# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.86358 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.064 0.017 0.028 0.040 0.049 0.073 0.009 0.720 2 T 0.071 0.019 0.057 0.089 0.134 0.098 0.009 0.523 3 Y 0.041 0.018 0.108 0.207 0.221 0.075 0.005 0.325 4 K 0.009 0.016 0.144 0.281 0.361 0.052 0.002 0.135 5 L 0.015 0.041 0.225 0.242 0.277 0.043 0.004 0.153 6 I 0.007 0.038 0.274 0.172 0.417 0.012 0.002 0.077 7 L 0.005 0.029 0.238 0.291 0.368 0.014 0.002 0.053 8 N 0.010 0.062 0.114 0.182 0.265 0.081 0.009 0.277 9 L 0.045 0.064 0.082 0.112 0.393 0.055 0.013 0.236 10 K 0.025 0.070 0.033 0.053 0.084 0.219 0.015 0.501 11 Q 0.068 0.042 0.019 0.018 0.036 0.296 0.025 0.496 12 A 0.177 0.207 0.019 0.015 0.036 0.140 0.013 0.394 13 K 0.061 0.253 0.011 0.012 0.028 0.167 0.008 0.459 14 E 0.047 0.208 0.013 0.010 0.021 0.160 0.009 0.533 15 E 0.076 0.437 0.011 0.010 0.020 0.081 0.009 0.355 16 A 0.065 0.694 0.008 0.008 0.015 0.045 0.007 0.158 17 I 0.023 0.809 0.022 0.008 0.015 0.031 0.004 0.088 18 K 0.009 0.860 0.017 0.006 0.011 0.013 0.003 0.082 19 E 0.016 0.870 0.011 0.005 0.008 0.013 0.005 0.071 20 A 0.032 0.883 0.018 0.004 0.010 0.006 0.007 0.038 21 V 0.040 0.811 0.075 0.010 0.010 0.008 0.007 0.038 22 D 0.036 0.694 0.037 0.009 0.012 0.036 0.019 0.156 23 A 0.090 0.460 0.125 0.006 0.039 0.018 0.023 0.239 24 G 0.027 0.211 0.033 0.004 0.006 0.383 0.024 0.312 25 T 0.117 0.069 0.021 0.001 0.002 0.532 0.034 0.223 26 A 0.079 0.703 0.013 0.001 0.003 0.041 0.003 0.156 27 E 0.019 0.709 0.004 0.001 0.003 0.099 0.002 0.161 28 K 0.026 0.720 0.002 0.001 0.002 0.107 0.005 0.137 29 Y 0.018 0.950 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.024 30 F 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 31 K 0.004 0.971 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.014 32 L 0.008 0.968 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 33 I 0.012 0.970 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.010 34 A 0.017 0.919 0.021 0.007 0.005 0.004 0.006 0.021 35 N 0.040 0.726 0.051 0.019 0.015 0.022 0.031 0.097 36 A 0.134 0.495 0.049 0.017 0.029 0.018 0.058 0.199 37 K 0.144 0.162 0.057 0.018 0.018 0.140 0.099 0.363 38 T 0.294 0.023 0.164 0.023 0.015 0.100 0.080 0.300 39 V 0.086 0.040 0.262 0.089 0.068 0.159 0.013 0.282 40 E 0.021 0.019 0.078 0.053 0.080 0.146 0.006 0.597 41 G 0.070 0.017 0.106 0.058 0.160 0.094 0.014 0.480 42 V 0.096 0.015 0.165 0.119 0.138 0.113 0.010 0.343 43 W 0.025 0.016 0.091 0.150 0.156 0.068 0.005 0.490 44 T 0.026 0.021 0.096 0.152 0.319 0.051 0.004 0.331 45 Y 0.036 0.040 0.077 0.109 0.263 0.083 0.006 0.387 46 K 0.027 0.058 0.045 0.102 0.196 0.100 0.007 0.465 47 D 0.025 0.039 0.015 0.027 0.062 0.070 0.009 0.752 48 E 0.139 0.080 0.014 0.026 0.044 0.325 0.029 0.343 49 I 0.408 0.103 0.022 0.030 0.042 0.113 0.047 0.235 50 K 0.198 0.163 0.053 0.084 0.097 0.102 0.020 0.284 51 T 0.059 0.067 0.032 0.054 0.074 0.048 0.016 0.651 52 F 0.078 0.032 0.098 0.178 0.304 0.032 0.015 0.263 53 T 0.038 0.022 0.067 0.153 0.150 0.052 0.011 0.505 54 V 0.016 0.010 0.160 0.204 0.279 0.033 0.004 0.293 55 T 0.010 0.011 0.089 0.162 0.223 0.090 0.004 0.412 56 E 0.019 0.013 0.041 0.058 0.122 0.056 0.006 0.684