# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.015 0.051 0.052 0.136 0.305 0.097 0.061 0.284 2 T 0.010 0.052 0.071 0.114 0.353 0.064 0.077 0.257 3 Y 0.006 0.020 0.051 0.320 0.375 0.039 0.064 0.123 4 K 0.002 0.008 0.102 0.294 0.362 0.024 0.117 0.091 5 L 0.002 0.019 0.155 0.297 0.408 0.015 0.045 0.059 6 I 0.004 0.020 0.186 0.256 0.433 0.013 0.024 0.065 7 L 0.005 0.013 0.267 0.347 0.251 0.017 0.034 0.067 8 N 0.058 0.132 0.105 0.204 0.249 0.041 0.076 0.135 9 L 0.154 0.214 0.048 0.044 0.064 0.068 0.058 0.351 10 K 0.051 0.226 0.024 0.032 0.038 0.089 0.048 0.492 11 Q 0.056 0.346 0.014 0.013 0.017 0.059 0.072 0.423 12 A 0.052 0.505 0.010 0.017 0.017 0.049 0.099 0.251 13 K 0.047 0.651 0.005 0.010 0.014 0.026 0.102 0.145 14 E 0.031 0.691 0.005 0.008 0.010 0.020 0.103 0.133 15 E 0.017 0.648 0.012 0.024 0.028 0.037 0.075 0.159 16 A 0.031 0.509 0.023 0.030 0.044 0.048 0.141 0.175 17 I 0.082 0.473 0.015 0.020 0.026 0.047 0.184 0.153 18 K 0.084 0.458 0.015 0.018 0.022 0.037 0.169 0.196 19 E 0.021 0.605 0.015 0.016 0.024 0.041 0.047 0.231 20 A 0.035 0.382 0.039 0.016 0.032 0.080 0.059 0.356 21 V 0.026 0.099 0.052 0.041 0.024 0.057 0.527 0.174 22 D 0.048 0.665 0.008 0.004 0.005 0.020 0.176 0.074 23 A 0.024 0.851 0.005 0.001 0.002 0.015 0.024 0.077 24 G 0.008 0.816 0.012 0.007 0.006 0.021 0.027 0.103 25 T 0.018 0.923 0.003 0.001 0.001 0.005 0.033 0.017 26 A 0.014 0.932 0.002 0.001 0.001 0.002 0.040 0.008 27 E 0.009 0.944 0.003 0.001 0.001 0.003 0.023 0.016 28 K 0.007 0.930 0.002 0.001 0.001 0.006 0.018 0.035 29 Y 0.005 0.933 0.006 0.001 0.002 0.005 0.031 0.017 30 F 0.026 0.897 0.007 0.002 0.002 0.005 0.042 0.020 31 K 0.031 0.523 0.027 0.015 0.009 0.028 0.242 0.125 32 L 0.049 0.663 0.019 0.011 0.010 0.027 0.064 0.157 33 I 0.175 0.225 0.048 0.021 0.033 0.074 0.149 0.275 34 A 0.037 0.014 0.035 0.015 0.013 0.105 0.129 0.651 35 N 0.258 0.028 0.008 0.012 0.010 0.056 0.131 0.497 36 A 0.041 0.008 0.005 0.005 0.006 0.100 0.024 0.810 37 K 0.007 0.005 0.069 0.021 0.070 0.267 0.032 0.530 38 T 0.022 0.004 0.025 0.013 0.028 0.110 0.043 0.754 39 V 0.088 0.016 0.076 0.082 0.040 0.133 0.093 0.472 40 E 0.030 0.014 0.094 0.038 0.096 0.113 0.084 0.530 41 G 0.034 0.024 0.096 0.074 0.173 0.087 0.138 0.373 42 V 0.018 0.023 0.129 0.145 0.153 0.102 0.037 0.395 43 W 0.009 0.015 0.111 0.190 0.198 0.068 0.033 0.376 44 T 0.031 0.079 0.056 0.141 0.206 0.073 0.118 0.296 45 Y 0.136 0.074 0.089 0.089 0.101 0.070 0.190 0.253 46 K 0.390 0.043 0.012 0.055 0.077 0.050 0.074 0.297 47 D 0.108 0.016 0.016 0.033 0.044 0.059 0.100 0.624 48 E 0.015 0.010 0.030 0.057 0.218 0.156 0.046 0.469 49 I 0.010 0.003 0.025 0.061 0.197 0.075 0.056 0.574 50 K 0.011 0.004 0.037 0.298 0.235 0.073 0.044 0.297 51 T 0.005 0.003 0.089 0.123 0.300 0.058 0.077 0.346 52 F 0.005 0.003 0.090 0.285 0.373 0.041 0.047 0.156 53 T 0.008 0.005 0.214 0.219 0.307 0.031 0.048 0.167 54 V 0.017 0.007 0.101 0.244 0.218 0.046 0.051 0.315 55 T 0.045 0.017 0.101 0.150 0.181 0.069 0.087 0.351 56 E 0.057 0.016 0.034 0.082 0.117 0.096 0.054 0.546