# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.86358 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.068 0.080 0.160 0.582 0.001 0.028 0.005 0.004 0.005 0.001 0.012 0.026 0.019 0.001 0.003 0.007 2 T 0.014 0.073 0.340 0.520 0.001 0.026 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.008 3 Y 0.011 0.012 0.095 0.845 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 4 K 0.001 0.024 0.040 0.928 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.001 0.001 0.014 0.949 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 6 I 0.001 0.019 0.030 0.872 0.044 0.021 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.025 0.004 0.851 0.031 0.056 0.001 0.017 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 8 N 0.003 0.068 0.016 0.287 0.049 0.435 0.005 0.036 0.015 0.014 0.026 0.015 0.020 0.001 0.001 0.007 9 L 0.016 0.046 0.010 0.093 0.029 0.162 0.007 0.023 0.012 0.013 0.505 0.033 0.036 0.003 0.005 0.005 10 K 0.014 0.217 0.030 0.085 0.005 0.033 0.004 0.021 0.012 0.006 0.079 0.416 0.052 0.003 0.012 0.012 11 Q 0.036 0.070 0.108 0.107 0.009 0.082 0.026 0.007 0.020 0.009 0.047 0.113 0.255 0.008 0.010 0.094 12 A 0.038 0.027 0.215 0.053 0.010 0.102 0.034 0.009 0.002 0.002 0.093 0.049 0.326 0.010 0.012 0.020 13 K 0.012 0.089 0.048 0.048 0.003 0.132 0.006 0.019 0.005 0.004 0.110 0.162 0.329 0.003 0.017 0.014 14 E 0.014 0.041 0.030 0.067 0.003 0.043 0.005 0.003 0.011 0.004 0.122 0.178 0.441 0.004 0.004 0.029 15 E 0.027 0.024 0.107 0.072 0.001 0.018 0.003 0.002 0.002 0.001 0.040 0.165 0.522 0.001 0.004 0.011 16 A 0.005 0.022 0.100 0.090 0.001 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.025 0.678 0.001 0.001 0.026 17 I 0.004 0.007 0.030 0.045 0.004 0.089 0.006 0.001 0.001 0.001 0.025 0.034 0.747 0.004 0.001 0.002 18 K 0.001 0.047 0.020 0.077 0.001 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.035 0.040 0.751 0.001 0.003 0.005 19 E 0.002 0.008 0.016 0.074 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.044 0.799 0.001 0.001 0.020 20 A 0.006 0.005 0.048 0.022 0.001 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 0.018 0.841 0.005 0.002 0.011 21 V 0.002 0.028 0.044 0.049 0.001 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.018 0.035 0.792 0.002 0.004 0.009 22 D 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.214 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.741 0.003 0.001 0.002 23 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.455 0.011 0.523 0.001 0.002 0.001 24 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.764 0.222 0.001 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 30 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.002 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.001 0.004 33 I 0.001 0.002 0.011 0.004 0.002 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.843 0.089 0.004 0.019 34 A 0.005 0.008 0.020 0.015 0.003 0.005 0.020 0.006 0.001 0.001 0.004 0.005 0.722 0.028 0.132 0.026 35 N 0.003 0.009 0.013 0.007 0.022 0.029 0.037 0.008 0.005 0.010 0.008 0.016 0.359 0.354 0.020 0.098 36 A 0.047 0.017 0.015 0.005 0.009 0.017 0.033 0.036 0.004 0.002 0.081 0.011 0.143 0.189 0.359 0.031 37 K 0.020 0.103 0.061 0.013 0.001 0.010 0.016 0.031 0.041 0.012 0.040 0.068 0.098 0.012 0.298 0.177 38 T 0.190 0.042 0.192 0.033 0.004 0.005 0.039 0.001 0.026 0.006 0.005 0.008 0.030 0.002 0.008 0.407 39 V 0.099 0.003 0.387 0.036 0.055 0.075 0.260 0.006 0.001 0.002 0.010 0.003 0.025 0.032 0.003 0.003 40 E 0.006 0.575 0.128 0.137 0.001 0.016 0.002 0.085 0.006 0.001 0.005 0.003 0.007 0.001 0.024 0.006 41 G 0.020 0.010 0.012 0.630 0.004 0.054 0.002 0.001 0.130 0.070 0.012 0.030 0.011 0.001 0.001 0.014 42 V 0.171 0.034 0.319 0.443 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.008 0.007 0.001 0.001 0.002 43 W 0.002 0.004 0.100 0.757 0.019 0.095 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 44 T 0.008 0.089 0.041 0.629 0.037 0.146 0.003 0.008 0.001 0.001 0.010 0.010 0.014 0.001 0.001 0.003 45 Y 0.003 0.049 0.014 0.440 0.024 0.245 0.005 0.023 0.004 0.007 0.132 0.021 0.027 0.001 0.002 0.002 46 K 0.005 0.137 0.026 0.113 0.012 0.260 0.004 0.026 0.012 0.006 0.096 0.218 0.076 0.002 0.003 0.005 47 D 0.009 0.052 0.017 0.073 0.002 0.084 0.002 0.007 0.010 0.003 0.414 0.097 0.207 0.001 0.006 0.015 48 E 0.018 0.134 0.090 0.070 0.004 0.023 0.011 0.002 0.005 0.002 0.077 0.267 0.240 0.009 0.004 0.045 49 I 0.024 0.049 0.248 0.079 0.005 0.041 0.043 0.004 0.002 0.001 0.012 0.036 0.397 0.013 0.031 0.016 50 K 0.009 0.093 0.247 0.174 0.005 0.037 0.034 0.010 0.004 0.002 0.016 0.008 0.262 0.010 0.016 0.074 51 T 0.068 0.094 0.220 0.392 0.002 0.026 0.013 0.005 0.013 0.002 0.007 0.009 0.057 0.004 0.017 0.072 52 F 0.029 0.012 0.565 0.321 0.002 0.010 0.003 0.002 0.003 0.002 0.006 0.004 0.022 0.001 0.004 0.015 53 T 0.019 0.035 0.222 0.588 0.012 0.083 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.002 0.001 0.007 54 V 0.008 0.033 0.047 0.377 0.115 0.290 0.009 0.013 0.001 0.002 0.069 0.004 0.024 0.005 0.002 0.002 55 T 0.003 0.369 0.017 0.201 0.095 0.118 0.015 0.061 0.006 0.003 0.041 0.046 0.013 0.006 0.004 0.003 56 E 0.019 0.062 0.029 0.248 0.050 0.089 0.043 0.099 0.042 0.025 0.167 0.049 0.038 0.006 0.024 0.013