# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.086 0.192 0.122 0.414 0.001 0.063 0.004 0.004 0.006 0.001 0.028 0.034 0.033 0.001 0.002 0.008 2 T 0.014 0.123 0.289 0.523 0.001 0.018 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.008 0.009 0.001 0.001 0.006 3 Y 0.009 0.018 0.231 0.717 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 4 K 0.001 0.005 0.110 0.879 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.001 0.001 0.017 0.976 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.001 0.005 0.011 0.945 0.026 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.001 0.015 0.003 0.946 0.014 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 N 0.001 0.023 0.004 0.263 0.034 0.633 0.001 0.016 0.003 0.013 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 9 L 0.004 0.055 0.003 0.054 0.020 0.237 0.001 0.025 0.004 0.006 0.573 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 10 K 0.005 0.279 0.013 0.056 0.003 0.021 0.002 0.021 0.012 0.003 0.114 0.449 0.012 0.001 0.005 0.002 11 Q 0.033 0.057 0.139 0.119 0.009 0.070 0.019 0.008 0.027 0.011 0.040 0.194 0.190 0.006 0.016 0.062 12 A 0.033 0.034 0.234 0.053 0.007 0.106 0.024 0.011 0.003 0.004 0.102 0.058 0.299 0.004 0.008 0.019 13 K 0.010 0.087 0.040 0.045 0.001 0.136 0.004 0.014 0.004 0.003 0.120 0.157 0.362 0.001 0.007 0.009 14 E 0.013 0.035 0.031 0.080 0.001 0.050 0.004 0.002 0.011 0.002 0.126 0.131 0.491 0.002 0.003 0.018 15 E 0.014 0.038 0.092 0.110 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.028 0.114 0.564 0.001 0.005 0.010 16 A 0.005 0.017 0.081 0.087 0.002 0.058 0.006 0.001 0.001 0.001 0.011 0.031 0.678 0.002 0.002 0.019 17 I 0.002 0.013 0.028 0.045 0.004 0.119 0.012 0.001 0.001 0.001 0.047 0.018 0.703 0.005 0.002 0.002 18 K 0.002 0.183 0.034 0.106 0.002 0.021 0.010 0.006 0.001 0.001 0.017 0.075 0.514 0.005 0.015 0.009 19 E 0.007 0.012 0.036 0.226 0.001 0.017 0.004 0.004 0.007 0.002 0.024 0.020 0.555 0.005 0.017 0.063 20 A 0.039 0.017 0.244 0.080 0.013 0.021 0.042 0.001 0.002 0.001 0.018 0.010 0.392 0.028 0.005 0.088 21 V 0.015 0.088 0.241 0.387 0.002 0.015 0.005 0.013 0.001 0.001 0.006 0.016 0.180 0.001 0.018 0.012 22 D 0.001 0.003 0.006 0.014 0.015 0.806 0.008 0.001 0.001 0.009 0.005 0.008 0.115 0.003 0.001 0.006 23 A 0.002 0.008 0.001 0.003 0.001 0.027 0.001 0.010 0.001 0.001 0.858 0.007 0.082 0.001 0.002 0.001 24 G 0.001 0.013 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.894 0.056 0.001 0.001 0.002 25 T 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.047 0.927 0.001 0.001 0.002 26 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.011 0.951 0.001 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.087 0.906 0.001 0.001 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 30 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.004 0.002 0.004 33 I 0.001 0.003 0.024 0.005 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.811 0.046 0.014 0.052 34 A 0.003 0.008 0.058 0.017 0.006 0.006 0.082 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.649 0.044 0.063 0.050 35 N 0.008 0.018 0.045 0.010 0.025 0.045 0.076 0.018 0.002 0.005 0.018 0.006 0.433 0.157 0.051 0.082 36 A 0.031 0.032 0.025 0.009 0.012 0.018 0.074 0.050 0.014 0.007 0.138 0.013 0.136 0.216 0.167 0.059 37 K 0.045 0.124 0.069 0.015 0.001 0.010 0.018 0.029 0.039 0.008 0.025 0.062 0.054 0.006 0.360 0.134 38 T 0.176 0.038 0.228 0.026 0.002 0.006 0.009 0.001 0.050 0.006 0.004 0.011 0.025 0.002 0.005 0.411 39 V 0.242 0.008 0.245 0.026 0.061 0.098 0.260 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.014 0.020 0.001 0.004 40 E 0.004 0.465 0.189 0.120 0.001 0.008 0.001 0.163 0.002 0.001 0.004 0.006 0.004 0.001 0.029 0.003 41 G 0.006 0.009 0.024 0.702 0.001 0.022 0.001 0.002 0.139 0.041 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.032 42 V 0.249 0.019 0.387 0.319 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 43 W 0.002 0.007 0.124 0.817 0.006 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 44 T 0.004 0.037 0.026 0.640 0.059 0.211 0.002 0.004 0.001 0.002 0.006 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 45 Y 0.003 0.041 0.005 0.166 0.081 0.558 0.003 0.026 0.003 0.004 0.089 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 46 K 0.004 0.241 0.019 0.119 0.010 0.065 0.003 0.109 0.018 0.007 0.253 0.123 0.018 0.002 0.007 0.002 47 D 0.016 0.090 0.033 0.090 0.008 0.135 0.012 0.020 0.069 0.022 0.088 0.250 0.122 0.004 0.014 0.027 48 E 0.057 0.086 0.219 0.079 0.008 0.036 0.052 0.007 0.012 0.002 0.121 0.070 0.165 0.016 0.016 0.053 49 I 0.031 0.164 0.358 0.191 0.002 0.021 0.016 0.009 0.007 0.002 0.005 0.052 0.064 0.003 0.039 0.037 50 K 0.036 0.042 0.374 0.382 0.003 0.013 0.011 0.002 0.009 0.003 0.004 0.002 0.026 0.004 0.003 0.087 51 T 0.066 0.018 0.324 0.517 0.002 0.037 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.013 0.001 0.001 0.007 52 F 0.009 0.046 0.165 0.749 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 53 T 0.005 0.011 0.026 0.911 0.005 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 54 V 0.004 0.036 0.059 0.681 0.038 0.148 0.003 0.003 0.001 0.001 0.016 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 55 T 0.002 0.133 0.017 0.387 0.088 0.276 0.005 0.018 0.004 0.003 0.035 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 56 E 0.005 0.163 0.031 0.218 0.093 0.143 0.018 0.061 0.015 0.010 0.166 0.040 0.020 0.008 0.006 0.005