# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.0631 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.460 0.244 0.155 0.096 0.038 0.006 0.001 2 E 0.247 0.409 0.221 0.097 0.022 0.004 0.001 3 L 0.065 0.075 0.186 0.326 0.275 0.070 0.002 4 Q 0.275 0.372 0.207 0.106 0.035 0.004 0.001 5 K 0.479 0.370 0.097 0.038 0.014 0.002 0.001 6 A 0.214 0.241 0.263 0.212 0.061 0.009 0.001 7 E 0.347 0.341 0.197 0.087 0.024 0.003 0.001 8 Y 0.299 0.265 0.268 0.134 0.029 0.005 0.001 9 A 0.458 0.197 0.170 0.119 0.049 0.006 0.001 10 K 0.680 0.243 0.056 0.017 0.004 0.001 0.001 11 Y 0.660 0.235 0.067 0.029 0.008 0.001 0.001 12 E 0.679 0.253 0.047 0.016 0.005 0.001 0.001 13 G 0.542 0.239 0.125 0.069 0.021 0.004 0.001 14 G 0.606 0.216 0.113 0.047 0.015 0.003 0.001 15 P 0.580 0.254 0.111 0.041 0.011 0.003 0.001 16 L 0.282 0.198 0.201 0.183 0.102 0.031 0.003 17 R 0.271 0.267 0.176 0.146 0.096 0.040 0.003 18 R 0.235 0.209 0.186 0.174 0.122 0.066 0.007 19 K 0.259 0.228 0.191 0.158 0.102 0.053 0.008 20 A 0.196 0.161 0.155 0.190 0.163 0.109 0.026 21 P 0.278 0.198 0.171 0.156 0.118 0.063 0.017 22 Q 0.301 0.264 0.176 0.125 0.073 0.046 0.015 23 S 0.095 0.079 0.096 0.151 0.203 0.243 0.133 24 L 0.037 0.037 0.058 0.117 0.198 0.304 0.249 25 E 0.024 0.040 0.059 0.086 0.163 0.311 0.317 26 V 0.006 0.008 0.013 0.027 0.094 0.302 0.549 27 M 0.004 0.005 0.008 0.017 0.056 0.265 0.644 28 A 0.007 0.011 0.017 0.041 0.092 0.302 0.529 29 I 0.009 0.015 0.025 0.057 0.150 0.367 0.378 30 E 0.021 0.059 0.088 0.157 0.268 0.321 0.086 31 S 0.066 0.165 0.217 0.223 0.202 0.113 0.014 32 P 0.125 0.174 0.201 0.266 0.172 0.058 0.004 33 P 0.434 0.312 0.144 0.068 0.034 0.008 0.001 34 P 0.441 0.248 0.163 0.109 0.032 0.007 0.001 35 P 0.700 0.212 0.056 0.022 0.007 0.002 0.001 36 E 0.590 0.237 0.104 0.054 0.013 0.003 0.001 37 P 0.597 0.242 0.101 0.043 0.014 0.003 0.001 38 T 0.357 0.246 0.196 0.135 0.051 0.015 0.001 39 P 0.425 0.240 0.152 0.106 0.057 0.018 0.002 40 A 0.473 0.234 0.142 0.090 0.042 0.016 0.002 41 D 0.489 0.261 0.138 0.071 0.026 0.012 0.003 42 C 0.242 0.136 0.147 0.183 0.160 0.106 0.025 43 Q 0.281 0.231 0.155 0.130 0.101 0.077 0.024 44 S 0.172 0.138 0.127 0.158 0.163 0.168 0.074 45 P 0.172 0.145 0.131 0.147 0.170 0.155 0.080 46 K 0.115 0.117 0.117 0.146 0.171 0.197 0.137 47 M 0.070 0.052 0.059 0.093 0.154 0.275 0.296 48 T 0.098 0.084 0.088 0.120 0.152 0.235 0.222 49 T 0.061 0.060 0.063 0.098 0.144 0.257 0.317 50 F 0.025 0.019 0.024 0.047 0.102 0.277 0.505 51 Q 0.025 0.022 0.022 0.039 0.088 0.291 0.512 52 D 0.053 0.053 0.057 0.085 0.143 0.250 0.358 53 S 0.048 0.046 0.047 0.082 0.131 0.303 0.342 54 E 0.047 0.069 0.092 0.143 0.227 0.248 0.174 55 L 0.022 0.031 0.040 0.066 0.154 0.337 0.349 56 S 0.060 0.077 0.100 0.142 0.219 0.250 0.151 57 D 0.205 0.263 0.176 0.148 0.093 0.079 0.037 58 E 0.034 0.038 0.080 0.176 0.264 0.258 0.149 59 L 0.004 0.005 0.007 0.015 0.075 0.389 0.505 60 Q 0.012 0.018 0.032 0.073 0.143 0.296 0.427 61 A 0.025 0.056 0.081 0.132 0.166 0.269 0.270 62 A 0.012 0.020 0.033 0.074 0.185 0.387 0.289 63 M 0.009 0.016 0.020 0.055 0.156 0.405 0.338 64 T 0.033 0.077 0.105 0.176 0.242 0.250 0.117 65 G 0.053 0.124 0.222 0.275 0.182 0.117 0.028 66 P 0.142 0.202 0.208 0.204 0.147 0.081 0.016 67 A 0.130 0.113 0.132 0.198 0.254 0.149 0.025 68 E 0.294 0.284 0.190 0.126 0.071 0.031 0.004 69 V 0.199 0.229 0.214 0.199 0.103 0.051 0.004 70 G 0.226 0.209 0.219 0.185 0.116 0.043 0.003 71 P 0.384 0.240 0.184 0.132 0.046 0.013 0.001 72 T 0.639 0.218 0.086 0.039 0.014 0.004 0.001 73 T 0.550 0.206 0.131 0.081 0.026 0.006 0.001 74 E 0.715 0.217 0.044 0.016 0.006 0.001 0.001 75 K 0.503 0.291 0.110 0.065 0.023 0.007 0.001 76 P 0.358 0.244 0.185 0.133 0.059 0.019 0.001 77 S 0.356 0.235 0.203 0.132 0.054 0.018 0.001 78 S 0.391 0.242 0.189 0.114 0.048 0.015 0.001 79 H 0.223 0.200 0.196 0.201 0.126 0.051 0.003 80 L 0.170 0.198 0.220 0.203 0.136 0.070 0.004 81 P 0.302 0.246 0.188 0.152 0.078 0.032 0.002 82 P 0.558 0.269 0.094 0.047 0.022 0.008 0.001 83 T 0.417 0.224 0.162 0.122 0.053 0.019 0.002 84 P 0.484 0.240 0.141 0.082 0.039 0.013 0.001 85 R 0.360 0.318 0.169 0.099 0.038 0.015 0.002 86 A 0.125 0.138 0.178 0.237 0.214 0.100 0.009 87 T 0.104 0.204 0.242 0.236 0.143 0.067 0.004 88 T 0.169 0.186 0.213 0.212 0.147 0.066 0.005 89 R 0.196 0.199 0.226 0.206 0.125 0.044 0.004 90 Q 0.361 0.269 0.152 0.117 0.073 0.026 0.002 91 D 0.404 0.290 0.157 0.096 0.040 0.012 0.001 92 S 0.374 0.311 0.161 0.100 0.040 0.013 0.001 93 S 0.209 0.205 0.189 0.197 0.131 0.062 0.006 94 L 0.156 0.131 0.198 0.242 0.189 0.076 0.008 95 G 0.424 0.311 0.164 0.071 0.022 0.008 0.001 96 G 0.357 0.237 0.176 0.136 0.067 0.024 0.003 97 R 0.303 0.241 0.176 0.151 0.085 0.038 0.006 98 A 0.219 0.159 0.154 0.184 0.167 0.100 0.016 99 R 0.307 0.265 0.188 0.129 0.070 0.035 0.006 100 H 0.274 0.213 0.154 0.156 0.120 0.068 0.015 101 M 0.162 0.157 0.162 0.185 0.182 0.120 0.032 102 S 0.264 0.237 0.176 0.148 0.099 0.059 0.016 103 S 0.198 0.183 0.178 0.188 0.133 0.090 0.031 104 S 0.135 0.106 0.101 0.148 0.210 0.223 0.077 105 Q 0.112 0.107 0.110 0.170 0.225 0.211 0.066 106 E 0.165 0.228 0.199 0.170 0.128 0.090 0.019 107 L 0.125 0.173 0.217 0.245 0.153 0.076 0.011 108 L 0.253 0.204 0.200 0.176 0.111 0.049 0.006 109 G 0.489 0.239 0.135 0.087 0.036 0.012 0.002 110 D 0.640 0.241 0.071 0.032 0.012 0.005 0.001 111 G 0.346 0.226 0.176 0.152 0.069 0.028 0.004 112 P 0.369 0.236 0.163 0.125 0.071 0.032 0.004 113 P 0.355 0.266 0.162 0.117 0.061 0.033 0.006 114 G 0.236 0.169 0.164 0.178 0.147 0.087 0.017 115 P 0.227 0.202 0.166 0.160 0.132 0.092 0.020 116 S 0.217 0.196 0.161 0.161 0.147 0.095 0.023 117 S 0.238 0.187 0.152 0.163 0.146 0.094 0.021 118 P 0.282 0.235 0.180 0.143 0.099 0.053 0.008 119 M 0.297 0.248 0.190 0.147 0.076 0.037 0.005 120 S 0.323 0.198 0.178 0.157 0.098 0.041 0.005 121 R 0.450 0.255 0.144 0.092 0.043 0.015 0.001 122 S 0.542 0.250 0.108 0.061 0.028 0.010 0.001 123 Q 0.415 0.252 0.158 0.113 0.048 0.014 0.001 124 E 0.457 0.322 0.126 0.061 0.026 0.008 0.001 125 Y 0.144 0.182 0.249 0.248 0.133 0.042 0.002 126 L 0.175 0.190 0.242 0.218 0.134 0.038 0.002 127 L 0.309 0.262 0.208 0.143 0.062 0.015 0.001 128 D 0.567 0.267 0.096 0.046 0.019 0.004 0.001 129 E 0.604 0.263 0.079 0.039 0.013 0.003 0.001 130 G 0.457 0.263 0.150 0.088 0.034 0.008 0.001 131 P 0.343 0.264 0.212 0.128 0.041 0.011 0.001 132 A 0.386 0.235 0.178 0.123 0.060 0.017 0.001 133 P 0.428 0.257 0.159 0.100 0.042 0.014 0.001 134 G 0.377 0.212 0.179 0.137 0.068 0.024 0.002 135 T 0.423 0.284 0.159 0.084 0.036 0.013 0.001 136 P 0.317 0.277 0.170 0.132 0.073 0.028 0.003 137 P 0.205 0.188 0.179 0.197 0.152 0.072 0.007 138 R 0.272 0.241 0.226 0.159 0.071 0.029 0.003 139 E 0.418 0.291 0.158 0.084 0.034 0.013 0.002 140 A 0.153 0.129 0.166 0.248 0.204 0.091 0.009 141 R 0.228 0.246 0.205 0.171 0.100 0.046 0.003 142 P 0.369 0.286 0.165 0.104 0.050 0.024 0.002 143 G 0.352 0.214 0.171 0.146 0.082 0.032 0.003 144 R 0.300 0.240 0.198 0.144 0.080 0.033 0.004 145 H 0.325 0.237 0.172 0.138 0.085 0.037 0.005 146 G 0.364 0.258 0.162 0.119 0.067 0.027 0.003 147 H 0.347 0.271 0.161 0.119 0.069 0.031 0.003 148 S 0.179 0.215 0.219 0.197 0.125 0.059 0.006 149 I 0.127 0.124 0.176 0.233 0.216 0.113 0.011 150 K 0.301 0.296 0.195 0.123 0.064 0.020 0.001 151 R 0.441 0.272 0.149 0.089 0.037 0.012 0.001 152 A 0.454 0.245 0.146 0.098 0.043 0.012 0.001 153 S 0.464 0.296 0.123 0.073 0.032 0.011 0.001 154 V 0.246 0.219 0.204 0.186 0.104 0.038 0.003 155 P 0.309 0.286 0.187 0.123 0.068 0.025 0.002 156 P 0.219 0.221 0.206 0.186 0.114 0.050 0.005 157 V 0.184 0.158 0.187 0.208 0.175 0.080 0.008 158 P 0.333 0.261 0.191 0.129 0.060 0.023 0.002 159 G 0.495 0.268 0.127 0.070 0.029 0.010 0.001 160 K 0.412 0.284 0.156 0.092 0.040 0.014 0.002 161 P 0.237 0.192 0.168 0.188 0.142 0.064 0.009 162 R 0.210 0.229 0.204 0.180 0.116 0.055 0.007 163 Q 0.223 0.242 0.217 0.175 0.094 0.044 0.005 164 V 0.181 0.191 0.191 0.197 0.151 0.078 0.010 165 L 0.132 0.149 0.177 0.212 0.200 0.113 0.017 166 P 0.194 0.181 0.158 0.187 0.163 0.098 0.018 167 P 0.353 0.271 0.179 0.112 0.055 0.026 0.005 168 G 0.313 0.254 0.189 0.148 0.060 0.030 0.005 169 T 0.240 0.183 0.167 0.170 0.135 0.087 0.020 170 S 0.195 0.127 0.127 0.186 0.187 0.142 0.036 171 H 0.269 0.290 0.189 0.122 0.076 0.045 0.010 172 F 0.161 0.144 0.169 0.211 0.181 0.111 0.023 173 T 0.265 0.278 0.175 0.132 0.096 0.046 0.008 174 P 0.193 0.187 0.163 0.185 0.160 0.095 0.017 175 P 0.223 0.183 0.186 0.179 0.145 0.073 0.010 176 Q 0.323 0.296 0.191 0.118 0.049 0.021 0.002 177 T 0.237 0.178 0.186 0.199 0.137 0.058 0.005 178 P 0.342 0.235 0.178 0.142 0.078 0.024 0.001 179 T 0.572 0.264 0.099 0.044 0.017 0.004 0.001 180 K 0.616 0.246 0.086 0.039 0.011 0.003 0.001 181 T 0.548 0.234 0.114 0.069 0.028 0.006 0.001 182 R 0.525 0.250 0.127 0.068 0.024 0.006 0.001 183 P 0.555 0.246 0.117 0.057 0.020 0.005 0.001 184 G 0.516 0.260 0.122 0.067 0.027 0.008 0.001 185 S 0.331 0.229 0.186 0.147 0.076 0.028 0.003 186 P 0.295 0.227 0.191 0.152 0.090 0.040 0.005 187 Q 0.319 0.236 0.168 0.138 0.085 0.046 0.009 188 A 0.195 0.159 0.153 0.174 0.166 0.122 0.031 189 L 0.193 0.153 0.152 0.171 0.155 0.134 0.042 190 G 0.250 0.176 0.125 0.140 0.128 0.129 0.052 191 G 0.232 0.159 0.130 0.140 0.137 0.138 0.064 192 P 0.283 0.171 0.128 0.145 0.123 0.107 0.044 193 H 0.332 0.222 0.148 0.121 0.086 0.067 0.023 194 G 0.319 0.202 0.142 0.140 0.107 0.071 0.019 195 P 0.356 0.227 0.151 0.119 0.085 0.050 0.012 196 A 0.371 0.219 0.158 0.129 0.080 0.037 0.006 197 P 0.493 0.268 0.130 0.065 0.029 0.013 0.002 198 A 0.364 0.167 0.168 0.172 0.087 0.037 0.005 199 T 0.627 0.224 0.088 0.039 0.015 0.006 0.001 200 A 0.587 0.196 0.098 0.073 0.031 0.014 0.002