# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.86358 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.179 0.141 0.145 0.162 0.137 0.102 0.064 0.036 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 2 T 0.092 0.093 0.116 0.167 0.177 0.136 0.099 0.061 0.034 0.014 0.007 0.002 0.002 0.001 3 Y 0.026 0.017 0.028 0.054 0.106 0.150 0.200 0.168 0.116 0.063 0.038 0.020 0.009 0.003 4 K 0.050 0.045 0.060 0.111 0.162 0.141 0.120 0.119 0.091 0.047 0.030 0.014 0.007 0.004 5 L 0.015 0.007 0.010 0.018 0.030 0.053 0.093 0.120 0.138 0.175 0.165 0.122 0.037 0.017 6 I 0.017 0.017 0.023 0.029 0.051 0.077 0.099 0.140 0.148 0.154 0.124 0.070 0.036 0.017 7 L 0.038 0.033 0.037 0.051 0.083 0.091 0.105 0.129 0.154 0.113 0.080 0.048 0.027 0.011 8 N 0.064 0.072 0.093 0.155 0.163 0.130 0.124 0.078 0.055 0.033 0.018 0.010 0.003 0.003 9 L 0.028 0.033 0.060 0.100 0.154 0.161 0.161 0.121 0.081 0.056 0.024 0.012 0.005 0.003 10 K 0.201 0.208 0.172 0.149 0.114 0.069 0.041 0.020 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 11 Q 0.368 0.252 0.155 0.091 0.062 0.033 0.018 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.114 0.099 0.145 0.189 0.186 0.128 0.078 0.033 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 13 K 0.233 0.183 0.155 0.145 0.123 0.077 0.048 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.438 0.237 0.129 0.083 0.056 0.030 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.352 0.262 0.145 0.105 0.063 0.036 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.058 0.057 0.095 0.148 0.204 0.185 0.123 0.078 0.033 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 17 I 0.060 0.049 0.065 0.116 0.181 0.179 0.146 0.110 0.053 0.026 0.010 0.003 0.001 0.001 18 K 0.232 0.218 0.155 0.161 0.095 0.061 0.036 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 19 E 0.119 0.121 0.149 0.173 0.156 0.123 0.077 0.042 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 20 A 0.037 0.022 0.037 0.065 0.130 0.176 0.196 0.163 0.094 0.042 0.023 0.011 0.004 0.001 21 V 0.096 0.075 0.082 0.121 0.167 0.147 0.119 0.097 0.056 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 22 D 0.132 0.105 0.115 0.157 0.150 0.123 0.092 0.060 0.035 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 23 A 0.042 0.041 0.063 0.110 0.195 0.161 0.135 0.101 0.078 0.043 0.018 0.008 0.003 0.002 24 G 0.265 0.189 0.180 0.152 0.085 0.065 0.035 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.166 0.168 0.174 0.167 0.141 0.087 0.052 0.022 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 26 A 0.042 0.033 0.046 0.095 0.182 0.214 0.170 0.125 0.061 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 27 E 0.139 0.245 0.227 0.188 0.103 0.058 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.486 0.261 0.133 0.055 0.029 0.017 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.048 0.048 0.089 0.176 0.249 0.184 0.103 0.062 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 30 F 0.056 0.036 0.050 0.093 0.159 0.184 0.176 0.137 0.066 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 31 K 0.238 0.235 0.169 0.130 0.090 0.057 0.042 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 32 L 0.224 0.128 0.138 0.153 0.132 0.086 0.049 0.039 0.027 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 33 I 0.060 0.048 0.079 0.146 0.193 0.171 0.133 0.083 0.044 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 34 A 0.083 0.061 0.094 0.140 0.179 0.161 0.107 0.084 0.049 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 35 N 0.202 0.162 0.141 0.137 0.119 0.097 0.072 0.036 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 36 A 0.297 0.201 0.154 0.130 0.089 0.054 0.034 0.018 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 37 K 0.363 0.206 0.130 0.109 0.081 0.048 0.029 0.014 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 38 T 0.215 0.144 0.138 0.139 0.123 0.096 0.068 0.036 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 39 V 0.083 0.051 0.083 0.108 0.154 0.158 0.155 0.101 0.050 0.029 0.015 0.008 0.004 0.001 40 E 0.224 0.175 0.127 0.132 0.113 0.075 0.055 0.041 0.031 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 41 G 0.121 0.067 0.080 0.099 0.124 0.127 0.108 0.095 0.074 0.046 0.030 0.019 0.009 0.003 42 V 0.104 0.089 0.100 0.139 0.147 0.126 0.103 0.079 0.051 0.030 0.018 0.008 0.004 0.002 43 W 0.104 0.057 0.073 0.091 0.137 0.127 0.105 0.104 0.081 0.054 0.035 0.020 0.009 0.003 44 T 0.122 0.100 0.128 0.170 0.161 0.123 0.081 0.052 0.034 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 45 Y 0.082 0.066 0.098 0.141 0.165 0.147 0.119 0.080 0.049 0.028 0.014 0.007 0.003 0.001 46 K 0.265 0.225 0.153 0.132 0.089 0.058 0.041 0.016 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 47 D 0.357 0.234 0.160 0.099 0.059 0.040 0.026 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 48 E 0.137 0.168 0.174 0.158 0.139 0.095 0.060 0.034 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 49 I 0.046 0.033 0.054 0.096 0.176 0.174 0.152 0.128 0.071 0.036 0.018 0.010 0.004 0.001 50 K 0.050 0.055 0.073 0.114 0.150 0.145 0.129 0.114 0.073 0.047 0.027 0.012 0.006 0.003 51 T 0.063 0.039 0.047 0.084 0.118 0.115 0.110 0.134 0.114 0.073 0.055 0.027 0.013 0.007 52 F 0.021 0.016 0.020 0.029 0.052 0.074 0.113 0.122 0.142 0.135 0.131 0.094 0.037 0.015 53 T 0.063 0.041 0.054 0.074 0.107 0.110 0.109 0.126 0.116 0.084 0.060 0.033 0.017 0.008 54 V 0.040 0.023 0.027 0.045 0.076 0.090 0.113 0.136 0.132 0.120 0.102 0.059 0.025 0.012 55 T 0.059 0.048 0.061 0.094 0.137 0.145 0.128 0.125 0.082 0.058 0.035 0.017 0.007 0.005 56 E 0.085 0.088 0.102 0.138 0.156 0.129 0.095 0.077 0.056 0.038 0.020 0.009 0.004 0.002