# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.044 0.006 0.002 0.027 0.054 0.071 0.095 0.001 0.001 0.004 0.697 2 T 0.023 0.002 0.001 0.026 0.044 0.066 0.102 0.001 0.001 0.002 0.734 3 Y 0.057 0.006 0.002 0.080 0.159 0.286 0.070 0.001 0.001 0.004 0.338 4 K 0.041 0.008 0.002 0.218 0.223 0.253 0.086 0.001 0.001 0.007 0.162 5 L 0.010 0.005 0.001 0.154 0.372 0.303 0.035 0.001 0.001 0.002 0.117 6 I 0.004 0.006 0.001 0.316 0.217 0.404 0.008 0.001 0.001 0.001 0.043 7 L 0.005 0.010 0.001 0.196 0.298 0.431 0.012 0.001 0.001 0.002 0.045 8 N 0.004 0.022 0.001 0.116 0.266 0.315 0.061 0.001 0.001 0.002 0.213 9 L 0.008 0.030 0.001 0.104 0.141 0.418 0.029 0.001 0.001 0.002 0.265 10 K 0.012 0.030 0.002 0.034 0.051 0.128 0.256 0.001 0.001 0.006 0.480 11 Q 0.094 0.027 0.004 0.013 0.014 0.022 0.279 0.001 0.001 0.015 0.530 12 A 0.179 0.240 0.009 0.016 0.023 0.050 0.081 0.003 0.001 0.009 0.390 13 K 0.060 0.306 0.010 0.015 0.025 0.048 0.108 0.002 0.001 0.005 0.420 14 E 0.079 0.311 0.007 0.008 0.016 0.026 0.071 0.004 0.001 0.003 0.475 15 E 0.110 0.507 0.004 0.005 0.013 0.020 0.048 0.006 0.001 0.003 0.283 16 A 0.104 0.523 0.009 0.006 0.009 0.015 0.035 0.010 0.001 0.002 0.286 17 I 0.060 0.701 0.016 0.015 0.012 0.027 0.019 0.005 0.001 0.001 0.144 18 K 0.034 0.717 0.008 0.015 0.017 0.019 0.013 0.005 0.001 0.001 0.170 19 E 0.052 0.582 0.005 0.018 0.016 0.018 0.030 0.012 0.001 0.001 0.265 20 A 0.097 0.652 0.007 0.018 0.008 0.015 0.014 0.012 0.001 0.001 0.177 21 V 0.067 0.701 0.014 0.026 0.010 0.015 0.023 0.009 0.001 0.001 0.133 22 D 0.057 0.626 0.020 0.026 0.020 0.022 0.037 0.013 0.001 0.002 0.177 23 A 0.085 0.503 0.016 0.038 0.006 0.015 0.016 0.010 0.001 0.002 0.308 24 G 0.056 0.309 0.014 0.012 0.004 0.006 0.186 0.007 0.001 0.004 0.403 25 T 0.174 0.277 0.021 0.008 0.002 0.004 0.214 0.008 0.001 0.007 0.286 26 A 0.064 0.668 0.025 0.009 0.001 0.005 0.020 0.005 0.001 0.002 0.201 27 E 0.012 0.667 0.014 0.007 0.003 0.004 0.061 0.002 0.001 0.001 0.229 28 K 0.028 0.726 0.003 0.001 0.002 0.002 0.034 0.003 0.001 0.001 0.199 29 Y 0.021 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.068 30 F 0.010 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.030 31 K 0.006 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 32 L 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 33 I 0.035 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.020 34 A 0.037 0.916 0.004 0.002 0.004 0.003 0.002 0.012 0.001 0.001 0.019 35 N 0.047 0.786 0.015 0.007 0.011 0.008 0.010 0.038 0.001 0.001 0.078 36 A 0.165 0.508 0.018 0.015 0.011 0.013 0.025 0.057 0.001 0.002 0.186 37 K 0.277 0.258 0.033 0.024 0.013 0.016 0.076 0.068 0.001 0.008 0.227 38 T 0.285 0.033 0.115 0.034 0.010 0.010 0.089 0.030 0.001 0.014 0.381 39 V 0.094 0.033 0.206 0.090 0.051 0.049 0.194 0.005 0.001 0.005 0.274 40 E 0.024 0.017 0.005 0.132 0.084 0.139 0.087 0.002 0.001 0.012 0.497 41 G 0.027 0.012 0.007 0.074 0.059 0.109 0.092 0.004 0.001 0.008 0.609 42 V 0.227 0.009 0.007 0.126 0.120 0.162 0.097 0.001 0.001 0.004 0.246 43 W 0.021 0.005 0.002 0.048 0.068 0.077 0.108 0.001 0.001 0.002 0.670 44 T 0.024 0.006 0.002 0.078 0.161 0.360 0.085 0.001 0.001 0.003 0.281 45 Y 0.045 0.018 0.002 0.089 0.129 0.281 0.070 0.001 0.001 0.004 0.362 46 K 0.018 0.030 0.001 0.045 0.119 0.209 0.216 0.001 0.001 0.006 0.356 47 D 0.020 0.023 0.001 0.020 0.068 0.111 0.191 0.001 0.001 0.010 0.555 48 E 0.157 0.066 0.003 0.028 0.060 0.129 0.172 0.003 0.001 0.011 0.372 49 I 0.302 0.107 0.012 0.027 0.065 0.102 0.181 0.005 0.001 0.016 0.183 50 K 0.195 0.110 0.014 0.057 0.232 0.190 0.037 0.009 0.001 0.014 0.142 51 T 0.059 0.024 0.028 0.038 0.056 0.099 0.046 0.012 0.001 0.003 0.635 52 F 0.079 0.007 0.009 0.125 0.265 0.360 0.022 0.002 0.001 0.002 0.131 53 T 0.012 0.004 0.002 0.067 0.126 0.177 0.104 0.002 0.001 0.001 0.505 54 V 0.015 0.004 0.002 0.150 0.177 0.398 0.025 0.001 0.001 0.002 0.227 55 T 0.008 0.005 0.001 0.180 0.115 0.244 0.176 0.001 0.001 0.004 0.266 56 E 0.010 0.003 0.001 0.045 0.039 0.072 0.102 0.001 0.001 0.005 0.722