# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.3905 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.043 0.013 0.028 0.041 0.064 0.106 0.005 0.701 2 E 0.047 0.022 0.027 0.057 0.071 0.177 0.007 0.591 3 L 0.127 0.046 0.033 0.052 0.130 0.120 0.005 0.488 4 Q 0.080 0.152 0.088 0.284 0.252 0.063 0.005 0.075 5 K 0.032 0.183 0.045 0.145 0.184 0.032 0.007 0.372 6 A 0.024 0.267 0.092 0.158 0.321 0.024 0.007 0.107 7 E 0.044 0.312 0.030 0.088 0.177 0.077 0.014 0.257 8 Y 0.120 0.317 0.026 0.048 0.106 0.050 0.028 0.305 9 A 0.181 0.313 0.026 0.037 0.043 0.073 0.038 0.289 10 K 0.281 0.223 0.024 0.026 0.027 0.038 0.060 0.321 11 Y 0.165 0.233 0.064 0.040 0.049 0.057 0.036 0.356 12 E 0.047 0.092 0.029 0.025 0.036 0.072 0.025 0.673 13 G 0.117 0.106 0.050 0.033 0.037 0.034 0.071 0.553 14 G 0.276 0.024 0.071 0.034 0.030 0.065 0.020 0.479 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 16 L 0.039 0.012 0.039 0.075 0.250 0.164 0.004 0.416 17 R 0.227 0.036 0.042 0.068 0.101 0.139 0.010 0.377 18 R 0.156 0.081 0.048 0.081 0.121 0.083 0.014 0.416 19 K 0.177 0.099 0.048 0.052 0.078 0.070 0.023 0.452 20 A 0.149 0.054 0.043 0.053 0.078 0.075 0.017 0.532 21 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 22 Q 0.021 0.010 0.010 0.024 0.067 0.132 0.008 0.729 23 S 0.255 0.019 0.015 0.010 0.018 0.090 0.017 0.576 24 L 0.141 0.032 0.023 0.020 0.029 0.144 0.011 0.600 25 E 0.180 0.059 0.076 0.066 0.068 0.208 0.014 0.330 26 V 0.132 0.116 0.133 0.060 0.133 0.101 0.008 0.317 27 M 0.037 0.133 0.233 0.224 0.232 0.032 0.011 0.098 28 A 0.026 0.145 0.162 0.155 0.208 0.037 0.009 0.258 29 I 0.024 0.097 0.223 0.170 0.279 0.025 0.014 0.168 30 E 0.052 0.081 0.124 0.124 0.177 0.072 0.036 0.334 31 S 0.080 0.028 0.102 0.090 0.123 0.064 0.038 0.475 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 33 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.988 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 35 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 36 E 0.131 0.001 0.024 0.033 0.046 0.095 0.004 0.666 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 38 T 0.046 0.003 0.038 0.060 0.123 0.223 0.002 0.504 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 40 A 0.020 0.003 0.015 0.018 0.052 0.265 0.002 0.624 41 D 0.355 0.004 0.007 0.006 0.008 0.290 0.010 0.321 42 C 0.420 0.024 0.018 0.015 0.021 0.059 0.006 0.436 43 Q 0.082 0.028 0.047 0.046 0.074 0.272 0.014 0.436 44 S 0.089 0.019 0.038 0.053 0.079 0.120 0.009 0.592 45 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 46 K 0.013 0.005 0.015 0.027 0.072 0.600 0.005 0.263 47 M 0.342 0.028 0.065 0.036 0.054 0.135 0.020 0.322 48 T 0.130 0.124 0.092 0.144 0.135 0.116 0.010 0.249 49 T 0.065 0.032 0.171 0.068 0.137 0.089 0.010 0.428 50 F 0.058 0.038 0.221 0.104 0.160 0.089 0.009 0.322 51 Q 0.054 0.041 0.150 0.099 0.173 0.219 0.010 0.253 52 D 0.037 0.052 0.084 0.044 0.138 0.078 0.009 0.558 53 S 0.082 0.045 0.038 0.018 0.061 0.144 0.010 0.601 54 E 0.077 0.022 0.011 0.010 0.015 0.581 0.015 0.270 55 L 0.273 0.044 0.010 0.005 0.010 0.453 0.016 0.188 56 S 0.129 0.159 0.017 0.007 0.020 0.366 0.011 0.292 57 D 0.039 0.167 0.007 0.003 0.011 0.050 0.005 0.719 58 E 0.022 0.142 0.004 0.002 0.004 0.266 0.005 0.557 59 L 0.049 0.581 0.003 0.002 0.007 0.143 0.007 0.208 60 Q 0.007 0.960 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.026 61 A 0.003 0.973 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 62 A 0.038 0.910 0.003 0.002 0.002 0.002 0.015 0.028 63 M 0.170 0.758 0.005 0.003 0.003 0.002 0.035 0.023 64 T 0.180 0.557 0.068 0.017 0.013 0.007 0.094 0.064 65 G 0.240 0.200 0.115 0.029 0.026 0.031 0.068 0.291 66 P 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.988 67 A 0.029 0.022 0.061 0.027 0.036 0.156 0.011 0.658 68 E 0.182 0.019 0.033 0.013 0.017 0.156 0.019 0.559 69 V 0.191 0.035 0.066 0.028 0.054 0.076 0.015 0.535 70 G 0.043 0.015 0.021 0.031 0.040 0.087 0.004 0.758 71 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 72 T 0.035 0.008 0.013 0.036 0.071 0.097 0.005 0.735 73 T 0.266 0.013 0.025 0.036 0.055 0.067 0.015 0.523 74 E 0.183 0.031 0.052 0.048 0.101 0.077 0.019 0.489 75 K 0.178 0.024 0.071 0.091 0.124 0.117 0.007 0.389 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 77 S 0.010 0.003 0.012 0.026 0.070 0.122 0.003 0.753 78 S 0.301 0.004 0.011 0.011 0.013 0.052 0.017 0.590 79 H 0.363 0.010 0.016 0.013 0.025 0.136 0.019 0.417 80 L 0.376 0.013 0.034 0.026 0.045 0.135 0.012 0.360 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 82 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 83 T 0.066 0.002 0.019 0.039 0.079 0.126 0.005 0.665 84 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 85 R 0.042 0.004 0.021 0.047 0.112 0.173 0.002 0.599 86 A 0.431 0.009 0.044 0.026 0.035 0.075 0.005 0.375 87 T 0.125 0.024 0.045 0.066 0.079 0.137 0.007 0.517 88 T 0.073 0.013 0.030 0.040 0.069 0.079 0.005 0.692 89 R 0.062 0.024 0.039 0.053 0.104 0.278 0.007 0.433 90 Q 0.069 0.023 0.018 0.037 0.067 0.297 0.014 0.475 91 D 0.074 0.069 0.023 0.044 0.059 0.111 0.011 0.609 92 S 0.039 0.030 0.016 0.023 0.034 0.068 0.009 0.780 93 S 0.074 0.027 0.019 0.028 0.052 0.294 0.020 0.486 94 L 0.200 0.033 0.021 0.027 0.047 0.214 0.023 0.436 95 G 0.100 0.050 0.026 0.031 0.041 0.171 0.023 0.557 96 G 0.170 0.037 0.039 0.042 0.046 0.117 0.034 0.515 97 R 0.143 0.020 0.059 0.045 0.090 0.184 0.010 0.449 98 A 0.031 0.014 0.026 0.064 0.148 0.083 0.003 0.631 99 R 0.059 0.030 0.058 0.186 0.340 0.097 0.009 0.221 100 H 0.081 0.029 0.036 0.083 0.137 0.077 0.010 0.547 101 M 0.099 0.039 0.092 0.136 0.257 0.072 0.009 0.296 102 S 0.021 0.018 0.019 0.051 0.067 0.074 0.007 0.743 103 S 0.089 0.020 0.047 0.043 0.101 0.113 0.012 0.575 104 S 0.033 0.015 0.015 0.014 0.027 0.136 0.005 0.756 105 Q 0.083 0.034 0.032 0.028 0.075 0.243 0.011 0.493 106 E 0.049 0.170 0.028 0.030 0.046 0.198 0.008 0.471 107 L 0.086 0.246 0.035 0.030 0.055 0.142 0.018 0.390 108 L 0.180 0.317 0.031 0.042 0.038 0.051 0.023 0.317 109 G 0.250 0.146 0.047 0.039 0.045 0.064 0.066 0.343 110 D 0.165 0.069 0.080 0.033 0.052 0.066 0.042 0.493 111 G 0.092 0.030 0.025 0.023 0.039 0.070 0.028 0.692 112 P 0.004 0.001 0.003 0.003 0.003 0.011 0.001 0.974 113 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 114 G 0.065 0.003 0.035 0.041 0.071 0.145 0.006 0.635 115 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 116 S 0.038 0.004 0.020 0.028 0.075 0.091 0.003 0.741 117 S 0.268 0.004 0.030 0.023 0.029 0.104 0.004 0.538 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 119 M 0.027 0.005 0.021 0.034 0.090 0.340 0.003 0.481 120 S 0.217 0.021 0.017 0.019 0.031 0.294 0.009 0.393 121 R 0.138 0.051 0.012 0.018 0.034 0.061 0.008 0.678 122 S 0.107 0.031 0.016 0.014 0.024 0.370 0.014 0.424 123 Q 0.235 0.041 0.021 0.014 0.019 0.172 0.024 0.473 124 E 0.129 0.098 0.027 0.031 0.056 0.150 0.013 0.497 125 Y 0.031 0.052 0.033 0.043 0.078 0.103 0.009 0.651 126 L 0.075 0.078 0.045 0.074 0.125 0.095 0.010 0.499 127 L 0.106 0.051 0.036 0.065 0.110 0.150 0.016 0.466 128 D 0.137 0.052 0.033 0.064 0.112 0.118 0.016 0.467 129 E 0.104 0.038 0.026 0.032 0.059 0.103 0.025 0.613 130 G 0.103 0.013 0.013 0.027 0.042 0.427 0.015 0.359 131 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 132 A 0.026 0.007 0.012 0.030 0.061 0.321 0.004 0.538 133 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 134 G 0.048 0.008 0.010 0.019 0.059 0.085 0.010 0.761 135 T 0.621 0.005 0.014 0.017 0.029 0.049 0.012 0.253 136 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 138 R 0.028 0.002 0.013 0.036 0.085 0.142 0.003 0.692 139 E 0.318 0.004 0.006 0.013 0.021 0.072 0.007 0.558 140 A 0.303 0.026 0.021 0.025 0.054 0.048 0.007 0.516 141 R 0.176 0.027 0.031 0.068 0.075 0.158 0.004 0.460 142 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 143 G 0.021 0.007 0.014 0.040 0.121 0.137 0.008 0.651 144 R 0.509 0.007 0.012 0.012 0.014 0.055 0.014 0.377 145 H 0.074 0.019 0.026 0.025 0.032 0.076 0.007 0.741 146 G 0.088 0.016 0.028 0.025 0.045 0.071 0.008 0.719 147 H 0.175 0.016 0.087 0.039 0.054 0.126 0.011 0.492 148 S 0.028 0.007 0.013 0.018 0.029 0.096 0.005 0.804 149 I 0.051 0.013 0.031 0.027 0.080 0.052 0.003 0.743 150 K 0.038 0.019 0.023 0.050 0.078 0.223 0.008 0.563 151 R 0.068 0.015 0.011 0.017 0.030 0.095 0.010 0.754 152 A 0.161 0.076 0.043 0.060 0.078 0.076 0.013 0.494 153 S 0.061 0.025 0.022 0.028 0.048 0.099 0.027 0.690 154 V 0.267 0.020 0.041 0.049 0.082 0.050 0.031 0.460 155 P 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.004 0.001 0.987 156 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 157 V 0.061 0.003 0.026 0.055 0.122 0.087 0.004 0.642 158 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 159 G 0.041 0.003 0.012 0.021 0.050 0.048 0.005 0.820 160 K 0.584 0.003 0.032 0.026 0.033 0.097 0.004 0.222 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 162 R 0.012 0.004 0.039 0.094 0.218 0.158 0.004 0.472 163 Q 0.395 0.005 0.029 0.023 0.027 0.081 0.013 0.427 164 V 0.254 0.016 0.048 0.043 0.090 0.060 0.013 0.476 165 L 0.137 0.016 0.114 0.104 0.160 0.079 0.009 0.382 166 P 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.004 0.001 0.979 167 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 168 G 0.052 0.004 0.034 0.054 0.136 0.104 0.009 0.608 169 T 0.302 0.007 0.028 0.028 0.039 0.072 0.011 0.514 170 S 0.128 0.012 0.032 0.037 0.053 0.075 0.006 0.656 171 H 0.095 0.009 0.028 0.029 0.042 0.114 0.008 0.676 172 F 0.143 0.011 0.036 0.028 0.046 0.156 0.017 0.563 173 T 0.115 0.019 0.043 0.052 0.084 0.191 0.015 0.482 174 P 0.006 0.003 0.006 0.012 0.012 0.023 0.001 0.938 175 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.991 176 Q 0.053 0.012 0.030 0.068 0.143 0.134 0.020 0.541 177 T 0.282 0.012 0.027 0.061 0.065 0.096 0.008 0.449 178 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 179 T 0.025 0.005 0.020 0.070 0.155 0.216 0.003 0.506 180 K 0.201 0.010 0.029 0.034 0.055 0.081 0.009 0.581 181 T 0.074 0.031 0.023 0.043 0.075 0.102 0.010 0.642 182 R 0.165 0.025 0.035 0.052 0.060 0.130 0.010 0.522 183 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 184 G 0.038 0.017 0.038 0.046 0.111 0.130 0.024 0.597 185 S 0.237 0.008 0.032 0.027 0.037 0.085 0.007 0.566 186 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 187 Q 0.028 0.008 0.022 0.038 0.118 0.253 0.005 0.528 188 A 0.519 0.021 0.021 0.013 0.018 0.118 0.013 0.277 189 L 0.345 0.090 0.030 0.052 0.073 0.048 0.016 0.347 190 G 0.291 0.049 0.042 0.035 0.053 0.052 0.035 0.444 191 G 0.217 0.018 0.072 0.043 0.043 0.085 0.016 0.505 192 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 193 H 0.027 0.004 0.019 0.045 0.140 0.111 0.009 0.646 194 G 0.091 0.003 0.013 0.016 0.019 0.055 0.006 0.797 195 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 196 A 0.018 0.001 0.012 0.023 0.032 0.097 0.002 0.815 197 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 198 A 0.046 0.003 0.025 0.023 0.050 0.076 0.003 0.775 199 T 0.194 0.008 0.046 0.050 0.049 0.116 0.005 0.531 200 A 0.006 0.003 0.007 0.005 0.011 0.010 0.001 0.957