# TARGET T0500 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0500.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1322 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.063 0.147 0.027 0.008 0.177 0.012 0.022 0.418 0.083 0.024 0.018 2 E 0.085 0.115 0.031 0.005 0.156 0.006 0.032 0.476 0.049 0.019 0.027 3 L 0.101 0.034 0.008 0.004 0.069 0.004 0.012 0.638 0.075 0.032 0.024 4 Q 0.017 0.064 0.015 0.008 0.047 0.013 0.030 0.699 0.083 0.015 0.007 5 K 0.060 0.034 0.009 0.003 0.062 0.004 0.027 0.671 0.076 0.042 0.015 6 A 0.033 0.040 0.010 0.004 0.059 0.006 0.024 0.677 0.115 0.022 0.010 7 E 0.015 0.031 0.013 0.007 0.020 0.013 0.058 0.689 0.118 0.027 0.008 8 Y 0.029 0.024 0.008 0.005 0.028 0.007 0.037 0.585 0.134 0.121 0.021 9 A 0.030 0.156 0.026 0.011 0.117 0.014 0.034 0.414 0.117 0.061 0.019 10 K 0.089 0.065 0.041 0.013 0.104 0.015 0.058 0.339 0.129 0.093 0.054 11 Y 0.066 0.106 0.068 0.022 0.103 0.029 0.075 0.301 0.095 0.095 0.042 12 E 0.039 0.211 0.092 0.048 0.074 0.066 0.138 0.131 0.055 0.113 0.034 13 G 0.042 0.098 0.080 0.162 0.047 0.035 0.040 0.074 0.055 0.291 0.076 14 G 0.018 0.212 0.455 0.147 0.046 0.012 0.008 0.029 0.021 0.038 0.015 15 P 0.069 0.265 0.094 0.010 0.165 0.011 0.034 0.191 0.113 0.025 0.024 16 L 0.081 0.127 0.038 0.013 0.110 0.027 0.043 0.261 0.182 0.081 0.037 17 R 0.069 0.130 0.048 0.018 0.128 0.034 0.057 0.266 0.146 0.068 0.037 18 R 0.093 0.097 0.044 0.014 0.157 0.025 0.059 0.206 0.116 0.153 0.036 19 K 0.098 0.157 0.104 0.026 0.135 0.020 0.063 0.119 0.075 0.157 0.046 20 A 0.053 0.349 0.296 0.021 0.124 0.008 0.011 0.043 0.031 0.025 0.039 21 P 0.033 0.266 0.101 0.020 0.072 0.019 0.070 0.270 0.108 0.026 0.017 22 Q 0.028 0.076 0.058 0.016 0.035 0.025 0.065 0.267 0.176 0.216 0.037 23 S 0.090 0.182 0.024 0.005 0.238 0.006 0.020 0.251 0.109 0.048 0.026 24 L 0.056 0.076 0.024 0.008 0.114 0.017 0.025 0.424 0.201 0.038 0.018 25 E 0.076 0.055 0.017 0.011 0.119 0.018 0.110 0.412 0.098 0.061 0.023 26 V 0.263 0.074 0.009 0.007 0.277 0.007 0.024 0.173 0.046 0.079 0.042 27 M 0.149 0.190 0.014 0.008 0.368 0.011 0.041 0.136 0.038 0.020 0.026 28 A 0.212 0.100 0.035 0.008 0.323 0.011 0.020 0.102 0.052 0.051 0.086 29 I 0.121 0.177 0.027 0.014 0.272 0.020 0.042 0.108 0.104 0.069 0.046 30 E 0.090 0.150 0.061 0.026 0.180 0.032 0.109 0.076 0.099 0.124 0.052 31 S 0.053 0.299 0.244 0.040 0.147 0.010 0.033 0.021 0.039 0.074 0.041 32 P 0.038 0.293 0.438 0.047 0.097 0.004 0.015 0.011 0.019 0.023 0.014 33 P 0.023 0.361 0.369 0.053 0.061 0.010 0.034 0.017 0.042 0.018 0.011 34 P 0.015 0.384 0.414 0.034 0.063 0.006 0.023 0.019 0.027 0.008 0.007 35 P 0.023 0.082 0.046 0.028 0.039 0.037 0.239 0.186 0.219 0.081 0.022 36 E 0.033 0.228 0.232 0.026 0.109 0.011 0.029 0.051 0.077 0.167 0.036 37 P 0.073 0.270 0.137 0.022 0.145 0.013 0.054 0.081 0.076 0.096 0.035 38 T 0.030 0.336 0.418 0.019 0.098 0.006 0.009 0.024 0.020 0.019 0.021 39 P 0.056 0.197 0.061 0.017 0.101 0.015 0.055 0.220 0.204 0.052 0.022 40 A 0.048 0.095 0.063 0.023 0.071 0.034 0.081 0.179 0.227 0.146 0.035 41 D 0.077 0.139 0.057 0.021 0.169 0.025 0.053 0.123 0.108 0.184 0.045 42 C 0.136 0.083 0.039 0.013 0.180 0.015 0.050 0.135 0.132 0.163 0.055 43 Q 0.060 0.217 0.121 0.065 0.129 0.041 0.068 0.072 0.074 0.116 0.037 44 S 0.096 0.263 0.291 0.035 0.203 0.008 0.009 0.022 0.017 0.022 0.034 45 P 0.131 0.194 0.032 0.009 0.257 0.018 0.049 0.139 0.105 0.037 0.029 46 K 0.131 0.137 0.044 0.014 0.255 0.034 0.088 0.108 0.061 0.078 0.052 47 M 0.269 0.117 0.022 0.010 0.365 0.009 0.016 0.051 0.035 0.052 0.055 48 T 0.138 0.154 0.057 0.030 0.277 0.040 0.053 0.087 0.059 0.054 0.051 49 T 0.146 0.207 0.087 0.011 0.318 0.012 0.021 0.053 0.027 0.032 0.086 50 F 0.180 0.189 0.033 0.008 0.228 0.012 0.026 0.101 0.042 0.089 0.092 51 Q 0.045 0.375 0.133 0.020 0.146 0.029 0.039 0.072 0.039 0.068 0.033 52 D 0.178 0.211 0.048 0.009 0.363 0.004 0.007 0.080 0.038 0.028 0.034 53 S 0.007 0.014 0.005 0.002 0.014 0.005 0.010 0.385 0.531 0.021 0.006 54 E 0.006 0.018 0.008 0.002 0.010 0.006 0.085 0.665 0.136 0.058 0.005 55 L 0.014 0.046 0.023 0.005 0.012 0.005 0.009 0.147 0.059 0.663 0.017 56 S 0.031 0.338 0.057 0.021 0.109 0.009 0.013 0.364 0.036 0.012 0.011 57 D 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.008 0.863 0.109 0.005 0.001 58 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.912 0.054 0.021 0.001 59 L 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.920 0.057 0.012 0.001 60 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.919 0.071 0.001 0.001 61 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.888 0.073 0.017 0.001 62 A 0.012 0.005 0.004 0.002 0.014 0.002 0.076 0.777 0.066 0.041 0.002 63 M 0.054 0.024 0.012 0.006 0.043 0.010 0.092 0.554 0.108 0.074 0.022 64 T 0.022 0.163 0.086 0.064 0.048 0.063 0.125 0.166 0.107 0.132 0.024 65 G 0.026 0.109 0.324 0.213 0.044 0.021 0.015 0.041 0.040 0.126 0.041 66 P 0.068 0.109 0.069 0.024 0.084 0.020 0.063 0.176 0.235 0.111 0.041 67 A 0.039 0.217 0.064 0.022 0.117 0.030 0.072 0.166 0.152 0.087 0.033 68 E 0.102 0.099 0.051 0.021 0.140 0.027 0.067 0.143 0.103 0.175 0.072 69 V 0.098 0.152 0.090 0.038 0.152 0.030 0.055 0.092 0.073 0.169 0.052 70 G 0.051 0.249 0.291 0.111 0.114 0.021 0.020 0.041 0.033 0.041 0.026 71 P 0.079 0.217 0.111 0.034 0.146 0.021 0.051 0.121 0.120 0.066 0.035 72 T 0.069 0.224 0.092 0.027 0.149 0.025 0.048 0.108 0.120 0.100 0.037 73 T 0.086 0.220 0.090 0.024 0.190 0.021 0.057 0.101 0.092 0.078 0.041 74 E 0.084 0.218 0.138 0.029 0.168 0.017 0.048 0.077 0.062 0.114 0.046 75 K 0.045 0.347 0.321 0.028 0.123 0.008 0.019 0.029 0.023 0.031 0.025 76 P 0.054 0.407 0.246 0.021 0.126 0.008 0.017 0.042 0.037 0.019 0.023 77 S 0.052 0.168 0.055 0.020 0.094 0.033 0.084 0.209 0.207 0.053 0.026 78 S 0.048 0.111 0.044 0.017 0.104 0.025 0.090 0.149 0.225 0.153 0.033 79 H 0.095 0.109 0.057 0.024 0.149 0.014 0.051 0.061 0.091 0.300 0.048 80 L 0.037 0.318 0.352 0.051 0.107 0.011 0.021 0.017 0.024 0.034 0.026 81 P 0.031 0.370 0.400 0.030 0.098 0.004 0.013 0.016 0.016 0.011 0.010 82 P 0.050 0.239 0.168 0.044 0.087 0.031 0.124 0.075 0.095 0.062 0.024 83 T 0.034 0.345 0.392 0.027 0.113 0.006 0.011 0.022 0.021 0.013 0.016 84 P 0.038 0.073 0.027 0.013 0.062 0.031 0.124 0.282 0.249 0.075 0.026 85 R 0.080 0.131 0.068 0.012 0.181 0.019 0.045 0.100 0.102 0.204 0.057 86 A 0.140 0.184 0.048 0.014 0.223 0.016 0.039 0.087 0.079 0.115 0.055 87 T 0.119 0.224 0.154 0.027 0.229 0.019 0.024 0.055 0.040 0.052 0.056 88 T 0.119 0.155 0.054 0.025 0.185 0.029 0.047 0.126 0.116 0.095 0.049 89 R 0.133 0.154 0.065 0.021 0.239 0.022 0.049 0.103 0.076 0.092 0.046 90 Q 0.097 0.120 0.067 0.038 0.149 0.042 0.072 0.109 0.081 0.163 0.062 91 D 0.093 0.242 0.190 0.031 0.256 0.011 0.012 0.044 0.034 0.039 0.049 92 S 0.068 0.095 0.033 0.018 0.114 0.021 0.050 0.236 0.235 0.100 0.031 93 S 0.078 0.119 0.121 0.036 0.115 0.028 0.053 0.169 0.104 0.129 0.049 94 L 0.070 0.108 0.060 0.041 0.094 0.050 0.086 0.209 0.092 0.143 0.049 95 G 0.036 0.141 0.128 0.163 0.062 0.068 0.063 0.109 0.058 0.131 0.042 96 G 0.041 0.104 0.188 0.172 0.054 0.035 0.022 0.098 0.062 0.175 0.049 97 R 0.085 0.142 0.062 0.016 0.139 0.018 0.038 0.214 0.138 0.105 0.042 98 A 0.098 0.163 0.052 0.019 0.171 0.024 0.028 0.196 0.130 0.074 0.043 99 R 0.090 0.128 0.053 0.022 0.156 0.031 0.071 0.220 0.113 0.076 0.040 100 H 0.130 0.093 0.054 0.018 0.152 0.024 0.047 0.112 0.079 0.222 0.071 101 M 0.067 0.359 0.129 0.026 0.195 0.017 0.032 0.068 0.039 0.039 0.030 102 S 0.107 0.173 0.100 0.037 0.134 0.025 0.038 0.117 0.081 0.124 0.062 103 S 0.061 0.344 0.119 0.019 0.183 0.015 0.029 0.099 0.062 0.043 0.027 104 S 0.125 0.168 0.050 0.010 0.235 0.014 0.027 0.183 0.093 0.058 0.039 105 Q 0.080 0.108 0.022 0.008 0.179 0.014 0.036 0.307 0.166 0.051 0.029 106 E 0.075 0.070 0.039 0.013 0.129 0.023 0.067 0.300 0.136 0.106 0.042 107 L 0.124 0.071 0.038 0.022 0.133 0.029 0.064 0.191 0.097 0.165 0.066 108 L 0.049 0.247 0.128 0.080 0.100 0.059 0.063 0.086 0.057 0.092 0.040 109 G 0.046 0.060 0.060 0.105 0.052 0.054 0.051 0.081 0.087 0.309 0.096 110 D 0.084 0.198 0.110 0.059 0.166 0.018 0.047 0.062 0.070 0.152 0.034 111 G 0.045 0.225 0.341 0.142 0.084 0.014 0.014 0.020 0.027 0.056 0.031 112 P 0.032 0.362 0.322 0.023 0.127 0.008 0.031 0.031 0.034 0.012 0.016 113 P 0.060 0.188 0.083 0.057 0.090 0.040 0.147 0.097 0.100 0.103 0.036 114 G 0.026 0.216 0.434 0.093 0.064 0.015 0.019 0.023 0.035 0.052 0.022 115 P 0.078 0.206 0.110 0.024 0.161 0.016 0.069 0.104 0.129 0.076 0.027 116 S 0.062 0.235 0.195 0.048 0.128 0.018 0.045 0.065 0.082 0.089 0.032 117 S 0.037 0.350 0.327 0.031 0.120 0.008 0.016 0.030 0.031 0.023 0.026 118 P 0.076 0.303 0.154 0.012 0.163 0.009 0.039 0.095 0.074 0.042 0.033 119 M 0.066 0.196 0.101 0.024 0.113 0.030 0.076 0.113 0.108 0.128 0.046 120 S 0.064 0.329 0.166 0.033 0.165 0.017 0.034 0.078 0.045 0.040 0.027 121 R 0.049 0.059 0.043 0.026 0.058 0.042 0.075 0.255 0.199 0.153 0.041 122 S 0.060 0.169 0.080 0.022 0.128 0.026 0.051 0.162 0.106 0.157 0.039 123 Q 0.128 0.141 0.044 0.012 0.173 0.013 0.023 0.162 0.101 0.149 0.054 124 E 0.092 0.208 0.056 0.014 0.205 0.018 0.031 0.194 0.092 0.052 0.039 125 Y 0.092 0.150 0.050 0.012 0.181 0.019 0.035 0.228 0.121 0.069 0.044 126 L 0.122 0.089 0.028 0.011 0.166 0.017 0.052 0.190 0.138 0.131 0.054 127 L 0.075 0.164 0.079 0.031 0.156 0.037 0.055 0.111 0.098 0.147 0.046 128 D 0.105 0.172 0.086 0.036 0.190 0.027 0.063 0.090 0.079 0.101 0.051 129 E 0.056 0.169 0.083 0.059 0.123 0.031 0.078 0.086 0.135 0.147 0.034 130 G 0.041 0.215 0.345 0.103 0.102 0.009 0.019 0.026 0.041 0.074 0.026 131 P 0.065 0.315 0.242 0.032 0.138 0.007 0.032 0.042 0.060 0.037 0.029 132 A 0.021 0.354 0.355 0.067 0.071 0.015 0.028 0.028 0.031 0.018 0.013 133 P 0.023 0.218 0.093 0.052 0.065 0.043 0.251 0.108 0.093 0.040 0.015 134 G 0.031 0.076 0.113 0.087 0.045 0.022 0.056 0.052 0.084 0.377 0.057 135 T 0.031 0.268 0.497 0.042 0.086 0.003 0.009 0.011 0.012 0.028 0.014 136 P 0.022 0.395 0.435 0.021 0.068 0.004 0.009 0.012 0.014 0.009 0.012 137 P 0.035 0.460 0.205 0.022 0.110 0.011 0.033 0.051 0.044 0.013 0.016 138 R 0.038 0.125 0.053 0.019 0.069 0.036 0.111 0.198 0.241 0.081 0.029 139 E 0.074 0.103 0.057 0.012 0.141 0.013 0.060 0.114 0.145 0.238 0.044 140 A 0.112 0.185 0.097 0.025 0.186 0.016 0.036 0.057 0.059 0.174 0.054 141 R 0.036 0.309 0.407 0.042 0.113 0.009 0.012 0.022 0.016 0.014 0.021 142 P 0.052 0.184 0.094 0.051 0.092 0.041 0.133 0.156 0.109 0.062 0.026 143 G 0.067 0.121 0.219 0.076 0.087 0.027 0.038 0.070 0.073 0.163 0.059 144 R 0.095 0.132 0.065 0.027 0.140 0.034 0.069 0.150 0.115 0.121 0.052 145 H 0.067 0.158 0.095 0.054 0.135 0.048 0.063 0.113 0.078 0.138 0.052 146 G 0.105 0.115 0.082 0.063 0.138 0.031 0.037 0.093 0.074 0.189 0.073 147 H 0.075 0.252 0.146 0.034 0.174 0.026 0.037 0.082 0.052 0.079 0.044 148 S 0.134 0.235 0.113 0.016 0.249 0.010 0.014 0.082 0.045 0.050 0.052 149 I 0.069 0.141 0.040 0.014 0.132 0.023 0.048 0.238 0.183 0.079 0.034 150 K 0.086 0.177 0.080 0.022 0.166 0.025 0.048 0.150 0.105 0.095 0.045 151 R 0.114 0.117 0.038 0.019 0.150 0.021 0.038 0.147 0.152 0.149 0.056 152 A 0.065 0.177 0.062 0.028 0.156 0.029 0.070 0.107 0.143 0.124 0.039 153 S 0.101 0.177 0.090 0.039 0.182 0.015 0.045 0.051 0.080 0.168 0.051 154 V 0.043 0.329 0.305 0.059 0.125 0.008 0.020 0.018 0.033 0.036 0.024 155 P 0.023 0.360 0.409 0.033 0.088 0.004 0.017 0.014 0.028 0.013 0.010 156 P 0.051 0.289 0.221 0.042 0.105 0.011 0.076 0.047 0.086 0.049 0.021 157 V 0.018 0.278 0.441 0.072 0.054 0.012 0.029 0.019 0.035 0.030 0.013 158 P 0.023 0.276 0.203 0.062 0.074 0.023 0.138 0.078 0.074 0.035 0.012 159 G 0.038 0.113 0.190 0.098 0.059 0.029 0.080 0.083 0.087 0.184 0.039 160 K 0.029 0.362 0.363 0.031 0.094 0.008 0.015 0.022 0.023 0.031 0.022 161 P 0.106 0.326 0.109 0.011 0.218 0.009 0.021 0.066 0.060 0.032 0.040 162 R 0.092 0.153 0.034 0.016 0.160 0.038 0.073 0.153 0.157 0.081 0.042 163 Q 0.115 0.177 0.055 0.012 0.272 0.019 0.049 0.070 0.077 0.104 0.050 164 V 0.211 0.130 0.043 0.010 0.284 0.009 0.032 0.037 0.040 0.145 0.060 165 L 0.060 0.350 0.293 0.035 0.168 0.008 0.011 0.010 0.013 0.020 0.032 166 P 0.026 0.397 0.411 0.034 0.086 0.005 0.007 0.011 0.011 0.005 0.008 167 P 0.045 0.114 0.058 0.024 0.074 0.038 0.219 0.182 0.158 0.062 0.025 168 G 0.048 0.180 0.169 0.046 0.099 0.021 0.049 0.072 0.082 0.179 0.054 169 T 0.090 0.216 0.115 0.035 0.148 0.019 0.036 0.075 0.083 0.122 0.061 170 S 0.059 0.260 0.130 0.045 0.161 0.033 0.046 0.087 0.087 0.061 0.032 171 H 0.084 0.103 0.052 0.036 0.113 0.037 0.089 0.123 0.132 0.181 0.050 172 F 0.077 0.196 0.139 0.044 0.161 0.015 0.049 0.049 0.069 0.155 0.046 173 T 0.045 0.296 0.388 0.074 0.102 0.006 0.012 0.015 0.019 0.027 0.017 174 P 0.030 0.349 0.377 0.041 0.090 0.009 0.023 0.024 0.031 0.013 0.014 175 P 0.052 0.348 0.173 0.024 0.149 0.016 0.061 0.059 0.068 0.029 0.021 176 Q 0.080 0.189 0.091 0.030 0.140 0.027 0.103 0.078 0.099 0.117 0.046 177 T 0.054 0.306 0.286 0.030 0.155 0.011 0.021 0.024 0.033 0.045 0.036 178 P 0.120 0.291 0.119 0.020 0.216 0.014 0.029 0.049 0.055 0.046 0.041 179 T 0.079 0.254 0.095 0.023 0.185 0.029 0.062 0.074 0.098 0.062 0.040 180 K 0.117 0.219 0.101 0.021 0.240 0.013 0.040 0.048 0.063 0.087 0.052 181 T 0.120 0.230 0.138 0.036 0.186 0.015 0.036 0.040 0.049 0.096 0.053 182 R 0.040 0.327 0.351 0.041 0.125 0.013 0.019 0.020 0.021 0.018 0.024 183 P 0.057 0.228 0.089 0.041 0.119 0.033 0.134 0.126 0.084 0.065 0.026 184 G 0.035 0.123 0.221 0.123 0.053 0.034 0.055 0.060 0.059 0.196 0.041 185 S 0.047 0.347 0.332 0.023 0.139 0.006 0.008 0.033 0.023 0.020 0.024 186 P 0.041 0.131 0.038 0.009 0.085 0.015 0.037 0.311 0.263 0.047 0.022 187 Q 0.047 0.076 0.039 0.014 0.076 0.023 0.067 0.265 0.209 0.145 0.038 188 A 0.090 0.111 0.053 0.017 0.126 0.022 0.038 0.168 0.106 0.218 0.050 189 L 0.069 0.107 0.060 0.024 0.111 0.038 0.097 0.195 0.128 0.129 0.042 190 G 0.062 0.160 0.099 0.083 0.108 0.034 0.053 0.093 0.095 0.167 0.045 191 G 0.064 0.227 0.300 0.080 0.136 0.012 0.014 0.034 0.040 0.059 0.033 192 P 0.108 0.164 0.066 0.015 0.187 0.020 0.080 0.128 0.134 0.061 0.036 193 H 0.048 0.192 0.086 0.060 0.104 0.048 0.121 0.085 0.098 0.123 0.035 194 G 0.044 0.198 0.332 0.125 0.095 0.011 0.018 0.028 0.032 0.083 0.035 195 P 0.040 0.298 0.335 0.037 0.099 0.010 0.034 0.047 0.044 0.037 0.019 196 A 0.025 0.403 0.377 0.020 0.080 0.006 0.011 0.025 0.021 0.014 0.017 197 P 0.043 0.180 0.053 0.017 0.091 0.020 0.065 0.271 0.195 0.043 0.022 198 A 0.021 0.061 0.047 0.015 0.038 0.034 0.088 0.268 0.250 0.154 0.025 199 T 0.087 0.117 0.050 0.013 0.138 0.014 0.041 0.164 0.098 0.229 0.050 200 A 0.095 0.143 0.050 0.014 0.148 0.016 0.027 0.207 0.138 0.117 0.044