# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.86358 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.284 0.128 0.061 0.109 0.099 0.079 0.106 0.063 0.038 0.022 0.011 2 T 0.175 0.135 0.071 0.181 0.123 0.082 0.095 0.056 0.043 0.026 0.013 3 Y 0.008 0.011 0.012 0.025 0.033 0.072 0.146 0.142 0.224 0.205 0.122 4 K 0.024 0.084 0.094 0.234 0.210 0.146 0.096 0.053 0.033 0.017 0.010 5 L 0.005 0.006 0.017 0.023 0.044 0.049 0.117 0.200 0.183 0.188 0.168 6 I 0.003 0.006 0.014 0.036 0.063 0.096 0.149 0.151 0.191 0.186 0.106 7 L 0.013 0.008 0.020 0.030 0.048 0.074 0.178 0.151 0.207 0.176 0.093 8 N 0.031 0.113 0.190 0.300 0.171 0.085 0.060 0.025 0.014 0.007 0.003 9 L 0.017 0.021 0.029 0.042 0.063 0.087 0.210 0.161 0.160 0.123 0.088 10 K 0.288 0.159 0.106 0.166 0.107 0.060 0.062 0.029 0.013 0.007 0.003 11 Q 0.225 0.206 0.201 0.195 0.083 0.039 0.029 0.012 0.006 0.003 0.002 12 A 0.052 0.068 0.054 0.078 0.093 0.116 0.160 0.121 0.104 0.092 0.063 13 K 0.138 0.227 0.097 0.169 0.121 0.079 0.086 0.045 0.022 0.011 0.004 14 E 0.258 0.115 0.194 0.170 0.096 0.067 0.055 0.026 0.011 0.005 0.002 15 E 0.164 0.135 0.232 0.213 0.114 0.063 0.046 0.020 0.008 0.004 0.002 16 A 0.042 0.051 0.050 0.084 0.099 0.114 0.197 0.152 0.110 0.066 0.035 17 I 0.021 0.038 0.061 0.081 0.104 0.104 0.186 0.154 0.114 0.090 0.046 18 K 0.055 0.101 0.358 0.227 0.120 0.061 0.040 0.021 0.010 0.005 0.002 19 E 0.130 0.135 0.236 0.236 0.115 0.061 0.052 0.023 0.008 0.004 0.002 20 A 0.016 0.012 0.023 0.037 0.055 0.063 0.142 0.187 0.182 0.137 0.146 21 V 0.026 0.019 0.028 0.047 0.089 0.095 0.173 0.185 0.149 0.114 0.074 22 D 0.015 0.092 0.270 0.194 0.146 0.087 0.084 0.047 0.033 0.021 0.010 23 A 0.012 0.008 0.028 0.043 0.093 0.135 0.266 0.182 0.119 0.071 0.043 24 G 0.545 0.102 0.115 0.101 0.046 0.028 0.034 0.015 0.009 0.004 0.002 25 T 0.027 0.069 0.091 0.206 0.187 0.125 0.162 0.074 0.035 0.015 0.009 26 A 0.003 0.004 0.011 0.014 0.027 0.033 0.098 0.140 0.211 0.243 0.215 27 E 0.062 0.073 0.240 0.205 0.159 0.112 0.096 0.030 0.015 0.007 0.002 28 K 0.016 0.051 0.555 0.213 0.087 0.041 0.022 0.009 0.003 0.002 0.001 29 Y 0.007 0.010 0.025 0.050 0.082 0.138 0.243 0.173 0.130 0.097 0.045 30 F 0.001 0.003 0.006 0.007 0.013 0.029 0.098 0.126 0.257 0.287 0.173 31 K 0.008 0.029 0.298 0.212 0.193 0.119 0.075 0.035 0.018 0.011 0.004 32 L 0.019 0.024 0.278 0.138 0.124 0.135 0.153 0.068 0.031 0.022 0.007 33 I 0.004 0.007 0.016 0.024 0.036 0.133 0.239 0.145 0.188 0.148 0.061 34 A 0.007 0.007 0.010 0.016 0.025 0.046 0.122 0.131 0.227 0.235 0.174 35 N 0.031 0.089 0.179 0.232 0.180 0.103 0.096 0.046 0.024 0.015 0.007 36 A 0.099 0.149 0.161 0.156 0.122 0.109 0.102 0.048 0.027 0.018 0.009 37 K 0.404 0.182 0.048 0.124 0.080 0.054 0.054 0.032 0.012 0.006 0.004 38 T 0.358 0.183 0.037 0.109 0.071 0.053 0.065 0.048 0.033 0.024 0.018 39 V 0.015 0.015 0.009 0.021 0.033 0.065 0.106 0.102 0.196 0.206 0.232 40 E 0.156 0.268 0.098 0.224 0.141 0.052 0.030 0.016 0.008 0.005 0.003 41 G 0.045 0.033 0.027 0.059 0.065 0.117 0.174 0.141 0.154 0.118 0.068 42 V 0.082 0.084 0.034 0.170 0.163 0.135 0.140 0.088 0.054 0.031 0.019 43 W 0.022 0.014 0.015 0.042 0.056 0.085 0.156 0.175 0.182 0.153 0.101 44 T 0.028 0.079 0.077 0.171 0.163 0.132 0.121 0.080 0.067 0.049 0.033 45 Y 0.006 0.007 0.008 0.019 0.035 0.061 0.157 0.151 0.217 0.192 0.147 46 K 0.230 0.236 0.126 0.210 0.100 0.041 0.030 0.014 0.008 0.004 0.002 47 D 0.157 0.118 0.103 0.179 0.123 0.100 0.104 0.052 0.032 0.019 0.011 48 E 0.189 0.123 0.068 0.156 0.111 0.100 0.111 0.063 0.042 0.026 0.012 49 I 0.062 0.075 0.062 0.102 0.085 0.107 0.156 0.110 0.112 0.085 0.045 50 K 0.027 0.058 0.097 0.132 0.120 0.147 0.144 0.104 0.084 0.057 0.030 51 T 0.063 0.116 0.115 0.158 0.116 0.104 0.119 0.082 0.062 0.042 0.024 52 F 0.017 0.012 0.018 0.033 0.054 0.066 0.144 0.224 0.179 0.145 0.106 53 T 0.169 0.149 0.098 0.160 0.109 0.067 0.078 0.068 0.050 0.034 0.018 54 V 0.053 0.031 0.037 0.076 0.100 0.079 0.158 0.171 0.135 0.088 0.072 55 T 0.200 0.171 0.093 0.139 0.109 0.069 0.085 0.057 0.040 0.023 0.014 56 E 0.113 0.076 0.060 0.134 0.134 0.095 0.154 0.106 0.070 0.036 0.024