# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.86358 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.020 0.004 0.001 0.023 0.038 0.056 0.056 0.001 0.001 0.004 0.797 2 T 0.032 0.004 0.002 0.048 0.060 0.107 0.087 0.001 0.001 0.005 0.654 3 Y 0.035 0.008 0.003 0.127 0.239 0.233 0.082 0.001 0.001 0.004 0.269 4 K 0.011 0.010 0.002 0.232 0.262 0.232 0.071 0.001 0.001 0.004 0.176 5 L 0.011 0.011 0.001 0.299 0.224 0.247 0.038 0.001 0.001 0.001 0.169 6 I 0.010 0.016 0.001 0.409 0.123 0.292 0.023 0.001 0.001 0.002 0.126 7 L 0.004 0.032 0.001 0.378 0.196 0.247 0.028 0.001 0.001 0.003 0.110 8 N 0.008 0.030 0.002 0.171 0.120 0.251 0.099 0.002 0.001 0.004 0.313 9 L 0.031 0.029 0.006 0.134 0.065 0.174 0.106 0.002 0.001 0.006 0.446 10 K 0.019 0.022 0.002 0.025 0.027 0.041 0.281 0.002 0.001 0.006 0.575 11 Q 0.105 0.023 0.003 0.014 0.008 0.017 0.214 0.003 0.001 0.011 0.601 12 A 0.211 0.219 0.006 0.019 0.017 0.025 0.100 0.004 0.001 0.007 0.392 13 K 0.081 0.259 0.012 0.015 0.016 0.028 0.101 0.006 0.001 0.005 0.478 14 E 0.057 0.293 0.014 0.019 0.021 0.029 0.062 0.004 0.001 0.004 0.496 15 E 0.073 0.364 0.009 0.015 0.034 0.037 0.083 0.003 0.001 0.004 0.376 16 A 0.077 0.519 0.007 0.013 0.030 0.031 0.067 0.004 0.001 0.004 0.248 17 I 0.074 0.608 0.006 0.018 0.040 0.058 0.019 0.003 0.001 0.002 0.171 18 K 0.031 0.684 0.007 0.019 0.039 0.051 0.020 0.004 0.001 0.003 0.141 19 E 0.107 0.518 0.010 0.031 0.027 0.039 0.044 0.016 0.001 0.003 0.206 20 A 0.208 0.464 0.009 0.024 0.018 0.034 0.022 0.011 0.001 0.003 0.207 21 V 0.102 0.406 0.061 0.067 0.040 0.048 0.030 0.012 0.001 0.004 0.230 22 D 0.051 0.194 0.021 0.038 0.043 0.067 0.076 0.013 0.001 0.003 0.494 23 A 0.051 0.280 0.036 0.042 0.016 0.055 0.041 0.004 0.001 0.003 0.473 24 G 0.015 0.177 0.001 0.010 0.008 0.013 0.406 0.003 0.001 0.002 0.364 25 T 0.080 0.144 0.002 0.004 0.002 0.003 0.373 0.005 0.001 0.007 0.380 26 A 0.083 0.696 0.002 0.003 0.001 0.002 0.043 0.003 0.001 0.001 0.166 27 E 0.017 0.694 0.002 0.001 0.001 0.002 0.093 0.002 0.001 0.001 0.187 28 K 0.023 0.761 0.002 0.001 0.001 0.001 0.071 0.001 0.001 0.001 0.140 29 Y 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.026 30 F 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 31 K 0.005 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 32 L 0.006 0.983 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 33 I 0.013 0.978 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 34 A 0.011 0.965 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 35 N 0.049 0.763 0.005 0.003 0.009 0.009 0.012 0.092 0.001 0.001 0.056 36 A 0.266 0.444 0.047 0.009 0.005 0.010 0.006 0.066 0.001 0.004 0.143 37 K 0.162 0.098 0.048 0.014 0.012 0.007 0.154 0.093 0.001 0.009 0.403 38 T 0.424 0.009 0.157 0.011 0.007 0.007 0.117 0.010 0.001 0.042 0.215 39 V 0.146 0.045 0.093 0.116 0.041 0.046 0.127 0.004 0.001 0.011 0.371 40 E 0.010 0.010 0.011 0.076 0.124 0.129 0.135 0.002 0.001 0.007 0.496 41 G 0.026 0.007 0.006 0.120 0.077 0.130 0.084 0.001 0.001 0.012 0.538 42 V 0.062 0.010 0.003 0.091 0.113 0.139 0.160 0.001 0.001 0.003 0.419 43 W 0.019 0.009 0.002 0.120 0.100 0.139 0.116 0.001 0.001 0.009 0.487 44 T 0.041 0.015 0.003 0.131 0.154 0.213 0.098 0.001 0.001 0.007 0.338 45 Y 0.030 0.029 0.004 0.088 0.090 0.204 0.127 0.001 0.001 0.005 0.423 46 K 0.027 0.024 0.001 0.051 0.086 0.166 0.089 0.001 0.001 0.005 0.550 47 D 0.034 0.042 0.001 0.019 0.037 0.055 0.145 0.002 0.001 0.009 0.657 48 E 0.198 0.073 0.002 0.021 0.018 0.044 0.248 0.008 0.001 0.009 0.379 49 I 0.361 0.150 0.006 0.032 0.033 0.073 0.090 0.019 0.001 0.013 0.223 50 K 0.259 0.085 0.021 0.050 0.092 0.099 0.071 0.015 0.001 0.009 0.298 51 T 0.054 0.038 0.054 0.054 0.045 0.075 0.040 0.006 0.001 0.005 0.629 52 F 0.040 0.018 0.011 0.155 0.163 0.185 0.100 0.002 0.001 0.005 0.320 53 T 0.023 0.012 0.005 0.125 0.088 0.114 0.130 0.002 0.001 0.009 0.492 54 V 0.025 0.015 0.006 0.184 0.100 0.202 0.081 0.001 0.001 0.004 0.383 55 T 0.017 0.013 0.002 0.152 0.111 0.182 0.158 0.001 0.001 0.007 0.357 56 E 0.028 0.008 0.002 0.064 0.037 0.053 0.099 0.001 0.001 0.007 0.700