# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.86358 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.013 0.022 0.033 0.146 0.233 0.100 0.039 0.413 2 T 0.004 0.063 0.039 0.084 0.354 0.064 0.027 0.365 3 Y 0.003 0.031 0.050 0.266 0.392 0.039 0.051 0.167 4 K 0.003 0.025 0.156 0.231 0.313 0.018 0.167 0.087 5 L 0.004 0.030 0.111 0.291 0.420 0.012 0.060 0.071 6 I 0.016 0.034 0.160 0.281 0.211 0.027 0.107 0.164 7 L 0.021 0.033 0.190 0.229 0.282 0.031 0.072 0.143 8 N 0.053 0.126 0.069 0.070 0.111 0.064 0.140 0.368 9 L 0.119 0.148 0.043 0.051 0.059 0.079 0.144 0.356 10 K 0.058 0.224 0.034 0.034 0.042 0.089 0.077 0.441 11 Q 0.054 0.297 0.018 0.020 0.035 0.064 0.070 0.443 12 A 0.040 0.485 0.017 0.019 0.024 0.054 0.079 0.283 13 K 0.039 0.660 0.006 0.008 0.016 0.030 0.055 0.186 14 E 0.054 0.588 0.013 0.012 0.018 0.033 0.093 0.189 15 E 0.023 0.664 0.019 0.017 0.026 0.029 0.062 0.159 16 A 0.022 0.623 0.029 0.022 0.031 0.025 0.073 0.174 17 I 0.059 0.603 0.029 0.016 0.026 0.028 0.080 0.159 18 K 0.111 0.246 0.039 0.019 0.025 0.060 0.217 0.282 19 E 0.025 0.540 0.032 0.021 0.028 0.044 0.043 0.267 20 A 0.031 0.538 0.027 0.011 0.024 0.047 0.046 0.276 21 V 0.021 0.092 0.063 0.018 0.015 0.063 0.512 0.216 22 D 0.039 0.746 0.012 0.005 0.007 0.026 0.071 0.095 23 A 0.030 0.789 0.009 0.003 0.004 0.021 0.031 0.113 24 G 0.010 0.695 0.022 0.003 0.005 0.028 0.107 0.131 25 T 0.012 0.932 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.015 26 A 0.015 0.834 0.005 0.001 0.001 0.004 0.123 0.018 27 E 0.006 0.950 0.002 0.001 0.001 0.005 0.015 0.021 28 K 0.007 0.951 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 0.025 29 Y 0.004 0.959 0.004 0.001 0.001 0.002 0.015 0.014 30 F 0.021 0.890 0.004 0.002 0.004 0.008 0.039 0.033 31 K 0.050 0.509 0.039 0.005 0.005 0.024 0.246 0.121 32 L 0.069 0.535 0.042 0.015 0.022 0.038 0.068 0.212 33 I 0.142 0.140 0.054 0.021 0.029 0.066 0.106 0.442 34 A 0.090 0.020 0.047 0.015 0.017 0.104 0.096 0.610 35 N 0.130 0.019 0.007 0.006 0.010 0.079 0.064 0.684 36 A 0.083 0.014 0.009 0.004 0.006 0.106 0.029 0.747 37 K 0.013 0.004 0.070 0.034 0.063 0.115 0.049 0.653 38 T 0.023 0.005 0.053 0.031 0.061 0.082 0.040 0.706 39 V 0.108 0.009 0.095 0.103 0.060 0.117 0.053 0.454 40 E 0.022 0.009 0.094 0.035 0.074 0.090 0.064 0.610 41 G 0.024 0.015 0.051 0.046 0.200 0.093 0.052 0.520 42 V 0.032 0.016 0.109 0.215 0.131 0.093 0.045 0.359 43 W 0.010 0.020 0.127 0.178 0.228 0.075 0.023 0.338 44 T 0.024 0.035 0.049 0.061 0.134 0.103 0.070 0.525 45 Y 0.195 0.085 0.025 0.065 0.072 0.089 0.155 0.313 46 K 0.190 0.048 0.009 0.027 0.050 0.086 0.131 0.458 47 D 0.048 0.012 0.020 0.053 0.067 0.097 0.162 0.541 48 E 0.023 0.008 0.047 0.079 0.190 0.118 0.099 0.437 49 I 0.055 0.003 0.030 0.065 0.057 0.107 0.071 0.613 50 K 0.006 0.002 0.078 0.275 0.327 0.048 0.026 0.238 51 T 0.008 0.002 0.060 0.062 0.178 0.067 0.052 0.571 52 F 0.004 0.001 0.095 0.406 0.167 0.062 0.017 0.248 53 T 0.007 0.003 0.233 0.168 0.256 0.048 0.032 0.253 54 V 0.014 0.002 0.087 0.123 0.131 0.077 0.038 0.527 55 T 0.040 0.004 0.168 0.088 0.116 0.090 0.072 0.422 56 E 0.025 0.004 0.083 0.040 0.090 0.091 0.044 0.622