.069 0.111 0.076 0.031 0.118 0.029 0.059 0.190 0.122 0.141 0.054 93 S 0.144 0.187 0.095 0.016 0.247 0.013 0.023 0.102 0.044 0.080 0.049 94 L 0.073 0.150 0.059 0.039 0.112 0.043 0.063 0.229 0.095 0.091 0.046 95 G 0.062 0.113 0.095 0.121 0.093 0.059 0.054 0.130 0.068 0.145 0.059 96 G 0.105 0.131 0.084 0.028 0.167 0.017 0.025 0.175 0.095 0.125 0.049 97 R 0.099 0.113 0.065 0.021 0.161 0.018 0.052 0.220 0.118 0.088 0.045 98 A 0.127 0.114 0.060 0.026 0.170 0.029 0.045 0.189 0.086 0.102 0.053 99 R 0.056 0.135 0.067 0.066 0.091 0.064 0.100 0.182 0.094 0.097 0.047 100 H 0.075 0.064 0.079 0.091 0.082 0.034 0.036 0.108 0.072 0.271 0.089 101 M 0.094 0.166 0.085 0.034 0.172 0.024 0.035 0.116 0.080 0.137 0.058 102 S 0.088 0.153 0.109 0.051 0.150 0.029 0.048 0.153 0.072 0.093 0.055 103 S 0.072 0.122 0.068 0.051 0.123 0.048 0.061 0.156 0.087 0.169 0.043 104 S 0.129 0.217 0.112 0.014 0.311 0.008 0.011 0.076 0.043 0.051 0.027 105 Q 0.043 0.051 0.028 0.009 0.069 0.014 0.036 0.353 0.318 0.052 0.027 106 E 0.063 0.128 0.052 0.011 0.122 0.016 0.079 0.256 0.151 0.093 0.029 107 L 0.111 0.135 0.055 0.009 0.145 0.011 0.052 0.180 0.100 0.143 0.059 108 L 0.066 0.142 0.104 0.063 0.101 0.054 0.064 0.136 0.085 0.126 0.060 109 G 0.064 0.158 0.138 0.117 0.109 0.061 0.069 0.085 0.059 0.100 0.039 110 D 0.076 0.084 0.092 0.069 0.103 0.029 0.055 0.074 0.087 0.259 0.071 111 G 0.052 0.202 0.212 0.081 0.126 0.035 0.036 0.042 0.061 0.114 0.039 112 P 0.087 0.222 0.143 0.037 0.187 0.022 0.048 0.065 0.083 0.067 0.039 113 P 0.079 0.094 0.073 0.052 0.103 0.034 0.066 0.093 0.147 0.200 0.060 114 G 0.043 0.205 0.211 0.095 0.109 0.048 0.046 0.054 0.062 0.096 0.032 115 P 0.088 0.150 0.129 0.033 0.181 0.019 0.038 0.107 0.103 0.109 0.042 116 S 0.085 0.133 0.080 0.030 0.157 0.023 0.036 0.089 0.113 0.207 0.047 117 S 0.060 0.350 0.210 0.017 0.209 0.009 0.013 0.042 0.038 0.031 0.020 118 P 0.047 0.081 0.038 0.011 0.084 0.014 0.042 0.324 0.265 0.065 0.028 119 M 0.071 0.114 0.051 0.016 0.128 0.019 0.044 0.200 0.125 0.193 0.040 120 S 0.079 0.211 0.099 0.019 0.168 0.015 0.022 0.179 0.075 0.094 0.039 121 R 0.042 0.081 0.044 0.024 0.073 0.027 0.055 0.349 0.167 0.106 0.032 122 S 0.102 0.112 0.062 0.017 0.173 0.014 0.025 0.213 0.107 0.140 0.035 123 Q 0.041 0.098 0.036 0.011 0.079 0.015 0.038 0.367 0.225 0.062 0.028 124 E 0.059 0.066 0.034 0.017 0.080 0.023 0.086 0.286 0.136 0.166 0.047 125 Y 0.116 0.216 0.071 0.009 0.220 0.010 0.020 0.134 0.053 0.109 0.043 126 L 0.112 0.151 0.068 0.019 0.194 0.018 0.036 0.171 0.084 0.092 0.055 127 L 0.091 0.156 0.089 0.026 0.153 0.025 0.055 0.181 0.111 0.074 0.039 128 D 0.079 0.092 0.073 0.034 0.114 0.029 0.069 0.193 0.122 0.143 0.051 129 E 0.053 0.178 0.096 0.051 0.100 0.054 0.098 0.112 0.092 0.124 0.041 130 G 0.071 0.126 0.152 0.090 0.111 0.036 0.040 0.041 0.040 0.203 0.090 131 P 0.070 0.225 0.250 0.059 0.119 0.026 0.028 0.028 0.039 0.108 0.047 132 A 0.030 0.353 0.374 0.043 0.095 0.013 0.013 0.020 0.026 0.019 0.015 133 P 0.036 0.127 0.057 0.039 0.064 0.044 0.132 0.152 0.247 0.074 0.028 134 G 0.038 0.054 0.073 0.091 0.057 0.035 0.035 0.039 0.060 0.440 0.076 135 T 0.053 0.311 0.260 0.054 0.150 0.020 0.020 0.021 0.021 0.063 0.027 136 P 0.051 0.351 0.261 0.034 0.161 0.012 0.018 0.030 0.032 0.031 0.020 137 P 0.128 0.161 0.071 0.013 0.237 0.013 0.026 0.093 0.159 0.067 0.033 138 R 0.048 0.160 0.081 0.027 0.121 0.039 0.049 0.152 0.193 0.093 0.037 139 E 0.101 0.150 0.074 0.017 0.187 0.015 0.052 0.132 0.108 0.103 0.061 140 A 0.100 0.083 0.053 0.022 0.121 0.023 0.042 0.058 0.067 0.321 0.111 141 R 0.038 0.430 0.301 0.020 0.145 0.007 0.007 0.012 0.008 0.018 0.016 142 P 0.099 0.167 0.080 0.037 0.146 0.030 0.056 0.117 0.118 0.092 0.057 143 G 0.059 0.207 0.247 0.059 0.118 0.021 0.032 0.076 0.064 0.082 0.033 144 R 0.051 0.074 0.059 0.063 0.071 0.060 0.095 0.202 0.146 0.134 0.044 145 H 0.053 0.154 0.125 0.108 0.093 0.055 0.082 0.086 0.070 0.137 0.036 146 G 0.047 0.066 0.083 0.128 0.073 0.048 0.029 0.083 0.114 0.262 0.070 147 H 0.074 0.165 0.098 0.031 0.177 0.024 0.043 0.113 0.130 0.106 0.038 148 S 0.127 0.113 0.078 0.025 0.190 0.019 0.048 0.076 0.077 0.168 0.080 149 I 0.084 0.302 0.179 0.033 0.190 0.023 0.027 0.036 0.029 0.059 0.037 150 K 0.095 0.280 0.188 0.034 0.209 0.019 0.022 0.044 0.041 0.036 0.032 151 R 0.067 0.138 0.099 0.033 0.108 0.026 0.048 0.153 0.186 0.096 0.045 152 A 0.051 0.159 0.091 0.045 0.112 0.043 0.077 0.107 0.102 0.165 0.049 153 S 0.114 0.193 0.121 0.028 0.205 0.015 0.021 0.041 0.041 0.152 0.069 154 V 0.068 0.215 0.174 0.053 0.132 0.038 0.035 0.052 0.073 0.106 0.054 155 P 0.034 0.287 0.278 0.057 0.121 0.027 0.045 0.045 0.049 0.037 0.020 156 P 0.123 0.152 0.121 0.025 0.164 0.015 0.039 0.039 0.066 0.190 0.066 157 V 0.018 0.398 0.415 0.030 0.072 0.010 0.007 0.011 0.015 0.014 0.011 158 P 0.030 0.166 0.076 0.058 0.058 0.057 0.190 0.123 0.167 0.049 0.025 159 G 0.033 0.052 0.089 0.135 0.043 0.034 0.026 0.032 0.057 0.438 0.060 160 K 0.038 0.342 0.271 0.042 0.137 0.017 0.018 0.026 0.034 0.055 0.020 161 P 0.078 0.210 0.120 0.026 0.160 0.017 0.039 0.087 0.145 0.076 0.043 162 R 0.069 0.135 0.074 0.033 0.137 0.034 0.047 0.098 0.181 0.149 0.045 163 Q 0.082 0.227 0.121 0.019 0.232 0.018 0.031 0.067 0.076 0.083 0.044 164 V 0.123 0.146 0.085 0.018 0.213 0.017 0.045 0.067 0.072 0.138 0.074 165 L 0.069 0.362 0.227 0.024 0.182 0.013 0.016 0.014 0.014 0.049 0.029 166 P 0.055 0.373 0.279 0.028 0.144 0.011 0.011 0.029 0.029 0.020 0.021 167 P 0.032 0.121 0.063 0.041 0.059 0.045 0.107 0.195 0.244 0.070 0.024 168 G 0.051 0.128 0.123 0.059 0.100 0.029 0.039 0.088 0.087 0.242 0.054 169 T 0.102 0.136 0.073 0.024 0.164 0.021 0.032 0.082 0.103 0.189 0.073 170 S 0.058 0.307 0.164 0.040 0.165 0.024 0.031 0.061 0.066 0.053 0.032 171 H 0.085 0.096 0.057 0.042 0.136 0.041 0.067 0.123 0.136 0.152 0.066 172 F 0.098 0.135 0.114 0.038 0.178 0.026 0.038 0.049 0.050 0.208 0.065 173 T 0.064 0.328 0.255 0.042 0.147 0.017 0.018 0.019 0.021 0.058 0.031 174 P 0.039 0.362 0.304 0.033 0.121 0.013 0.017 0.030 0.044 0.021 0.016 175 P 0.050 0.122 0.060 0.015 0.107 0.016 0.056 0.197 0.268 0.080 0.028 176 Q 0.059 0.088 0.059 0.034 0.086 0.030 0.047 0.069 0.080 0.381 0.066 177 T 0.025 0.442 0.330 0.025 0.100 0.008 0.009 0.017 0.012 0.019 0.013 178 P 0.067 0.109 0.061 0.022 0.104 0.019 0.040 0.214 0.238 0.090 0.037 179 T 0.047 0.144 0.085 0.025 0.120 0.024 0.032 0.166 0.199 0.131 0.026 180 K 0.077 0.127 0.052 0.010 0.170 0.014 0.050 0.202 0.144 0.107 0.046 181 T 0.105 0.108 0.091 0.022 0.127 0.019 0.064 0.096 0.079 0.212 0.077 182 R 0.043 0.341 0.312 0.046 0.122 0.022 0.012 0.029 0.020 0.030 0.022 183 P 0.039 0.187 0.085 0.061 0.073 0.053 0.133 0.158 0.129 0.055 0.027 184 G 0.036 0.039 0.060 0.104 0.043 0.036 0.027 0.044 0.055 0.475 0.081 185 S 0.069 0.333 0.196 0.023 0.223 0.012 0.014 0.031 0.027 0.045 0.027 186 P 0.095 0.179 0.112 0.032 0.166 0.025 0.045 0.112 0.119 0.065 0.051 187 Q 0.077 0.192 0.124 0.034 0.158 0.028 0.041 0.099 0.110 0.092 0.045 188 A 0.108 0.173 0.070 0.016 0.207 0.019 0.041 0.137 0.088 0.086 0.056 189 L 0.116 0.095 0.065 0.048 0.137 0.038 0.066 0.100 0.063 0.178 0.095 190 G 0.069 0.186 0.193 0.109 0.116 0.046 0.037 0.045 0.037 0.107 0.054 191 G 0.042 0.140 0.182 0.133 0.087 0.053 0.054 0.091 0.099 0.085 0.035 192 P 0.087 0.105 0.079 0.040 0.142 0.025 0.075 0.106 0.149 0.150 0.042 193 H 0.088 0.106 0.083 0.050 0.126 0.037 0.047 0.051 0.082 0.261 0.070 194 G 0.032 0.194 0.224 0.158 0.084 0.065 0.086 0.036 0.048 0.048 0.024 195 P 0.090 0.090 0.143 0.104 0.110 0.039 0.050 0.038 0.063 0.220 0.053 196 A 0.028 0.380 0.327 0.028 0.126 0.009 0.013 0.018 0.034 0.026 0.010 197 P 0.157 0.149 0.052 0.011 0.295 0.014 0.039 0.072 0.111 0.058 0.042 198 A 0.107 0.254 0.086 0.016 0.282 0.016 0.025 0.056 0.060 0.057 0.041 199 T 0.179 0.161 0.059 0.016 0.326 0.016 0.026 0.048 0.036 0.066 0.067 200 A 0.141 0.185 0.072 0.022 0.265 0.019 0.026 0.071 0.058 0.078 0.063