# TARGET T0499 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0499.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.77849 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 T 0.102 0.373 0.222 0.104 0.128 0.024 0.020 0.005 0.016 0.005 0.001 2 T 0.071 0.511 0.206 0.073 0.094 0.018 0.011 0.001 0.012 0.001 0.001 3 Y 0.017 0.686 0.155 0.024 0.079 0.014 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 4 K 0.007 0.835 0.098 0.003 0.045 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 5 L 0.010 0.718 0.196 0.004 0.027 0.033 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 6 I 0.009 0.808 0.115 0.004 0.018 0.026 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 7 L 0.018 0.710 0.152 0.008 0.044 0.034 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 8 N 0.050 0.298 0.349 0.029 0.072 0.113 0.014 0.002 0.070 0.002 0.001 9 L 0.366 0.134 0.244 0.078 0.057 0.066 0.021 0.007 0.018 0.006 0.002 10 K 0.484 0.139 0.126 0.154 0.041 0.025 0.014 0.002 0.011 0.003 0.001 11 Q 0.285 0.165 0.140 0.205 0.070 0.053 0.045 0.005 0.026 0.004 0.001 12 A 0.459 0.136 0.186 0.118 0.037 0.031 0.016 0.002 0.011 0.003 0.001 13 K 0.583 0.105 0.131 0.087 0.041 0.030 0.011 0.001 0.009 0.001 0.001 14 E 0.716 0.071 0.082 0.049 0.029 0.025 0.015 0.002 0.008 0.001 0.001 15 E 0.808 0.062 0.056 0.022 0.012 0.026 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 16 A 0.829 0.040 0.044 0.034 0.011 0.032 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 17 I 0.908 0.035 0.021 0.018 0.006 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 18 K 0.955 0.007 0.011 0.016 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 E 0.867 0.009 0.012 0.085 0.005 0.007 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 20 A 0.643 0.034 0.039 0.216 0.010 0.015 0.035 0.002 0.005 0.001 0.001 21 V 0.483 0.133 0.251 0.084 0.005 0.017 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 22 D 0.388 0.051 0.228 0.060 0.016 0.181 0.022 0.001 0.051 0.001 0.001 23 A 0.930 0.002 0.019 0.043 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 G 0.963 0.002 0.005 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.918 0.006 0.010 0.054 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.990 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.986 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 F 0.984 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.988 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 L 0.976 0.003 0.003 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.887 0.014 0.010 0.078 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 34 A 0.750 0.026 0.027 0.162 0.011 0.009 0.010 0.001 0.005 0.001 0.001 35 N 0.494 0.039 0.078 0.252 0.021 0.026 0.069 0.007 0.012 0.002 0.001 36 A 0.675 0.029 0.068 0.177 0.007 0.010 0.020 0.005 0.006 0.001 0.001 37 K 0.261 0.031 0.077 0.483 0.014 0.012 0.100 0.013 0.006 0.003 0.001 38 T 0.097 0.096 0.135 0.158 0.080 0.029 0.264 0.098 0.015 0.027 0.001 39 V 0.073 0.507 0.333 0.040 0.019 0.013 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 40 E 0.090 0.285 0.377 0.103 0.066 0.037 0.015 0.001 0.023 0.002 0.002 41 G 0.024 0.093 0.125 0.019 0.394 0.023 0.054 0.166 0.014 0.088 0.001 42 V 0.036 0.651 0.211 0.012 0.051 0.019 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 43 W 0.031 0.565 0.267 0.018 0.049 0.047 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 44 T 0.024 0.708 0.117 0.016 0.095 0.025 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 45 Y 0.097 0.403 0.255 0.027 0.105 0.064 0.006 0.001 0.037 0.003 0.001 46 K 0.439 0.105 0.210 0.092 0.039 0.051 0.027 0.005 0.021 0.007 0.004 47 D 0.363 0.091 0.114 0.172 0.048 0.039 0.117 0.023 0.025 0.008 0.002 48 E 0.391 0.132 0.168 0.165 0.036 0.033 0.043 0.011 0.017 0.003 0.001 49 I 0.218 0.247 0.296 0.148 0.033 0.026 0.012 0.001 0.018 0.001 0.001 50 K 0.140 0.327 0.318 0.098 0.057 0.024 0.017 0.003 0.014 0.002 0.001 51 T 0.029 0.677 0.127 0.041 0.089 0.013 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 52 F 0.004 0.812 0.071 0.005 0.087 0.008 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 53 T 0.008 0.649 0.254 0.003 0.029 0.035 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 54 V 0.032 0.576 0.264 0.012 0.024 0.067 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 55 T 0.077 0.423 0.273 0.044 0.097 0.045 0.006 0.001 0.030 0.004 0.001 56 E 0.211 0.237 0.217 0.076 0.133 0.048 0.031 0.009 0.027 0.010 0.002