# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.86358 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.020 0.096 0.002 0.039 0.071 0.138 0.099 0.002 0.001 0.080 0.454 2 T 0.006 0.156 0.001 0.054 0.076 0.233 0.069 0.002 0.001 0.077 0.326 3 Y 0.006 0.101 0.001 0.098 0.271 0.289 0.040 0.001 0.001 0.058 0.136 4 K 0.003 0.055 0.001 0.132 0.204 0.405 0.020 0.001 0.001 0.099 0.081 5 L 0.009 0.071 0.002 0.205 0.195 0.321 0.022 0.002 0.001 0.078 0.096 6 I 0.036 0.090 0.003 0.171 0.238 0.251 0.027 0.003 0.001 0.078 0.102 7 L 0.014 0.050 0.003 0.138 0.242 0.253 0.041 0.002 0.001 0.069 0.187 8 N 0.048 0.153 0.006 0.060 0.103 0.206 0.052 0.006 0.001 0.068 0.298 9 L 0.141 0.188 0.007 0.030 0.079 0.075 0.074 0.013 0.002 0.068 0.323 10 K 0.066 0.171 0.009 0.015 0.083 0.101 0.074 0.009 0.003 0.066 0.401 11 Q 0.089 0.225 0.005 0.014 0.033 0.073 0.064 0.006 0.001 0.045 0.444 12 A 0.077 0.281 0.008 0.015 0.030 0.037 0.059 0.010 0.002 0.049 0.434 13 K 0.110 0.447 0.005 0.010 0.023 0.040 0.045 0.014 0.001 0.035 0.270 14 E 0.102 0.403 0.003 0.009 0.017 0.027 0.041 0.004 0.001 0.065 0.329 15 E 0.018 0.354 0.004 0.030 0.034 0.055 0.069 0.003 0.001 0.053 0.378 16 A 0.035 0.588 0.005 0.013 0.026 0.057 0.031 0.007 0.001 0.063 0.173 17 I 0.106 0.693 0.003 0.011 0.017 0.016 0.018 0.014 0.001 0.034 0.086 18 K 0.064 0.555 0.005 0.007 0.026 0.035 0.022 0.005 0.001 0.121 0.159 19 E 0.045 0.630 0.002 0.022 0.013 0.031 0.028 0.007 0.001 0.048 0.174 20 A 0.046 0.313 0.017 0.015 0.023 0.035 0.063 0.016 0.004 0.172 0.296 21 V 0.031 0.094 0.013 0.027 0.042 0.039 0.080 0.007 0.003 0.386 0.279 22 D 0.068 0.664 0.003 0.005 0.004 0.004 0.019 0.008 0.001 0.048 0.175 23 A 0.027 0.826 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.009 0.001 0.021 0.096 24 G 0.019 0.849 0.007 0.001 0.001 0.002 0.012 0.011 0.004 0.034 0.061 25 T 0.016 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.022 26 A 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.010 27 E 0.010 0.948 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 0.008 28 K 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 29 Y 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.009 30 F 0.005 0.971 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.008 0.006 31 K 0.028 0.521 0.011 0.002 0.009 0.015 0.009 0.003 0.002 0.364 0.038 32 L 0.079 0.683 0.013 0.009 0.011 0.013 0.015 0.010 0.005 0.075 0.088 33 I 0.165 0.291 0.054 0.008 0.034 0.034 0.042 0.022 0.010 0.196 0.144 34 A 0.112 0.046 0.069 0.019 0.030 0.049 0.085 0.015 0.020 0.193 0.361 35 N 0.280 0.052 0.006 0.009 0.012 0.019 0.067 0.004 0.002 0.043 0.507 36 A 0.061 0.017 0.003 0.010 0.013 0.014 0.099 0.004 0.001 0.026 0.753 37 K 0.026 0.015 0.010 0.025 0.030 0.041 0.172 0.003 0.001 0.064 0.612 38 T 0.051 0.022 0.002 0.030 0.029 0.056 0.122 0.003 0.001 0.045 0.638 39 V 0.071 0.017 0.001 0.069 0.040 0.048 0.115 0.003 0.001 0.051 0.586 40 E 0.011 0.012 0.001 0.062 0.072 0.118 0.129 0.001 0.001 0.105 0.487 41 G 0.017 0.033 0.001 0.119 0.057 0.131 0.109 0.002 0.001 0.064 0.467 42 V 0.028 0.030 0.001 0.109 0.152 0.174 0.084 0.002 0.001 0.076 0.344 43 W 0.009 0.016 0.002 0.095 0.145 0.232 0.083 0.002 0.001 0.078 0.338 44 T 0.031 0.040 0.004 0.066 0.160 0.200 0.066 0.002 0.001 0.078 0.353 45 Y 0.150 0.084 0.005 0.050 0.091 0.102 0.070 0.010 0.001 0.058 0.378 46 K 0.210 0.062 0.006 0.011 0.044 0.065 0.083 0.007 0.002 0.066 0.446 47 D 0.128 0.023 0.007 0.020 0.041 0.077 0.110 0.005 0.002 0.073 0.515 48 E 0.032 0.010 0.005 0.020 0.063 0.147 0.121 0.002 0.001 0.067 0.532 49 I 0.049 0.005 0.002 0.030 0.073 0.126 0.134 0.002 0.001 0.057 0.523 50 K 0.007 0.002 0.001 0.032 0.222 0.284 0.078 0.001 0.001 0.033 0.340 51 T 0.003 0.001 0.001 0.029 0.112 0.246 0.079 0.001 0.001 0.034 0.495 52 F 0.003 0.001 0.001 0.065 0.393 0.293 0.044 0.001 0.001 0.023 0.177 53 T 0.009 0.001 0.001 0.073 0.199 0.264 0.057 0.001 0.001 0.038 0.358 54 V 0.005 0.001 0.001 0.069 0.215 0.232 0.086 0.001 0.001 0.023 0.369 55 T 0.046 0.003 0.001 0.071 0.081 0.104 0.070 0.001 0.001 0.036 0.586 56 E 0.029 0.003 0.001 0.040 0.064 0.068 0.114 0.001 0.001 0.029 0.651