# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.459 0.176 0.050 0.111 0.073 0.046 0.041 0.020 0.013 0.007 0.004 2 T 0.123 0.124 0.054 0.208 0.197 0.118 0.086 0.038 0.030 0.015 0.008 3 Y 0.008 0.008 0.012 0.032 0.045 0.090 0.178 0.174 0.199 0.143 0.111 4 K 0.008 0.039 0.063 0.225 0.244 0.188 0.127 0.051 0.032 0.017 0.006 5 L 0.001 0.005 0.017 0.018 0.025 0.035 0.102 0.230 0.232 0.201 0.135 6 I 0.003 0.010 0.030 0.053 0.051 0.058 0.142 0.158 0.188 0.194 0.113 7 L 0.002 0.004 0.019 0.018 0.017 0.036 0.098 0.154 0.223 0.255 0.174 8 N 0.011 0.071 0.119 0.227 0.210 0.122 0.127 0.052 0.032 0.022 0.008 9 L 0.010 0.015 0.019 0.046 0.055 0.117 0.235 0.174 0.162 0.109 0.058 10 K 0.357 0.158 0.110 0.172 0.104 0.035 0.029 0.014 0.010 0.008 0.002 11 Q 0.299 0.201 0.101 0.186 0.111 0.042 0.035 0.014 0.007 0.004 0.002 12 A 0.027 0.052 0.034 0.065 0.051 0.098 0.158 0.118 0.155 0.139 0.103 13 K 0.060 0.215 0.094 0.191 0.159 0.105 0.109 0.035 0.019 0.010 0.004 14 E 0.307 0.123 0.197 0.155 0.081 0.062 0.044 0.018 0.008 0.004 0.002 15 E 0.376 0.095 0.186 0.175 0.079 0.048 0.026 0.007 0.004 0.003 0.001 16 A 0.006 0.021 0.028 0.063 0.061 0.107 0.234 0.171 0.150 0.096 0.063 17 I 0.001 0.007 0.026 0.032 0.052 0.087 0.186 0.182 0.172 0.143 0.112 18 K 0.035 0.050 0.515 0.209 0.102 0.052 0.022 0.007 0.004 0.003 0.001 19 E 0.051 0.070 0.332 0.289 0.150 0.071 0.028 0.005 0.003 0.001 0.001 20 A 0.007 0.007 0.011 0.021 0.025 0.048 0.141 0.205 0.209 0.173 0.153 21 V 0.011 0.017 0.036 0.038 0.045 0.077 0.174 0.164 0.175 0.175 0.089 22 D 0.010 0.112 0.475 0.168 0.100 0.044 0.041 0.018 0.015 0.013 0.004 23 A 0.008 0.019 0.042 0.066 0.083 0.186 0.269 0.140 0.102 0.052 0.033 24 G 0.647 0.088 0.086 0.073 0.039 0.018 0.021 0.010 0.008 0.008 0.003 25 T 0.077 0.188 0.079 0.254 0.204 0.089 0.065 0.023 0.012 0.006 0.003 26 A 0.001 0.004 0.007 0.008 0.008 0.021 0.070 0.106 0.242 0.239 0.294 27 E 0.019 0.034 0.114 0.242 0.266 0.148 0.119 0.033 0.015 0.008 0.002 28 K 0.085 0.080 0.570 0.155 0.050 0.030 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 29 Y 0.006 0.013 0.041 0.089 0.117 0.238 0.297 0.089 0.061 0.034 0.015 30 F 0.001 0.001 0.006 0.004 0.005 0.012 0.066 0.136 0.247 0.263 0.259 31 K 0.002 0.009 0.184 0.192 0.319 0.129 0.098 0.034 0.019 0.012 0.003 32 L 0.006 0.020 0.481 0.147 0.138 0.082 0.075 0.024 0.016 0.009 0.003 33 I 0.007 0.013 0.044 0.049 0.056 0.114 0.294 0.145 0.136 0.090 0.053 34 A 0.005 0.005 0.012 0.009 0.009 0.023 0.092 0.156 0.233 0.245 0.211 35 N 0.022 0.086 0.197 0.282 0.208 0.088 0.062 0.028 0.013 0.009 0.004 36 A 0.127 0.124 0.132 0.197 0.158 0.109 0.086 0.033 0.020 0.010 0.005 37 K 0.448 0.189 0.057 0.113 0.082 0.043 0.037 0.013 0.009 0.006 0.002 38 T 0.191 0.125 0.031 0.118 0.096 0.085 0.121 0.081 0.073 0.046 0.033 39 V 0.008 0.013 0.012 0.024 0.022 0.039 0.083 0.110 0.207 0.216 0.267 40 E 0.112 0.376 0.107 0.223 0.121 0.029 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 41 G 0.270 0.131 0.050 0.084 0.075 0.075 0.094 0.074 0.062 0.049 0.035 42 V 0.110 0.129 0.040 0.235 0.205 0.122 0.073 0.031 0.028 0.019 0.009 43 W 0.041 0.030 0.025 0.054 0.058 0.071 0.156 0.192 0.167 0.116 0.088 44 T 0.052 0.151 0.108 0.218 0.182 0.091 0.083 0.046 0.033 0.028 0.009 45 Y 0.014 0.027 0.031 0.056 0.051 0.111 0.165 0.145 0.165 0.131 0.102 46 K 0.334 0.213 0.107 0.198 0.082 0.029 0.019 0.009 0.005 0.004 0.001 47 D 0.448 0.167 0.068 0.121 0.077 0.048 0.035 0.016 0.011 0.007 0.003 48 E 0.221 0.135 0.065 0.177 0.144 0.092 0.075 0.036 0.029 0.018 0.010 49 I 0.076 0.065 0.073 0.142 0.126 0.134 0.156 0.078 0.078 0.048 0.024 50 K 0.022 0.045 0.109 0.149 0.150 0.149 0.157 0.097 0.068 0.039 0.016 51 T 0.062 0.112 0.146 0.234 0.160 0.103 0.091 0.037 0.030 0.018 0.007 52 F 0.019 0.021 0.026 0.036 0.054 0.076 0.158 0.183 0.184 0.146 0.097 53 T 0.162 0.209 0.102 0.186 0.133 0.067 0.062 0.032 0.023 0.018 0.007 54 V 0.033 0.026 0.031 0.049 0.051 0.074 0.146 0.141 0.169 0.159 0.121 55 T 0.236 0.337 0.087 0.170 0.104 0.027 0.019 0.010 0.006 0.004 0.002 56 E 0.383 0.157 0.050 0.109 0.094 0.061 0.065 0.036 0.024 0.014 0.007