# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1322 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.040 0.475 0.013 0.044 0.036 0.054 0.056 0.282 2 E 0.063 0.628 0.017 0.020 0.059 0.025 0.052 0.135 3 L 0.047 0.514 0.029 0.052 0.062 0.036 0.103 0.158 4 Q 0.043 0.513 0.037 0.080 0.091 0.030 0.100 0.108 5 K 0.144 0.377 0.026 0.049 0.090 0.036 0.067 0.211 6 A 0.118 0.292 0.034 0.062 0.098 0.047 0.073 0.275 7 E 0.178 0.182 0.032 0.050 0.095 0.062 0.075 0.325 8 Y 0.141 0.066 0.038 0.052 0.089 0.089 0.090 0.436 9 A 0.087 0.024 0.049 0.050 0.075 0.103 0.078 0.534 10 K 0.200 0.015 0.017 0.025 0.032 0.087 0.057 0.566 11 Y 0.096 0.009 0.028 0.018 0.036 0.137 0.057 0.619 12 E 0.024 0.011 0.025 0.019 0.039 0.159 0.024 0.699 13 G 0.024 0.008 0.007 0.018 0.025 0.139 0.020 0.758 14 G 0.041 0.040 0.041 0.135 0.131 0.132 0.060 0.419 15 P 0.091 0.048 0.054 0.072 0.166 0.078 0.058 0.433 16 L 0.063 0.018 0.046 0.116 0.113 0.087 0.069 0.488 17 R 0.043 0.017 0.044 0.135 0.188 0.093 0.037 0.443 18 R 0.029 0.020 0.040 0.073 0.162 0.077 0.031 0.568 19 K 0.037 0.025 0.027 0.063 0.087 0.104 0.072 0.586 20 A 0.053 0.060 0.015 0.065 0.044 0.131 0.068 0.564 21 P 0.135 0.112 0.016 0.023 0.038 0.079 0.061 0.535 22 Q 0.112 0.220 0.018 0.018 0.034 0.067 0.082 0.449 23 S 0.085 0.225 0.043 0.029 0.053 0.096 0.151 0.318 24 L 0.040 0.097 0.069 0.073 0.131 0.093 0.173 0.323 25 E 0.035 0.078 0.090 0.107 0.301 0.066 0.117 0.204 26 V 0.020 0.045 0.073 0.143 0.294 0.079 0.058 0.287 27 M 0.010 0.024 0.098 0.204 0.355 0.062 0.077 0.170 28 A 0.012 0.012 0.069 0.202 0.343 0.074 0.046 0.242 29 I 0.009 0.009 0.094 0.187 0.316 0.085 0.046 0.254 30 E 0.014 0.005 0.107 0.127 0.231 0.116 0.045 0.353 31 S 0.030 0.005 0.061 0.057 0.108 0.162 0.074 0.502 32 P 0.018 0.002 0.038 0.022 0.044 0.178 0.076 0.622 33 P 0.037 0.006 0.026 0.013 0.027 0.167 0.075 0.649 34 P 0.100 0.018 0.015 0.012 0.018 0.137 0.088 0.611 35 P 0.076 0.009 0.010 0.007 0.013 0.145 0.045 0.696 36 E 0.019 0.009 0.012 0.014 0.029 0.215 0.062 0.640 37 P 0.007 0.002 0.009 0.010 0.024 0.200 0.034 0.715 38 T 0.173 0.015 0.011 0.030 0.035 0.153 0.133 0.450 39 P 0.066 0.010 0.004 0.009 0.010 0.145 0.058 0.699 40 A 0.023 0.012 0.011 0.009 0.026 0.141 0.047 0.731 41 D 0.044 0.015 0.011 0.033 0.048 0.156 0.129 0.564 42 C 0.009 0.005 0.018 0.065 0.062 0.167 0.022 0.653 43 Q 0.078 0.029 0.035 0.037 0.117 0.117 0.039 0.548 44 S 0.086 0.035 0.022 0.051 0.089 0.124 0.141 0.452 45 P 0.032 0.011 0.056 0.050 0.097 0.157 0.160 0.437 46 K 0.020 0.020 0.048 0.131 0.158 0.112 0.129 0.381 47 M 0.016 0.013 0.053 0.065 0.107 0.107 0.025 0.614 48 T 0.031 0.058 0.090 0.158 0.233 0.088 0.070 0.272 49 T 0.028 0.013 0.040 0.061 0.093 0.113 0.059 0.593 50 F 0.039 0.024 0.112 0.092 0.138 0.124 0.123 0.348 51 Q 0.086 0.073 0.048 0.032 0.043 0.119 0.042 0.556 52 D 0.292 0.144 0.013 0.009 0.011 0.069 0.085 0.377 53 S 0.166 0.043 0.012 0.012 0.010 0.131 0.142 0.484 54 E 0.017 0.067 0.042 0.006 0.026 0.167 0.111 0.564 55 L 0.014 0.344 0.015 0.003 0.009 0.075 0.055 0.485 56 S 0.026 0.870 0.001 0.001 0.001 0.005 0.083 0.014 57 D 0.003 0.949 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.021 58 E 0.017 0.931 0.002 0.001 0.001 0.002 0.026 0.021 59 L 0.021 0.898 0.006 0.001 0.001 0.005 0.054 0.013 60 Q 0.086 0.240 0.032 0.007 0.010 0.035 0.514 0.075 61 A 0.063 0.115 0.023 0.013 0.016 0.088 0.334 0.350 62 A 0.046 0.027 0.063 0.010 0.027 0.148 0.106 0.573 63 M 0.024 0.021 0.055 0.018 0.020 0.179 0.034 0.650 64 T 0.038 0.017 0.034 0.006 0.011 0.153 0.026 0.714 65 G 0.115 0.043 0.041 0.011 0.014 0.143 0.074 0.559 66 P 0.130 0.026 0.030 0.006 0.009 0.120 0.072 0.608 67 A 0.101 0.015 0.036 0.009 0.018 0.122 0.071 0.628 68 E 0.018 0.008 0.037 0.010 0.026 0.152 0.046 0.702 69 V 0.010 0.005 0.042 0.017 0.033 0.183 0.039 0.672 70 G 0.053 0.026 0.043 0.055 0.065 0.167 0.125 0.465 71 P 0.085 0.024 0.035 0.032 0.048 0.134 0.071 0.571 72 T 0.063 0.016 0.040 0.030 0.065 0.132 0.084 0.569 73 T 0.015 0.007 0.041 0.035 0.065 0.154 0.046 0.636 74 E 0.016 0.005 0.037 0.033 0.059 0.157 0.045 0.649 75 K 0.050 0.015 0.028 0.051 0.047 0.150 0.081 0.578 76 P 0.221 0.021 0.016 0.021 0.028 0.098 0.070 0.526 77 S 0.154 0.009 0.020 0.016 0.026 0.107 0.068 0.599 78 S 0.011 0.003 0.035 0.015 0.034 0.150 0.029 0.723 79 H 0.010 0.003 0.030 0.019 0.036 0.142 0.024 0.736 80 L 0.041 0.003 0.020 0.024 0.029 0.160 0.055 0.668 81 P 0.018 0.004 0.022 0.016 0.023 0.178 0.049 0.689 82 P 0.042 0.009 0.018 0.007 0.015 0.153 0.046 0.710 83 T 0.255 0.032 0.020 0.013 0.017 0.110 0.179 0.374 84 P 0.049 0.015 0.023 0.016 0.024 0.166 0.087 0.620 85 R 0.017 0.014 0.032 0.022 0.053 0.173 0.062 0.627 86 A 0.026 0.015 0.039 0.048 0.090 0.173 0.060 0.550 87 T 0.050 0.022 0.046 0.077 0.104 0.147 0.112 0.442 88 T 0.038 0.008 0.030 0.039 0.071 0.173 0.071 0.571 89 R 0.026 0.008 0.032 0.032 0.059 0.165 0.066 0.610 90 Q 0.018 0.008 0.025 0.028 0.041 0.173 0.038 0.669 91 D 0.058 0.030 0.018 0.031 0.042 0.171 0.087 0.563 92 S 0.065 0.028 0.023 0.022 0.034 0.163 0.125 0.540 93 S 0.155 0.050 0.018 0.020 0.031 0.117 0.091 0.519 94 L 0.134 0.049 0.013 0.016 0.033 0.123 0.058 0.573 95 G 0.043 0.036 0.013 0.025 0.051 0.124 0.037 0.671 96 G 0.056 0.050 0.020 0.060 0.164 0.126 0.086 0.439 97 R 0.075 0.040 0.026 0.119 0.178 0.113 0.057 0.392 98 A 0.102 0.015 0.029 0.074 0.173 0.113 0.072 0.423 99 R 0.034 0.013 0.043 0.093 0.167 0.137 0.074 0.440 100 H 0.029 0.009 0.039 0.042 0.108 0.159 0.076 0.538 101 M 0.014 0.014 0.030 0.060 0.066 0.180 0.056 0.579 102 S 0.027 0.038 0.019 0.027 0.040 0.153 0.049 0.648 103 S 0.078 0.123 0.024 0.025 0.033 0.122 0.119 0.476 104 S 0.156 0.132 0.025 0.018 0.022 0.103 0.168 0.374 105 Q 0.128 0.069 0.040 0.021 0.030 0.124 0.154 0.434 106 E 0.134 0.034 0.028 0.018 0.037 0.121 0.066 0.561 107 L 0.109 0.021 0.023 0.018 0.045 0.130 0.053 0.600 108 L 0.028 0.007 0.032 0.022 0.050 0.179 0.040 0.642 109 G 0.012 0.005 0.025 0.021 0.051 0.196 0.037 0.653 110 D 0.017 0.006 0.041 0.034 0.052 0.192 0.049 0.610 111 G 0.078 0.008 0.026 0.026 0.029 0.182 0.070 0.581 112 P 0.050 0.008 0.026 0.013 0.019 0.189 0.070 0.624 113 P 0.037 0.007 0.034 0.010 0.020 0.167 0.058 0.668 114 G 0.053 0.012 0.041 0.019 0.035 0.194 0.102 0.543 115 P 0.014 0.008 0.026 0.017 0.029 0.217 0.041 0.648 116 S 0.027 0.016 0.024 0.025 0.055 0.199 0.062 0.592 117 S 0.058 0.026 0.021 0.035 0.055 0.192 0.090 0.523 118 P 0.032 0.015 0.018 0.021 0.036 0.192 0.074 0.612 119 M 0.033 0.023 0.018 0.023 0.044 0.180 0.106 0.574 120 S 0.128 0.079 0.017 0.025 0.046 0.132 0.137 0.436 121 R 0.066 0.066 0.008 0.020 0.025 0.135 0.068 0.612 122 S 0.056 0.124 0.011 0.023 0.048 0.133 0.068 0.538 123 Q 0.077 0.133 0.012 0.043 0.066 0.111 0.095 0.461 124 E 0.113 0.071 0.014 0.054 0.075 0.110 0.071 0.493 125 Y 0.098 0.046 0.017 0.052 0.123 0.107 0.053 0.503 126 L 0.069 0.021 0.028 0.045 0.113 0.119 0.057 0.548 127 L 0.101 0.009 0.017 0.040 0.071 0.131 0.059 0.572 128 D 0.031 0.007 0.018 0.029 0.051 0.125 0.043 0.696 129 E 0.017 0.002 0.019 0.019 0.037 0.150 0.025 0.731 130 G 0.029 0.005 0.019 0.040 0.039 0.159 0.058 0.650 131 P 0.060 0.003 0.022 0.017 0.021 0.131 0.035 0.710 132 A 0.235 0.008 0.030 0.013 0.024 0.095 0.103 0.492 133 P 0.008 0.001 0.016 0.007 0.014 0.156 0.020 0.778 134 G 0.006 0.002 0.012 0.012 0.021 0.144 0.016 0.787 135 T 0.022 0.005 0.012 0.047 0.047 0.170 0.047 0.651 136 P 0.055 0.013 0.015 0.024 0.024 0.120 0.047 0.702 137 P 0.202 0.026 0.012 0.021 0.029 0.080 0.102 0.528 138 R 0.238 0.010 0.015 0.017 0.032 0.076 0.080 0.531 139 E 0.006 0.003 0.018 0.034 0.051 0.130 0.030 0.729 140 A 0.017 0.003 0.011 0.023 0.039 0.098 0.015 0.793 141 R 0.364 0.019 0.012 0.052 0.045 0.063 0.119 0.327 142 P 0.031 0.003 0.009 0.012 0.014 0.104 0.018 0.809 143 G 0.068 0.010 0.028 0.018 0.053 0.110 0.050 0.662 144 R 0.040 0.006 0.023 0.038 0.037 0.120 0.054 0.682 145 H 0.040 0.012 0.032 0.046 0.066 0.118 0.035 0.650 146 G 0.036 0.019 0.020 0.039 0.069 0.112 0.048 0.657 147 H 0.048 0.030 0.054 0.075 0.099 0.098 0.059 0.536 148 S 0.145 0.043 0.035 0.063 0.105 0.100 0.070 0.438 149 I 0.084 0.014 0.048 0.057 0.080 0.113 0.101 0.504 150 K 0.141 0.017 0.037 0.067 0.085 0.088 0.089 0.476 151 R 0.203 0.007 0.018 0.019 0.040 0.086 0.039 0.586 152 A 0.011 0.003 0.026 0.031 0.048 0.147 0.020 0.714 153 S 0.019 0.005 0.025 0.035 0.075 0.135 0.027 0.679 154 V 0.063 0.003 0.013 0.049 0.040 0.131 0.027 0.674 155 P 0.024 0.003 0.033 0.031 0.041 0.132 0.037 0.698 156 P 0.040 0.003 0.019 0.017 0.024 0.100 0.031 0.765 157 V 0.183 0.007 0.023 0.015 0.024 0.094 0.092 0.562 158 P 0.009 0.002 0.019 0.019 0.016 0.111 0.021 0.802 159 G 0.028 0.002 0.008 0.009 0.017 0.082 0.014 0.840 160 K 0.072 0.010 0.041 0.076 0.041 0.124 0.068 0.569 161 P 0.130 0.003 0.012 0.011 0.014 0.068 0.014 0.747 162 R 0.115 0.006 0.026 0.024 0.048 0.076 0.065 0.639 163 Q 0.005 0.001 0.082 0.025 0.067 0.135 0.018 0.666 164 V 0.003 0.001 0.063 0.056 0.086 0.137 0.016 0.638 165 L 0.034 0.005 0.078 0.068 0.076 0.156 0.070 0.512 166 P 0.164 0.015 0.068 0.035 0.043 0.123 0.125 0.426 167 P 0.030 0.006 0.075 0.013 0.024 0.159 0.069 0.623 168 G 0.038 0.011 0.095 0.015 0.024 0.159 0.052 0.607 169 T 0.099 0.018 0.041 0.018 0.029 0.157 0.069 0.570 170 S 0.056 0.010 0.038 0.018 0.036 0.165 0.065 0.611 171 H 0.012 0.004 0.029 0.022 0.052 0.221 0.047 0.613 172 F 0.005 0.002 0.027 0.022 0.044 0.216 0.028 0.657 173 T 0.072 0.013 0.032 0.038 0.063 0.176 0.109 0.496 174 P 0.170 0.011 0.012 0.013 0.020 0.146 0.121 0.508 175 P 0.014 0.005 0.020 0.012 0.024 0.193 0.049 0.682 176 Q 0.019 0.006 0.015 0.014 0.032 0.159 0.029 0.725 177 T 0.052 0.013 0.022 0.047 0.062 0.170 0.116 0.518 178 P 0.023 0.008 0.021 0.035 0.050 0.135 0.056 0.672 179 T 0.058 0.007 0.027 0.032 0.067 0.137 0.069 0.603 180 K 0.009 0.003 0.023 0.041 0.038 0.155 0.031 0.700 181 T 0.023 0.003 0.020 0.026 0.039 0.107 0.021 0.762 182 R 0.124 0.012 0.026 0.035 0.047 0.118 0.120 0.518 183 P 0.007 0.003 0.025 0.014 0.023 0.142 0.026 0.761 184 G 0.019 0.013 0.034 0.023 0.041 0.138 0.041 0.692 185 S 0.133 0.048 0.028 0.048 0.039 0.129 0.096 0.480 186 P 0.129 0.028 0.032 0.023 0.030 0.115 0.073 0.570 187 Q 0.159 0.032 0.037 0.021 0.041 0.095 0.080 0.536 188 A 0.122 0.008 0.046 0.018 0.056 0.124 0.065 0.561 189 L 0.011 0.005 0.063 0.042 0.073 0.171 0.029 0.606 190 G 0.018 0.004 0.025 0.025 0.058 0.154 0.036 0.681 191 G 0.056 0.009 0.036 0.051 0.057 0.177 0.088 0.527 192 P 0.037 0.009 0.027 0.022 0.037 0.166 0.041 0.659 193 H 0.025 0.006 0.018 0.014 0.024 0.160 0.029 0.724 194 G 0.042 0.020 0.031 0.025 0.043 0.178 0.068 0.592 195 P 0.039 0.011 0.034 0.022 0.034 0.159 0.102 0.599 196 A 0.139 0.021 0.018 0.022 0.028 0.121 0.117 0.533 197 P 0.152 0.013 0.010 0.011 0.019 0.099 0.058 0.638 198 A 0.025 0.008 0.013 0.013 0.023 0.122 0.022 0.774 199 T 0.050 0.017 0.011 0.023 0.045 0.129 0.045 0.679 200 A 0.035 0.010 0.011 0.038 0.046 0.124 0.037 0.700