# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.3905 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.056 0.068 0.007 0.037 0.075 0.119 0.137 0.002 0.001 0.006 0.493 2 E 0.044 0.090 0.003 0.054 0.083 0.133 0.125 0.002 0.001 0.011 0.455 3 L 0.040 0.195 0.006 0.042 0.064 0.091 0.097 0.002 0.001 0.004 0.460 4 Q 0.032 0.347 0.002 0.036 0.153 0.135 0.120 0.001 0.001 0.005 0.170 5 K 0.063 0.297 0.002 0.014 0.028 0.049 0.062 0.006 0.001 0.003 0.478 6 A 0.102 0.512 0.006 0.024 0.050 0.091 0.029 0.005 0.001 0.002 0.180 7 E 0.064 0.530 0.011 0.020 0.046 0.040 0.067 0.006 0.001 0.003 0.213 8 Y 0.066 0.485 0.007 0.012 0.037 0.048 0.032 0.011 0.001 0.002 0.297 9 A 0.111 0.447 0.007 0.014 0.026 0.062 0.037 0.018 0.001 0.002 0.276 10 K 0.205 0.266 0.014 0.017 0.031 0.037 0.049 0.018 0.001 0.004 0.359 11 Y 0.130 0.264 0.027 0.017 0.035 0.035 0.058 0.014 0.001 0.004 0.418 12 E 0.129 0.153 0.017 0.019 0.019 0.034 0.047 0.012 0.001 0.005 0.565 13 G 0.208 0.086 0.029 0.032 0.013 0.046 0.044 0.014 0.001 0.009 0.518 14 G 0.251 0.032 0.039 0.035 0.021 0.025 0.087 0.004 0.001 0.005 0.501 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.984 16 L 0.017 0.038 0.002 0.051 0.069 0.276 0.073 0.001 0.001 0.002 0.471 17 R 0.074 0.158 0.001 0.050 0.047 0.078 0.062 0.001 0.001 0.005 0.524 18 R 0.113 0.185 0.002 0.014 0.029 0.048 0.062 0.004 0.001 0.003 0.540 19 K 0.203 0.177 0.003 0.015 0.014 0.031 0.049 0.007 0.001 0.004 0.496 20 A 0.132 0.116 0.009 0.017 0.026 0.042 0.034 0.006 0.001 0.001 0.615 21 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.987 22 Q 0.028 0.013 0.002 0.008 0.012 0.021 0.138 0.002 0.001 0.002 0.775 23 S 0.388 0.069 0.003 0.021 0.016 0.026 0.081 0.002 0.001 0.005 0.387 24 L 0.146 0.062 0.004 0.040 0.035 0.047 0.063 0.003 0.001 0.014 0.587 25 E 0.155 0.056 0.012 0.148 0.076 0.074 0.171 0.002 0.001 0.009 0.299 26 V 0.104 0.101 0.009 0.191 0.141 0.139 0.062 0.002 0.001 0.005 0.245 27 M 0.017 0.036 0.002 0.359 0.266 0.257 0.015 0.001 0.001 0.004 0.044 28 A 0.008 0.031 0.003 0.252 0.225 0.270 0.019 0.001 0.001 0.001 0.190 29 I 0.012 0.019 0.001 0.173 0.218 0.491 0.010 0.001 0.001 0.001 0.074 30 E 0.012 0.026 0.001 0.049 0.144 0.207 0.061 0.003 0.001 0.001 0.497 31 S 0.014 0.015 0.002 0.022 0.106 0.174 0.068 0.003 0.001 0.002 0.595 32 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.973 33 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.001 0.001 0.001 0.932 34 P 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.961 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.989 36 E 0.137 0.001 0.001 0.005 0.009 0.011 0.142 0.001 0.001 0.002 0.691 37 P 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.953 38 T 0.069 0.005 0.001 0.030 0.041 0.066 0.272 0.001 0.001 0.002 0.514 39 P 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.987 40 A 0.006 0.003 0.001 0.008 0.007 0.015 0.288 0.001 0.001 0.002 0.669 41 D 0.288 0.014 0.001 0.017 0.015 0.017 0.134 0.001 0.001 0.032 0.482 42 C 0.168 0.048 0.002 0.013 0.015 0.027 0.076 0.003 0.001 0.004 0.644 43 Q 0.185 0.050 0.009 0.038 0.035 0.053 0.271 0.003 0.001 0.016 0.340 44 S 0.203 0.039 0.004 0.033 0.022 0.028 0.129 0.005 0.001 0.006 0.531 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.994 46 K 0.010 0.005 0.003 0.039 0.019 0.033 0.475 0.001 0.001 0.006 0.409 47 M 0.558 0.017 0.003 0.031 0.014 0.032 0.149 0.001 0.001 0.018 0.177 48 T 0.178 0.138 0.006 0.163 0.120 0.108 0.069 0.003 0.001 0.009 0.205 49 T 0.028 0.034 0.006 0.141 0.058 0.073 0.081 0.003 0.001 0.005 0.571 50 F 0.078 0.031 0.006 0.240 0.135 0.224 0.049 0.002 0.001 0.006 0.230 51 Q 0.037 0.038 0.005 0.073 0.061 0.101 0.345 0.003 0.001 0.007 0.331 52 D 0.055 0.076 0.006 0.079 0.077 0.170 0.087 0.004 0.001 0.007 0.440 53 S 0.046 0.046 0.002 0.055 0.017 0.060 0.088 0.003 0.001 0.006 0.676 54 E 0.094 0.031 0.010 0.025 0.009 0.009 0.540 0.004 0.001 0.029 0.250 55 L 0.368 0.079 0.016 0.013 0.002 0.008 0.346 0.006 0.001 0.015 0.149 56 S 0.085 0.374 0.029 0.025 0.002 0.009 0.187 0.005 0.001 0.010 0.274 57 D 0.008 0.089 0.005 0.005 0.001 0.002 0.020 0.002 0.001 0.032 0.836 58 E 0.028 0.099 0.040 0.002 0.001 0.002 0.588 0.001 0.001 0.006 0.233 59 L 0.282 0.418 0.004 0.003 0.001 0.002 0.087 0.006 0.001 0.002 0.195 60 Q 0.020 0.927 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.042 61 A 0.013 0.930 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.045 62 A 0.083 0.823 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.044 63 M 0.131 0.754 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.056 0.001 0.001 0.046 64 T 0.184 0.452 0.058 0.005 0.002 0.005 0.012 0.099 0.001 0.001 0.181 65 G 0.324 0.113 0.055 0.018 0.004 0.008 0.017 0.060 0.001 0.006 0.395 66 P 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.966 67 A 0.026 0.010 0.005 0.021 0.010 0.016 0.157 0.001 0.001 0.004 0.749 68 E 0.142 0.029 0.005 0.033 0.008 0.015 0.100 0.002 0.001 0.007 0.657 69 V 0.153 0.038 0.009 0.046 0.013 0.034 0.077 0.003 0.001 0.005 0.622 70 G 0.093 0.016 0.003 0.044 0.018 0.029 0.074 0.001 0.001 0.004 0.718 71 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.992 72 T 0.015 0.004 0.001 0.014 0.013 0.029 0.079 0.001 0.001 0.001 0.844 73 T 0.195 0.034 0.001 0.025 0.020 0.035 0.161 0.001 0.001 0.009 0.519 74 E 0.272 0.058 0.003 0.025 0.022 0.050 0.088 0.003 0.001 0.008 0.469 75 K 0.166 0.040 0.008 0.043 0.039 0.050 0.076 0.003 0.001 0.003 0.572 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.988 77 S 0.009 0.004 0.001 0.009 0.027 0.051 0.064 0.001 0.001 0.001 0.833 78 S 0.133 0.020 0.001 0.016 0.023 0.035 0.068 0.001 0.001 0.009 0.695 79 H 0.257 0.021 0.003 0.021 0.016 0.038 0.097 0.002 0.001 0.008 0.537 80 L 0.172 0.018 0.004 0.031 0.019 0.027 0.093 0.001 0.001 0.004 0.631 81 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.985 82 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.988 83 T 0.088 0.001 0.001 0.029 0.021 0.052 0.124 0.001 0.001 0.002 0.682 84 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.995 85 R 0.018 0.003 0.001 0.032 0.042 0.068 0.133 0.001 0.001 0.001 0.702 86 A 0.473 0.010 0.001 0.043 0.045 0.070 0.039 0.001 0.001 0.006 0.312 87 T 0.050 0.017 0.001 0.038 0.069 0.079 0.161 0.001 0.001 0.009 0.575 88 T 0.065 0.008 0.002 0.040 0.042 0.075 0.069 0.001 0.001 0.007 0.691 89 R 0.025 0.008 0.001 0.028 0.029 0.053 0.284 0.001 0.001 0.005 0.566 90 Q 0.082 0.010 0.002 0.018 0.022 0.030 0.339 0.002 0.001 0.009 0.487 91 D 0.156 0.042 0.006 0.028 0.047 0.073 0.111 0.006 0.001 0.006 0.526 92 S 0.113 0.017 0.005 0.035 0.049 0.094 0.078 0.003 0.001 0.009 0.596 93 S 0.054 0.013 0.008 0.026 0.028 0.034 0.350 0.003 0.001 0.016 0.467 94 L 0.201 0.015 0.003 0.021 0.016 0.031 0.260 0.002 0.001 0.027 0.424 95 G 0.091 0.031 0.006 0.022 0.013 0.019 0.350 0.004 0.001 0.025 0.440 96 G 0.173 0.020 0.020 0.036 0.026 0.041 0.218 0.003 0.001 0.035 0.426 97 R 0.135 0.022 0.022 0.053 0.070 0.108 0.185 0.002 0.001 0.007 0.395 98 A 0.035 0.022 0.003 0.041 0.078 0.179 0.119 0.001 0.001 0.004 0.518 99 R 0.049 0.042 0.002 0.047 0.130 0.250 0.083 0.003 0.001 0.004 0.389 100 H 0.064 0.051 0.002 0.033 0.077 0.128 0.075 0.007 0.001 0.003 0.559 101 M 0.102 0.044 0.004 0.041 0.127 0.237 0.043 0.005 0.001 0.003 0.394 102 S 0.021 0.015 0.003 0.016 0.024 0.049 0.097 0.002 0.001 0.002 0.771 103 S 0.059 0.013 0.005 0.021 0.031 0.053 0.094 0.002 0.001 0.007 0.715 104 S 0.015 0.005 0.001 0.006 0.004 0.010 0.105 0.001 0.001 0.002 0.851 105 Q 0.084 0.020 0.003 0.024 0.018 0.039 0.283 0.001 0.001 0.015 0.513 106 E 0.110 0.031 0.002 0.017 0.011 0.016 0.155 0.002 0.001 0.007 0.648 107 L 0.132 0.129 0.006 0.034 0.059 0.068 0.128 0.005 0.001 0.005 0.434 108 L 0.129 0.115 0.004 0.045 0.048 0.068 0.043 0.006 0.001 0.006 0.535 109 G 0.114 0.053 0.006 0.027 0.032 0.065 0.053 0.011 0.001 0.008 0.631 110 D 0.162 0.019 0.012 0.024 0.015 0.028 0.069 0.006 0.001 0.004 0.661 111 G 0.032 0.004 0.002 0.017 0.011 0.017 0.067 0.002 0.001 0.002 0.847 112 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.962 113 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.971 114 G 0.075 0.002 0.001 0.029 0.019 0.027 0.101 0.001 0.001 0.002 0.745 115 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.987 116 S 0.046 0.004 0.001 0.034 0.027 0.063 0.104 0.001 0.001 0.005 0.715 117 S 0.386 0.005 0.001 0.030 0.021 0.032 0.100 0.001 0.001 0.004 0.422 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.987 119 M 0.026 0.006 0.001 0.024 0.027 0.046 0.374 0.001 0.001 0.006 0.489 120 S 0.302 0.023 0.001 0.018 0.020 0.030 0.202 0.001 0.001 0.017 0.385 121 R 0.121 0.039 0.003 0.019 0.022 0.031 0.081 0.002 0.001 0.022 0.660 122 S 0.066 0.031 0.009 0.019 0.020 0.032 0.372 0.001 0.001 0.013 0.437 123 Q 0.216 0.030 0.004 0.021 0.019 0.035 0.214 0.002 0.001 0.022 0.437 124 E 0.106 0.049 0.007 0.016 0.017 0.029 0.141 0.004 0.001 0.006 0.625 125 Y 0.039 0.029 0.004 0.018 0.021 0.035 0.112 0.004 0.001 0.002 0.737 126 L 0.079 0.071 0.004 0.037 0.105 0.179 0.085 0.007 0.001 0.004 0.428 127 L 0.126 0.097 0.003 0.041 0.056 0.105 0.069 0.009 0.001 0.006 0.489 128 D 0.106 0.091 0.005 0.017 0.036 0.053 0.112 0.009 0.001 0.007 0.564 129 E 0.086 0.024 0.002 0.012 0.011 0.019 0.066 0.007 0.001 0.021 0.750 130 G 0.086 0.005 0.023 0.008 0.007 0.009 0.179 0.006 0.001 0.005 0.673 131 P 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.001 0.931 132 A 0.012 0.002 0.001 0.012 0.011 0.013 0.232 0.001 0.001 0.001 0.716 133 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.992 134 G 0.057 0.004 0.001 0.023 0.024 0.054 0.063 0.001 0.001 0.007 0.766 135 T 0.468 0.003 0.002 0.012 0.012 0.022 0.074 0.001 0.001 0.003 0.404 136 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.976 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.989 138 R 0.018 0.002 0.001 0.009 0.026 0.044 0.069 0.001 0.001 0.002 0.830 139 E 0.286 0.013 0.001 0.008 0.020 0.027 0.073 0.001 0.001 0.005 0.567 140 A 0.198 0.026 0.001 0.013 0.031 0.061 0.064 0.001 0.001 0.004 0.601 141 R 0.153 0.027 0.002 0.029 0.092 0.085 0.094 0.001 0.001 0.002 0.513 142 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.996 143 G 0.023 0.004 0.001 0.022 0.068 0.180 0.083 0.001 0.001 0.002 0.616 144 R 0.188 0.006 0.001 0.015 0.014 0.023 0.067 0.001 0.001 0.004 0.681 145 H 0.040 0.007 0.001 0.015 0.023 0.030 0.119 0.001 0.001 0.003 0.761 146 G 0.156 0.011 0.002 0.033 0.028 0.052 0.113 0.001 0.001 0.005 0.600 147 H 0.104 0.015 0.002 0.035 0.040 0.053 0.146 0.001 0.001 0.004 0.601 148 S 0.025 0.005 0.001 0.013 0.021 0.029 0.112 0.001 0.001 0.003 0.789 149 I 0.050 0.009 0.002 0.025 0.034 0.084 0.064 0.001 0.001 0.003 0.729 150 K 0.035 0.019 0.001 0.031 0.079 0.115 0.284 0.001 0.001 0.010 0.425 151 R 0.108 0.017 0.001 0.016 0.035 0.048 0.140 0.002 0.001 0.008 0.624 152 A 0.121 0.074 0.004 0.038 0.131 0.177 0.094 0.002 0.001 0.005 0.355 153 S 0.042 0.018 0.002 0.027 0.052 0.089 0.054 0.002 0.001 0.008 0.705 154 V 0.044 0.010 0.008 0.026 0.069 0.091 0.056 0.001 0.001 0.002 0.693 155 P 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.969 156 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.987 157 V 0.018 0.001 0.001 0.019 0.014 0.027 0.083 0.001 0.001 0.001 0.838 158 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.996 159 G 0.018 0.001 0.001 0.017 0.020 0.040 0.073 0.001 0.001 0.002 0.829 160 K 0.175 0.002 0.001 0.015 0.017 0.019 0.082 0.001 0.001 0.001 0.688 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.992 162 R 0.019 0.004 0.001 0.022 0.056 0.100 0.116 0.001 0.001 0.003 0.680 163 Q 0.135 0.016 0.001 0.020 0.034 0.030 0.090 0.001 0.001 0.006 0.669 164 V 0.162 0.028 0.002 0.020 0.031 0.073 0.057 0.002 0.001 0.004 0.622 165 L 0.167 0.035 0.005 0.076 0.047 0.100 0.067 0.001 0.001 0.006 0.496 166 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.974 167 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.990 168 G 0.038 0.006 0.001 0.034 0.034 0.069 0.108 0.001 0.001 0.004 0.706 169 T 0.297 0.017 0.002 0.032 0.032 0.046 0.098 0.001 0.001 0.007 0.467 170 S 0.087 0.021 0.001 0.031 0.036 0.037 0.078 0.001 0.001 0.006 0.703 171 H 0.067 0.016 0.001 0.030 0.029 0.039 0.120 0.001 0.001 0.006 0.690 172 F 0.153 0.017 0.005 0.037 0.023 0.058 0.140 0.002 0.001 0.009 0.555 173 T 0.124 0.015 0.005 0.034 0.029 0.051 0.218 0.001 0.001 0.006 0.517 174 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.992 175 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.001 0.001 0.001 0.949 176 Q 0.193 0.005 0.001 0.013 0.020 0.051 0.130 0.001 0.001 0.012 0.577 177 T 0.489 0.013 0.002 0.012 0.020 0.025 0.049 0.001 0.001 0.002 0.386 178 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.995 179 T 0.013 0.005 0.001 0.024 0.100 0.137 0.125 0.001 0.001 0.001 0.595 180 K 0.172 0.010 0.001 0.016 0.032 0.060 0.042 0.001 0.001 0.008 0.660 181 T 0.063 0.010 0.002 0.017 0.022 0.042 0.081 0.001 0.001 0.003 0.759 182 R 0.076 0.005 0.001 0.028 0.048 0.043 0.116 0.001 0.001 0.002 0.681 183 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 184 G 0.037 0.004 0.002 0.032 0.057 0.168 0.085 0.001 0.001 0.005 0.610 185 S 0.455 0.004 0.002 0.020 0.016 0.027 0.057 0.001 0.001 0.002 0.418 186 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.991 187 Q 0.012 0.004 0.001 0.024 0.032 0.054 0.276 0.001 0.001 0.005 0.592 188 A 0.316 0.028 0.001 0.021 0.025 0.035 0.157 0.001 0.001 0.012 0.405 189 L 0.179 0.151 0.002 0.025 0.048 0.075 0.084 0.004 0.001 0.012 0.419 190 G 0.122 0.054 0.005 0.034 0.031 0.063 0.064 0.007 0.001 0.029 0.592 191 G 0.151 0.022 0.017 0.028 0.032 0.033 0.106 0.004 0.001 0.003 0.603 192 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.978 193 H 0.014 0.004 0.001 0.012 0.018 0.039 0.090 0.001 0.001 0.002 0.819 194 G 0.063 0.002 0.001 0.012 0.007 0.011 0.063 0.001 0.001 0.003 0.837 195 P 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.981 196 A 0.009 0.001 0.001 0.007 0.004 0.005 0.143 0.001 0.001 0.001 0.830 197 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.988 198 A 0.039 0.005 0.001 0.045 0.034 0.073 0.123 0.001 0.001 0.003 0.677 199 T 0.197 0.014 0.001 0.069 0.060 0.063 0.146 0.001 0.001 0.009 0.441 200 A 0.006 0.002 0.001 0.005 0.006 0.009 0.025 0.001 0.001 0.001 0.947