# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.86358 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.124 0.186 0.064 0.016 0.268 0.024 0.040 0.113 0.054 0.064 0.047 2 T 0.289 0.095 0.014 0.006 0.380 0.011 0.021 0.062 0.021 0.041 0.062 3 Y 0.225 0.130 0.015 0.003 0.538 0.006 0.013 0.030 0.012 0.005 0.022 4 K 0.254 0.075 0.004 0.001 0.619 0.005 0.006 0.020 0.004 0.003 0.009 5 L 0.286 0.107 0.003 0.001 0.567 0.001 0.002 0.015 0.003 0.004 0.012 6 I 0.406 0.041 0.002 0.001 0.445 0.004 0.008 0.032 0.005 0.011 0.043 7 L 0.127 0.174 0.042 0.054 0.266 0.076 0.056 0.101 0.029 0.022 0.054 8 N 0.189 0.109 0.060 0.027 0.250 0.021 0.033 0.079 0.036 0.101 0.095 9 L 0.096 0.117 0.048 0.014 0.144 0.015 0.026 0.206 0.172 0.114 0.049 10 K 0.029 0.112 0.050 0.036 0.063 0.051 0.119 0.292 0.163 0.061 0.024 11 Q 0.082 0.092 0.049 0.018 0.094 0.016 0.042 0.283 0.111 0.161 0.052 12 A 0.067 0.121 0.043 0.009 0.118 0.013 0.036 0.351 0.113 0.093 0.035 13 K 0.074 0.090 0.033 0.018 0.107 0.023 0.042 0.386 0.110 0.079 0.038 14 E 0.048 0.071 0.031 0.017 0.067 0.018 0.028 0.484 0.143 0.068 0.027 15 E 0.060 0.088 0.025 0.006 0.106 0.009 0.025 0.505 0.104 0.052 0.019 16 A 0.138 0.077 0.008 0.001 0.165 0.004 0.020 0.422 0.078 0.057 0.029 17 I 0.134 0.053 0.007 0.004 0.135 0.010 0.036 0.391 0.108 0.062 0.060 18 K 0.060 0.057 0.014 0.013 0.096 0.032 0.067 0.503 0.111 0.026 0.022 19 E 0.061 0.068 0.030 0.010 0.104 0.019 0.052 0.437 0.114 0.076 0.027 20 A 0.166 0.085 0.012 0.001 0.233 0.003 0.021 0.306 0.064 0.075 0.034 21 V 0.097 0.198 0.036 0.013 0.229 0.027 0.051 0.241 0.039 0.036 0.033 22 D 0.119 0.210 0.077 0.015 0.219 0.015 0.023 0.189 0.052 0.039 0.043 23 A 0.013 0.021 0.006 0.002 0.018 0.004 0.011 0.713 0.171 0.029 0.013 24 G 0.004 0.017 0.008 0.006 0.009 0.011 0.040 0.799 0.079 0.023 0.004 25 T 0.014 0.038 0.010 0.001 0.018 0.002 0.007 0.732 0.081 0.084 0.012 26 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.854 0.119 0.012 0.003 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.912 0.076 0.002 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.951 0.039 0.004 0.001 29 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.935 0.043 0.012 0.001 30 F 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.888 0.089 0.008 0.002 31 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.895 0.088 0.006 0.001 32 L 0.004 0.011 0.002 0.001 0.007 0.001 0.020 0.870 0.064 0.021 0.001 33 I 0.029 0.039 0.010 0.001 0.039 0.002 0.031 0.681 0.089 0.067 0.012 34 A 0.036 0.060 0.030 0.013 0.047 0.019 0.061 0.552 0.096 0.066 0.022 35 N 0.056 0.045 0.072 0.066 0.060 0.049 0.085 0.320 0.094 0.117 0.036 36 A 0.035 0.147 0.100 0.050 0.068 0.037 0.084 0.215 0.122 0.112 0.030 37 K 0.041 0.130 0.084 0.077 0.072 0.041 0.069 0.094 0.101 0.205 0.086 38 T 0.159 0.145 0.078 0.021 0.183 0.013 0.023 0.047 0.039 0.171 0.123 39 V 0.151 0.208 0.089 0.034 0.238 0.022 0.027 0.070 0.041 0.057 0.063 40 E 0.072 0.090 0.051 0.147 0.093 0.155 0.177 0.077 0.046 0.056 0.035 41 G 0.051 0.156 0.208 0.147 0.094 0.052 0.022 0.040 0.030 0.156 0.044 42 V 0.181 0.149 0.028 0.004 0.536 0.004 0.008 0.026 0.023 0.023 0.018 43 W 0.247 0.113 0.019 0.004 0.518 0.006 0.010 0.018 0.013 0.021 0.033 44 T 0.105 0.373 0.118 0.017 0.275 0.014 0.014 0.014 0.008 0.019 0.044 45 Y 0.165 0.208 0.084 0.021 0.245 0.015 0.019 0.074 0.060 0.054 0.057 46 K 0.065 0.107 0.048 0.024 0.121 0.026 0.053 0.248 0.212 0.068 0.027 47 D 0.056 0.130 0.067 0.022 0.103 0.024 0.046 0.219 0.179 0.121 0.032 48 E 0.158 0.106 0.014 0.003 0.219 0.006 0.038 0.176 0.128 0.108 0.045 49 I 0.210 0.109 0.025 0.011 0.296 0.023 0.047 0.108 0.061 0.055 0.055 50 K 0.139 0.166 0.053 0.023 0.296 0.046 0.049 0.093 0.041 0.048 0.046 51 T 0.272 0.096 0.025 0.007 0.406 0.007 0.014 0.037 0.019 0.059 0.057 52 F 0.155 0.215 0.064 0.011 0.402 0.014 0.018 0.032 0.020 0.031 0.038 53 T 0.148 0.229 0.049 0.006 0.471 0.006 0.010 0.022 0.010 0.017 0.034 54 V 0.300 0.111 0.020 0.006 0.340 0.009 0.017 0.032 0.028 0.068 0.070 55 T 0.040 0.421 0.259 0.033 0.155 0.015 0.017 0.020 0.012 0.012 0.015 56 E 0.099 0.121 0.048 0.018 0.145 0.023 0.059 0.213 0.179 0.060 0.035