# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1322 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.223 0.311 0.227 0.035 0.138 0.018 0.014 0.007 0.016 0.009 0.001 2 E 0.353 0.204 0.303 0.031 0.016 0.063 0.013 0.001 0.013 0.001 0.002 3 L 0.373 0.302 0.163 0.066 0.030 0.039 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 4 Q 0.549 0.224 0.125 0.026 0.032 0.018 0.007 0.002 0.015 0.002 0.001 5 K 0.512 0.176 0.186 0.045 0.020 0.034 0.010 0.001 0.013 0.001 0.002 6 A 0.642 0.117 0.107 0.052 0.036 0.019 0.005 0.002 0.016 0.002 0.001 7 E 0.831 0.039 0.069 0.045 0.004 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 8 Y 0.693 0.052 0.046 0.154 0.016 0.010 0.016 0.003 0.008 0.001 0.001 9 A 0.594 0.070 0.113 0.130 0.031 0.013 0.025 0.005 0.015 0.003 0.001 10 K 0.552 0.085 0.185 0.100 0.018 0.017 0.019 0.007 0.009 0.003 0.003 11 Y 0.378 0.188 0.199 0.141 0.027 0.026 0.011 0.003 0.024 0.002 0.002 12 E 0.295 0.143 0.212 0.257 0.011 0.016 0.037 0.002 0.021 0.002 0.003 13 G 0.070 0.021 0.094 0.092 0.064 0.014 0.200 0.288 0.010 0.145 0.002 14 G 0.054 0.024 0.268 0.016 0.148 0.010 0.024 0.097 0.012 0.345 0.002 15 P 0.617 0.018 0.285 0.028 0.007 0.021 0.002 0.001 0.003 0.004 0.013 16 L 0.638 0.100 0.106 0.113 0.015 0.015 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 17 R 0.741 0.101 0.079 0.039 0.012 0.008 0.006 0.003 0.007 0.002 0.001 18 R 0.555 0.142 0.091 0.146 0.020 0.016 0.014 0.001 0.013 0.001 0.002 19 K 0.392 0.130 0.281 0.107 0.017 0.026 0.018 0.002 0.023 0.002 0.003 20 A 0.054 0.075 0.553 0.007 0.027 0.020 0.008 0.001 0.245 0.010 0.001 21 P 0.552 0.001 0.387 0.023 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 22 Q 0.419 0.052 0.111 0.218 0.032 0.018 0.061 0.071 0.012 0.005 0.001 23 S 0.397 0.134 0.300 0.100 0.021 0.022 0.010 0.003 0.012 0.002 0.001 24 L 0.462 0.157 0.203 0.132 0.008 0.023 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 25 E 0.312 0.447 0.102 0.043 0.053 0.017 0.014 0.001 0.011 0.001 0.001 26 V 0.156 0.568 0.189 0.019 0.023 0.031 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 27 M 0.131 0.618 0.123 0.035 0.059 0.016 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 28 A 0.039 0.555 0.155 0.019 0.184 0.019 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 29 I 0.068 0.736 0.096 0.018 0.018 0.036 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 30 E 0.121 0.469 0.232 0.076 0.025 0.024 0.016 0.001 0.032 0.001 0.004 31 S 0.011 0.180 0.256 0.007 0.030 0.017 0.035 0.001 0.458 0.004 0.002 32 P 0.038 0.003 0.847 0.005 0.002 0.010 0.003 0.001 0.005 0.004 0.083 33 P 0.028 0.015 0.880 0.011 0.006 0.020 0.003 0.001 0.022 0.008 0.006 34 P 0.005 0.002 0.940 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 0.007 0.002 0.012 35 P 0.058 0.007 0.814 0.024 0.001 0.057 0.002 0.001 0.002 0.002 0.033 36 E 0.004 0.110 0.638 0.003 0.024 0.061 0.003 0.001 0.149 0.005 0.001 37 P 0.063 0.004 0.791 0.011 0.001 0.039 0.001 0.001 0.002 0.001 0.089 38 T 0.014 0.185 0.478 0.007 0.035 0.038 0.003 0.001 0.235 0.003 0.001 39 P 0.293 0.006 0.612 0.022 0.003 0.018 0.001 0.001 0.003 0.003 0.039 40 A 0.388 0.092 0.271 0.125 0.040 0.022 0.014 0.022 0.014 0.008 0.004 41 D 0.172 0.118 0.272 0.227 0.065 0.049 0.026 0.013 0.045 0.010 0.003 42 C 0.363 0.079 0.295 0.142 0.026 0.027 0.029 0.006 0.017 0.006 0.010 43 Q 0.280 0.121 0.200 0.262 0.048 0.029 0.023 0.013 0.014 0.008 0.003 44 S 0.034 0.162 0.418 0.011 0.045 0.021 0.012 0.001 0.291 0.004 0.001 45 P 0.608 0.003 0.333 0.018 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 46 K 0.533 0.106 0.110 0.149 0.036 0.015 0.023 0.015 0.012 0.002 0.001 47 M 0.299 0.240 0.280 0.088 0.030 0.029 0.015 0.001 0.016 0.001 0.001 48 T 0.375 0.302 0.173 0.053 0.031 0.034 0.012 0.002 0.016 0.001 0.001 49 T 0.266 0.333 0.207 0.066 0.051 0.038 0.014 0.001 0.021 0.001 0.001 50 F 0.282 0.226 0.164 0.132 0.093 0.055 0.016 0.004 0.023 0.002 0.002 51 Q 0.232 0.329 0.176 0.104 0.091 0.029 0.006 0.001 0.030 0.002 0.001 52 D 0.350 0.090 0.262 0.095 0.022 0.111 0.039 0.004 0.019 0.005 0.003 53 S 0.810 0.032 0.045 0.066 0.019 0.008 0.009 0.004 0.004 0.003 0.001 54 E 0.871 0.016 0.019 0.083 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.548 0.037 0.038 0.326 0.021 0.014 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 56 S 0.908 0.007 0.042 0.027 0.002 0.004 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 57 D 0.988 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 E 0.987 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 Q 0.988 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.977 0.004 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.926 0.008 0.020 0.039 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 63 M 0.538 0.044 0.070 0.289 0.006 0.016 0.017 0.003 0.014 0.001 0.001 64 T 0.221 0.054 0.111 0.384 0.018 0.015 0.168 0.007 0.015 0.006 0.002 65 G 0.053 0.025 0.263 0.023 0.113 0.017 0.031 0.109 0.040 0.323 0.002 66 P 0.363 0.013 0.513 0.039 0.004 0.017 0.004 0.001 0.004 0.004 0.038 67 A 0.304 0.118 0.327 0.114 0.055 0.018 0.020 0.016 0.017 0.008 0.003 68 E 0.325 0.160 0.308 0.080 0.026 0.044 0.019 0.007 0.021 0.005 0.006 69 V 0.190 0.255 0.273 0.200 0.020 0.019 0.015 0.001 0.023 0.001 0.003 70 G 0.036 0.066 0.394 0.009 0.144 0.033 0.027 0.022 0.091 0.174 0.003 71 P 0.448 0.009 0.451 0.032 0.005 0.010 0.002 0.001 0.002 0.004 0.035 72 T 0.378 0.165 0.212 0.136 0.046 0.016 0.013 0.011 0.019 0.003 0.002 73 T 0.291 0.216 0.284 0.117 0.033 0.022 0.012 0.002 0.020 0.001 0.003 74 E 0.173 0.264 0.287 0.164 0.025 0.037 0.022 0.002 0.020 0.001 0.003 75 K 0.017 0.279 0.400 0.004 0.067 0.019 0.004 0.001 0.206 0.004 0.001 76 P 0.139 0.003 0.746 0.009 0.002 0.027 0.001 0.001 0.002 0.003 0.069 77 S 0.472 0.091 0.208 0.115 0.024 0.018 0.021 0.025 0.016 0.006 0.003 78 S 0.389 0.131 0.169 0.195 0.034 0.016 0.028 0.011 0.017 0.006 0.004 79 H 0.089 0.140 0.191 0.425 0.035 0.043 0.044 0.006 0.018 0.002 0.007 80 L 0.013 0.295 0.388 0.010 0.050 0.013 0.009 0.001 0.217 0.004 0.001 81 P 0.007 0.003 0.936 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.010 0.003 0.018 82 P 0.214 0.006 0.673 0.044 0.002 0.022 0.002 0.001 0.002 0.002 0.032 83 T 0.012 0.196 0.532 0.008 0.047 0.014 0.003 0.001 0.185 0.003 0.001 84 P 0.157 0.007 0.726 0.015 0.002 0.025 0.001 0.001 0.002 0.002 0.063 85 R 0.127 0.302 0.245 0.127 0.083 0.030 0.026 0.015 0.041 0.004 0.002 86 A 0.182 0.217 0.364 0.071 0.087 0.026 0.010 0.007 0.021 0.011 0.004 87 T 0.154 0.254 0.256 0.129 0.088 0.047 0.016 0.006 0.040 0.005 0.004 88 T 0.170 0.276 0.265 0.134 0.072 0.027 0.019 0.004 0.026 0.003 0.003 89 R 0.177 0.245 0.222 0.116 0.108 0.037 0.034 0.014 0.031 0.011 0.003 90 Q 0.151 0.223 0.299 0.151 0.068 0.031 0.032 0.006 0.030 0.006 0.004 91 D 0.127 0.188 0.341 0.079 0.060 0.058 0.051 0.013 0.061 0.017 0.005 92 S 0.347 0.088 0.343 0.088 0.035 0.023 0.023 0.009 0.015 0.020 0.009 93 S 0.346 0.107 0.229 0.129 0.052 0.022 0.033 0.026 0.020 0.031 0.006 94 L 0.254 0.129 0.216 0.227 0.034 0.024 0.058 0.012 0.028 0.010 0.006 95 G 0.114 0.041 0.149 0.095 0.118 0.009 0.137 0.166 0.014 0.152 0.005 96 G 0.100 0.021 0.102 0.034 0.123 0.010 0.028 0.305 0.005 0.267 0.005 97 R 0.264 0.219 0.246 0.157 0.048 0.023 0.011 0.003 0.022 0.003 0.004 98 A 0.303 0.224 0.242 0.079 0.075 0.021 0.017 0.007 0.021 0.006 0.004 99 R 0.356 0.252 0.181 0.102 0.052 0.017 0.015 0.004 0.016 0.003 0.002 100 H 0.161 0.253 0.230 0.175 0.061 0.036 0.044 0.006 0.028 0.003 0.003 101 M 0.089 0.314 0.368 0.062 0.083 0.028 0.017 0.004 0.028 0.006 0.002 102 S 0.146 0.181 0.392 0.097 0.038 0.054 0.051 0.008 0.020 0.008 0.006 103 S 0.095 0.289 0.321 0.062 0.150 0.028 0.011 0.007 0.027 0.009 0.001 104 S 0.265 0.170 0.363 0.062 0.032 0.060 0.014 0.003 0.022 0.004 0.006 105 Q 0.358 0.245 0.203 0.091 0.048 0.022 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 106 E 0.515 0.198 0.183 0.048 0.014 0.016 0.009 0.001 0.012 0.001 0.002 107 L 0.428 0.175 0.157 0.121 0.038 0.032 0.012 0.003 0.030 0.002 0.002 108 L 0.302 0.140 0.258 0.201 0.015 0.009 0.044 0.002 0.021 0.002 0.005 109 G 0.076 0.019 0.048 0.033 0.083 0.008 0.072 0.390 0.009 0.260 0.004 110 D 0.090 0.108 0.351 0.248 0.019 0.027 0.099 0.007 0.027 0.005 0.020 111 G 0.026 0.056 0.471 0.023 0.111 0.017 0.021 0.041 0.064 0.164 0.008 112 P 0.024 0.010 0.885 0.003 0.004 0.016 0.002 0.001 0.026 0.009 0.022 113 P 0.133 0.004 0.743 0.029 0.001 0.018 0.002 0.001 0.002 0.002 0.065 114 G 0.026 0.063 0.560 0.018 0.103 0.023 0.008 0.027 0.084 0.086 0.001 115 P 0.157 0.008 0.682 0.025 0.003 0.020 0.002 0.001 0.003 0.005 0.094 116 S 0.093 0.167 0.326 0.215 0.045 0.068 0.028 0.021 0.026 0.005 0.006 117 S 0.014 0.190 0.457 0.007 0.102 0.020 0.005 0.001 0.189 0.015 0.001 118 P 0.216 0.006 0.653 0.013 0.003 0.018 0.001 0.001 0.002 0.004 0.085 119 M 0.177 0.207 0.286 0.168 0.067 0.037 0.018 0.012 0.023 0.003 0.002 120 S 0.195 0.213 0.287 0.100 0.101 0.024 0.016 0.009 0.040 0.012 0.002 121 R 0.356 0.115 0.225 0.175 0.032 0.031 0.030 0.008 0.015 0.007 0.006 122 S 0.232 0.136 0.149 0.254 0.084 0.035 0.056 0.024 0.020 0.008 0.002 123 Q 0.303 0.185 0.249 0.129 0.045 0.027 0.027 0.004 0.027 0.003 0.002 124 E 0.376 0.235 0.251 0.076 0.016 0.020 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 125 Y 0.315 0.189 0.275 0.095 0.040 0.044 0.015 0.003 0.021 0.003 0.002 126 L 0.402 0.168 0.233 0.095 0.032 0.032 0.012 0.002 0.020 0.002 0.002 127 L 0.322 0.215 0.218 0.145 0.036 0.020 0.016 0.004 0.018 0.003 0.002 128 D 0.167 0.149 0.223 0.155 0.065 0.064 0.071 0.018 0.060 0.019 0.008 129 E 0.187 0.104 0.259 0.330 0.012 0.012 0.054 0.003 0.026 0.003 0.010 130 G 0.011 0.027 0.238 0.004 0.110 0.015 0.064 0.051 0.134 0.344 0.003 131 P 0.154 0.002 0.690 0.016 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.127 132 A 0.038 0.103 0.665 0.013 0.027 0.019 0.006 0.003 0.115 0.008 0.003 133 P 0.091 0.007 0.750 0.034 0.003 0.013 0.005 0.001 0.004 0.005 0.088 134 G 0.015 0.015 0.142 0.036 0.020 0.059 0.147 0.509 0.006 0.040 0.012 135 T 0.005 0.330 0.495 0.007 0.067 0.012 0.001 0.001 0.078 0.004 0.001 136 P 0.002 0.003 0.926 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 0.014 0.003 0.014 137 P 0.142 0.004 0.760 0.013 0.002 0.035 0.001 0.001 0.002 0.002 0.041 138 R 0.362 0.153 0.299 0.092 0.024 0.018 0.011 0.013 0.022 0.004 0.002 139 E 0.137 0.285 0.355 0.096 0.048 0.028 0.013 0.002 0.031 0.002 0.005 140 A 0.088 0.246 0.401 0.111 0.055 0.041 0.017 0.006 0.023 0.003 0.009 141 R 0.012 0.334 0.349 0.004 0.075 0.015 0.003 0.001 0.204 0.004 0.001 142 P 0.079 0.007 0.803 0.013 0.002 0.027 0.002 0.001 0.003 0.003 0.061 143 G 0.119 0.064 0.277 0.060 0.106 0.036 0.032 0.210 0.020 0.073 0.003 144 R 0.262 0.166 0.337 0.137 0.030 0.020 0.012 0.004 0.021 0.006 0.005 145 H 0.105 0.193 0.281 0.172 0.096 0.033 0.054 0.017 0.027 0.016 0.005 146 G 0.146 0.082 0.196 0.101 0.140 0.031 0.082 0.135 0.013 0.067 0.007 147 H 0.089 0.320 0.290 0.122 0.113 0.020 0.012 0.004 0.026 0.003 0.001 148 S 0.161 0.236 0.381 0.061 0.051 0.058 0.012 0.003 0.028 0.004 0.004 149 I 0.323 0.231 0.234 0.131 0.033 0.020 0.006 0.001 0.017 0.001 0.002 150 K 0.365 0.208 0.241 0.059 0.038 0.030 0.022 0.005 0.024 0.005 0.003 151 R 0.409 0.166 0.205 0.117 0.028 0.018 0.028 0.003 0.020 0.002 0.004 152 A 0.353 0.212 0.242 0.065 0.040 0.015 0.035 0.009 0.018 0.006 0.004 153 S 0.160 0.167 0.275 0.228 0.029 0.045 0.057 0.007 0.018 0.002 0.012 154 V 0.014 0.365 0.371 0.014 0.057 0.010 0.004 0.001 0.162 0.002 0.001 155 P 0.007 0.006 0.891 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.032 0.005 0.025 156 P 0.157 0.002 0.717 0.021 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 157 V 0.017 0.214 0.484 0.012 0.036 0.014 0.003 0.001 0.215 0.004 0.001 158 P 0.021 0.003 0.859 0.009 0.001 0.019 0.003 0.001 0.003 0.002 0.080 159 G 0.025 0.020 0.224 0.030 0.023 0.071 0.058 0.479 0.005 0.057 0.007 160 K 0.005 0.265 0.468 0.003 0.068 0.013 0.001 0.001 0.169 0.007 0.001 161 P 0.086 0.002 0.745 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 162 R 0.384 0.177 0.176 0.125 0.036 0.027 0.026 0.029 0.016 0.002 0.002 163 Q 0.226 0.350 0.253 0.087 0.034 0.017 0.008 0.002 0.021 0.001 0.002 164 V 0.106 0.347 0.282 0.183 0.018 0.034 0.007 0.001 0.020 0.001 0.003 165 L 0.017 0.336 0.436 0.007 0.044 0.019 0.004 0.001 0.134 0.002 0.001 166 P 0.021 0.007 0.893 0.002 0.005 0.035 0.001 0.001 0.017 0.007 0.013 167 P 0.252 0.010 0.637 0.047 0.004 0.017 0.004 0.001 0.004 0.003 0.020 168 G 0.170 0.044 0.209 0.080 0.086 0.030 0.044 0.245 0.016 0.073 0.003 169 T 0.123 0.221 0.297 0.178 0.092 0.027 0.015 0.007 0.030 0.007 0.003 170 S 0.192 0.143 0.266 0.142 0.098 0.040 0.024 0.026 0.023 0.035 0.011 171 H 0.214 0.108 0.149 0.314 0.063 0.038 0.055 0.022 0.019 0.010 0.007 172 F 0.154 0.181 0.196 0.287 0.057 0.025 0.054 0.008 0.030 0.003 0.005 173 T 0.028 0.244 0.489 0.013 0.037 0.018 0.016 0.001 0.147 0.004 0.002 174 P 0.055 0.011 0.866 0.006 0.006 0.015 0.001 0.001 0.013 0.008 0.017 175 P 0.307 0.021 0.576 0.033 0.005 0.017 0.007 0.001 0.006 0.003 0.024 176 Q 0.184 0.105 0.411 0.129 0.030 0.044 0.043 0.029 0.016 0.006 0.004 177 T 0.021 0.245 0.517 0.006 0.069 0.019 0.004 0.001 0.108 0.009 0.001 178 P 0.188 0.007 0.664 0.012 0.003 0.037 0.001 0.001 0.002 0.004 0.081 179 T 0.215 0.275 0.191 0.183 0.053 0.026 0.013 0.009 0.032 0.002 0.001 180 K 0.212 0.232 0.308 0.086 0.045 0.047 0.026 0.006 0.029 0.004 0.007 181 T 0.134 0.273 0.327 0.173 0.031 0.024 0.011 0.002 0.019 0.001 0.004 182 R 0.011 0.223 0.371 0.004 0.048 0.016 0.005 0.001 0.314 0.007 0.001 183 P 0.112 0.004 0.750 0.016 0.002 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.098 184 G 0.088 0.038 0.207 0.085 0.052 0.031 0.073 0.372 0.007 0.044 0.003 185 S 0.017 0.236 0.507 0.008 0.070 0.012 0.003 0.001 0.140 0.007 0.001 186 P 0.217 0.007 0.627 0.011 0.002 0.027 0.001 0.001 0.002 0.003 0.102 187 Q 0.251 0.201 0.205 0.176 0.073 0.034 0.017 0.018 0.019 0.003 0.002 188 A 0.295 0.265 0.233 0.084 0.048 0.016 0.008 0.006 0.038 0.006 0.002 189 L 0.238 0.234 0.243 0.184 0.016 0.019 0.032 0.001 0.024 0.001 0.008 190 G 0.086 0.056 0.138 0.106 0.145 0.019 0.147 0.175 0.018 0.103 0.006 191 G 0.025 0.055 0.395 0.014 0.177 0.010 0.012 0.035 0.055 0.218 0.003 192 P 0.335 0.015 0.434 0.028 0.004 0.013 0.003 0.001 0.004 0.005 0.159 193 H 0.095 0.206 0.272 0.286 0.037 0.015 0.045 0.007 0.033 0.001 0.003 194 G 0.017 0.057 0.374 0.009 0.153 0.018 0.029 0.048 0.058 0.233 0.004 195 P 0.073 0.012 0.806 0.014 0.003 0.020 0.002 0.001 0.003 0.004 0.062 196 A 0.021 0.131 0.649 0.008 0.046 0.043 0.004 0.001 0.087 0.008 0.002 197 P 0.176 0.012 0.727 0.019 0.005 0.023 0.001 0.001 0.004 0.004 0.029 198 A 0.327 0.125 0.298 0.117 0.031 0.037 0.018 0.020 0.015 0.007 0.004 199 T 0.102 0.226 0.305 0.157 0.083 0.047 0.023 0.005 0.046 0.005 0.002 200 A 0.258 0.166 0.404 0.060 0.041 0.026 0.011 0.004 0.019 0.006 0.005