# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.86358 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.063 0.467 0.227 0.052 0.103 0.039 0.018 0.005 0.020 0.003 0.001 2 T 0.082 0.585 0.197 0.038 0.053 0.027 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 3 Y 0.045 0.676 0.098 0.024 0.124 0.015 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 4 K 0.018 0.766 0.098 0.005 0.079 0.019 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 5 L 0.021 0.621 0.245 0.005 0.017 0.084 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 6 I 0.038 0.782 0.099 0.006 0.017 0.041 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 7 L 0.072 0.566 0.170 0.030 0.083 0.041 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 8 N 0.092 0.212 0.218 0.078 0.141 0.089 0.085 0.007 0.062 0.016 0.001 9 L 0.347 0.144 0.270 0.085 0.058 0.031 0.023 0.003 0.029 0.008 0.003 10 K 0.610 0.062 0.143 0.117 0.020 0.017 0.013 0.002 0.009 0.003 0.002 11 Q 0.413 0.099 0.171 0.167 0.046 0.039 0.033 0.006 0.021 0.004 0.001 12 A 0.477 0.115 0.221 0.102 0.021 0.030 0.014 0.002 0.015 0.002 0.001 13 K 0.532 0.124 0.170 0.103 0.022 0.021 0.013 0.002 0.011 0.001 0.001 14 E 0.624 0.097 0.125 0.068 0.036 0.019 0.015 0.002 0.013 0.002 0.001 15 E 0.675 0.123 0.116 0.033 0.025 0.010 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 16 A 0.641 0.139 0.128 0.042 0.019 0.019 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 17 I 0.654 0.149 0.106 0.041 0.017 0.020 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 18 K 0.754 0.093 0.065 0.041 0.023 0.007 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 19 E 0.738 0.052 0.049 0.102 0.021 0.012 0.014 0.001 0.010 0.001 0.001 20 A 0.445 0.056 0.079 0.311 0.033 0.022 0.035 0.004 0.014 0.002 0.001 21 V 0.407 0.268 0.137 0.108 0.017 0.029 0.012 0.001 0.019 0.001 0.001 22 D 0.296 0.074 0.286 0.063 0.019 0.214 0.027 0.001 0.018 0.001 0.001 23 A 0.934 0.006 0.012 0.036 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 G 0.967 0.001 0.005 0.011 0.003 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 25 T 0.957 0.010 0.003 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.978 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 F 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.984 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.889 0.022 0.010 0.065 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 34 A 0.843 0.021 0.033 0.078 0.008 0.005 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 35 N 0.564 0.025 0.086 0.198 0.016 0.024 0.060 0.008 0.010 0.008 0.001 36 A 0.794 0.012 0.034 0.121 0.004 0.007 0.021 0.002 0.003 0.002 0.001 37 K 0.118 0.009 0.019 0.779 0.003 0.004 0.060 0.003 0.003 0.001 0.001 38 T 0.046 0.046 0.085 0.054 0.036 0.017 0.588 0.095 0.013 0.020 0.001 39 V 0.050 0.390 0.424 0.045 0.016 0.046 0.009 0.001 0.015 0.001 0.003 40 E 0.066 0.334 0.384 0.115 0.030 0.028 0.023 0.002 0.015 0.002 0.002 41 G 0.023 0.092 0.103 0.038 0.380 0.022 0.056 0.164 0.016 0.105 0.001 42 V 0.044 0.697 0.169 0.021 0.040 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 43 W 0.019 0.618 0.253 0.009 0.044 0.040 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 44 T 0.032 0.635 0.209 0.016 0.047 0.040 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 45 Y 0.041 0.401 0.277 0.024 0.130 0.053 0.009 0.001 0.061 0.003 0.001 46 K 0.490 0.092 0.252 0.065 0.033 0.027 0.013 0.001 0.017 0.005 0.005 47 D 0.391 0.075 0.145 0.194 0.063 0.032 0.066 0.012 0.013 0.009 0.001 48 E 0.316 0.159 0.155 0.226 0.048 0.030 0.029 0.009 0.023 0.003 0.001 49 I 0.217 0.359 0.273 0.067 0.028 0.018 0.011 0.001 0.023 0.001 0.001 50 K 0.228 0.255 0.323 0.066 0.039 0.047 0.020 0.002 0.017 0.001 0.003 51 T 0.092 0.503 0.187 0.089 0.061 0.025 0.010 0.001 0.029 0.001 0.001 52 F 0.051 0.515 0.229 0.041 0.091 0.035 0.009 0.002 0.027 0.001 0.001 53 T 0.022 0.604 0.218 0.019 0.045 0.060 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 54 V 0.088 0.491 0.245 0.051 0.049 0.051 0.004 0.001 0.019 0.001 0.002 55 T 0.062 0.330 0.249 0.052 0.137 0.071 0.020 0.002 0.071 0.006 0.001 56 E 0.422 0.146 0.229 0.077 0.057 0.028 0.011 0.002 0.019 0.004 0.005