# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.050 0.069 0.175 0.221 0.170 0.002 0.039 0.008 0.002 0.002 0.003 0.003 0.008 0.002 0.030 0.011 0.052 0.030 0.039 0.081 0.003 2 T 0.093 0.139 0.049 0.075 0.474 0.001 0.018 0.006 0.001 0.001 0.006 0.005 0.012 0.003 0.013 0.019 0.022 0.014 0.021 0.023 0.006 3 Y 0.248 0.323 0.109 0.104 0.091 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.006 0.008 0.031 0.005 0.027 0.005 0.006 0.004 0.006 0.005 0.008 4 K 0.364 0.390 0.030 0.040 0.069 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.011 0.013 0.037 0.008 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 5 L 0.419 0.385 0.021 0.029 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.018 0.057 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 6 I 0.428 0.380 0.016 0.028 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.018 0.051 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 7 L 0.405 0.374 0.025 0.043 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.020 0.053 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 8 N 0.251 0.376 0.027 0.079 0.082 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.012 0.018 0.049 0.023 0.026 0.011 0.006 0.003 0.005 0.005 0.017 9 L 0.161 0.170 0.069 0.109 0.142 0.002 0.017 0.021 0.004 0.002 0.011 0.011 0.022 0.016 0.099 0.022 0.049 0.015 0.019 0.028 0.010 10 K 0.044 0.044 0.067 0.071 0.120 0.012 0.082 0.109 0.007 0.002 0.005 0.005 0.009 0.010 0.059 0.028 0.176 0.040 0.035 0.071 0.003 11 Q 0.010 0.013 0.029 0.034 0.087 0.017 0.190 0.165 0.005 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.042 0.027 0.150 0.075 0.050 0.093 0.001 12 A 0.006 0.006 0.037 0.039 0.048 0.008 0.096 0.189 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.037 0.015 0.245 0.058 0.089 0.112 0.001 13 K 0.004 0.005 0.025 0.032 0.049 0.009 0.082 0.293 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.012 0.223 0.046 0.087 0.100 0.001 14 E 0.003 0.005 0.011 0.018 0.061 0.009 0.086 0.432 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.011 0.234 0.030 0.037 0.038 0.001 15 E 0.003 0.005 0.016 0.022 0.024 0.009 0.061 0.655 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 0.123 0.013 0.014 0.023 0.001 16 A 0.006 0.007 0.010 0.018 0.059 0.006 0.051 0.639 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.010 0.110 0.019 0.022 0.019 0.001 17 I 0.009 0.010 0.020 0.034 0.027 0.005 0.041 0.631 0.007 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.034 0.009 0.109 0.015 0.020 0.016 0.001 18 K 0.006 0.010 0.013 0.020 0.021 0.009 0.059 0.670 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.006 0.118 0.011 0.010 0.013 0.001 19 E 0.005 0.009 0.008 0.021 0.018 0.015 0.076 0.676 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 0.008 0.084 0.015 0.010 0.017 0.001 20 A 0.008 0.011 0.008 0.016 0.028 0.007 0.101 0.579 0.009 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.024 0.015 0.104 0.032 0.024 0.021 0.001 21 V 0.016 0.010 0.036 0.034 0.018 0.006 0.062 0.459 0.009 0.001 0.003 0.003 0.005 0.008 0.025 0.012 0.165 0.035 0.056 0.034 0.001 22 D 0.007 0.009 0.010 0.024 0.044 0.011 0.080 0.389 0.016 0.004 0.001 0.003 0.004 0.011 0.017 0.030 0.130 0.043 0.091 0.077 0.001 23 A 0.001 0.001 0.006 0.005 0.007 0.002 0.019 0.337 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 0.534 0.014 0.014 0.016 0.001 24 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.035 0.814 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.111 0.008 0.003 0.010 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.046 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.050 0.009 0.004 0.012 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.801 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.164 0.008 0.003 0.003 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 30 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.940 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.049 0.852 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.058 0.003 0.002 0.003 0.001 33 I 0.001 0.002 0.002 0.006 0.006 0.007 0.083 0.730 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.097 0.018 0.011 0.008 0.001 34 A 0.003 0.002 0.008 0.008 0.015 0.011 0.081 0.529 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.006 0.182 0.045 0.036 0.024 0.001 35 N 0.004 0.003 0.016 0.017 0.024 0.020 0.180 0.236 0.092 0.022 0.001 0.001 0.002 0.008 0.017 0.013 0.154 0.072 0.061 0.058 0.001 36 A 0.003 0.002 0.012 0.018 0.029 0.005 0.147 0.032 0.080 0.022 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.013 0.407 0.043 0.075 0.086 0.001 37 K 0.001 0.001 0.009 0.007 0.032 0.009 0.492 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.019 0.121 0.102 0.068 0.089 0.001 38 T 0.003 0.005 0.054 0.023 0.054 0.010 0.178 0.018 0.004 0.003 0.001 0.002 0.003 0.007 0.030 0.037 0.077 0.331 0.089 0.069 0.003 39 V 0.011 0.014 0.090 0.054 0.113 0.003 0.028 0.007 0.008 0.005 0.008 0.008 0.016 0.026 0.085 0.124 0.077 0.061 0.149 0.107 0.007 40 E 0.010 0.020 0.100 0.079 0.104 0.003 0.035 0.005 0.002 0.001 0.009 0.009 0.019 0.027 0.171 0.053 0.081 0.020 0.085 0.161 0.009 41 G 0.012 0.029 0.027 0.039 0.325 0.003 0.049 0.005 0.001 0.001 0.015 0.013 0.018 0.028 0.055 0.168 0.022 0.082 0.035 0.063 0.010 42 V 0.030 0.032 0.245 0.097 0.067 0.001 0.010 0.010 0.001 0.001 0.021 0.008 0.023 0.021 0.266 0.037 0.051 0.015 0.022 0.032 0.009 43 W 0.060 0.074 0.041 0.053 0.334 0.002 0.019 0.018 0.001 0.001 0.023 0.021 0.051 0.033 0.066 0.084 0.024 0.018 0.040 0.025 0.014 44 T 0.076 0.076 0.187 0.138 0.113 0.002 0.015 0.024 0.001 0.001 0.016 0.014 0.032 0.017 0.108 0.032 0.020 0.015 0.047 0.055 0.011 45 Y 0.048 0.050 0.049 0.070 0.392 0.001 0.015 0.035 0.002 0.001 0.009 0.005 0.014 0.006 0.036 0.034 0.099 0.038 0.049 0.042 0.007 46 K 0.044 0.040 0.144 0.118 0.118 0.005 0.055 0.094 0.007 0.002 0.004 0.005 0.009 0.005 0.091 0.010 0.147 0.016 0.044 0.040 0.003 47 D 0.030 0.042 0.042 0.057 0.187 0.019 0.161 0.126 0.008 0.004 0.002 0.002 0.005 0.004 0.029 0.015 0.191 0.023 0.018 0.036 0.001 48 E 0.040 0.054 0.073 0.120 0.108 0.009 0.245 0.049 0.007 0.009 0.002 0.003 0.007 0.004 0.037 0.009 0.122 0.038 0.023 0.041 0.002 49 I 0.054 0.079 0.042 0.056 0.310 0.004 0.150 0.023 0.003 0.002 0.007 0.008 0.013 0.008 0.018 0.032 0.041 0.040 0.054 0.054 0.004 50 K 0.070 0.083 0.259 0.289 0.044 0.003 0.020 0.009 0.002 0.001 0.004 0.006 0.020 0.012 0.075 0.005 0.024 0.015 0.017 0.034 0.007 51 T 0.063 0.088 0.011 0.029 0.581 0.001 0.012 0.004 0.002 0.001 0.014 0.012 0.022 0.012 0.011 0.062 0.009 0.009 0.030 0.015 0.016 52 F 0.085 0.096 0.264 0.195 0.039 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.011 0.011 0.040 0.015 0.172 0.005 0.007 0.004 0.015 0.023 0.009 53 T 0.064 0.095 0.023 0.071 0.448 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.026 0.016 0.025 0.014 0.019 0.077 0.010 0.020 0.032 0.019 0.028 54 V 0.086 0.087 0.148 0.132 0.105 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.014 0.014 0.045 0.018 0.226 0.021 0.016 0.008 0.031 0.027 0.010 55 T 0.050 0.067 0.061 0.152 0.263 0.001 0.016 0.010 0.001 0.001 0.011 0.011 0.020 0.015 0.064 0.047 0.021 0.022 0.067 0.090 0.009 56 E 0.040 0.026 0.081 0.092 0.341 0.002 0.014 0.011 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.003 0.089 0.024 0.130 0.022 0.042 0.067 0.003