# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.86358 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.037 0.008 0.404 0.029 0.006 0.003 0.006 0.001 0.024 0.115 0.028 0.261 0.077 2 T 0.086 0.005 0.230 0.024 0.006 0.002 0.017 0.002 0.059 0.048 0.016 0.083 0.421 3 Y 0.297 0.004 0.065 0.046 0.005 0.002 0.041 0.012 0.058 0.022 0.005 0.196 0.245 4 K 0.477 0.001 0.013 0.032 0.002 0.001 0.077 0.033 0.038 0.004 0.001 0.210 0.112 5 L 0.566 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.141 0.060 0.030 0.001 0.001 0.069 0.124 6 I 0.638 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.120 0.080 0.037 0.001 0.001 0.042 0.061 7 L 0.579 0.002 0.015 0.028 0.001 0.003 0.068 0.034 0.030 0.004 0.003 0.166 0.067 8 N 0.257 0.005 0.122 0.017 0.005 0.013 0.031 0.010 0.067 0.033 0.039 0.074 0.328 9 L 0.081 0.009 0.243 0.036 0.018 0.049 0.009 0.004 0.029 0.141 0.154 0.099 0.126 10 K 0.042 0.013 0.168 0.037 0.043 0.117 0.003 0.001 0.012 0.182 0.204 0.099 0.079 11 Q 0.035 0.021 0.186 0.007 0.076 0.114 0.003 0.001 0.008 0.146 0.163 0.059 0.182 12 A 0.021 0.018 0.260 0.014 0.048 0.248 0.002 0.001 0.008 0.109 0.124 0.072 0.075 13 K 0.017 0.007 0.193 0.009 0.053 0.456 0.002 0.001 0.009 0.055 0.082 0.032 0.083 14 E 0.011 0.005 0.058 0.007 0.051 0.717 0.001 0.001 0.004 0.032 0.051 0.021 0.041 15 E 0.013 0.004 0.045 0.004 0.033 0.768 0.001 0.001 0.004 0.022 0.031 0.031 0.042 16 A 0.023 0.006 0.043 0.003 0.044 0.724 0.003 0.001 0.008 0.011 0.034 0.032 0.065 17 I 0.005 0.002 0.049 0.004 0.021 0.825 0.001 0.001 0.013 0.008 0.035 0.010 0.025 18 K 0.006 0.002 0.027 0.007 0.027 0.848 0.001 0.001 0.005 0.015 0.040 0.009 0.012 19 E 0.005 0.002 0.027 0.002 0.039 0.803 0.002 0.001 0.008 0.016 0.072 0.010 0.011 20 A 0.004 0.003 0.034 0.001 0.036 0.803 0.002 0.003 0.009 0.013 0.074 0.006 0.014 21 V 0.005 0.013 0.060 0.004 0.029 0.685 0.002 0.005 0.007 0.031 0.142 0.012 0.005 22 D 0.002 0.005 0.185 0.001 0.030 0.570 0.001 0.001 0.005 0.052 0.139 0.002 0.008 23 A 0.001 0.001 0.022 0.001 0.031 0.845 0.001 0.001 0.001 0.025 0.073 0.001 0.001 24 G 0.001 0.001 0.022 0.001 0.040 0.786 0.001 0.001 0.001 0.031 0.118 0.001 0.001 25 T 0.001 0.002 0.050 0.001 0.032 0.809 0.001 0.001 0.001 0.043 0.061 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.920 0.001 0.001 0.002 0.002 0.052 0.002 0.002 34 A 0.004 0.005 0.047 0.002 0.024 0.713 0.001 0.001 0.004 0.016 0.170 0.005 0.008 35 N 0.004 0.005 0.185 0.003 0.043 0.345 0.001 0.001 0.003 0.090 0.303 0.007 0.012 36 A 0.001 0.002 0.069 0.005 0.027 0.108 0.001 0.001 0.001 0.083 0.697 0.003 0.004 37 K 0.001 0.001 0.056 0.002 0.009 0.017 0.001 0.001 0.001 0.081 0.828 0.002 0.001 38 T 0.004 0.012 0.403 0.005 0.015 0.013 0.001 0.001 0.011 0.259 0.235 0.014 0.028 39 V 0.023 0.036 0.517 0.016 0.011 0.008 0.007 0.003 0.044 0.120 0.039 0.075 0.102 40 E 0.068 0.033 0.236 0.050 0.015 0.008 0.028 0.008 0.121 0.082 0.043 0.060 0.248 41 G 0.086 0.009 0.216 0.111 0.010 0.008 0.046 0.019 0.096 0.073 0.045 0.176 0.105 42 V 0.170 0.008 0.128 0.034 0.008 0.009 0.058 0.017 0.094 0.030 0.016 0.164 0.265 43 W 0.223 0.016 0.073 0.012 0.006 0.008 0.056 0.017 0.062 0.017 0.007 0.230 0.274 44 T 0.240 0.040 0.088 0.028 0.006 0.011 0.025 0.008 0.033 0.017 0.011 0.204 0.290 45 Y 0.062 0.012 0.262 0.013 0.019 0.027 0.007 0.003 0.019 0.040 0.018 0.212 0.307 46 K 0.019 0.009 0.197 0.034 0.124 0.121 0.002 0.002 0.015 0.095 0.214 0.054 0.113 47 D 0.014 0.007 0.064 0.052 0.177 0.127 0.001 0.001 0.003 0.097 0.387 0.040 0.031 48 E 0.029 0.009 0.101 0.010 0.260 0.142 0.002 0.001 0.005 0.080 0.218 0.077 0.068 49 I 0.069 0.028 0.215 0.024 0.140 0.050 0.005 0.001 0.014 0.085 0.088 0.033 0.249 50 K 0.043 0.011 0.163 0.043 0.026 0.020 0.005 0.001 0.019 0.192 0.095 0.342 0.040 51 T 0.053 0.010 0.265 0.014 0.012 0.009 0.011 0.004 0.046 0.075 0.054 0.037 0.409 52 F 0.048 0.015 0.299 0.014 0.003 0.003 0.015 0.004 0.041 0.083 0.006 0.382 0.088 53 T 0.071 0.019 0.224 0.019 0.007 0.006 0.029 0.008 0.082 0.042 0.013 0.115 0.364 54 V 0.037 0.025 0.287 0.014 0.018 0.015 0.026 0.017 0.106 0.052 0.027 0.158 0.217 55 T 0.008 0.017 0.551 0.019 0.019 0.010 0.011 0.007 0.131 0.078 0.020 0.044 0.085 56 E 0.005 0.014 0.401 0.018 0.078 0.057 0.005 0.005 0.073 0.152 0.061 0.057 0.073