# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.86358 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.070 0.048 0.199 0.169 0.103 0.003 0.075 0.018 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.004 0.073 0.012 0.054 0.044 0.042 0.070 0.003 2 T 0.066 0.111 0.073 0.120 0.330 0.002 0.058 0.010 0.001 0.001 0.008 0.008 0.020 0.011 0.031 0.036 0.045 0.023 0.018 0.021 0.008 3 Y 0.188 0.262 0.072 0.054 0.133 0.001 0.022 0.017 0.001 0.001 0.011 0.010 0.025 0.025 0.075 0.036 0.012 0.014 0.015 0.010 0.016 4 K 0.278 0.235 0.059 0.051 0.087 0.001 0.004 0.017 0.002 0.001 0.019 0.020 0.058 0.059 0.070 0.010 0.004 0.003 0.003 0.003 0.018 5 L 0.281 0.334 0.014 0.027 0.108 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.019 0.015 0.054 0.074 0.015 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 6 I 0.188 0.279 0.028 0.062 0.064 0.001 0.003 0.016 0.004 0.001 0.016 0.018 0.052 0.083 0.139 0.016 0.003 0.003 0.005 0.001 0.020 7 L 0.184 0.204 0.040 0.072 0.059 0.003 0.009 0.012 0.017 0.001 0.035 0.035 0.098 0.122 0.053 0.021 0.008 0.003 0.004 0.008 0.011 8 N 0.203 0.178 0.027 0.039 0.216 0.004 0.035 0.019 0.006 0.002 0.008 0.010 0.024 0.047 0.044 0.041 0.015 0.029 0.020 0.026 0.006 9 L 0.053 0.085 0.050 0.069 0.137 0.005 0.036 0.038 0.005 0.004 0.007 0.007 0.016 0.015 0.152 0.033 0.135 0.052 0.047 0.050 0.004 10 K 0.027 0.033 0.144 0.079 0.077 0.012 0.115 0.079 0.003 0.003 0.004 0.003 0.008 0.004 0.086 0.018 0.154 0.031 0.040 0.079 0.001 11 Q 0.019 0.025 0.034 0.042 0.157 0.013 0.255 0.085 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.026 0.013 0.097 0.091 0.062 0.063 0.001 12 A 0.013 0.012 0.063 0.071 0.085 0.008 0.084 0.113 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.040 0.013 0.155 0.073 0.085 0.168 0.001 13 K 0.008 0.010 0.045 0.060 0.091 0.005 0.066 0.165 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.013 0.261 0.044 0.074 0.125 0.001 14 E 0.018 0.019 0.030 0.038 0.105 0.010 0.118 0.336 0.004 0.002 0.002 0.002 0.005 0.002 0.019 0.012 0.168 0.043 0.036 0.032 0.001 15 E 0.010 0.010 0.040 0.045 0.032 0.025 0.122 0.496 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.031 0.003 0.094 0.026 0.023 0.029 0.001 16 A 0.011 0.013 0.020 0.036 0.088 0.012 0.148 0.347 0.006 0.002 0.003 0.002 0.005 0.005 0.013 0.018 0.131 0.063 0.045 0.031 0.001 17 I 0.020 0.021 0.046 0.042 0.062 0.008 0.071 0.298 0.019 0.004 0.003 0.002 0.007 0.009 0.061 0.020 0.102 0.069 0.078 0.056 0.001 18 K 0.028 0.024 0.038 0.041 0.056 0.010 0.067 0.321 0.007 0.003 0.002 0.002 0.005 0.006 0.033 0.012 0.216 0.023 0.040 0.067 0.001 19 E 0.015 0.016 0.014 0.019 0.059 0.029 0.156 0.345 0.008 0.002 0.003 0.003 0.009 0.011 0.028 0.014 0.179 0.048 0.023 0.021 0.001 20 A 0.009 0.012 0.021 0.020 0.022 0.014 0.114 0.424 0.010 0.002 0.004 0.002 0.006 0.019 0.035 0.024 0.094 0.063 0.077 0.026 0.001 21 V 0.009 0.011 0.040 0.015 0.062 0.009 0.039 0.446 0.010 0.001 0.003 0.003 0.010 0.013 0.057 0.023 0.106 0.046 0.049 0.046 0.001 22 D 0.009 0.009 0.016 0.017 0.033 0.008 0.037 0.461 0.036 0.001 0.002 0.002 0.005 0.008 0.019 0.016 0.080 0.031 0.086 0.124 0.001 23 A 0.001 0.001 0.004 0.007 0.010 0.002 0.025 0.242 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.003 0.658 0.006 0.007 0.012 0.001 24 G 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.007 0.151 0.732 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.057 0.014 0.008 0.010 0.001 25 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.030 0.844 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 0.037 0.017 0.013 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.832 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.003 0.003 0.004 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.002 0.002 0.001 0.001 30 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.003 0.002 0.001 0.001 31 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.931 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.003 0.002 0.001 0.001 32 L 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.014 0.041 0.842 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.007 0.005 0.003 0.001 33 I 0.003 0.004 0.004 0.008 0.010 0.019 0.112 0.631 0.023 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.093 0.029 0.030 0.009 0.001 34 A 0.005 0.008 0.019 0.017 0.023 0.020 0.144 0.301 0.072 0.018 0.002 0.001 0.004 0.006 0.016 0.008 0.175 0.059 0.051 0.049 0.001 35 N 0.011 0.010 0.024 0.024 0.058 0.010 0.144 0.072 0.057 0.019 0.002 0.001 0.003 0.004 0.011 0.014 0.160 0.088 0.128 0.158 0.002 36 A 0.003 0.003 0.023 0.028 0.035 0.006 0.137 0.015 0.014 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.023 0.012 0.337 0.064 0.091 0.190 0.001 37 K 0.002 0.004 0.018 0.014 0.037 0.007 0.423 0.011 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.014 0.020 0.181 0.085 0.063 0.108 0.001 38 T 0.005 0.007 0.071 0.034 0.057 0.004 0.082 0.010 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.031 0.046 0.067 0.201 0.182 0.182 0.004 39 V 0.012 0.012 0.075 0.040 0.188 0.002 0.022 0.009 0.003 0.001 0.005 0.005 0.008 0.014 0.039 0.064 0.086 0.043 0.156 0.213 0.004 40 E 0.012 0.018 0.104 0.087 0.110 0.003 0.065 0.009 0.002 0.001 0.007 0.011 0.024 0.021 0.137 0.038 0.202 0.020 0.041 0.083 0.007 41 G 0.042 0.055 0.072 0.046 0.159 0.004 0.200 0.017 0.002 0.001 0.019 0.018 0.039 0.033 0.074 0.052 0.035 0.047 0.033 0.044 0.008 42 V 0.061 0.059 0.117 0.097 0.157 0.003 0.035 0.023 0.002 0.001 0.016 0.018 0.036 0.036 0.109 0.048 0.051 0.038 0.047 0.039 0.008 43 W 0.065 0.082 0.118 0.071 0.243 0.004 0.038 0.027 0.002 0.001 0.013 0.016 0.031 0.028 0.075 0.057 0.035 0.028 0.028 0.033 0.006 44 T 0.071 0.084 0.094 0.089 0.162 0.005 0.042 0.031 0.005 0.001 0.015 0.019 0.043 0.029 0.098 0.032 0.039 0.024 0.041 0.070 0.007 45 Y 0.068 0.064 0.061 0.119 0.235 0.003 0.022 0.039 0.002 0.001 0.006 0.008 0.018 0.008 0.041 0.028 0.119 0.019 0.049 0.087 0.004 46 K 0.054 0.053 0.060 0.093 0.134 0.006 0.053 0.105 0.002 0.002 0.003 0.004 0.006 0.006 0.057 0.015 0.190 0.034 0.051 0.071 0.002 47 D 0.039 0.036 0.034 0.048 0.105 0.022 0.221 0.180 0.001 0.002 0.004 0.003 0.006 0.004 0.030 0.008 0.160 0.030 0.032 0.033 0.001 48 E 0.026 0.034 0.063 0.085 0.065 0.016 0.242 0.127 0.003 0.005 0.003 0.003 0.006 0.004 0.028 0.010 0.117 0.073 0.050 0.037 0.002 49 I 0.046 0.045 0.048 0.045 0.162 0.008 0.187 0.076 0.005 0.004 0.005 0.004 0.009 0.007 0.026 0.021 0.125 0.048 0.068 0.056 0.004 50 K 0.041 0.052 0.153 0.141 0.081 0.007 0.101 0.039 0.011 0.004 0.006 0.005 0.015 0.011 0.064 0.019 0.095 0.041 0.040 0.065 0.008 51 T 0.043 0.074 0.029 0.036 0.306 0.005 0.126 0.024 0.006 0.002 0.012 0.010 0.027 0.019 0.025 0.069 0.063 0.036 0.040 0.036 0.013 52 F 0.062 0.074 0.158 0.115 0.067 0.004 0.026 0.022 0.006 0.001 0.013 0.012 0.033 0.041 0.158 0.027 0.027 0.040 0.047 0.049 0.019 53 T 0.055 0.059 0.031 0.046 0.358 0.003 0.014 0.016 0.004 0.001 0.014 0.015 0.028 0.051 0.026 0.123 0.022 0.029 0.060 0.037 0.009 54 V 0.036 0.049 0.121 0.103 0.090 0.003 0.013 0.013 0.003 0.001 0.009 0.011 0.025 0.041 0.268 0.039 0.041 0.026 0.045 0.056 0.008 55 T 0.039 0.046 0.050 0.063 0.205 0.004 0.038 0.021 0.004 0.001 0.009 0.010 0.021 0.021 0.057 0.065 0.063 0.033 0.086 0.160 0.005 56 E 0.018 0.018 0.065 0.103 0.091 0.003 0.037 0.022 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.008 0.083 0.030 0.309 0.032 0.059 0.104 0.002