# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.032 0.007 0.354 0.030 0.004 0.005 0.002 0.001 0.011 0.122 0.021 0.313 0.099 2 T 0.086 0.005 0.263 0.026 0.002 0.005 0.008 0.001 0.021 0.032 0.013 0.061 0.477 3 Y 0.280 0.003 0.060 0.041 0.002 0.010 0.035 0.005 0.041 0.020 0.005 0.335 0.162 4 K 0.501 0.001 0.020 0.063 0.001 0.005 0.059 0.012 0.018 0.004 0.002 0.118 0.195 5 L 0.639 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.090 0.017 0.022 0.001 0.001 0.126 0.098 6 I 0.723 0.001 0.002 0.027 0.001 0.003 0.095 0.015 0.012 0.001 0.001 0.038 0.084 7 L 0.649 0.001 0.005 0.005 0.001 0.002 0.046 0.006 0.018 0.001 0.001 0.183 0.083 8 N 0.357 0.004 0.050 0.035 0.003 0.007 0.037 0.005 0.032 0.012 0.012 0.080 0.366 9 L 0.098 0.008 0.288 0.018 0.014 0.027 0.007 0.002 0.017 0.088 0.046 0.148 0.237 10 K 0.022 0.008 0.193 0.026 0.048 0.117 0.003 0.001 0.014 0.139 0.237 0.117 0.074 11 Q 0.016 0.020 0.157 0.007 0.091 0.292 0.002 0.001 0.005 0.090 0.184 0.031 0.105 12 A 0.007 0.014 0.214 0.012 0.055 0.426 0.001 0.001 0.007 0.108 0.071 0.043 0.039 13 K 0.008 0.012 0.140 0.008 0.047 0.586 0.001 0.001 0.004 0.045 0.075 0.017 0.056 14 E 0.007 0.007 0.049 0.007 0.053 0.781 0.001 0.001 0.002 0.021 0.039 0.013 0.021 15 E 0.008 0.004 0.031 0.008 0.036 0.823 0.001 0.001 0.002 0.016 0.034 0.012 0.025 16 A 0.007 0.003 0.038 0.005 0.024 0.841 0.001 0.001 0.003 0.014 0.027 0.013 0.024 17 I 0.006 0.002 0.031 0.005 0.024 0.869 0.001 0.001 0.003 0.010 0.021 0.006 0.020 18 K 0.005 0.001 0.020 0.007 0.031 0.874 0.001 0.001 0.002 0.011 0.031 0.009 0.008 19 E 0.003 0.001 0.012 0.002 0.023 0.867 0.001 0.001 0.001 0.014 0.065 0.003 0.007 20 A 0.003 0.002 0.022 0.001 0.016 0.866 0.001 0.001 0.003 0.017 0.058 0.003 0.007 21 V 0.005 0.006 0.060 0.003 0.018 0.802 0.002 0.002 0.008 0.036 0.035 0.009 0.015 22 D 0.003 0.006 0.187 0.003 0.017 0.657 0.001 0.001 0.006 0.064 0.035 0.007 0.014 23 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.015 0.931 0.001 0.001 0.001 0.009 0.034 0.001 0.001 24 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.926 0.001 0.001 0.001 0.007 0.046 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.012 0.001 0.021 0.946 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 34 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.922 0.001 0.001 0.001 0.004 0.055 0.002 0.002 35 N 0.001 0.001 0.032 0.001 0.014 0.774 0.001 0.001 0.001 0.027 0.141 0.003 0.005 36 A 0.001 0.001 0.045 0.004 0.037 0.248 0.001 0.001 0.001 0.105 0.550 0.004 0.004 37 K 0.003 0.004 0.070 0.007 0.078 0.107 0.001 0.001 0.002 0.126 0.580 0.008 0.015 38 T 0.013 0.019 0.203 0.006 0.049 0.053 0.003 0.004 0.021 0.174 0.352 0.039 0.067 39 V 0.026 0.023 0.370 0.014 0.018 0.037 0.009 0.010 0.072 0.139 0.096 0.066 0.119 40 E 0.020 0.019 0.226 0.080 0.015 0.029 0.010 0.009 0.045 0.175 0.207 0.108 0.057 41 G 0.040 0.014 0.194 0.041 0.014 0.021 0.010 0.013 0.035 0.237 0.148 0.080 0.154 42 V 0.120 0.016 0.178 0.039 0.019 0.033 0.023 0.012 0.054 0.101 0.044 0.190 0.172 43 W 0.198 0.013 0.069 0.007 0.013 0.018 0.066 0.015 0.053 0.021 0.013 0.091 0.423 44 T 0.157 0.022 0.139 0.050 0.013 0.020 0.033 0.014 0.031 0.041 0.019 0.324 0.137 45 Y 0.106 0.019 0.203 0.025 0.024 0.055 0.015 0.005 0.024 0.068 0.044 0.088 0.325 46 K 0.046 0.011 0.229 0.102 0.115 0.058 0.009 0.003 0.012 0.095 0.174 0.066 0.081 47 D 0.044 0.008 0.116 0.056 0.213 0.060 0.005 0.002 0.008 0.091 0.253 0.056 0.089 48 E 0.071 0.015 0.181 0.032 0.113 0.040 0.007 0.002 0.017 0.102 0.156 0.112 0.153 49 I 0.126 0.012 0.199 0.061 0.070 0.024 0.015 0.006 0.021 0.053 0.067 0.043 0.303 50 K 0.065 0.007 0.068 0.049 0.008 0.012 0.011 0.005 0.044 0.055 0.020 0.623 0.032 51 T 0.077 0.009 0.064 0.011 0.005 0.007 0.018 0.012 0.037 0.018 0.017 0.013 0.712 52 F 0.069 0.004 0.058 0.037 0.003 0.005 0.018 0.009 0.062 0.019 0.006 0.689 0.023 53 T 0.084 0.009 0.093 0.009 0.003 0.005 0.028 0.010 0.082 0.019 0.008 0.053 0.598 54 V 0.085 0.023 0.287 0.017 0.006 0.007 0.021 0.011 0.055 0.043 0.014 0.265 0.165 55 T 0.030 0.015 0.486 0.030 0.005 0.007 0.008 0.003 0.049 0.075 0.024 0.119 0.149 56 E 0.016 0.017 0.480 0.006 0.020 0.019 0.003 0.001 0.016 0.153 0.074 0.049 0.146