# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1322 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.053 0.105 0.006 0.016 0.023 0.031 0.132 0.001 0.001 0.003 0.630 2 E 0.021 0.098 0.001 0.012 0.010 0.016 0.133 0.001 0.001 0.001 0.709 3 L 0.069 0.336 0.003 0.023 0.019 0.040 0.083 0.003 0.001 0.001 0.422 4 Q 0.032 0.703 0.004 0.014 0.017 0.029 0.048 0.004 0.001 0.001 0.147 5 K 0.033 0.776 0.005 0.008 0.008 0.014 0.018 0.006 0.001 0.001 0.131 6 A 0.055 0.819 0.006 0.007 0.006 0.012 0.010 0.009 0.001 0.001 0.075 7 E 0.072 0.721 0.005 0.005 0.008 0.013 0.023 0.015 0.001 0.001 0.137 8 Y 0.106 0.609 0.022 0.005 0.008 0.016 0.025 0.023 0.001 0.002 0.185 9 A 0.159 0.515 0.039 0.008 0.012 0.022 0.035 0.026 0.001 0.003 0.180 10 K 0.137 0.305 0.022 0.009 0.015 0.021 0.036 0.025 0.001 0.002 0.426 11 Y 0.156 0.335 0.057 0.013 0.023 0.033 0.031 0.020 0.001 0.004 0.327 12 E 0.081 0.148 0.013 0.016 0.020 0.032 0.103 0.010 0.001 0.004 0.572 13 G 0.142 0.075 0.028 0.016 0.017 0.033 0.075 0.010 0.001 0.008 0.597 14 G 0.229 0.074 0.041 0.022 0.040 0.047 0.074 0.005 0.001 0.007 0.460 15 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.970 16 L 0.037 0.020 0.005 0.024 0.075 0.146 0.069 0.001 0.001 0.002 0.621 17 R 0.153 0.081 0.005 0.041 0.040 0.072 0.128 0.004 0.001 0.013 0.465 18 R 0.232 0.121 0.016 0.034 0.032 0.056 0.075 0.005 0.001 0.008 0.421 19 K 0.159 0.046 0.025 0.031 0.019 0.047 0.065 0.007 0.001 0.005 0.596 20 A 0.165 0.031 0.007 0.016 0.049 0.049 0.071 0.004 0.001 0.003 0.604 21 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 22 Q 0.040 0.004 0.003 0.017 0.024 0.085 0.162 0.001 0.001 0.001 0.664 23 S 0.415 0.017 0.005 0.018 0.007 0.010 0.079 0.001 0.001 0.011 0.437 24 L 0.193 0.054 0.008 0.049 0.048 0.083 0.074 0.001 0.001 0.006 0.485 25 E 0.073 0.038 0.007 0.160 0.056 0.082 0.208 0.002 0.001 0.006 0.368 26 V 0.083 0.074 0.005 0.311 0.052 0.084 0.051 0.002 0.001 0.003 0.334 27 M 0.013 0.091 0.004 0.548 0.110 0.131 0.020 0.002 0.001 0.001 0.080 28 A 0.009 0.057 0.003 0.484 0.093 0.157 0.023 0.003 0.001 0.001 0.171 29 I 0.007 0.027 0.003 0.669 0.072 0.121 0.013 0.002 0.001 0.001 0.085 30 E 0.015 0.041 0.006 0.272 0.103 0.194 0.052 0.004 0.001 0.003 0.309 31 S 0.027 0.018 0.010 0.139 0.144 0.269 0.054 0.004 0.001 0.005 0.330 32 P 0.006 0.001 0.001 0.012 0.010 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 0.921 33 P 0.007 0.001 0.001 0.014 0.005 0.020 0.032 0.001 0.001 0.001 0.920 34 P 0.012 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.969 35 P 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.987 36 E 0.072 0.001 0.001 0.014 0.016 0.019 0.169 0.001 0.001 0.003 0.706 37 P 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.980 38 T 0.035 0.004 0.001 0.024 0.062 0.087 0.157 0.001 0.001 0.002 0.627 39 P 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.980 40 A 0.026 0.006 0.001 0.030 0.025 0.075 0.108 0.001 0.001 0.002 0.727 41 D 0.210 0.007 0.001 0.018 0.017 0.025 0.109 0.001 0.001 0.012 0.599 42 C 0.138 0.016 0.003 0.023 0.013 0.024 0.041 0.001 0.001 0.003 0.738 43 Q 0.058 0.018 0.006 0.033 0.022 0.044 0.296 0.002 0.001 0.008 0.514 44 S 0.244 0.022 0.011 0.036 0.059 0.047 0.138 0.004 0.001 0.021 0.420 45 P 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.975 46 K 0.007 0.004 0.002 0.033 0.020 0.042 0.500 0.001 0.001 0.004 0.388 47 M 0.430 0.016 0.003 0.028 0.031 0.037 0.125 0.001 0.001 0.020 0.307 48 T 0.101 0.139 0.010 0.098 0.170 0.128 0.073 0.004 0.001 0.006 0.271 49 T 0.034 0.029 0.010 0.064 0.106 0.182 0.065 0.002 0.001 0.003 0.505 50 F 0.030 0.035 0.004 0.147 0.124 0.237 0.063 0.003 0.001 0.004 0.354 51 Q 0.030 0.017 0.002 0.071 0.163 0.235 0.113 0.002 0.001 0.007 0.361 52 D 0.033 0.014 0.004 0.077 0.048 0.092 0.115 0.001 0.001 0.006 0.610 53 S 0.052 0.015 0.004 0.020 0.012 0.027 0.152 0.001 0.001 0.007 0.710 54 E 0.076 0.009 0.002 0.010 0.002 0.005 0.487 0.001 0.001 0.009 0.399 55 L 0.492 0.082 0.004 0.005 0.002 0.005 0.255 0.002 0.001 0.008 0.145 56 S 0.142 0.319 0.006 0.005 0.005 0.010 0.216 0.005 0.001 0.003 0.289 57 D 0.005 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.875 58 E 0.009 0.155 0.001 0.001 0.001 0.003 0.370 0.001 0.001 0.001 0.459 59 L 0.078 0.649 0.002 0.002 0.001 0.002 0.168 0.003 0.001 0.001 0.094 60 Q 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 61 A 0.002 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 62 A 0.016 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.006 63 M 0.093 0.806 0.004 0.005 0.003 0.004 0.001 0.061 0.001 0.001 0.023 64 T 0.250 0.459 0.084 0.015 0.003 0.007 0.004 0.118 0.001 0.001 0.058 65 G 0.206 0.116 0.128 0.037 0.009 0.011 0.048 0.061 0.001 0.003 0.380 66 P 0.011 0.003 0.006 0.003 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.959 67 A 0.020 0.007 0.012 0.026 0.012 0.036 0.137 0.001 0.001 0.003 0.746 68 E 0.109 0.012 0.004 0.019 0.009 0.019 0.160 0.001 0.001 0.010 0.657 69 V 0.247 0.053 0.013 0.026 0.007 0.018 0.074 0.003 0.001 0.006 0.552 70 G 0.120 0.035 0.006 0.032 0.018 0.032 0.100 0.002 0.001 0.003 0.654 71 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.992 72 T 0.048 0.012 0.001 0.036 0.024 0.055 0.078 0.001 0.001 0.001 0.743 73 T 0.271 0.027 0.004 0.023 0.010 0.015 0.085 0.003 0.001 0.009 0.554 74 E 0.194 0.050 0.021 0.025 0.011 0.023 0.086 0.004 0.001 0.006 0.579 75 K 0.092 0.020 0.013 0.022 0.021 0.023 0.159 0.002 0.001 0.004 0.644 76 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.992 77 S 0.010 0.003 0.001 0.028 0.014 0.043 0.071 0.001 0.001 0.001 0.829 78 S 0.129 0.013 0.001 0.018 0.012 0.023 0.127 0.001 0.001 0.008 0.668 79 H 0.329 0.034 0.015 0.023 0.022 0.042 0.073 0.004 0.001 0.011 0.447 80 L 0.316 0.037 0.058 0.032 0.020 0.043 0.069 0.005 0.001 0.006 0.414 81 P 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.975 82 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 83 T 0.076 0.003 0.002 0.032 0.054 0.094 0.139 0.001 0.001 0.005 0.594 84 P 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.959 85 R 0.118 0.006 0.004 0.049 0.023 0.057 0.170 0.001 0.001 0.002 0.571 86 A 0.373 0.009 0.003 0.042 0.037 0.066 0.051 0.001 0.001 0.009 0.409 87 T 0.092 0.031 0.001 0.078 0.068 0.084 0.106 0.002 0.001 0.004 0.535 88 T 0.066 0.017 0.005 0.082 0.048 0.085 0.078 0.002 0.001 0.008 0.612 89 R 0.035 0.027 0.004 0.065 0.049 0.094 0.231 0.002 0.001 0.013 0.480 90 Q 0.107 0.026 0.008 0.048 0.048 0.085 0.263 0.003 0.001 0.023 0.389 91 D 0.074 0.030 0.009 0.075 0.071 0.065 0.154 0.004 0.001 0.012 0.506 92 S 0.013 0.010 0.003 0.012 0.013 0.016 0.059 0.001 0.001 0.003 0.871 93 S 0.028 0.011 0.005 0.033 0.025 0.041 0.389 0.001 0.001 0.026 0.442 94 L 0.215 0.019 0.004 0.018 0.020 0.016 0.267 0.002 0.001 0.034 0.405 95 G 0.059 0.084 0.012 0.026 0.033 0.041 0.281 0.002 0.001 0.028 0.433 96 G 0.083 0.030 0.013 0.028 0.052 0.070 0.268 0.002 0.001 0.030 0.425 97 R 0.087 0.077 0.007 0.037 0.063 0.081 0.252 0.002 0.001 0.008 0.385 98 A 0.029 0.053 0.003 0.039 0.098 0.180 0.073 0.001 0.001 0.004 0.519 99 R 0.054 0.084 0.006 0.043 0.144 0.257 0.097 0.003 0.001 0.005 0.307 100 H 0.125 0.103 0.007 0.028 0.055 0.081 0.077 0.005 0.001 0.006 0.513 101 M 0.150 0.062 0.010 0.036 0.119 0.173 0.036 0.005 0.001 0.002 0.408 102 S 0.026 0.025 0.003 0.024 0.042 0.063 0.079 0.002 0.001 0.001 0.734 103 S 0.051 0.027 0.007 0.034 0.102 0.130 0.087 0.003 0.001 0.004 0.557 104 S 0.023 0.024 0.002 0.019 0.028 0.045 0.088 0.001 0.001 0.004 0.764 105 Q 0.081 0.047 0.013 0.024 0.053 0.122 0.171 0.002 0.001 0.024 0.462 106 E 0.117 0.044 0.004 0.041 0.025 0.051 0.202 0.002 0.001 0.013 0.501 107 L 0.168 0.124 0.016 0.034 0.056 0.097 0.094 0.005 0.001 0.011 0.395 108 L 0.144 0.160 0.016 0.079 0.053 0.085 0.086 0.008 0.001 0.010 0.359 109 G 0.130 0.054 0.010 0.052 0.047 0.079 0.096 0.010 0.001 0.011 0.512 110 D 0.188 0.017 0.035 0.040 0.036 0.056 0.044 0.005 0.001 0.006 0.573 111 G 0.026 0.004 0.005 0.026 0.021 0.027 0.065 0.001 0.001 0.001 0.823 112 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.975 113 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.972 114 G 0.054 0.001 0.001 0.018 0.043 0.079 0.059 0.001 0.001 0.002 0.743 115 P 0.031 0.001 0.001 0.005 0.003 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.943 116 S 0.054 0.002 0.001 0.025 0.022 0.056 0.071 0.001 0.001 0.002 0.767 117 S 0.142 0.003 0.002 0.022 0.052 0.039 0.087 0.001 0.001 0.007 0.645 118 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.988 119 M 0.012 0.003 0.001 0.030 0.038 0.102 0.209 0.001 0.001 0.002 0.602 120 S 0.165 0.013 0.003 0.023 0.040 0.055 0.155 0.001 0.001 0.028 0.516 121 R 0.100 0.053 0.004 0.026 0.025 0.029 0.110 0.001 0.001 0.006 0.647 122 S 0.022 0.025 0.004 0.022 0.023 0.035 0.384 0.001 0.001 0.013 0.471 123 Q 0.187 0.023 0.003 0.017 0.018 0.027 0.152 0.001 0.001 0.023 0.548 124 E 0.105 0.103 0.006 0.022 0.026 0.036 0.250 0.002 0.001 0.012 0.437 125 Y 0.067 0.053 0.004 0.026 0.029 0.048 0.193 0.002 0.001 0.005 0.572 126 L 0.116 0.148 0.018 0.031 0.061 0.107 0.086 0.006 0.001 0.007 0.420 127 L 0.105 0.171 0.008 0.045 0.067 0.103 0.099 0.011 0.001 0.006 0.385 128 D 0.122 0.075 0.012 0.046 0.066 0.103 0.076 0.010 0.001 0.007 0.483 129 E 0.108 0.038 0.025 0.033 0.022 0.054 0.056 0.006 0.001 0.007 0.651 130 G 0.032 0.011 0.007 0.020 0.028 0.027 0.398 0.002 0.001 0.007 0.467 131 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.989 132 A 0.013 0.003 0.003 0.024 0.036 0.076 0.099 0.001 0.001 0.001 0.746 133 P 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.985 134 G 0.094 0.003 0.002 0.026 0.014 0.034 0.039 0.001 0.001 0.001 0.787 135 T 0.339 0.006 0.013 0.019 0.021 0.023 0.067 0.001 0.001 0.008 0.504 136 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.986 137 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.980 138 R 0.036 0.003 0.001 0.015 0.017 0.056 0.070 0.001 0.001 0.003 0.801 139 E 0.393 0.013 0.002 0.013 0.012 0.022 0.118 0.001 0.001 0.011 0.416 140 A 0.394 0.027 0.013 0.025 0.011 0.026 0.051 0.002 0.001 0.005 0.446 141 R 0.119 0.039 0.013 0.033 0.126 0.100 0.123 0.003 0.001 0.006 0.437 142 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 143 G 0.030 0.006 0.002 0.046 0.063 0.204 0.099 0.001 0.001 0.002 0.547 144 R 0.307 0.013 0.004 0.019 0.016 0.019 0.094 0.001 0.001 0.012 0.516 145 H 0.100 0.026 0.005 0.033 0.028 0.037 0.088 0.001 0.001 0.003 0.679 146 G 0.070 0.007 0.006 0.036 0.023 0.050 0.069 0.001 0.001 0.005 0.733 147 H 0.113 0.017 0.003 0.050 0.043 0.060 0.134 0.001 0.001 0.007 0.571 148 S 0.037 0.007 0.001 0.027 0.021 0.029 0.087 0.001 0.001 0.003 0.787 149 I 0.058 0.026 0.007 0.051 0.031 0.091 0.095 0.001 0.001 0.005 0.636 150 K 0.024 0.020 0.002 0.055 0.030 0.068 0.308 0.001 0.001 0.006 0.487 151 R 0.152 0.021 0.003 0.028 0.028 0.049 0.076 0.002 0.001 0.007 0.634 152 A 0.224 0.105 0.013 0.062 0.056 0.105 0.097 0.005 0.001 0.010 0.323 153 S 0.155 0.040 0.017 0.052 0.046 0.095 0.101 0.010 0.001 0.008 0.476 154 V 0.167 0.037 0.050 0.076 0.047 0.093 0.048 0.006 0.001 0.005 0.470 155 P 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.973 156 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.990 157 V 0.061 0.002 0.002 0.018 0.044 0.089 0.060 0.001 0.001 0.003 0.721 158 P 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.953 159 G 0.031 0.001 0.001 0.022 0.004 0.012 0.048 0.001 0.001 0.001 0.881 160 K 0.196 0.002 0.002 0.016 0.056 0.029 0.100 0.001 0.001 0.005 0.594 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 162 R 0.015 0.001 0.001 0.064 0.055 0.290 0.119 0.001 0.001 0.001 0.454 163 Q 0.197 0.003 0.001 0.033 0.026 0.048 0.118 0.001 0.001 0.008 0.566 164 V 0.212 0.015 0.005 0.057 0.054 0.111 0.049 0.001 0.001 0.004 0.490 165 L 0.167 0.015 0.030 0.096 0.070 0.154 0.072 0.002 0.001 0.007 0.385 166 P 0.003 0.001 0.001 0.007 0.004 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.972 167 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.987 168 G 0.100 0.003 0.001 0.038 0.031 0.068 0.087 0.001 0.001 0.004 0.668 169 T 0.276 0.011 0.003 0.032 0.014 0.023 0.099 0.001 0.001 0.008 0.533 170 S 0.108 0.020 0.006 0.058 0.031 0.056 0.087 0.001 0.001 0.004 0.629 171 H 0.033 0.008 0.002 0.041 0.025 0.053 0.118 0.001 0.001 0.005 0.715 172 F 0.117 0.017 0.004 0.042 0.034 0.081 0.161 0.002 0.001 0.018 0.522 173 T 0.151 0.034 0.014 0.040 0.042 0.081 0.100 0.004 0.001 0.012 0.523 174 P 0.009 0.002 0.001 0.008 0.007 0.012 0.015 0.001 0.001 0.001 0.946 175 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.982 176 Q 0.085 0.006 0.002 0.021 0.021 0.049 0.079 0.001 0.001 0.004 0.733 177 T 0.336 0.016 0.005 0.014 0.025 0.025 0.070 0.002 0.001 0.009 0.500 178 P 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.981 179 T 0.017 0.003 0.002 0.028 0.042 0.090 0.103 0.001 0.001 0.002 0.713 180 K 0.159 0.011 0.002 0.022 0.033 0.059 0.081 0.001 0.001 0.014 0.620 181 T 0.068 0.017 0.008 0.027 0.033 0.065 0.119 0.001 0.001 0.007 0.653 182 R 0.091 0.007 0.007 0.025 0.067 0.060 0.095 0.002 0.001 0.005 0.642 183 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.990 184 G 0.019 0.001 0.001 0.038 0.016 0.051 0.100 0.001 0.001 0.001 0.773 185 S 0.191 0.004 0.002 0.014 0.029 0.012 0.141 0.001 0.001 0.009 0.597 186 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 187 Q 0.007 0.001 0.001 0.034 0.041 0.169 0.380 0.001 0.001 0.003 0.365 188 A 0.425 0.006 0.001 0.011 0.016 0.024 0.071 0.001 0.001 0.015 0.430 189 L 0.207 0.112 0.007 0.072 0.052 0.091 0.076 0.003 0.001 0.006 0.373 190 G 0.130 0.038 0.034 0.070 0.045 0.101 0.109 0.005 0.001 0.014 0.454 191 G 0.122 0.018 0.004 0.051 0.051 0.047 0.052 0.003 0.001 0.003 0.649 192 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 193 H 0.019 0.002 0.003 0.041 0.034 0.131 0.081 0.001 0.001 0.001 0.687 194 G 0.094 0.006 0.003 0.027 0.024 0.032 0.100 0.001 0.001 0.008 0.708 195 P 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.984 196 A 0.030 0.002 0.001 0.026 0.033 0.062 0.096 0.001 0.001 0.001 0.749 197 P 0.015 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.972 198 A 0.084 0.012 0.001 0.035 0.022 0.060 0.096 0.001 0.001 0.002 0.687 199 T 0.181 0.012 0.003 0.019 0.015 0.020 0.160 0.001 0.001 0.010 0.580 200 A 0.163 0.024 0.003 0.014 0.013 0.021 0.041 0.001 0.001 0.003 0.717