# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.015 0.021 0.003 0.033 0.072 0.211 0.128 0.003 0.001 0.044 0.470 2 T 0.008 0.013 0.002 0.043 0.084 0.253 0.106 0.002 0.001 0.065 0.425 3 Y 0.003 0.009 0.001 0.074 0.260 0.396 0.037 0.001 0.001 0.047 0.172 4 K 0.003 0.007 0.001 0.088 0.240 0.380 0.028 0.001 0.001 0.083 0.170 5 L 0.001 0.004 0.001 0.156 0.317 0.418 0.010 0.001 0.001 0.032 0.061 6 I 0.006 0.007 0.001 0.151 0.323 0.320 0.020 0.001 0.001 0.034 0.137 7 L 0.004 0.006 0.002 0.188 0.397 0.242 0.018 0.001 0.001 0.017 0.126 8 N 0.056 0.086 0.003 0.110 0.193 0.219 0.042 0.007 0.002 0.040 0.243 9 L 0.209 0.136 0.003 0.038 0.047 0.054 0.069 0.015 0.001 0.043 0.384 10 K 0.080 0.187 0.004 0.036 0.030 0.034 0.084 0.006 0.001 0.037 0.501 11 Q 0.082 0.269 0.002 0.029 0.014 0.035 0.082 0.005 0.001 0.029 0.454 12 A 0.061 0.431 0.005 0.013 0.024 0.018 0.055 0.008 0.001 0.044 0.341 13 K 0.072 0.708 0.002 0.009 0.009 0.011 0.019 0.009 0.001 0.023 0.138 14 E 0.053 0.695 0.002 0.008 0.008 0.013 0.026 0.004 0.001 0.035 0.157 15 E 0.028 0.649 0.005 0.014 0.020 0.027 0.033 0.003 0.001 0.024 0.197 16 A 0.035 0.652 0.008 0.011 0.012 0.016 0.032 0.006 0.001 0.039 0.189 17 I 0.059 0.832 0.004 0.003 0.004 0.003 0.012 0.013 0.001 0.015 0.054 18 K 0.063 0.818 0.005 0.004 0.003 0.003 0.013 0.010 0.001 0.015 0.067 19 E 0.037 0.750 0.007 0.006 0.004 0.006 0.015 0.006 0.001 0.025 0.144 20 A 0.055 0.622 0.008 0.008 0.006 0.009 0.037 0.008 0.001 0.046 0.201 21 V 0.005 0.044 0.004 0.005 0.003 0.003 0.041 0.001 0.001 0.815 0.079 22 D 0.007 0.814 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.001 0.106 0.044 23 A 0.014 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.009 24 G 0.005 0.938 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 0.025 25 T 0.002 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.059 0.019 26 A 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.004 27 E 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 28 K 0.002 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.015 29 Y 0.009 0.927 0.003 0.002 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.019 0.022 30 F 0.017 0.878 0.006 0.006 0.002 0.007 0.011 0.008 0.001 0.040 0.024 31 K 0.029 0.550 0.008 0.008 0.007 0.009 0.039 0.004 0.002 0.211 0.131 32 L 0.053 0.485 0.018 0.018 0.011 0.017 0.056 0.008 0.003 0.092 0.240 33 I 0.138 0.254 0.033 0.022 0.015 0.021 0.085 0.025 0.010 0.106 0.290 34 A 0.132 0.045 0.062 0.019 0.011 0.017 0.099 0.011 0.036 0.104 0.463 35 N 0.227 0.026 0.002 0.010 0.006 0.012 0.074 0.007 0.001 0.024 0.611 36 A 0.082 0.009 0.001 0.009 0.005 0.008 0.074 0.003 0.001 0.019 0.790 37 K 0.023 0.006 0.003 0.034 0.016 0.028 0.151 0.002 0.001 0.025 0.711 38 T 0.028 0.007 0.001 0.029 0.016 0.043 0.120 0.002 0.001 0.042 0.712 39 V 0.072 0.007 0.001 0.038 0.076 0.056 0.132 0.004 0.001 0.052 0.561 40 E 0.016 0.008 0.001 0.111 0.030 0.079 0.133 0.002 0.001 0.064 0.555 41 G 0.015 0.017 0.001 0.092 0.052 0.170 0.106 0.002 0.001 0.061 0.483 42 V 0.016 0.018 0.001 0.101 0.157 0.204 0.079 0.002 0.001 0.045 0.376 43 W 0.009 0.022 0.002 0.120 0.185 0.251 0.065 0.001 0.001 0.028 0.316 44 T 0.023 0.067 0.004 0.087 0.186 0.248 0.053 0.004 0.001 0.031 0.296 45 Y 0.195 0.101 0.008 0.025 0.112 0.098 0.053 0.023 0.003 0.055 0.327 46 K 0.277 0.090 0.007 0.013 0.058 0.064 0.070 0.018 0.003 0.060 0.338 47 D 0.092 0.021 0.005 0.019 0.039 0.104 0.115 0.004 0.001 0.097 0.504 48 E 0.014 0.013 0.004 0.039 0.111 0.272 0.085 0.003 0.001 0.070 0.387 49 I 0.018 0.006 0.003 0.033 0.117 0.173 0.077 0.004 0.001 0.082 0.488 50 K 0.006 0.005 0.002 0.049 0.274 0.301 0.043 0.002 0.001 0.049 0.270 51 T 0.006 0.004 0.001 0.067 0.141 0.281 0.045 0.002 0.001 0.080 0.373 52 F 0.003 0.001 0.001 0.095 0.351 0.346 0.026 0.001 0.001 0.036 0.141 53 T 0.004 0.002 0.001 0.103 0.243 0.351 0.035 0.001 0.001 0.062 0.198 54 V 0.006 0.003 0.001 0.135 0.261 0.237 0.050 0.002 0.001 0.040 0.265 55 T 0.075 0.013 0.002 0.098 0.140 0.154 0.077 0.007 0.002 0.079 0.353 56 E 0.061 0.016 0.002 0.036 0.040 0.067 0.125 0.005 0.001 0.053 0.594